BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-102E10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 4,633,355 - 4,776,035
singlet/doubletdoublet
Overlap geneImpad1
Upstream geneLyn, LOC621858, Rps20, Mos, Plag1, Chchd7, LOC666586, Rdhe2, 4833413O15Rik, Penk1, A830012C17Rik, LOC100039297, LOC622019
Downstream geneLOC100039338, 1700012H17Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-102E10.bB6Ng01-102E10.g
ACCDH911213DH911214
length1,1621,167
definitionDH911213|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102E10, 5' end.DH911214|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-102E10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,633,355 - 4,634,530)(4,774,853 - 4,776,035)
sequence
gaattcagtgttacccccaaagacagagcttgcatgtaatgtgactgaat
catagtaaaggggtaaaaaattgaagtttgccaccagaagatatgggagt
ttctaagctcaactcagttttgccacaaataagaactgaggtattttctg
tgataagtatttaggccatgaaaacactagaaatgtgcaaagaaagtgct
ttctttacaaaaaaaaaaacagcatatgcccttcctagtttatcaaaatc
acaatgccaccctcaaaggtctccttcactctcttcattaacaaatattt
gtggagaaaccactaaatttagtcatttgtaatctagaaaattagttaaa
tgagattagcataataaatacaggtggtggtaagtcctaagaaataggtt
tgtcagggcatagagtgttaagcaagaatgctatacagagagagcttctc
ctgtcatttgaatatggcttgagcttatcttgtgtctgaggccctttctt
cagtgttacaggattactttgttttgctgtatgagatatttttatgttac
ttggaaatatgccctcagcagggattgtatagccatctctctttgtcttt
ctgtttggtgatgtgggttttccgtctctcacaacaagtttctagtatcc
tctatgagtctttcatgacaacagagctgatactggcaccatatgcttga
attcccagaatgaggagtttcataaacatgttttttaaaaagaacattag
cctggcttagttatttggttatagtaaataaaaatgtaacgatagagagg
ccaacagaaagtgctgttgagagaagacaagaatggtcacagccagttga
ccaactgctcctaggaggtagaaaaggtgggacgtgagtttatgagacat
aaaggtgttgacaaaaagacatggaacagaaccccaaacaaatacagtga
atctttcaaatgagacggaactatggcataaagagtgtgggagaaagctg
gctgcaagtgattggtcagaaagcagagcgtacattcttaaaaatcagag
tgagaagttttgatctaaataggaagaagacagcatagatacgttccagt
aaccactatgagttctgagttcttagaaacataggtgagaatgcatggaa
agaaaacaattt

gaattcaagacctacctgtgttacatagggagtactaggagagccagagc
acttgggaggcataggaagctgtatgctacaagtttcaggccagcctggt
atgaataacaaggaaacagtgagattctatctcaagaaagcagaaagaac
ttaggaacttagcaagaccttgtctcaaataaaagtcaataaaaatgtgg
ggggggggaagccttggagtattgacatgtaggagagctctcttggccaa
ccactccaaaggtgctaggttcaagccctatttctatcacataataacaa
taataataataatcccaggatttgagattctcccatgtgaggcaaagcaa
cagaacagtaactgagacagtggtccacagagaagagatctaagtgacag
gagtcatcgtacctgcctgcagtcattcctctgccatgatggtgaaggac
tcttaaccttctgggactatgcacccaagcaaacctttccttctataagt
tgcaaaagaaaatttacaaataaacctcctgtgcttgtatagtcaaaaaa
aataataatagtaacaataatgacaacaataatattcataaaaatctata
attttatattgccggtgtatatatttttctttttaaaaacttttgttggt
aaagctggaaattcaccaactttattgattcttgacataagcagcattac
tttactgatatactctatcacatctatattttctcttcctttcatttcag
tattcagtgctttttttccaatttttgtaaggactgtatctcgcaaatac
attatttttaatcaattccagcccttcttgtctctactccacctcgtcca
aggtattccccaatctctcttgaatccatgacctcttcttctagttatta
ttgctgaatatatataaaacctgctagggttgctgtgtgtcaatgtgtta
ggctaaccaaaatatggactaggaatgagaacctgttcctcttcatagtg
ctcttaaatgctagtatgaaatctcctccaattttttacgatgtacttta
gtgctataaatttcctattagcaccattttcatgtttcccttaagttggg
taattttacattccattcataaatttagaaaggattaatcttatttctgc
tttccatagccttctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_4633355_4634530
seq2: B6Ng01-102E10.b_47_1208

seq1  GAATTCAGTGTTACCCCCAAAGACAGAGCTTGCATGTAATGTGACTGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGTTACCCCCAAAGACAGAGCTTGCATGTAATGTGACTGAAT  50

seq1  CATAGTAAAGGGGTAAAAAATTGAAGTTTGCCACCAGAAGATATGGGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTAAAGGGGTAAAAAATTGAAGTTTGCCACCAGAAGATATGGGAGT  100

seq1  TTCTAAGCTCAACTCAGTTTTGCCACAAATAAGAACTGAGGTATTTTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGCTCAACTCAGTTTTGCCACAAATAAGAACTGAGGTATTTTCTG  150

seq1  TGATAAGTATTTAGGCCATGAAAACACTAGAAATGTGCAAAGAAAGTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAGTATTTAGGCCATGAAAACACTAGAAATGTGCAAAGAAAGTGCT  200

seq1  TTCTTTACAAAAAAAAAAACAGCATATGCCCTTCCTAGTTTATCAAAATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACAAAAAAAAAAACAGCATATGCCCTTCCTAGTTTATCAAAATC  250

seq1  ACAATGCCACCCTCAAAGGTCTCCTTCACTCTCTTCATTAACAAATATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCCACCCTCAAAGGTCTCCTTCACTCTCTTCATTAACAAATATTT  300

seq1  GTGGAGAAACCACTAAATTTAGTCATTTGTAATCTAGAAAATTAGTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAAACCACTAAATTTAGTCATTTGTAATCTAGAAAATTAGTTAAA  350

seq1  TGAGATTAGCATAATAAATACAGGTGGTGGTAAGTCCTAAGAAATAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATTAGCATAATAAATACAGGTGGTGGTAAGTCCTAAGAAATAGGTT  400

seq1  TGTCAGGGCATAGAGTGTTAAGCAAGAATGCTATACAGAGAGAGCTTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGGGCATAGAGTGTTAAGCAAGAATGCTATACAGAGAGAGCTTCTC  450

seq1  CTGTCATTTGAATATGGCTTGAGCTTATCTTGTGTCTGAGGCCCTTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATTTGAATATGGCTTGAGCTTATCTTGTGTCTGAGGCCCTTTCTT  500

seq1  CAGTGTTACAGGATTACTTTGTTTTGCTGTATGAGATATTTTTATGTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTTACAGGATTACTTTGTTTTGCTGTATGAGATATTTTTATGTTAC  550

seq1  TTGGAAATATGCCCTCAGCAGGGATTGTATAGCCATCTCTCTTTGTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAATATGCCCTCAGCAGGGATTGTATAGCCATCTCTCTTTGTCTTT  600

seq1  CTGTTTGGTGATGTGGGTTTTCCGTCTCTCACAACAAGTTTCTAGTATCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTGGTGATGTGGGTTTTCCGTCTCTCACAACAAGTTTCTAGTATCC  650

seq1  TCTATGAGTCTTTCATGACAACAGAGCTGATACTGGCACCATATGCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGAGTCTTTCATGACAACAGAGCTGATACTGGCACCATATGCTTGA  700

seq1  ATTCCCAGAATGAGGAGTTTCATAAACATGTTTTTTAAAAAGAACATTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCAGAATGAGGAGTTTCATAAACATGTTTTTTAAAAAGAACATTAG  750

seq1  CCTGGCTTAGTTATTTGGTTATAGTAAATAAAAATGTAACGATAGAGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTAGTTATTTGGTTATAGTAAATAAAAATGTAACGATAGAGAGG  800

seq1  CCAACAGAAAGTGCTGTTGAGAGAAGACAAGAATGGTCACAGCCAGTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAGAAAGTGCTGTTGAGAGAAGACAAGAATGGTCACAGCCAGTTGA  850

seq1  CCAACTGCTCCTAGGAGGTAGAAAAGGTGGGACGTGAGTTTATGAGACAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGCTCCTAGGAGGTAGAAAAGGTGGGACGTGAGTTTATGAGACAT  900

seq1  AAAGGTGTTGACAAAAAAGACATGGAACAGAACCCCAAAACAAATACAGT  950
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AAAGGTGTTGAC-AAAAAGACATGGAACAGAACCCC-AAACAAATACAGT  948

seq1  GAATCTTTCAAATGAGACGGAACTATGGCATAAAAGAGTGTGGGAGAAAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAATCTTTCAAATGAGACGGAACTATGGCAT-AAAGAGTGTGGGAGAAAG  997

seq1  CTGGCTGCAAGTGATTGGGTCAGAAAGCAGAGCGTACATTCTTAAAAAAT  1050
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTGGCTGCAAGTGATT-GGTCAGAAAGCAGAGCGTACATTCTT-AAAAAT  1045

seq1  CAGAGTGAGAAGTTTTGATCTTAAATAGGAAGATGACAGGCATAGATACG  1100
      |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  CAGAGTGAGAAGTTTTGATC-TAAATAGGAAGAAGACA-GCATAGATACG  1093

seq1  TTCCAGTAACCACTATGAGTTCTGAGTTCTATAAAGAAACATAAGGGTTG  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| | |   
seq2  TTCCAGTAACCACTATGAGTTCTGAGTTCT---TAGAAACATAGGTG---  1137

seq1  AAGATGGCATGGAAAGAAAACAATTT  1176
       |||  ||||||||||||||||||||
seq2  -AGAATGCATGGAAAGAAAACAATTT  1162


seq1: chr4_4774853_4776035
seq2: B6Ng01-102E10.g_67_1233 (reverse)

seq1  ATAGAAAGCTATGTGAAAGCAGAAATAAAGAAATTAAATACCTTCTAAAA  50
      |||||| |||||| |||||||||||| ||||   | ||| | |||| |||
seq2  ATAGAAGGCTATG-GAAAGCAGAAAT-AAGA---TTAATCCTTTCT-AAA  44

seq1  TTTAATGTAAATGG-ATGTATAATATACCCAAACTTATGAGAAACAATGA  99
      ||||   | ||||| ||||| ||| ||||| |||||| | ||||| ||||
seq2  TTTA---TGAATGGAATGTAAAAT-TACCC-AACTTAAGGGAAAC-ATGA  88

seq1  AAATGGTGCTAATAGGAAAATTTATAGCACT-AAGTACATCCATAAAAAA  148
      |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||||
seq2  AAATGGTGCTAATAGG-AAATTTATAGCACTAAAGTACAT-CGTAAAAAA  136

seq1  TTGGA-GAGATATCATACTAGCAATTTAAGAGCACTATGAAGAGGAACAG  197
      ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGGAGATTTCATACTAGC-ATTTAAGAGCACTATGAAGAGGAACAG  185

seq1  GTTTCTCATTCCTAGTCCATATTTTGGTTAGCCCTAAACACATTGACACA  247
      | |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  G-TTCTCATTCCTAGTCCATATTTTGGTTAGCC--TAACACATTGACACA  232

seq1  CAGCAACCCTAGCAGGTTTTATATATATTCAGCAATAATAACTAGAAGAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAACCCTAGCAGGTTTTATATATATTCAGCAATAATAACTAGAAGAA  282

seq1  GAGGTCATGGATTCAAGAGAGATTGGGGAAATACCTTGGACGAGGTGGAG  347
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCATGGATTCAAGAGAGATTGGGG-AATACCTTGGACGAGGTGGAG  331

seq1  TAGAGACAAGAAGGGCTGGAATTGATTAAAAATAATGTATTTGCGAGATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACAAGAAGGGCTGGAATTGATTAAAAATAATGTATTTGCGAGATA  381

seq1  CAGTCCTTACAAAAATTGGAAAAAAAGCACTGAATACTGAAATGAAAGGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTACAAAAATTGGAAAAAAAGCACTGAATACTGAAATGAAAGGA  431

seq1  AGAGAAAATATAGATGTGATAGAGTATATCAGTAAAGTAATGCTGCTTAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAATATAGATGTGATAGAGTATATCAGTAAAGTAATGCTGCTTAT  481

seq1  GTCAAGAATCAATAAAGTTGGTGAATTTCCAGCTTTACCAACAAAAGTTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGAATCAATAAAGTTGGTGAATTTCCAGCTTTACCAACAAAAGTTT  531

seq1  TTAAAAAGAAAAATATATACACCGGCAATATAAAATTATAGATTTTTATG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGAAAAATATATACACCGGCAATATAAAATTATAGATTTTTATG  581

seq1  AATATTATTGTTGTCATTATTGTTACTATTATTATTTTTTTTGACTATAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTATTGTTGTCATTATTGTTACTATTATTATTTTTTTTGACTATAC  631

seq1  AAGCACAGGAGGTTTATTTGTAAATTTTCTTTTGCAACTTATAGAAGGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACAGGAGGTTTATTTGTAAATTTTCTTTTGCAACTTATAGAAGGAA  681

seq1  AGGTTTGCTTGGGTGCATAGTCCCAGAAGGTTAAGAGTCCTTCACCATCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGCTTGGGTGCATAGTCCCAGAAGGTTAAGAGTCCTTCACCATCA  731

seq1  TGGCAGAGGAATGACTGCAGGCAGGTACGATGACTCCTGTCACTTAGATC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGAGGAATGACTGCAGGCAGGTACGATGACTCCTGTCACTTAGATC  781

seq1  TCTTCTCTGTGGACCACTGTCTCAGTTACTGTTCTGTTGCTTTGCCTCAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTGTGGACCACTGTCTCAGTTACTGTTCTGTTGCTTTGCCTCAC  831

seq1  ATGGGAGAATCTCAAATCCTGGGATTATTATTATTATTGTTATTATGTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAGAATCTCAAATCCTGGGATTATTATTATTATTGTTATTATGTGA  881

seq1  TAGAAATAGGGCTTGAACCTAGCACCTTTGGAGTGGTTGGCCAAGAGAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATAGGGCTTGAACCTAGCACCTTTGGAGTGGTTGGCCAAGAGAGC  931

seq1  TCTCCTACATGTCAATACTCCAAGGCTTCCCCCCCCCCACATTTTTATTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTACATGTCAATACTCCAAGGCTTCCCCCCCCCCACATTTTTATTG  981

seq1  ACTTTTATTTGAGACAAGGTCTTGCTAAGTTCCTAAGTTCTTTCTGCTTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTATTTGAGACAAGGTCTTGCTAAGTTCCTAAGTTCTTTCTGCTTT  1031

seq1  CTTGAGATAGAATCTCACTGTTTCCTTGTTATTCATACCAGGCTGGCCTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGATAGAATCTCACTGTTTCCTTGTTATTCATACCAGGCTGGCCTG  1081

seq1  AAACTTGTAGCATACAGCTTCCTATGCCTCCCAAGTGCTCTGGCTCTCCT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGTAGCATACAGCTTCCTATGCCTCCCAAGTGCTCTGGCTCTCCT  1131

seq1  AGTACTCCCTATGTAACACAGGTAGGTCTTGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTCCCTATGTAACACAGGTAGGTCTTGAATTC  1167


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |