BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-104C17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 35,928,293 - 36,083,883
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMobkl2b, Ifnk, 3110043O21Rik, LOC620559, LOC621227, Lingo2
Downstream geneLOC100042132
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-104C17.bB6Ng01-104C17.g
ACCDH912546DH912547
length1,179640
definitionDH912546|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104C17, 5' end.DH912547|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-104C17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,082,703 - 36,083,883)(35,928,293 - 35,928,932)
sequence
gaattctttaagtaggctaaactggctgaccagagagctccagaaatccc
tccaatctctgccttgtaaattttctgcttattaacttagttttatcact
ttttattaaacacttccataattgctttagcaccaaaaatttcacaaaag
caaactatcacaagacaggaaaggcacaaaacatgtttaaattattaaag
ctgaaaatattatcaggtgcattttcctacacagttaagagttgttcttt
gtcaatggtaaagtgggaaaaccttattaatttttttaacaacatgcctc
acttagtatctccattgacttaattgaccctaaccatgtttttccttctt
gttttattttctagatgaaatgaaagaagcaaaatgcagtgttcaaggtt
ggtacattttataatgtctgaacacacagtaataaaaaaacaacatgcaa
aagcagcaaagccaaaataccctcagcttttcacacatatcagagaatat
tatgtttctatgttcttcactattgtatataaggtacaacataaatttta
gcatagaacaggttaataataaaaaactggcaatattgtatagacagaaa
tattcaatgttctctactctatctatccagttgtcttctgtgttcatctt
ttatatgtatttatcatactgcatacaaaaccatgctactttatttactt
ctacccaaacttaatctgaccttcgacaaattaacaatgtcctccctttt
ccaatatagcctgttatctctaacaataaaccttcacctgttatcataga
cccttgatttaacttgatatacgagacaagtaagtgagttttcaacactg
ctcagctatgttcagatgactactctcaaataatttgaaccctttgatgt
gatgataagaaaattaattttatgcatgtctagcatacatcaagtgtgtt
attttttactattgtgcacatgtgtttgcatatcagataatttagtaatt
agcaatttctaatataacttctacattccagcagatgacagtggggttag
atgttggagcagccaactaaagccctgcattttggcctgttggttgttaa
acttgtcattcaccagctctttagttacccacatcagccagacaagtctc
tccattcactggctggctacctcactcag
gaattcaaagccagtcactgttcttaaatgggaactgtggcgagaggagg
ctgcaaacagtagcactatgattctgtgccttgtaaccatgtgagaaatg
gttagaccaaaaaaaaagataatcaatggaaaaattaagccaaccaagta
tttattttaacttaaagcaatgtgaactgtttctttgtacataaatatca
aagtaagttactcaatacatcaatggattactaagtctcactcttaaagc
aaaaacccagaaactattacaaatgccagcaatatttcactgaaaggacc
ctgatatagctgactcatatgaggctatgccagtgcctgacaaatgcata
agtggatgctcacagtcatctattggatggaacacagggaacccaatgta
ggagctagagaaagtacccaaggagctgaaggggtttgcaaccctctagg
tggaacaacaatatgaactaaccaatacacccagaactcatgtctctagc
tgcatatgtagcagaagatggcctagttggccatcattgggaagagatgc
cccttggtattgcaatctttatatgccccagtacaggggaatgccagggc
caagaagtgggagtgggttggtaggggatcagagtggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_36082703_36083883
seq2: B6Ng01-104C17.b_46_1224 (reverse)

seq1  CTGAGTGAGGTAGCCAGGGCAGTG-ATGGAGAGACTTGTCTTGCTGATGT  49
      |||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGAGTGAGGTAGCCA-GCCAGTGAATGGAGAGACTTGTCTGGCTGATGT  49

seq1  GGGT-ACTAGAGAGCTGGTGGAATGACAAGTTTAACCACCAACCAGGCCA  98
      |||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  GGGTAACTAAAGAGCTGGT-GAATGACAAGTTTAACAACCAA-CAGGCCA  97

seq1  AAATGCAGGGCTTTTAGTTGGCCTGCTCCAACATCTACCCCACCTGTCAT  148
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||  |||||||
seq2  AAATGCAGGGC-TTTAGTTGG-CTGCTCCAACATCTAACCCCACTGTCAT  145

seq1  CTGCTGGAATGTAGAAG-TATATTTAGAATTGCTAATTACTAAATTATCC  197
      ||||||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGCTGGAATGTAGAAGTTATATTAGAAATTGCTAATTACTAAATTAT-C  194

seq1  TGATATGCAAACACATGTGCACAATAGTAAAAAATAACACACTTGATGTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGCAAACACATGTGCACAATAGTAAAAAATAACACACTTGATGTA  244

seq1  TGCTAGACATGCAT-AAATTAATTTTCTTATCATCACATCAAAGGGTTCA  296
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGACATGCATAAAATTAATTTTCTTATCATCACATCAAAGGGTTCA  294

seq1  AATTATTTGAGAGTAGTCATCTGAACATAGCTGAGCAGTGTTGAAAACTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTGAGAGTAGTCATCTGAACATAGCTGAGCAGTGTTGAAAACTC  344

seq1  ACTTACTTGTCTCGTATATCAAGTTAAATCAAGGGTCTATGATAACAGGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTGTCTCGTATATCAAGTTAAATCAAGGGTCTATGATAACAGGT  394

seq1  GAAGGTTTATTGTTAGAGATAACAGGCTATATTGGAAAAGGGAGGACATT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTTTATTGTTAGAGATAACAGGCTATATTGGAAAAGGGAGGACATT  444

seq1  GTTAATTTGTCGAAGGTCAGATTAAGTTTGGGTAGAAGTAAATAAAGTAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTGTCGAAGGTCAGATTAAGTTTGGGTAGAAGTAAATAAAGTAG  494

seq1  CATGGTTTTGTATGCAGTATGATAAATACATATAAAAGATGAACACAGAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTTTGTATGCAGTATGATAAATACATATAAAAGATGAACACAGAA  544

seq1  GACAACTGGATAGATAGAGTAGAGAACATTGAATATTTCTGTCTATACAA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAACTGGATAGATAGAGTAGAGAACATTGAATATTTCTGTCTATACAA  594

seq1  TATTGCCAGTTTTTTATTATTAACCTGTTCTATGCTAAAATTTATGTTGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCCAGTTTTTTATTATTAACCTGTTCTATGCTAAAATTTATGTTGT  644

seq1  ACCTTATATACAATAGTGAAGAACATAGAAACATAATATTCTCTGATATG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATATACAATAGTGAAGAACATAGAAACATAATATTCTCTGATATG  694

seq1  TGTGAAAAGCTGAGGGTATTTTGGCTTTGCTGCTTTTGCATGTTGTTTTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAAGCTGAGGGTATTTTGGCTTTGCTGCTTTTGCATGTTGTTTTT  744

seq1  TTATTACTGTGTGTTCAGACATTATAAAATGTACCAACCTTGAACACTGC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTGTGTGTTCAGACATTATAAAATGTACCAACCTTGAACACTGC  794

seq1  ATTTTGCTTCTTTCATTTCATCTAGAAAATAAAACAAGAAGGAAAAACAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCTTCTTTCATTTCATCTAGAAAATAAAACAAGAAGGAAAAACAT  844

seq1  GGTTAGGGTCAATTAAGTCAATGGAGATACTAAGTGAGGCATGTTGTTAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGGGTCAATTAAGTCAATGGAGATACTAAGTGAGGCATGTTGTTAA  894

seq1  AAAAATTAATAAGGTTTTCCCACTTTACCATTGACAAAGAACAACTCTTA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTAATAAGGTTTTCCCACTTTACCATTGACAAAGAACAACTCTTA  944

seq1  ACTGTGTAGGAAAATGCACCTGATAATATTTTCAGCTTTAATAATTTAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTAGGAAAATGCACCTGATAATATTTTCAGCTTTAATAATTTAAA  994

seq1  CATGTTTTGTGCCTTTCCTGTCTTGTGATAGTTTGCTTTTGTGAAATTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTGTGCCTTTCCTGTCTTGTGATAGTTTGCTTTTGTGAAATTTT  1044

seq1  TGGTGCTAAAGCAATTATGGAAGTGTTTAATAAAAAGTGATAAAACTAAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCTAAAGCAATTATGGAAGTGTTTAATAAAAAGTGATAAAACTAAG  1094

seq1  TTAATAAGCAGAAAATTTACAAGGCAGAGATTGGAGGGATTTCTGGAGCT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAGCAGAAAATTTACAAGGCAGAGATTGGAGGGATTTCTGGAGCT  1144

seq1  CTCTGGTCAGCCAGTTTAGCCTACTTAAAGAATTC  1181
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTCAGCCAGTTTAGCCTACTTAAAGAATTC  1179

seq1: chr4_35928293_35928932
seq2: B6Ng01-104C17.g_68_707

seq1  GAATTCAAAGCCAGTCACTGTTCTTAAATGGGAACTGTGGCGAGAGGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCCAGTCACTGTTCTTAAATGGGAACTGTGGCGAGAGGAGG  50

seq1  CTGCAAACAGTAGCACTATGATTCTGTGCCTTGTAACCATGTGAGAAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAACAGTAGCACTATGATTCTGTGCCTTGTAACCATGTGAGAAATG  100

seq1  GTTAGACCAAAAAAAAAGATAATCAATGGAAAAATTAAGCCAACCAAGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGACCAAAAAAAAAGATAATCAATGGAAAAATTAAGCCAACCAAGTA  150

seq1  TTTATTTTAACTTAAAGCAATGTGAACTGTTTCTTTGTACATAAATATCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTAACTTAAAGCAATGTGAACTGTTTCTTTGTACATAAATATCA  200

seq1  AAGTAAGTTACTCAATACATCAATGGATTACTAAGTCTCACTCTTAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGTTACTCAATACATCAATGGATTACTAAGTCTCACTCTTAAAGC  250

seq1  AAAAACCCAGAAACTATTACAAATGCCAGCAATATTTCACTGAAAGGACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCAGAAACTATTACAAATGCCAGCAATATTTCACTGAAAGGACC  300

seq1  CTGATATAGCTGACTCATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGACAAATGCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATAGCTGACTCATATGAGGCTATGCCAGTGCCTGACAAATGCATA  350

seq1  AGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAACACAGGGAACCCAATGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATGCTCACAGTCATCTATTGGATGGAACACAGGGAACCCAATGTA  400

seq1  GGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTTTGCAACCCTCTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTGAAGGGGTTTGCAACCCTCTAGG  450

seq1  TGGAACAACAATATGAACTAACCAATACACCCAGAACTCATGTCTCTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACAACAATATGAACTAACCAATACACCCAGAACTCATGTCTCTAGC  500

seq1  TGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCATTGGGAAGAGATGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGTAGCAGAAGATGGCCTAGTTGGCCATCATTGGGAAGAGATGC  550

seq1  CCCTTGGTATTGCAATCTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTGGTATTGCAATCTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGC  600

seq1  CAAGAAGTGGGAGTGGGTTGGTAGGGGATCAGAGTGGGGG  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGTGGGAGTGGGTTGGTAGGGGATCAGAGTGGGGG  640