BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-105D23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 38,491,405 - 38,671,641
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665520
Upstream geneLOC277771, LOC100039448
Downstream geneLOC100039487, 1700009N14Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-105D23.bB6Ng01-105D23.g
ACCDH913322DH913323
length1,1051,139
definitionDH913322|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105D23, 5' end.DH913323|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-105D23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,670,527 - 38,671,641)(38,491,405 - 38,492,539)
sequence
gaattcactgtgttttgaatatgtgatgttaatttttaactctgaaattt
tatttggatggataagtccctatttataataactcaccaagaaatctatt
tcctgttgttatttgtaggaaccagtcattcatcttcttcaaggttgttc
tcagccacccgccctgtgaggctttcctcaaccttcttatatataccaag
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gaaatacttattgctaaatatatttatttcatgctatatgtgctacatgt
gtttctttcttgtctaaattatatggattcaactgtatacggattactaa
aatttttctagaagtgactgatccacttcataacaaccccggtgggcagg
ggggacaatggtgggttggccatcttaattatatccaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_38670527_38671641
seq2: B6Ng01-105D23.b_47_1151 (reverse)

seq1  AAATCAAAGGCCCCCTTGGGTACTCAACTGCCCTGGGATGTTACGTTGAA  50
      |||||||  |||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||| ||| 
seq2  AAATCAA--GCCCCCTT-GGTACTC-ACTGCCTTGGGATG-TACG-TGAG  44

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      ||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||| | ||||
seq2  GCA-GACTAAACACCATCTCTGCCACTCCACAGTTT--AATAT-GATATG  90

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      ||||||| |||||||||||  | |||||||   |||||||||||||||||
seq2  GTAACATAATTGTTATGTT--AACCTGCTC--TCCTAAAAGTCACACATC  136

seq1  ACTGTTATTTTAATATTTTAATGGTAAAAGGAGACCTCTGGAGATTTTAA  197
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTA-TTTAATATTTTAATGGTAAAAGGAGACCTCTGGAGATTTTAA  185

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      ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AATTCCACCTAGTTTCACCCCAAATCATCTGAAACCAAGCCATTATAATC  235

seq1  ATGCTTGTTACATTAATTATTGTTCATTTCTCACCCTTGATCTGTGTTCC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGTTACATTAATTATTGTTCATTTCTCACCCTTGATCTGTGTTCC  285

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGATTTAACACTAATTCATATATTCTATTCATATATTCTTGTGAT  335

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAATTATATTTCTTCACTTTTGTTATAAAAAATCAAAATCATGATT  385

seq1  TCTAATGCAAAGAATGGGATTTCACTGAATAGGAACTAGTTCTAAAATTT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATGCAAAGAATGGGATTTCACTGAATAGGAACTAGTTCTAAAATTT  435

seq1  ATAGTTTTCACACATGAAGATAATGTAACACTGCAATGGGCAGCTTGTAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTTCACACATGAAGATAATGTAACACTGCAATGGGCAGCTTGTAT  485

seq1  GTCTCTGATCATTCTGGATGGGACTTAATCTAAACTTAAGCTTTATGCCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGATCATTCTGGATGGGACTTAATCTAAACTTAAGCTTTATGCCA  535

seq1  TGCCTTTTGCTAATCACTTATTAGCGAATCTATAAACATATATTAAAATA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTGCTAATCACTTATTAGCGAATCTATAAACATATATTAAAATA  585

seq1  ATTTATAAAGGATCTGGAAAAATACATTTGAAACATGATATAACTCTTAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATAAAGGATCTGGAAAAATACATTTGAAACATGATATAACTCTTAC  635

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACATAAAGGAATTTATGGCCCTGGACAATTATATGATGGTATGAAA  685

seq1  TTCTCCTTTAAGGCATATCCAACTTGTTCATTTTCTTTGTACATGTTTTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTTTAAGGCATATCCAACTTGTTCATTTTCTTTGTACATGTTTTT  735

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTTTTACTACTAGACATAAGGAATTGAAAAAAAAGGACAACCATG  785

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATTACACAGACACAATTCAATAGAAGGAGGCAAACCGTGTGCAATA  835

seq1  GAAATACTATAGCTCATTGGAAAATCATTATGTGTAACAGAAGATAAAGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTATAGCTCATTGGAAAATCATTATGTGTAACAGAAGATAAAGA  885

seq1  AGAAGGAAGAGGTGTACAACCTTGGTATATATAAGAAGGTTGAGGAAAGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAGAGGTGTACAACCTTGGTATATATAAGAAGGTTGAGGAAAGC  935

seq1  CTCACAGGGCGGGTGGCTGAGAACAACCTTGAAGAAGATGAATGACTGGT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGGGCGGGTGGCTGAGAACAACCTTGAAGAAGATGAATGACTGGT  985

seq1  TCCTACAAATAACAACAGGAAATAGATTTCTTGGTGAGTTATTATAAATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACAAATAACAACAGGAAATAGATTTCTTGGTGAGTTATTATAAATA  1035

seq1  GGGACTTATCCATCCAAATAAAATTTCAGAGTTAAAAATTAACATCACAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTATCCATCCAAATAAAATTTCAGAGTTAAAAATTAACATCACAT  1085

seq1  ATTCAAAACACAGTGAATTC  1115
      ||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAAACACAGTGAATTC  1105

seq1: chr4_38491405_38492539
seq2: B6Ng01-105D23.g_67_1205

seq1  GAATTCTTACCTCAACCTGGTATGATATCATTAACAGCATATTTGGTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTACCTCAACCTGGTATGATATCATTAACAGCATATTTGGTTTC  50

seq1  AAATCTACATTGTCATCTTGTGTTTTAAGTAATATATATTGAGGTTTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTACATTGTCATCTTGTGTTTTAAGTAATATATATTGAGGTTTTAA  100

seq1  AAAAAATTTATCTACTGTTTTATTATTGGAATACTTTTCTCAATACAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATTTATCTACTGTTTTATTATTGGAATACTTTTCTCAATACAATA  150

seq1  TTTTTATTTAAAATAAGAGTAGACATGTTCATAATAAAACAATGCTATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATTTAAAATAAGAGTAGACATGTTCATAATAAAACAATGCTATGG  200

seq1  CTTATTACCTTACTAATGTTTGGCATAATAATTAAATATAGTAAATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTACCTTACTAATGTTTGGCATAATAATTAAATATAGTAAATATAT  250

seq1  CTTCTTTACTTTTTAAACTACTGTGCAAAGAATAATTTTTCCTGTATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTTACTTTTTAAACTACTGTGCAAAGAATAATTTTTCCTGTATTCA  300

seq1  ATAACAACGGCACTTAGAACATTTCATGGCCCTTTGTAATAAGTCTTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAACGGCACTTAGAACATTTCATGGCCCTTTGTAATAAGTCTTACT  350

seq1  TCAGCTCATTTTGTGAATATTACATAAATATTAACTGGCTACAATTAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCATTTTGTGAATATTACATAAATATTAACTGGCTACAATTAAGC  400

seq1  TTCCAGGGTGAGATATAATCACTAAACTATAGATGAATATTGACTTACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGGTGAGATATAATCACTAAACTATAGATGAATATTGACTTACAT  450

seq1  TTCATGCTATAGACAATTCTCATTGCCCCTCATTTCTTTATTTCTATCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGCTATAGACAATTCTCATTGCCCCTCATTTCTTTATTTCTATCAT  500

seq1  GGTTTTCATCTGGAATCATTTGTCTTCTTCCTTAGAACACTCTATCTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCATCTGGAATCATTTGTCTTCTTCCTTAGAACACTCTATCTAAT  550

seq1  ATGTTGAGACAGTATTTACAATAAATTCCAGAATAGTTTTCTTGTTATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAGACAGTATTTACAATAAATTCCAGAATAGTTTTCTTGTTATCA  600

seq1  CGTTTCAAAAACTCTATCACTGTGTGCTTAATAATTGGTGAGAGAAATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTCAAAAACTCTATCACTGTGTGCTTAATAATTGGTGAGAGAAATTC  650

seq1  TACCCTAATATGGCATTTCATATATTTTACATTCTGACAGTGCAAAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTAATATGGCATTTCATATATTTTACATTCTGACAGTGCAAAATAT  700

seq1  GATACCACTTTGTACTTTTAAGTTTTAAGCATCAACAATCTTCTCAGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACCACTTTGTACTTTTAAGTTTTAAGCATCAACAATCTTCTCAGCTT  750

seq1  ATTCCTTGTAAGATTTTGTAGTCATCTAGGGCTTAGACTCCCCCAACATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAACTAATAATGTCTGATATATATTTATATATTGCATTCTAATGA  850

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTTATATTATAACATGTAATATATAGCATAACATGTTATATTTA  900

seq1  TTATAACATATATAAAATGTTATATTT-ATATCAATACC-TTTCATTACT  948
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  TTATAACATATATAAAATGTTATATTTAATATCAATACCTTTTCATTACT  950

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      |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  GAAATACTTATTGCTAAATA-TATTTATTTCATGCTA-TATGTGCT-ACA  997

seq1  TGTGTTTCTTTCTTGTCTATATCTATATTGATTC-ACTGTATAC-GATTA  1046
      ||||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||||
seq2  TGTGTTTCTTTCTTGTCTAAAT-TATATGGATTCAACTGTATACGGATTA  1046

seq1  CTAAAATATTTCCTAGA--TGACTGATCCACTCCATAGCACCCCCTGT-G  1093
      ||||||| ||| |||||  ||||||||||||| |||| || |||| || |
seq2  CTAAAAT-TTTTCTAGAAGTGACTGATCCACTTCATAACAACCCCGGTGG  1095

seq1  GCA-TGGGGACAATGTGGGTTTGCCCATCTTAATTA-ATCCAAA  1135
      |||  ||||||||||  || ||| |||||||||||| |||||||
seq2  GCAGGGGGGACAATGGTGGGTTGGCCATCTTAATTATATCCAAA  1139