BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114N13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 92,739,320 - 92,873,737
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC620269
Upstream geneLOC664886, 1700011H22Rik, LOC68280
Downstream geneLOC384125, Tusc1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114N13.bB6Ng01-114N13.g
ACCDH920264DH920265
length1,1391,139
definitionDH920264|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114N13, 5' end.DH920265|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114N13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,739,320 - 92,740,480)(92,872,575 - 92,873,737)
sequence
gaattcttttctatatcacttcataggtcaacagaaaaagaaacgccact
tccaaagtgtcttcttgtttctgcttctctacttgcctatatgttttcag
cttccatgaaatgcccatgtgtggacatatgtaaatggtgggttcctctg
tcacagaagtgacctatgttactaatgaccttctcacaaatcaagaaaat
tgaattgaaatcaattaagaggtgagaaattatatagctggaaatatgtt
atattccatcatcattttcattattatttttctacaaattatattttcca
tgtggtaagatacaaaattagaagactgcctttgcagatcttttattatt
tccttgtttttgagatcataatataattaaatcatttctctcatcccttt
cctccatccaaacctccccttgctctttccaaattcattgctgttactgc
agatctaaactacaagtatttaaaattctggaattgagtagtagcttaca
cacacacactgtagaaaactatcacatccatcacaaaggtcaaaaatata
gaaatgtattatggagaacatggaagtacagcaaagacattctaatttgt
tacagctcctatgtgttttatttgaatagattctgaacagctgtctgttt
ttgatttgcattgatgtgatacttgttacaaggattagctgaaatatata
gccccatcaagtcaacttacagttcactatctacatggaaaaaaaaaaac
ataaaataagcaaacaaaaaaatcactttgctaggttgaatctgcttgac
tcaggaactggcactgtttggaggtgtgaccttcttagagtaggtgtggc
tttgttagaggaagtgtggcactgacagggtgggcaatgagacccttctc
ctagccaggtggaaacagtcttctcccacctgagtagtgaagataaagaa
ccatgaagataaagagggtctgcacatgcctgatggatgctgccatgctc
ctacctgatgatacgtactgaactctgatctgtaagcagtcaaatgatgt
tttcttaagagttgctggtcatggtgtgtgttcacagctgtaaacctaga
aacacactagccaactaaatgatacataaggcaagttca
gaattctaattctaaaaaaaagttccttgataccacattaaccttgcatc
agataaataagtgtatttggggactgtggctagtgcagctgaatacaaat
aaaatgccttgtgtttgaaaagaaatagaagaaagagagtacagagcagc
ctaggtaacgggaaaccatggtgcagagaaatgctatttttctaatacat
ctgtcctattaataagtatcagatggaagaaaggctgtcgtttaggtaca
gagaaatgcaacaccttaaacaatcatgctttattggtggtgatatattt
atctatttatgttactcatacttgtaaaaacattttttccaatttgaaag
ataaggataaataacaatatccccacaactctaaggccgttacagtgact
attgaaaaccatattaaatttctttatatgtttctcaaaataattatgtt
tctatataactttaaattcatctggatattaggatgattcacttggtggg
tggaatcatgacttctaaatatgaggcaggtttaaatcctagaacctatg
agtgttgctaaccattgaaaaaggagttatgcaggtaacatttctcatca
ctgtgacagaatccctgacaaaaacaacctaggaaagaatattaatggcc
tgtgtttaaaggtggtaggaggtacagcccattatgggagagatgcatgt
ctacagagggactttggctataggtatcacattgtgatgtggttttctca
tacatccgcatctcaaaaaagagaatgataagctataaacacattcatcc
tataaacctcttgtccctagagtcttaagtctgcccattaggagccatgt
aaaagtagttctagaacctcttaagtagcaccaatatctagggacctcat
ttcccttgtgagtgtacaggagacatttcacaattaaaacagatagcata
tttgattaatttaggatttaggcattgggcattttgggggaaatgactag
cagtagtctttgtatcacagcaggactaaattgaaatcccagcaacatat
aaaactagttggcatatgcttattcagcactatgaggccactaaaagagg
atctggagttgtttgccagtttatctgctaatgtaatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_92739320_92740480
seq2: B6Ng01-114N13.b_44_1182

seq1  GAATTCTTTTCTATATCACTTCATAGGTCAACAGAAAAAGAAACGCCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTCTATATCACTTCATAGGTCAACAGAAAAAGAAACGCCACT  50

seq1  TCCAAAGTGTCTTCTTGTTTCTGCTTCTCTACTTGCCTATATGTTTTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAGTGTCTTCTTGTTTCTGCTTCTCTACTTGCCTATATGTTTTCAG  100

seq1  CTTCCATGAAATGCCCATGTGTGGACATATGTAAATGGTGGGTTCCTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATGAAATGCCCATGTGTGGACATATGTAAATGGTGGGTTCCTCTG  150

seq1  TCACAGAAGTGACCTATGTTACTAATGACCTTCTCACAAATCAAGAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAAGTGACCTATGTTACTAATGACCTTCTCACAAATCAAGAAAAT  200

seq1  TGAATTGAAATCAATTAAGAGGTGAGAAATTATATAGCTGGAAATATGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGAAATCAATTAAGAGGTGAGAAATTATATAGCTGGAAATATGTT  250

seq1  ATATTCCATCATCATTTTCATTATTATTTTTCTACAAATTATATTTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCATCATCATTTTCATTATTATTTTTCTACAAATTATATTTTCCA  300

seq1  TGTGGTAAGATACAAAATTAGAAGACTGCCTTTGCAGATCTTTTATTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTAAGATACAAAATTAGAAGACTGCCTTTGCAGATCTTTTATTATT  350

seq1  TCCTTGTTTTTGAGATCATAATATAATTAAATCATTTCTCTCATCCCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTTTTTGAGATCATAATATAATTAAATCATTTCTCTCATCCCTTT  400

seq1  CCTCCATCCAAACCTCCCCTTGCTCTTTCCAAATTCATTGCTGTTACTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCCAAACCTCCCCTTGCTCTTTCCAAATTCATTGCTGTTACTGC  450

seq1  AGATCTAAACTACAAGTATTTAAAATTCTGGAATTGAGTAGTAGCTTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTAAACTACAAGTATTTAAAATTCTGGAATTGAGTAGTAGCTTACA  500

seq1  CACACACACTGTAGAAAACTATCACATCCATCACAAAGGTCAAAAATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACTGTAGAAAACTATCACATCCATCACAAAGGTCAAAAATATA  550

seq1  GAAATGTATTATGGAGAACATGGAAGTACAGCAAAGACATTCTAATTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTATTATGGAGAACATGGAAGTACAGCAAAGACATTCTAATTTGT  600

seq1  TACAGCTCCTATGTGTTTTATTTGAATAGATTCTGAACAGCTGTCTGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCTCCTATGTGTTTTATTTGAATAGATTCTGAACAGCTGTCTGTTT  650

seq1  TTGATTTGCATTGATGTGATACTTGTTACAAGGATTAGCTGAAATATATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTGCATTGATGTGATACTTGTTACAAGGATTAGCTGAAATATATA  700

seq1  GCCCCATCAAGTCAACTTACAGTTCACTATCTACATGGAAAAAAAAAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATCAAGTCAACTTACAGTTCACTATCTACATGGAAAAAAAAAAAC  750

seq1  ATAAAATAAGCAAACAAAAAAATCACTTTGCTAGGTTGAATCTGCTTGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAGCAAACAAAAAAATCACTTTGCTAGGTTGAATCTGCTTGAC  800

seq1  TCAGGAACTGGCACTGTTTGGAGGTGTGACCTTCTTAGAGTAGGTGTGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAACTGGCACTGTTTGGAGGTGTGACCTTCTTAGAGTAGGTGTGGC  850

seq1  TTTGTTAGAGGAAGTGTGGCACTGACAGGGTGGGCAATGAGACCCTTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAGAGGAAGTGTGGCACTGACAGGGTGGGCAATGAGACCCTTCTC  900

seq1  CTAGCCAGGTGGAAACAGTCTTCTCCCACCTGGAGTAGGTGAAGATAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  CTAGCCAGGTGGAAACAGTCTTCTCCCACCT-GAGTA-GTGAAGATAAAG  948

seq1  AACCATGAAGATAAAGAGGGTCCTGCACCATGCCTGATTGGATGCTGCCA  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  AACCATGAAGATAAAGAGGGT-CTGCA-CATGCCTGA-TGGATGCTGCCA  995

seq1  TGCTCCTACCTTGATGATAACGTACTGAACTTCTGAATCTGTAAGCCAGT  1050
      |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||
seq2  TGCTCCTACC-TGATGAT-ACGTACTGAAC-TCTG-ATCTGTAAG-CAGT  1040

seq1  CAAATGGAATGTTTTCTTTAGGAGTTGCCTTGGTCATGGTGTGTGTTCAC  1100
      ||||||  |||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  CAAATG--ATGTTTTC-TTAAGAGTTGC--TGGTCATGGTGTGTGTTCAC  1085

seq1  AGCTGTAAAACCCTAAGAAACACACCTAGCCAAACTTAAAATGATACA-G  1149
      |||||||||  ||| ||||||||| |||||| ||||  ||||||||||  
seq2  AGCTGTAAA--CCT-AGAAACACA-CTAGCC-AACT--AAATGATACATA  1128

seq1  AGGCAGTGTTCA  1161
      |||||  |||||
seq2  AGGCA-AGTTCA  1139

seq1: chr4_92872575_92873737
seq2: B6Ng01-114N13.g_68_1206 (reverse)

seq1  TAATTATCAATTTAGCAAGATAAACTGGCAAACAAACTCCAAGGATCCTC  50
      |||||| ||  ||||| |||||||||||||||| |||||||  |||||||
seq2  TAATTA-CA--TTAGC-AGATAAACTGGCAAAC-AACTCCA--GATCCTC  43

seq1  TTATAGTTGCCCTCATAGTGCTGAATTATAGCATATGGCCATACCTAGTT  100
      || ||| || ||||||||||||||||   |||||||| |   | |||| |
seq2  TTTTAG-TGGCCTCATAGTGCTGAAT--AAGCATATGCC---AACTAG-T  86

seq1  TTTATATGTTTGCTGGGGATTTCAATTTAGTCCCTGCTTGTGATACAAAG  150
      |||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  TTTATATG-TTGCT-GGGATTTCAATTTAGT-CCTGC-TGTGATACAAAG  132

seq1  ACTACTGGCTAGGTCATTTCCCCCAAAATGCCCAATGCCTAAATTCCTAA  200
      |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTACT-GCTA-GTCATTTCCCCCAAAATGCCCAATGCCTAAA-TCCTAA  179

seq1  ATTAATCAAATATGCTATCTTGTTTTAATTGTGAAATGTCTCCTGTACAC  250
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATCAAATATGCTATC-TGTTTTAATTGTGAAATGTCTCCTGTACAC  228

seq1  TCACAAAGGGAAAATGAGGTCCCTAGATATTGGTGCTACTTAAGAGGTTC  300
      ||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAA--GGGAAATGAGGTCCCTAGATATTGGTGCTACTTAAGAGGTTC  276

seq1  TAGAACTACTTTTACATGGCTCCTAATGGGCAGACTTAAGACTCTAGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTACTTTTACATGGCTCCTAATGGGCAGACTTAAGACTCTAGGGA  326

seq1  CAAGAGGTTTATAGGATGAATGTGTTTATAGCTTATCATTCTCTTTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGTTTATAGGATGAATGTGTTTATAGCTTATCATTCTCTTTTTTG  376

seq1  AGATGCGGATGTATGAGAAAACCACATCACAATGTGATACCTATAGCCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCGGATGTATGAGAAAACCACATCACAATGTGATACCTATAGCCAA  426

seq1  AGTCCCTCTGTAGACATGCATCTCTCCCATAATGGGCTGTACCTCCTACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCTCTGTAGACATGCATCTCTCCCATAATGGGCTGTACCTCCTACC  476

seq1  ACCTTTAAACACAGGCCATTAATATTCTTTCCTAGGTTGTTTTTGTCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTAAACACAGGCCATTAATATTCTTTCCTAGGTTGTTTTTGTCAGG  526

seq1  GATTCTGTCACAGTGATGAGAAATGTTACCTGCATAACTCCTTTTTCAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTCACAGTGATGAGAAATGTTACCTGCATAACTCCTTTTTCAAT  576

seq1  GGTTAGCAACACTCATAGGTTCTAGGATTTAAACCTGCCTCATATTTAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCAACACTCATAGGTTCTAGGATTTAAACCTGCCTCATATTTAGA  626

seq1  AGTCATGATTCCACCCACCAAGTGAATCATCCTAATATCCAGATGAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGATTCCACCCACCAAGTGAATCATCCTAATATCCAGATGAATTT  676

seq1  AAAGTTATATAGAAACATAATTATTTTGAGAAACATATAAAGAAATTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATATAGAAACATAATTATTTTGAGAAACATATAAAGAAATTTAA  726

seq1  TATGGTTTTCAATAGTCACTGTAACGGCCTTAGAGTTGTGGGGATATTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTTTTCAATAGTCACTGTAACGGCCTTAGAGTTGTGGGGATATTGT  776

seq1  TATTTATCCTTATCTTTCAAATTGGAAAAAATGTTTTTACAAGTATGAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATCCTTATCTTTCAAATTGGAAAAAATGTTTTTACAAGTATGAGT  826

seq1  AACATAAATAGATAAATATATCACCACCAATAAAGCATGATTGTTTAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAATAGATAAATATATCACCACCAATAAAGCATGATTGTTTAAGG  876

seq1  TGTTGCATTTCTCTGTACCTAAACGACAGCCTTTCTTCCATCTGATACTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCATTTCTCTGTACCTAAACGACAGCCTTTCTTCCATCTGATACTT  926

seq1  ATTAATAGGACAGATGTATTAGAAAAATAGCATTTCTCTGCACCATGGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATAGGACAGATGTATTAGAAAAATAGCATTTCTCTGCACCATGGTT  976

seq1  TCCCGTTACCTAGGCTGCTCTGTACTCTCTTTCTTCTATTTCTTTTCAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGTTACCTAGGCTGCTCTGTACTCTCTTTCTTCTATTTCTTTTCAAA  1026

seq1  CACAAGGCATTTTATTTGTATTCAGCTGCACTAGCCACAGTCCCCAAATA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGCATTTTATTTGTATTCAGCTGCACTAGCCACAGTCCCCAAATA  1076

seq1  CACTTATTTATCTGATGCAAGGTTAATGTGGTATCAAGGAACTTTTTTTT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTATTTATCTGATGCAAGGTTAATGTGGTATCAAGGAACTTTTTTTT  1126

seq1  AGAATTAGAATTC  1163
      |||||||||||||
seq2  AGAATTAGAATTC  1139