BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-101H22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 139,719,149 - 139,850,849
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIgsf21, LOC100040728
Upstream gene9530077C14Rik, Capzb, Pqlc2, LOC100042808, Akr7a5, LOC625977, LOC626000, Mrto4, C230096C10Rik, Zubr1, C79267, Aldh4a1, Tas1r2, Pax7, Gm1667, Klhdc7a
Downstream geneArhgef10l, Rcc2, Padi6, Padi4, Padi3, Padi1, Padi2, Sdhb, Atp13a2, Mfap2, Crocc, Necap2, LOC638991, Spata21, D4Ertd22e, Fbxo42, 6330545A04Rik, Arhgef19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-101H22.bB6Ng01-101H22.g
ACCDH910661DH910662
length1,0971,080
definitionDH910661|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101H22, 5' end.DH910662|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-101H22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(139,849,756 - 139,850,849)(139,719,149 - 139,720,229)
sequence
gaattctgtaagaaccaccctgaccccttcccagcatgcacctctcttat
ctctcatctatctaatccctgatcagagccaaaggaccatgctgacccat
cttcttatggcgagtgaatataggatgcgtagcttcctgagggtcatgga
gcctcctaggcttagagaagctagcctgctcctaagcatgatctctttca
cagtcagatcccagacacatctggcagacgtaaaaccctgtgctctcaaa
ggcttgaccccacaccttgtatagaaaaagtgagggatgggagcaaagct
tgtagagaccagtcttaccatctgaaaaatgggatcttactatcacccca
tggggctgccttgagttaacgcaaacatttccataacacccaacacactg
caagttggagttgttctgtcaaccattgtgcggtaatgggtggtgacgtt
gtccccaaagaggtacttttcacagtgggaataggaatgaccacgtcaca
ctaaatgacacccccaatgtctctgttgtcctcaccatgatctgaatcgt
aaacctcaccattcttcccatgttctcccagagcagtggagaggttcccc
caagtagagtcagcatctgtccacatctggatgggactctatttgttggg
tgactatggagcaaccatacttgttttctgaggctctgtgacatcatctg
tgaaatggggctgtagagcaacagcaataggtcttccggttggattaggt
gaccagcttgtgatgcagagggctgctgagtgtcccctgcacacggagcc
tcccgaccatggactgtagtgctcaccagctccacataactctaccacag
agactcacaagagatcagtaaagctgaggatgtgcatcctacccccacag
agccagcagcgtgatttttggttactggagccacccagggagtagaggga
aagaatgacaaggtgacttcagagtttgaggcttatagccccgcagtggc
tgtagccatcttaaagacgtgggcctctgcatcagtgactaagtaatgga
agggaatttttccatggcttacacgggggtaatgacagcttcagcac
gaattcccaggaagctcccctgagaagtctgaaattatggaatatatgag
ccaagtagggagagtgtgccagacaggacacaagtggaacaaaggccttc
tggggacatgtggtgggttccaggcttgggacatggtaggaaattcttcc
caacgttctacaacttggagcaagtcttgggcggagctttgtatgggact
agggtacagtggaggaggctgtgacaagggagaggcagatggtaacaggc
atgccctctcctggcccactcctaagagcaagtggctccttggtgctttt
ctcaggctcctggttgtgggccccgcccctccacacacacttagtctagg
cacactgcatgctgagggtcctggactccacactctagggaaagcacatc
ccctgtgtagaactctttctaatttgctcagaactttggtttgcattgtt
tttaccagctggagagcaatgtgtgtgtttgtaggaactcacaatgaaat
cgtgccagagcgcaactgtctgctcatctgtctctcttcctggttatccc
ccgatcactgaaacaggatgatgaagaagggcgattttccagctttctta
actactcatggccctgtcaacacaggctttgctctaagcattttgttcca
tagtatatggatggcagcagccaggctgagattcgaacccagatctacct
gactttctaaagccaatctctccctaccaccattggccaccacccagagc
agagtcacatgacttaataaagcccaccaagactcaggggctgcccaacc
ccaatttgtgggctttgttgactgctagcattatcttcattggaagctgg
cttctcagagcagggtcttgaggaggacattatgagagtgctgggggctt
tcttaatcattttctatcatgccactagagatctggacaggatgtgggac
ctctgtgggactgtttcctcaatggaatgcagacaggatccattgagtcc
aaaccaggaaagactggtgtgggcttcttctgacagttactgccacatgc
aggtgaaacaccgtctatcaatggcctctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_139849756_139850849
seq2: B6Ng01-101H22.b_45_1141 (reverse)

seq1  GTGCTGAAGCTGTCATTACCCCCGTGT-AGCCATGGAGAGATTCCC-TCC  48
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||| |||
seq2  GTGCTGAAGCTGTCATTACCCCCGTGTAAGCCATGGAAAAATTCCCTTCC  50

seq1  ATTACTGTAGTCACTGAGTGCAGAGGGCCCACGTCTCTCAGACTGGCT-C  97
      |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| | ||| ||||| |
seq2  ATTACT-TAGTCACTGA-TGCAGA-GGCCCACGTCTTTAAGA-TGGCTAC  96

seq1  AGCCACTGCTGGGCTCTGAGCCTCTAACTCTGATGTCACCTTGTCA-TCT  146
      ||||||||| ||||| | |||||| |||||||| |||||||||||| |||
seq2  AGCCACTGCGGGGCTATAAGCCTCAAACTCTGAAGTCACCTTGTCATTCT  146

seq1  TT-CCTCTATCTCCCTGGGTGGCTCCAGTAACC-AGAATCACGCTGCTGG  194
      || |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTA-CTCCCTGGGTGGCTCCAGTAACCAAAAATCACGCTGCTGG  195

seq1  CTCTGTGGGGGTAGGATGCACATCCTCAGCTTTACTGATCTCTTGTGTGT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCTGTGGGGGTAGGATGCACATCCTCAGCTTTACTGATCTCTTGTGAGT  245

seq1  CTCTGTGGTAGAGTTATGTGGAGCTGGTGAGCACTACAGTCCATGGTCGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGTAGAGTTATGTGGAGCTGGTGAGCACTACAGTCCATGGTCGG  295

seq1  GAGGCTCCGTGTGCAGGGGACACTCAGCAGCCCTCTGCATCACAAGCTGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCCGTGTGCAGGGGACACTCAGCAGCCCTCTGCATCACAAGCTGG  345

seq1  TCACCTAATCCAACCGG-AGACCTATTGCTGTTGCTCTACAGCCCCATTT  393
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTAATCCAACCGGAAGACCTATTGCTGTTGCTCTACAGCCCCATTT  395

seq1  CACAGATGATGTCACAGAGCCTCAGAAAACAAGTATGGTTGCTCCATAGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATGATGTCACAGAGCCTCAGAAAACAAGTATGGTTGCTCCATAGT  445

seq1  CACCCAAC-AATAGAGTCCCATCCAGATGTGGACAGATGCTGACTCTACT  492
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAACAAATAGAGTCCCATCCAGATGTGGACAGATGCTGACTCTACT  495

seq1  TGGGGGAACCTCTCCACTGCTCTGGGAGAACATGGGAAGAATGGTGAGGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGAACCTCTCCACTGCTCTGGGAGAACATGGGAAGAATGGTGAGGT  545

seq1  TTACGATTCAGATCATGGTGAGGACAACAGAGACATTGGGGGTGTCATTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACGATTCAGATCATGGTGAGGACAACAGAGACATTGGGGGTGTCATTT  595

seq1  AGTGTGACGTGGTCATTCCTATTCCCACTGTGAAAAGTACCTCTTTGGGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGACGTGGTCATTCCTATTCCCACTGTGAAAAGTACCTCTTTGGGG  645

seq1  ACAACGTCACCACCCATTACCGCACAATGGTTGACAGAACAACTCCAACT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACGTCACCACCCATTACCGCACAATGGTTGACAGAACAACTCCAACT  695

seq1  TGCAGTGTGTTGGGTGTTATGGAAATGTTTGCGTTAACTCAAGGCAGCCC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGTGTTGGGTGTTATGGAAATGTTTGCGTTAACTCAAGGCAGCCC  745

seq1  CATGGGGTGATAGTAAGATCCCATTTTTCAGATGGTAAGACTGGTCTCTA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGTGATAGTAAGATCCCATTTTTCAGATGGTAAGACTGGTCTCTA  795

seq1  CAAGCTTTGCTCCCATCCCTCACTTTTTCTATACAAGGTGTGGGGTCAAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTTGCTCCCATCCCTCACTTTTTCTATACAAGGTGTGGGGTCAAG  845

seq1  CCTTTGAGAGCACAGGGTTTTACGTCTGCCAGATGTGTCTGGGATCTGAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGAGAGCACAGGGTTTTACGTCTGCCAGATGTGTCTGGGATCTGAC  895

seq1  TGTGAAAGAGATCATGCTTAGGAGCAGGCTAGCTTCTCTAAGCCTAGGAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAGAGATCATGCTTAGGAGCAGGCTAGCTTCTCTAAGCCTAGGAG  945

seq1  GCTCCATGACCCTCAGGAAGCTACGCATCCTATATTCACTCGCCATAAGA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCATGACCCTCAGGAAGCTACGCATCCTATATTCACTCGCCATAAGA  995

seq1  AGATGGGTCAGCATGGTCCTTTGGCTCTGATCAGGGATTAGATAGATGAG  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGTCAGCATGGTCCTTTGGCTCTGATCAGGGATTAGATAGATGAG  1045

seq1  AGATAAGAGAGGTGCATGCTGGGAAGGGGTCAGGGTGGTTCTTACAGAAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGAGAGGTGCATGCTGGGAAGGGGTCAGGGTGGTTCTTACAGAAT  1095

seq1  TC  1094
      ||
seq2  TC  1097

seq1: chr4_139719149_139720229
seq2: B6Ng01-101H22.g_67_1146

seq1  GAATTCCCAGGAAGCTCCCCTGAGAAGTCTGAAATTATGGAATATATGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGGAAGCTCCCCTGAGAAGTCTGAAATTATGGAATATATGAG  50

seq1  CCAAGTAGGGAGAGTGTGCCAGACAGGACACAAGTGGAACAAAGGCCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTAGGGAGAGTGTGCCAGACAGGACACAAGTGGAACAAAGGCCTTC  100

seq1  TGGGGACATGTGGTGGGTTCCAGGCTTGGGACATGGTAGGAAATTCTTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACATGTGGTGGGTTCCAGGCTTGGGACATGGTAGGAAATTCTTCC  150

seq1  CAACGTTCTACAACTTGGAGCAAGTCTTGGGCGGAGCTTTGTATGGGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTTCTACAACTTGGAGCAAGTCTTGGGCGGAGCTTTGTATGGGACT  200

seq1  AGGGTACAGTGGAGGAGGCTGTGACAAGGGAGAGGCAGATGGTAACAGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTACAGTGGAGGAGGCTGTGACAAGGGAGAGGCAGATGGTAACAGGC  250

seq1  ATGCCCTCTCCTGGCCCACTCCTAAGAGCAAGTGGCTCCTTGGTGCTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTCTCCTGGCCCACTCCTAAGAGCAAGTGGCTCCTTGGTGCTTTT  300

seq1  CTCAGGCTCCTGGTTGTGGGCCCCGCCCCTCCACACACACTTAGTCTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCTCCTGGTTGTGGGCCCCGCCCCTCCACACACACTTAGTCTAGG  350

seq1  CACACTGCATGCTGAGGGTCCTGGACTCCACACTCTAGGGAAAGCACATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGCATGCTGAGGGTCCTGGACTCCACACTCTAGGGAAAGCACATC  400

seq1  CCCTGTGTAGAACTCTTTCTAATTTGCTCAGAACTTTGGTTTGCATTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGTAGAACTCTTTCTAATTTGCTCAGAACTTTGGTTTGCATTGTT  450

seq1  TTTACCAGCTGGAGAGCAATGTGTGTGTTTGTAGGAACTCACAATGAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCAGCTGGAGAGCAATGTGTGTGTTTGTAGGAACTCACAATGAAAT  500

seq1  CGTGCCAGAGCGCAACTGTCTGCTCATCTGTCTCTCTTCCTGGTTATCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCCAGAGCGCAACTGTCTGCTCATCTGTCTCTCTTCCTGGTTATCCC  550

seq1  CCGATCACTGAAACAGGATGATGAAGAAGGGCGATTTTCCAGCTTTCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATCACTGAAACAGGATGATGAAGAAGGGCGATTTTCCAGCTTTCTTA  600

seq1  ACTACTCATGGCCCTGTCAACACAGGCTTTGCTCTAAGCATTTTGTTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACTCATGGCCCTGTCAACACAGGCTTTGCTCTAAGCATTTTGTTCCA  650

seq1  TAGTATATGGATGGCAGCAGCCAGGCTGAGATTCGAACCCAGATCTACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATATGGATGGCAGCAGCCAGGCTGAGATTCGAACCCAGATCTACCT  700

seq1  GACTTTCTAAAGCCAATCTCTCCCTACCACCATTGGCCACCACCCAGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTCTAAAGCCAATCTCTCCCTACCACCATTGGCCACCACCCAGAGC  750

seq1  AGAGTCACATGACTTAATAAAGCCCACCAAGACTCAGGGGCTGCCCAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCACATGACTTAATAAAGCCCACCAAGACTCAGGGGCTGCCCAACC  800

seq1  CCAATTTGT-GGCTTTGTTGACTGCTAGCA-TATCTTCATTGGAAGCTGG  848
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTGTGGGCTTTGTTGACTGCTAGCATTATCTTCATTGGAAGCTGG  850

seq1  C-TCTCAGAGCAGGGTC-TGAGGAGGACA-TAGGAGAGTGCT-GGGGCTT  894
      | ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||
seq2  CTTCTCAGAGCAGGGTCTTGAGGAGGACATTATGAGAGTGCTGGGGGCTT  900

seq1  CCT--ATCATTTCCTATCATGCCAC-AGAGACCTGGACAGGATGTGGGAC  941
       ||  ||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATCATTTTCTATCATGCCACTAGAGATCTGGACAGGATGTGGGAC  950

seq1  CTCTGTGGGACTGTTTCCTCCAATGGGAAGCAGACAAGGATCCATTGAGT  991
      ||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||
seq2  CTCTGTGGGACTGTTTCCT-CAATGGAATGCAGAC-AGGATCCATTGAGT  998

seq1  CCAAACCAGGAAAGACATGTGTGGGCCTCCTTCTGACCAGTTACTGCCCA  1041
      ||||||||||||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||| |||
seq2  CCAAACCAGGAAAGACTGGTGTGGG-CTTCTTCTGA-CAGTTACTG-CCA  1045

seq1  CATGCAGGGTGAAACCAACCGTCCTATCCACTGGCCTCTT  1081
      |||||| ||||||||  ||||| |||| || |||||||||
seq2  CATGCA-GGTGAAAC--ACCGT-CTAT-CAATGGCCTCTT  1080