BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106A17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 127,534,300 - 127,687,276
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC635169
Upstream geneAU040320, Sfpq, Zmym1, LOC665245, Zmym6, LOC100039968, LOC621588, Dlgap3, BC003266, Gja4, Gjb3, Gjb4, Gjb5, LOC667296
Downstream gene4930465A12Rik, Hmgb4, 4930546G22Rik, Zscan20, Tlr12, Phc2, A3galt2, BC039093, LOC667354, Trim62, Adc, Ak2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106A17.bB6Ng01-106A17.g
ACCDH913894DH913895
length1,118365
definitionDH913894|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106A17, 5' end.DH913895|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106A17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,534,300 - 127,535,438)(127,686,906 - 127,687,276)
sequence
gaattctgtgcaacctcccagatccaaacccaaaccagaggggaaagatg
gaaaggccctgaatttactctgcacaggaaaccagcataggacttgtctt
gtgaacgaggtatctttcaccactgaacatgtcttccccatcagagagtt
tgtgctaccgttggcagacggtgtattcaaccaacgatattttgcttcac
tctgttttagccattgcttttgagacacgatttctatgtagtccaggcca
gcctcatatttgtcatcctcctgccttagcctagcatatccaccaccaca
cctggcttcacactgagtgagaaccaacctgtgtcaggcactgggatagg
agcagttcaactgacacagtgatgaaggacaccatcctgcctttgacctc
aaaggtgtagatacagctggatattgagagggactctcagggatgaagag
gcagctcagccagctgtcagttgtggatcatttgtctagtgtgtgtaaag
cccagagttcaatccttcactctgtaacaacaacagactactaaagattt
acttgtgcaagtgtgagcccttgtgcatgtaggtacactcggaggccaga
tgagaacatcagatcctcctggaactacagttacaggtggttgtgagttg
cccaacatgaatgctgagaactgaaccccattcctctgaaagagaaacaa
gtgcttctaaccactgagccatctctccagtctccaacagaagactcttg
attgctgggctgtgacattttggtgggtcattgaccacttgaggaaagct
ttgaacatgtgctgacacaaggcagtgtttcacaaccaagtctgaccttt
gcattgcctgcatccaactgcccagcccccatacccacacggctgagcag
aggttggcttgtaactggccctgctgaggagatgacactgtcatgcagcc
acacaggagatggaacctgcaggatgctgctagagcgggcagcgctagag
tcaagggagcagtcatgatagtgatacagttctatggggagtggtagcta
gctccacagctcaggtacaggagcagatgtcagaaaaaaaaatcatggtg
aatgaaaatgcatgggag
taggccattgttgcctttcccccttgtccacttggctgttgtctccttta
cttcccttccccatctcctccatccacatcatctcctgggtcatcacaca
gtcctaggtgcctggctaaaaatctattttgcattggttttattcttgct
cataaatcatacatgaacatgagctgacatactgtgtgtgtgtatgtgtg
tgtgtgtgtagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gatagaaggatagatatgttcacatgtacagtaaggatttggggctataa
gaacataacttacttttgcaagaagtatttttattttaattattttattt
tatttttattttaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_127534300_127535438
seq2: B6Ng01-106A17.b_42_1159

seq1  GAATTCTGTGCAACCTCCCAGATCCAAACCCAAACCAGAGGGGAAAGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCAACCTCCCAGATCCAAACCCAAACCAGAGGGGAAAGATG  50

seq1  GAAAGGCCCTGAATTTACTCTGCACAGGAAACCAGCATAGGACTTGTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCCCTGAATTTACTCTGCACAGGAAACCAGCATAGGACTTGTCTT  100

seq1  GTGAACGAGGTATCTTTCACCACTGAACATGTCTTCCCCATCAGAGAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACGAGGTATCTTTCACCACTGAACATGTCTTCCCCATCAGAGAGTT  150

seq1  TGTGCTACCGTTGGCAGACGGTGTATTCAACCAACGATATTTTGCTTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTACCGTTGGCAGACGGTGTATTCAACCAACGATATTTTGCTTCAC  200

seq1  TCTGTTTTAGCCATTGCTTTTGAGACACGATTTCTATGTAGTCCAGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTAGCCATTGCTTTTGAGACACGATTTCTATGTAGTCCAGGCCA  250

seq1  GCCTCATATTTGTCATCCTCCTGCCTTAGCCTAGCATATCCACCACCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCATATTTGTCATCCTCCTGCCTTAGCCTAGCATATCCACCACCACA  300

seq1  CCTGGCTTCACACTGAGTGAGAACCAACCTGTGTCAGGCACTGGGATAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTTCACACTGAGTGAGAACCAACCTGTGTCAGGCACTGGGATAGG  350

seq1  AGCAGTTCAACTGACACAGTGATGAAGGACACCATCCTGCCTTTGACCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCAACTGACACAGTGATGAAGGACACCATCCTGCCTTTGACCTC  400

seq1  AAAGGTGTAGATACAGCTGGATATTGAGAGGGACTCTCAGGGATGAAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGTAGATACAGCTGGATATTGAGAGGGACTCTCAGGGATGAAGAG  450

seq1  GCAGCTCAGCCAGCTGTCAGTTGTGGATCATTTGTCTAGTGTGTGTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTCAGCCAGCTGTCAGTTGTGGATCATTTGTCTAGTGTGTGTAAAG  500

seq1  CCCAGAGTTCAATCCTTCACTCTGTAACAACAACAGACTACTAAAGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGTTCAATCCTTCACTCTGTAACAACAACAGACTACTAAAGATTT  550

seq1  ACTTGTGCAAGTGTGAGCCCTTGTGCATGTAGGTACACTCGGAGGCCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTGCAAGTGTGAGCCCTTGTGCATGTAGGTACACTCGGAGGCCAGA  600

seq1  TGAGAACATCAGATCCTCCTGGAACTACAGTTACAGGTGGTTGTGAGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACATCAGATCCTCCTGGAACTACAGTTACAGGTGGTTGTGAGTTG  650

seq1  CCCAACATGAATGCTGAGAACTGAACCCCATTCCTCTGAAAGAGAAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACATGAATGCTGAGAACTGAACCCCATTCCTCTGAAAGAGAAACAA  700

seq1  GTGCTTCTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGTCTCCAACAGAAGACTCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGTCTCCAACAGAAGACTCTTG  750

seq1  ATTGCTGGGCTGTGACATTTTGGTGGGTCATTGACCACTTGAGGAAAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTGGGCTGTGACATTTTGGTGGGTCATTGACCACTTGAGGAAAGCT  800

seq1  TTGAACATGTGCTGACACAAGGCAGTGTTTCACAACCAAGTCTGACCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACATGTGCTGACACAAGGCAGTGTTTCACAACCAAGTCTGACCTTT  850

seq1  GCATTGCCTGCATCCAACTGCCCAGCCCCCATACCCACACGGCTGAGCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTGCCTGCATCCAACTGCCCAGCCCCCATACCCACACGGCTGAGCAG  900

seq1  AGGTTGGCTTGTAACTGGCCCTGCTGAGGAGATGACACTGTCATGCAGCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGCTTGTAACTGGCCCTGCTGAGGAGATGACACTGTCATGCAGCC  950

seq1  ACACAGGAGATGGAACCTGCAGGGATGCTGCTAGAGCGGGCAGCGCTAGA  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGGAGATGGAACCTGCA-GGATGCTGCTAGAGCGGGCAGCGCTAGA  999

seq1  GTCAAGGGAAGCCAGCCATGATTAGTGAATACAAGTTCTAAGGGGGAGTG  1050
      |||||||||   ||| ||||| ||||| |||| |||||| | ||||||| 
seq2  GTCAAGGGA--GCAGTCATGA-TAGTG-ATAC-AGTTCT-ATGGGGAGT-  1042

seq1  GGTAGGCTAGCTCCACAAGCTCAGGGTACAGGAGGCAGGATGTGCAGAGA  1100
      |||| ||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||||| |||   
seq2  GGTA-GCTAGCTCCAC-AGCTCA-GGTACAGGA-GCA-GATGT-CAG---  1083

seq1  AAAAAAAAATCAT-GTGAGATGAAAAATGGCCAATGGGAG  1139
      ||||||||||||| |||| ||| ||||||    |||||||
seq2  AAAAAAAAATCATGGTGA-ATG-AAAATG---CATGGGAG  1118

seq1: chr4_127686906_127687276
seq2: B6Ng01-106A17.g_66_436 (reverse)

seq1  TTTAAAATAAAAATAAAATAAAATAATTAAAATAAAAATACTTCTTGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAATAAAAATAAAATAAAATAATTAAAATAAAAATACTTCTTGCAA  50

seq1  AAGTAAGTTATGTTCTTATAGCCCCAAATCCCTACTGTACATGTGAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGTTATGTTCTTATAGCCCCAAATCCTTACTGTACATGTGAACAT  100

seq1  ATCTATCCTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCCTTCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  150

seq1  CTATCTACACACACACACACATACACACACACAGTATGTCAGCTCATGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTACACACACACACACATACACACACACAGTATGTCAGCTCATGTT  200

seq1  CATGTATGATTTATGAGCAAGAATAAAACCAATGCAAAATAGATTTTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGATTTATGAGCAAGAATAAAACCAATGCAAAATAGATTTTTAG  250

seq1  CCAGGCACCTAGGACTGTGTGATGACCCAGGAGATGATGTGGATGGAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCACCTAGGACTGTGTGATGACCCAGGAGATGATGTGGATGGAGGA  300

seq1  GATGGGGAAGGGAAGTAAAGGAGACAACAGCCAAGTGGACAAGGGGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGAAGGGAAGTAAAGGAGACAACAGCCAAGTGGACAAGGGGGAAA  350

seq1  GGCAACAATGGCCTAGAATTC  371
      |||||||||||||||||||||
seq2  GGCAACAATGGCCTAGAATTC  371