BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-106M05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 15,879,591 - 16,012,731
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNbn, Osgin2
Upstream geneOTTMUSG00000004551, Efcbp1, Tmem64, LOC100040095, LOC633695, Calb1, Decr1
Downstream geneRipk2, LOC667150, LOC383994, LOC100040154, LOC667212
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-106M05.bB6Ng01-106M05.g
ACCDH914411DH914412
length1,0421,105
definitionDH914411|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106M05, 5' end.DH914412|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-106M05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,879,591 - 15,880,642)(16,011,706 - 16,012,731)
sequence
gaattctcaactctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtacatattgtgtatatg
tgcctgtgttgtgtgtgtgcacatattgtgtatatgtgcctgtgttgtgt
gtgtatatactatacatatgtgcatgtgttgtgtgcatgtgtacatgtgt
tgtgtttatttgtgtatgtgttgtacggatatgtacacgtgtagatcatg
aatcaggaagaaacatgtttaatctgagctacgccatcttctggaagcct
atataaggacatggaagaaggaagcatttgccctttgcctgcttgccctc
gcctttgttagcaaggacattccttcctgcagtggcattagagctcactt
caagattccagcattgactaaagaccatccaactttgtgggctgagcaac
ttttggattcttggactttctgttcacagccaatgttgcatttagttgga
ctgcagtctgtaagttattctaataaatccccttcatgtatgcataaaat
tatatatatatatatatatatatattcattctataagttctgctacttga
aagaaccatgactaatgcagagttagtgtgagatcatcacggttggatgc
agacaggcatgacaatagagcagtagctgagagctttatatcctgatctt
gttggggtctgggaattgccacacaaaccactcagacaccgatcccagtc
aaacagggatggtttatcgaacaccacaacctaagactaatcaggctcag
cagctgaaccatggccctgagttaaggtcctaccgggttttttaagcctg
agagctacaaacatctgtgcaaagttactctaccaattaggatttaggta
taggaagtttccttaggaacatatgttgtacatttatcctgttaccattg
ggtggaaaatccaactgtggcagggagttttccttgtccacattcatgtc
ttaactgtctactaggatgggacttgtctaacattcatgttttacttgca
accagatgtcagccatcccacatacagtcctcttctgccatt
gaattccaggtctgcggagagattagaattttataggttcagaggctaat
tactcaatcttgagctagttttgccttctggaacagccaagccttgctcc
agtctgtatctgaactaacacttcatgataataaataaaacactcttaaa
agttattaacttggcagaacactagcttccatcaagccaagagttgagaa
tgttgtcagataacatcttgggcctatgagaaagcttcccccatcttgat
ttatctgtgtctctggtgtacccactaatgtattttaaacttgctttgat
ttaagacttctttccttgtataaaactataaaaaatctgtgaaactgctc
tcctgttggaacatggaattgaggtaacctaaatctgttttcttgggcca
tggtcactcataatggctccagaatagtctatctgttattcccttttaca
tgagagctatagttgtgagagtgaaaaatttctctgaaatgataagataa
actttcctcttaagctgtctctctcgggtatttttaacatagaaatgaga
gaagtaactaatatacttggacactttccatgaagttcgagtgtgaggac
tatgcctgagattgcaaatgaaaagttaaacatggaaatgtggagaacac
taaaaatctgtatctttactgaggtggaacccatttgttacccaaaagtt
ttaaagtgcagtgttttaaagttaaaagcacagaataacacaagatatga
gtgctagagttaagcacaaaaaatattgtttacagtttttgtattaatat
aaccattaacttttaccaaacagaaatgtaccaaaaccaaaattataaat
cactaatagtctgtatgtatttcacctttgattatggagatgccttcttg
atgctgatttcacatcaagttaactggttgtaggatatgagcctctatct
atagcaggcaatgagttgggtgtttgtggtgcattctgtctcaatgccat
gtgatttagaagtagttttcatctaatatttctcaagtgcttgtgaggca
aatccaaaattaaaaggtagacgtaatgttcagaaaaaacaaactttatt
ccaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_15879591_15880642
seq2: B6Ng01-106M05.b_42_1083

seq1  GAATTCTCAACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATATTGTGTATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAACTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACATATTGTGTATATG  50

seq1  TGCCTGTGTTGTGTGTGTGCACATATTGTGTATATGTGCCTGTGTTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTGTTGTGTGTGTGCACATATTGTGTATATGTGCCTGTGTTGTGT  100

seq1  GTGTATATACTATACATATGTGCATGTGTTGTGTGCATGTGTACATGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATACTATACATATGTGCATGTGTTGTGTGCATGTGTACATGTGT  150

seq1  TGTGTTTATTTGTGTATGTGTTGTACGGATATGTACACGTGTAGATCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTATTTGTGTATGTGTTGTACGGATATGTACACGTGTAGATCATG  200

seq1  AATCAGGAAGAAACATGTTTAATCTGAGCTACGCCATCTTCTGGAAGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGGAAGAAACATGTTTAATCTGAGCTACGCCATCTTCTGGAAGCCT  250

seq1  ATATAAGGACATGGAAGAAGGAAGCATTTGCCCTTTGCCTGCTTGCCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAGGACATGGAAGAAGGAAGCATTTGCCCTTTGCCTGCTTGCCCTC  300

seq1  GCCTTTGTTAGCAAGGACATTCCTTCCTGCAGTGGCATTAGAGCTCACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGTTAGCAAGGACATTCCTTCCTGCAGTGGCATTAGAGCTCACTT  350

seq1  CAAGATTCCAGCATTGACTAAAGACCATCCAACTTTGTGGGCTGAGCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATTCCAGCATTGACTAAAGACCATCCAACTTTGTGGGCTGAGCAAC  400

seq1  TTTTGGATTCTTGGACTTTCTGTTCACAGCCAATGTTGCATTTAGTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGATTCTTGGACTTTCTGTTCACAGCCAATGTTGCATTTAGTTGGA  450

seq1  CTGCAGTCTGTAAGTTATTCTAATAAATCCCCTTCATGTATGCATAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGTCTGTAAGTTATTCTAATAAATCCCCTTCATGTATGCATAAAAT  500

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATTCATTCTATAAGTTCTGCTAC  550
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ----TATATATATATATATATATATATATTCATTCTATAAGTTCTGCTAC  546

seq1  TTGAAAGAACCATGACTAATGCAGAGTTAGTGTGAGATCATCACGGTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGAACCATGACTAATGCAGAGTTAGTGTGAGATCATCACGGTTGG  596

seq1  ATGCAGACAGGCATGACAATAGAGCAGTAGCTGAGAGCTTTATATCCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGACAGGCATGACAATAGAGCAGTAGCTGAGAGCTTTATATCCTGA  646

seq1  TCTTGTTGGGGTCTGGGAATTGCCACACAAACCACTCAGACACCGATCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTTGGGGTCTGGGAATTGCCACACAAACCACTCAGACACCGATCCC  696

seq1  AGTCAAACAGGGATGGTTTATCGAACACCACAACCTAAGACTAATCAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAACAGGGATGGTTTATCGAACACCACAACCTAAGACTAATCAGGC  746

seq1  TCAGCAGCTGAACCATGGCCCTGAGTTAAGGTCCTACCGGGCTTTTTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCAGCAGCTGAACCATGGCCCTGAGTTAAGGTCCTACCGGGTTTTTTAAG  796

seq1  CCTGAGAGCTACAAACATCTGTGCAAAGTTACTCTACCAATTAGGATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGAGCTACAAACATCTGTGCAAAGTTACTCTACCAATTAGGATTTA  846

seq1  GGTATAGGAAGTTTCCTTAGGAACATATGTTGTACATTTATCCTGTTACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAGGAAGTTTCCTTAGGAACATATGTTGTACATTTATCCTGTTACC  896

seq1  ATTGGTTGGAAAATCCAACTGTGGCAGGGGAGTTTTCCTTGTCCAACATT  950
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTGGGTGGAAAATCCAACTGTGGCA-GGGAGTTTTCCTTGTCC-ACATT  944

seq1  CATGTCTTAACTTGTCTACTAGGATGGGACTTGTCTAACATTCATGTTTT  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTTAAC-TGTCTACTAGGATGGGACTTGTCTAACATTCATGTTTT  993

seq1  AACTTGCCAACCAGGATGTCAGCTA-CCCACATACACGTCTCTTTCTGCC  1049
       ||||| |||||| ||||||||| | |||||||||| |||   |||||||
seq2  -ACTTG-CAACCA-GATGTCAGCCATCCCACATACA-GTCCTCTTCTGCC  1039

seq1  ATT  1052
      |||
seq2  ATT  1042

seq1: chr4_16011706_16012731
seq2: B6Ng01-106M05.g_149_1170 (reverse)

seq1  TGTAGAATACAAGTTTGTGTTTTTCTGGAACATTTACGTCTA-CTTTTAA  49
      ||| ||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  TGTGGAATA-AAGTTTGT-TTTTTCT-GAACA-TTACGTCTACCTTTTAA  46

seq1  TTTTAGATTTGCTTCACAGGCACTTGAGAAATATTTAGGATGAAAACTAC  99
      |||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  TTTTGGATTTGCCTCACAAGCACTTGAGAAATATT--AGATGAAAACTAC  94

seq1  TTCTAAAATCACATGGCATTGAGACAGAATGCA-CACAAACACCCAACTC  148
      |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTCT-AAATCACATGGCATTGAGACAGAATGCACCACAAACACCCAACTC  143

seq1  ATTGCCTGCTATAGATAGAGGCTCATATCCTACAACCAGTTAACTTGATG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTGCTATAGATAGAGGCTCATATCCTACAACCAGTTAACTTGATG  193

seq1  TGAAATCAGCATCAAGAAGGCATCTCCATAATC-AAGGTGAAATACATAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGAAATCAGCATCAAGAAGGCATCTCCATAATCAAAGGTGAAATACATAC  243

seq1  AGACTATTAGTGATTTATAATTTTGGTTTTGGTACATTTCTGTTTGGTAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTATTAGTGATTTATAATTTTGGTTTTGGTACATTTCTGTTTGGTAA  293

seq1  AAGTTAATGGTTATATTAATACAAAAACTGTAAACAATATTTTTTGTGCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATGGTTATATTAATACAAAAACTGTAAACAATATTTTTTGTGCT  343

seq1  TAACTCTAGCACTCATATCTTGTGTTATTCTGTGCTTTTAACTTTAAAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCTAGCACTCATATCTTGTGTTATTCTGTGCTTTTAACTTTAAAAC  393

seq1  ACTGCACTTTAAAACTTTTGGGTAACAAATGGGTTCCACCTCAGTAAAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACTTTAAAACTTTTGGGTAACAAATGGGTTCCACCTCAGTAAAGA  443

seq1  TACAGATTTTTAGTGTTCTCCACATTTCCATGTTTAACTTTTCATTTGCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGATTTTTAGTGTTCTCCACATTTCCATGTTTAACTTTTCATTTGCA  493

seq1  ATCTCAGGCATAGTCCTCACACTCGAACTTCATGGAAAGTGTCCAAGTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAGGCATAGTCCTCACACTCGAACTTCATGGAAAGTGTCCAAGTAT  543

seq1  ATTAGTTACTTCTCTCATTTCTATGTTAAAAATACCCGAGAGAGACAGCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTACTTCTCTCATTTCTATGTTAAAAATACCCGAGAGAGACAGCT  593

seq1  TAAGAGGAAAGTTTATCTTATCATTTCAGAGAAATTTTTCACTCTCACAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGAAAGTTTATCTTATCATTTCAGAGAAATTTTTCACTCTCACAA  643

seq1  CTATAGCTCTCATGTAAAAGGGAATAACAGATAGACTATTCTGGAGCCAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGCTCTCATGTAAAAGGGAATAACAGATAGACTATTCTGGAGCCAT  693

seq1  TATGAGTGACCATGGCCCAAGAAAACAGATTTAGGTTACCTCAATTCCAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGTGACCATGGCCCAAGAAAACAGATTTAGGTTACCTCAATTCCAT  743

seq1  GTTCCAACAGGAGAGCAGTTTCACAGATTTTTTATAGTTTTATACAAGGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAACAGGAGAGCAGTTTCACAGATTTTTTATAGTTTTATACAAGGA  793

seq1  AAGAAGTCTTAAATCAAAGCAAGTTTAAAATACATTAGTGGGTACACCAG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTCTTAAATCAAAGCAAGTTTAAAATACATTAGTGGGTACACCAG  843

seq1  AGACACAGATAAATCAAGATGGGGGAAGCTTTCTCATAGGCCCAAGATGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAGATAAATCAAGATGGGGGAAGCTTTCTCATAGGCCCAAGATGT  893

seq1  TATCTGACAACATTCTCAACTCTTGGCTTGATGGAAGCTAGTGTTCTGCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGACAACATTCTCAACTCTTGGCTTGATGGAAGCTAGTGTTCTGCC  943

seq1  AAGTTAATAACTTTTAAGAGTGTTTTATTTATTATCATGAAGTGTTAGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATAACTTTTAAGAGTGTTTTATTTATTATCATGAAGTGTTAGTT  993

seq1  CAGATACAGACTGGAGCAAGGCTTGGCTG  1026
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACAGACTGGAGCAAGGCTTGGCTG  1022