BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112H04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 154,722,067 - 154,935,234
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1
Upstream genePrdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik
Downstream geneNadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik, Ssu72, EG381582, Atad3a, Vwa1, A230069A22Rik, E230028L10Rik, Mrpl20, Ccnl2, Aurkaip1, Mxra8, Dvl1, Tas1r3, BC002216, Cpsf3l, Pusl1, Centb5, Ube2j2, C1qdc2, B3galt6, Sdf4, LOC100043436, Tnfrsf4, Tnfrsf18, Ttll10, 9430015G10Rik, EG667357, Agrn, LOC100038882, AW011738, LOC677185, 2310042D19Rik, Plekhn1, Klhl17, LOC100042378
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112H04.bB6Ng01-112H04.g
ACCDH918510DH918511
length1,1341,065
definitionDH918510|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H04, 5' end.DH918511|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112H04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(154,722,067 - 154,723,215)(154,934,168 - 154,935,234)
sequence
gaattctcattacaggagaggaagacccaaagctttagaggcacttggta
gggaactcgcatttgtacacctgatcaccagctggcaggtacagcgacta
tcagagagttggcttgtgaccccttcttggtctttatggctgtttgcttt
gtctttctgagactgcgtctcagggtgactagtcacagcaggcttaactc
attatgtagtcaaagataacattgaacttctgatcctcctcctgtccttt
tcctcccaagtgctgggattataggcatgtaaccttctaaatgtcatttg
cttcagagactccacttacagagggagaaacccaggcaccacactcttca
cccacttgcccaaagtcatactgcagaaatggtggccaataagatggtag
gcataggccgggcagtggtagggcatgcctttaatctcagcacttgggag
gcagaggtaggcgaatttctgagtctgaggctagcctggtctacagagtg
agttccaggacagccaaggctacacagagaaaccctgccttgaaaaacta
aataaataaataaaataaaataatttttaaaaaaaagacagtagtcatgt
ggatattacactccatttttcctcctctctccaaacactggggatagaac
caaagccttctgaagaccaggcctttgcccccctactaagccactccctc
tgcctgttcccagcaccttcagatgacacacatagtgtcccaaggtgctt
cagactgttttctgaataaataaccacttcagcttcctctggagaccata
cccctgccaaagtcttctctgcccatatcttcatcagggacactgtttga
cagctccaggaagctcacaccatctttaacaagaacactgggatagcaag
cacattggctctgcagattgagagggcagtgggtgtagaactgaacagac
cctgtggactgagacaagggacaaacctggaagtctttcctgcttgcatg
acgtgccatacacttcagaacccaccagggactcaaccccagggagtcac
ccccacctggtgtcctacagccacccagtcccaacagcctccagtacagg
tgtagggtaccccatgtggatggaggagaagtga
gaattcctgccagactattcatgggttcccagagcaaacaccttgtccca
agatcaccctgtgtgaagaggcagaggtgaaagactgctggctgctcttg
gatggtgaggggttggactggtctaacagaatgctggtggtgtcaggttg
tactgagaatacaggagcacagtgagagcggcaggagagagtaggcgcca
aaggaaacggtggacggcacaagctggacccggctggcctttcatcagga
ttccagcctctagtatttggcaaataaatgaggtggctccctttacaggc
cagaagaattggaatcctggggtcatggaatggcatcagcccatacgctg
gaggaaaatgatgagacatggtgggtctaaaatatagcagcagcccctta
tctgcctgtgtgcacttcaacaggtgtacttccaccatgggcagcaacac
acagagcacacgggcacctcagcttccagagcatgagtggtatttaatgg
tggatgtagatgtgtaagcctgagcatttgtgaagcctgcacgctctttg
gtcattaatactgcccacatatccaaagtggacatgtcttccatgactgc
ttgttaaacaagtgggcagcggcctggatgttggttgagaagtaggacag
gcctgagacacagacctaccccagtccatttggggcctgcttgttgtcag
gtaggttagaagcagtttaagacatgtactcccagagaatttgaagttag
ggtcagagcttcaccttctagatcagaaggacctcaaatgtttttgcatt
ctcagtggaagttgaggtaggtaaagacttgcaaaatgtgtgtgttgaaa
aatacatttatttcaaggagactaggagaggttagactaggccatcccat
cccatctgctggacctgcccatcacacacaatgtgtggtatcaaggggcc
acgctgaccctggatggatttgtttgcttaccatttgtccaaacaagtgc
ctggggccattcatgttaggggatttggagcctgtagatcagttatgttt
tataatctttaaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_154722067_154723215
seq2: B6Ng01-112H04.b_46_1179

seq1  GAATTCTCATTACAGGAGAGGAAGACCCAAAGCTTTAGAGGCACTTGGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTACAGGAGAGGAAGACCCAAAGCTTTAGAGGCACTTGGTA  50

seq1  GGGAACTCGCATTTGTACACCTGATCACCAGCTGGCAGGTACAGCGACTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACTCGCATTTGTACACCTGATCACCAGCTGGCAGGTACAGCGACTA  100

seq1  TCAGAGAGTTGGCTTGTGACCCCTTCTTGGTCTTTATGGCTGTTTGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGAGTTGGCTTGTGACCCCTTCTTGGTCTTTATGGCTGTTTGCTTT  150

seq1  GTCTTTCTGAGACTGCGTCTCAGGGTGACTAGTCACAGCAGGCTTAACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTCTGAGACTGCGTCTCAGGGTGACTAGTCACAGCAGGCTTAACTC  200

seq1  ATTATGTAGTCAAAGATAACATTGAACTTCTGATCCTCCTCCTGTCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTAGTCAAAGATAACATTGAACTTCTGATCCTCCTCCTGTCCTTT  250

seq1  TCCTCCCAAGTGCTGGGATTATAGGCATGTAACCTTCTAAATGTCATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCAAGTGCTGGGATTATAGGCATGTAACCTTCTAAATGTCATTTG  300

seq1  CTTCAGAGACTCCACTTACAGAGGGAGAAACCCAGGCACCACACTCTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGACTCCACTTACAGAGGGAGAAACCCAGGCACCACACTCTTCA  350

seq1  CCCACTTGCCCAAAGTCATACTGCAGAAATGGTGGCCAATAAGATGGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTGCCCAAAGTCATACTGCAGAAATGGTGGCCAATAAGATGGTAG  400

seq1  GCATAGGCCGGGCAGTGGTAGGGCATGCCTTTAATCTCAGCACTTGGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGGCCGGGCAGTGGTAGGGCATGCCTTTAATCTCAGCACTTGGGAG  450

seq1  GCAGAGGTAGGCGAATTTCTGAGTCTGAGGCTAGCCTGGTCTACAGAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGTAGGCGAATTTCTGAGTCTGAGGCTAGCCTGGTCTACAGAGTG  500

seq1  AGTTCCAGGACAGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGCCTTGAAAAACTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGGACAGCCAAGGCTACACAGAGAAACCCTGCCTTGAAAAACTA  550

seq1  AATAAATAAATAAAATAAAATAATTTTTAAAAAAAAGACAGTAGTCATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAATAAAATAAAATAATTTTTAAAAAAAAGACAGTAGTCATGT  600

seq1  GGATATTACACTCCATTTTTCCTCCTCTCTCCAAACACTGGGGATAGAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTACACTCCATTTTTCCTCCTCTCTCCAAACACTGGGGATAGAAC  650

seq1  CAAAGCCTTCTGAAGACCAGGCCTTTGCCCCCCTACTAAGCCACTCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCTTCTGAAGACCAGGCCTTTGCCCCCCTACTAAGCCACTCCCTC  700

seq1  TGCCTGTTCCCAGCACCTTCAGATGACACACATAGTGTCCCAAGGTGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTCCCAGCACCTTCAGATGACACACATAGTGTCCCAAGGTGCTT  750

seq1  CAGACTGTTTTCTGAATAAATAACCACTTCAGCTTCCTCTGGAGACCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGTTTTCTGAATAAATAACCACTTCAGCTTCCTCTGGAGACCATA  800

seq1  CCCCTGCCAAAGTCTTCTCTGCCCATATCTTCATCAGGGACACTGTTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCCAAAGTCTTCTCTGCCCATATCTTCATCAGGGACACTGTTTGA  850

seq1  CAGCTCCAGGAAGCTCACACCATCTTTAACAAGAACAACTGGGATAGCAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAGCTCCAGGAAGCTCACACCATCTTTAACAAGAAC-ACTGGGATAGCAA  899

seq1  GCACATTGGCTCTGCAGATTGAGAGGGCAGTGGGTGTAAGAACTGAACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCACATTGGCTCTGCAGATTGAGAGGGCAGTGGGTGT-AGAACTGAACAG  948

seq1  ACCCTGTGGACTGAGACAAGGGACAAACCTGGAAGTCTTTCCTGGCTTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACCCTGTGGACTGAGACAAGGGACAAACCTGGAAGTCTTTCCT-GCTTGC  997

seq1  ATGAACGTGCCATACACTTCAGAACCCACCAGGGACTCAACCCCCAGGGA  1050
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATG-ACGTGCCATACACTTCAGAACCCACCAGGGACTCAA-CCCCAGGGA  1045

seq1  GTCAACCCCCACCTGGTGTCCTACAGCCAACCCAGTCCCACACAGCCTCC  1100
      ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  GTC-ACCCCCACCTGGTGTCCTACAGCC-ACCCAGTCCCA-ACAGCCTCC  1092

seq1  AATGTAACAGTGTAGGGTTACCCACAAAGTG-GGATGGAGGGAGAAGTGA  1149
      |  |||   |||||||||  ||||     || ||||||| ||||||||||
seq2  A--GTACAGGTGTAGGGTACCCCA-----TGTGGATGGA-GGAGAAGTGA  1134

seq1: chr4_154934168_154935234
seq2: B6Ng01-112H04.g_69_1133 (reverse)

seq1  AATTTTAAGATTATAAAACATAACTGATCTTCAGGCT-CACATCCCCTAA  49
      ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| |
seq2  AATTTAAAGATTATAAAACATAACTGATCTACAGGCTCCAAATCCCCT-A  49

seq1  ACATTGACTGGCCCCAGCCACCTTGTTTGGAC-AATGGTAAGCAAACAAA  98
      ||| ||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ACA-TGAATGGCCCCAGGCA-CTTGTTTGGACAAATGGTAAGCAAACAAA  97

seq1  TCCATCCAGGGTCAGCGGTGGCCCC-TGATACCACACATTGTGGTGTGAT  147
      |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TCCATCCAGGGTCAGC-GTGGCCCCTTGATACCACACATTGT-GTGTGAT  145

seq1  GGGCAGGTCCAGCAGATGGGATGGGATGGCCTAGTCTAATCCTCTCCTAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGGCAGGTCCAGCAGATGGGATGGGATGGCCTAGTCTAA-CCTCTCCTAG  194

seq1  TCTCCTTGAAATAAATGTATTTTTCAACACACACATTTTGCAAGTCTTTA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGAAATAAATGTATTTTTCAACACACACATTTTGCAAGTCTTTA  244

seq1  CCTACCTCAACTTCCACTGAGAATGC-AAAACATTTGAGGTCCTTCTGAT  296
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACCTCAACTTCCACTGAGAATGCAAAAACATTTGAGGTCCTTCTGAT  294

seq1  CTAGAAGGTGAAGCTCTGACCCTAACTTCAAATTCTCTGGGAGTACATGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGGTGAAGCTCTGACCCTAACTTCAAATTCTCTGGGAGTACATGT  344

seq1  CTTAAACTGCTTCTAACCTACCTGACAACAAGCAGGCCCCAAATGGACTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAACTGCTTCTAACCTACCTGACAACAAGCAGGCCCCAAATGGACTG  394

seq1  GGGTAGGTCTGTGTCTCAGGCCTGTCCTACTTCTCAACCAACATCCAGGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGGTCTGTGTCTCAGGCCTGTCCTACTTCTCAACCAACATCCAGGC  444

seq1  CGCTGCCCACTTGTTTAACAAGCAGTCATGGAAGACATGTCCACTTTGGA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGCCCACTTGTTTAACAAGCAGTCATGGAAGACATGTCCACTTTGGA  494

seq1  TATGTGGGCAGTATTAATGACCAAAGAGCGTGCAGGCTTCACAAATGCTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGGCAGTATTAATGACCAAAGAGCGTGCAGGCTTCACAAATGCTC  544

seq1  AGGCTTACACATCTACATCCACCATTAAATACCACTCATGCTCTGGAAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTACACATCTACATCCACCATTAAATACCACTCATGCTCTGGAAGC  594

seq1  TGAGGTGCCCGTGTGCTCTGTGTGTTGCTGCCCATGGTGGAAGTACACCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTGCCCGTGTGCTCTGTGTGTTGCTGCCCATGGTGGAAGTACACCT  644

seq1  GTTGAAGTGCACACAGGCAGATAAGGGGCTGCTGCTATATTTTAGACCCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGTGCACACAGGCAGATAAGGGGCTGCTGCTATATTTTAGACCCA  694

seq1  CCATGTCTCATCATTTTCCTCCAGCGTATGGGCTGATGCCATTCCATGAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTCTCATCATTTTCCTCCAGCGTATGGGCTGATGCCATTCCATGAC  744

seq1  CCCAGGATTCCAATTCTTCTGGCCTGTAAAGGGAGCCACCTCATTTATTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGATTCCAATTCTTCTGGCCTGTAAAGGGAGCCACCTCATTTATTT  794

seq1  GCCAAATACTAGAGGCTGGAATCCTGATGAAAGGCCAGCCGGGTCCAGCT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATACTAGAGGCTGGAATCCTGATGAAAGGCCAGCCGGGTCCAGCT  844

seq1  TGTGCCGTCCACCGTTTCCTTTGGCGCCTACTCTCTCCTGCCGCTCTCAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCGTCCACCGTTTCCTTTGGCGCCTACTCTCTCCTGCCGCTCTCAC  894

seq1  TGTGCTCCTGTATTCTCAGTACAACCTGACACCACCAGCATTCTGTTAGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCCTGTATTCTCAGTACAACCTGACACCACCAGCATTCTGTTAGA  944

seq1  CCAGTCCAACCCCTCACCATCCAAGAGCAGCCAGCAGTCTTTCACCTCTG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCCAACCCCTCACCATCCAAGAGCAGCCAGCAGTCTTTCACCTCTG  994

seq1  CCTCTTCACACAGGGTGATCTTGGGACAAGGTGTTTGCTCTGGGAACCCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCACACAGGGTGATCTTGGGACAAGGTGTTTGCTCTGGGAACCCA  1044

seq1  TGAATAGTCTGGCAGGAATTC  1067
      |||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAGTCTGGCAGGAATTC  1065