BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102C18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 66,618,716 - 66,755,955
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAstn2, LOC667499, Tlr4
Downstream geneLOC100039379, Hmgb1-rs18, LOC433715
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102C18.bB6Ng01-102C18.g
ACCDH911140DH911141
length9141,143
definitionDH911140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102C18, 5' end.DH911141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102C18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,618,716 - 66,619,411)(66,754,816 - 66,755,955)
sequence
gaattctttaaaaactttcaggaggtctctggctctaaacatatatttga
atacatggtccacagttgatggaattgttttaaaaagttcaggaggtgtg
gccatgttggaggagatgtgtcactggcaatggactttgaggtttcaaaa
gcgtatgccattcttctggcttaaggttgatgtctcaaaatataagttct
tagttactgatctagtttcaagcctatctgcctgctgtcatgctccttga
aatgattgatatgggcacatcttctaaagcaacaaattaacactcaatta
aatgatttgtttttttcaagtttcatgatcatagtgtcatttcagagcaa
tagaaaagtatcaggacaacacatatctctgtgccttggtcaatactcac
aggagattcttttcctttgagtacacagtaagtgacagtgaccaagagct
agaatatgtgcagagaccttgggatatttgtgcctaattgaggtgtcttt
atcaaacccttgctcttaatgctcaaagatctatgcagaagatgaggcca
aaagattctaagagccaaaggtagtggatgattcggaggaaacagcatct
tccagatacaacaggactgagataaaactcacagagaccatgacaacatg
cacaaggtctgtacagattcaagcctgacaaactcccaataggaaaaagg
aaaagtaggcataaaaattacaacactaaagaagacacagtgctatataa
caaaataaatacaatgtgataaaagtaatttcacttgaagtgaaaatatg
tgtaagaaaacaatatatattatacaatatactcaaagaattaaacatat
tatgaacattaaaatgtatttatcacattccctctcttttttccttcctt
ccttccttccttcc
gaattcacctcatttcaaatatgaagtcaatattttcattctcattttct
cattggtgctgatgctcaccctgggccattacaaacaaaaaaaaaagtga
aataagattttaaatcaggggagaaaacagtctctcttgtttagcatcct
gttgtagtttgcatcttagtacactaaactatacccatactgtaccaaag
gccatgcattaaaggctgttttcctgcttcaaactcttttgtactgttgt
aatcattgagagctgtggtatggttaggggccttagggatatggtccttg
aatcctggattcttttctctctcctgctcctgcctatgaagtgaacaatt
ttgttatagcaaatattctcaccatggtgttttcccttgtcacacgcctc
acataacagagccaagccatcatgaattgaaatctataaagccataggtc
aaaacaaatctttcctctttgcaagatctttcctttttgcaagttgatta
tttcaagtttatgttacaggagccagtaaatcccacatattcaagttcta
tgaaagtgggagaaaacatgtcttttccccaaatgttaacatttgaataa
atcctgtttctcatgtttatttttatatagacaactatttcagtatcata
aatacaataaaaaggatatataaattgcttgcttattgaagaataaaaat
tctaatccataccataaacttccatgtataattatggtaagatcaatgta
acttatcttttctccatcactaattttattcttttttaactctattaaac
aacaacaacaacaaaaacctaactaatctgttctgctttaatcttgcttc
ttttccatagttgatactattatatctatctgcacatccttcttgagtct
gcttcaaatcactaaaaactgctatgcctataccagtactactatcaggt
actataaccatatttctggccagcactttatagccccagcctgaccacca
gtaacacccctgccataaacaccaacacttgaagattctactcaagaagc
taagaatgacttttctcctctgtttagggaacagatttctgtaacagaaa
taagcagtagttcactttttagcctcctattggattggagttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_66618716_66619411
seq2: B6Ng01-102C18.b_265_960

seq1  CAAGCCTATCTGCCTGCTGTCATGCTCCTTGAAATGATTGATATGGGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCTATCTGCCTGCTGTCATGCTCCTTGAAATGATTGATATGGGCAC  50

seq1  ATCTTCTAAAGCAACAAATTAACACTCAATTAAATGATTTGTTTTTTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCTAAAGCAACAAATTAACACTCAATTAAATGATTTGTTTTTTTCA  100

seq1  AGTTTCATGATCATAGTGTCATTTCAGAGCAATAGAAAAGTATCAGGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCATGATCATAGTGTCATTTCAGAGCAATAGAAAAGTATCAGGACA  150

seq1  ACACATATCTCTGTGCCTTGGTCAATACTCACAGGAGATTCTTTTCCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATATCTCTGTGCCTTGGTCAATACTCACAGGAGATTCTTTTCCTTT  200

seq1  GAGTACACAGTAAGTGACAGTGACCAAGAGCTAGAATATGTGCAGAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACACAGTAAGTGACAGTGACCAAGAGCTAGAATATGTGCAGAGACC  250

seq1  TTGGGATATTTGTGCCTAATTGAGGTGTCTTTATCAAACCCTTGCTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATATTTGTGCCTAATTGAGGTGTCTTTATCAAACCCTTGCTCTTA  300

seq1  ATGCTCAAAGATCTATGCAGAAGATGAGGCCAAAAGATTCTAAGAGCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCAAAGATCTATGCAGAAGATGAGGCCAAAAGATTCTAAGAGCCAA  350

seq1  AGGTAGTGGATGATTCGGAGGAAACAGCATCTTCCAGATACAACAGGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTGGATGATTCGGAGGAAACAGCATCTTCCAGATACAACAGGACT  400

seq1  GAGATAAAACTCACAGAGACCATGACAACATGCACAAGGTCTGTACAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAAACTCACAGAGACCATGACAACATGCACAAGGTCTGTACAGAT  450

seq1  TCAAGCCTGACAAACTCCCAATAGGAAAAAGGAAAAGTAGGCATAAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCCTGACAAACTCCCAATAGGAAAAAGGAAAAGTAGGCATAAAAAT  500

seq1  TACAACACTAAAGAAGACACAGTGCTATATAACAAAATAAATACAATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACACTAAAGAAGACACAGTGCTATATAACAAAATAAATACAATGTG  550

seq1  ATAAAAGTAATTTCACTTGAAGTGAAAATATGTGTAAGAAAACAATATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTAATTTCACTTGAAGTGAAAATATGTGTAAGAAAACAATATAT  600

seq1  ATTATACAATATACTCAAAGAATTAAACATATTATGAACATTAAAATGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACAATATACTCAAAGAATTAAACATATTATGAACATTAAAATGTA  650

seq1  TTTATCACATTCCCTCTCTTTTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCACATTCCCTCTCTTTTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC  696

seq1: chr4_66754816_66755955
seq2: B6Ng01-102C18.g_65_1207 (reverse)

seq1  AAACTCCCAAATCCAATA-GAAGCT-AAAAGTGAACTACTGCTAATTTC-  47
      |||||||  ||||||||| || ||| ||||||||||||||||| ||||| 
seq2  AAACTCC--AATCCAATAGGAGGCTAAAAAGTGAACTACTGCTTATTTCT  48

seq1  GTTACAGAAATCTGTTCCCTAAACAGA-GAGAAAAGTCA-TCTTAGC-TC  94
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||
seq2  GTTACAGAAATCTGTTCCCTAAACAGAGGAGAAAAGTCATTCTTAGCTTC  98

seq1  TTGAGTAGGATCTTCAAGTGTTGGTGTTTATGGCAGGGGTGTTACTGGTG  144
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTAGAATCTTCAAGTGTTGGTGTTTATGGCAGGGGTGTTACTGGTG  148

seq1  GTCAGGCTGGGGCTATAAAGTGCTGGCCAGAAATATGGTTATAGTAACCT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTCAGGCTGGGGCTATAAAGTGCTGGCCAGAAATATGGTTATAGT-ACCT  197

seq1  GATAGTAGTACTGGTATAGGCATAGCAGTTTTTAGTGATTTGAAGCAGAC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTAGTACTGGTATAGGCATAGCAGTTTTTAGTGATTTGAAGCAGAC  247

seq1  TCAAGAAGGATGTGCAGATAGATATAATAGTATCAACTATGGAAAAGAAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAGGATGTGCAGATAGATATAATAGTATCAACTATGGAAAAGAAG  297

seq1  CAAGATTAAAGCAGAACAGATTAGTTAGGTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATTAAAGCAGAACAGATTAGTTAGGTTTTTGTTGTTGTTGTTGTTT  347

seq1  AATAGAGTTAAAAAAGAATAAAATTAGTGATGGAGAAAAGATAAGTTACA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGTTAAAAAAGAATAAAATTAGTGATGGAGAAAAGATAAGTTACA  397

seq1  TTGATCTTACCATAATTATACATGGAAGTTTATGGTATGGATTAGAATTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTACCATAATTATACATGGAAGTTTATGGTATGGATTAGAATTT  447

seq1  TTATTCTTCAATAAGCAAGCAATTTATATATCCTTTTTATTGTATTTATG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTTCAATAAGCAAGCAATTTATATATCCTTTTTATTGTATTTATG  497

seq1  ATACTGAAATAGTTGTCTATATAAAAATAAACATGAGAAACAGGATTTAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAAATAGTTGTCTATATAAAAATAAACATGAGAAACAGGATTTAT  547

seq1  TCAAATGTTAACATTTGGGGAAAAGACATGTTTTCTCCCACTTTCATAGA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTTAACATTTGGGGAAAAGACATGTTTTCTCCCACTTTCATAGA  597

seq1  ACTTGAATATGTGGGATTTACTGGCTCCTGTAACATAAACTTGAAATAAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAATATGTGGGATTTACTGGCTCCTGTAACATAAACTTGAAATAAT  647

seq1  CAACTTGCAAAAAGGAAAGATCTTGCAAAGAGGAAAGATTTGTTTTGACC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTGCAAAAAGGAAAGATCTTGCAAAGAGGAAAGATTTGTTTTGACC  697

seq1  TATGGCTTTATAGATTTCAATTCATGATGGCTTGGCTCTGTTATGTGAGG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTTTATAGATTTCAATTCATGATGGCTTGGCTCTGTTATGTGAGG  747

seq1  CGTGTGACAAGGGAAAACACCATGGTGAGAATATTTGCTATAACAAAATT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGACAAGGGAAAACACCATGGTGAGAATATTTGCTATAACAAAATT  797

seq1  GTTCACTTCATAGGCAGGAGCAGGAGAGAGAAAAGAATCCAGGATTCAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTTCATAGGCAGGAGCAGGAGAGAGAAAAGAATCCAGGATTCAAG  847

seq1  GACCATATCCCTAAGGCCCCTAACCATACCACAGCTCTCAATGATTACAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATATCCCTAAGGCCCCTAACCATACCACAGCTCTCAATGATTACAA  897

seq1  CAGTACAAAAGAGTTTGAAGCAGGAAAACAGCCTTTAATGCATGGCCTTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACAAAAGAGTTTGAAGCAGGAAAACAGCCTTTAATGCATGGCCTTT  947

seq1  GGTACAGTATGGGTATAGTTTAGTGTACTAAGATGCAAACTACAACAGGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAGTATGGGTATAGTTTAGTGTACTAAGATGCAAACTACAACAGGA  997

seq1  TGCTAAACAAGAGAGACTGTTTTCTCCCCTGATTTAAAATCTTATTTCAC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAACAAGAGAGACTGTTTTCTCCCCTGATTTAAAATCTTATTTCAC  1047

seq1  TTTTTTTTTTGTTTGTAATGGCCCAGGGTGAGCATCAGCACCAATGAGAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTGTTTGTAATGGCCCAGGGTGAGCATCAGCACCAATGAGAA  1097

seq1  AATGAGAATGAAAATATTGACTTCATATTTGAAATGAGGTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGAATGAAAATATTGACTTCATATTTGAAATGAGGTGAATTC  1143