BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-117E05
Chromosome4 (Build37)4 (Build37)
Map Location 146,820,847 - 146,821,904145,026,256 - 145,027,355
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneRex2, LOC100043012, LOC100041461, LOC630093, OTTMUSG00000010105, LOC666445, MGC117846, OTTMUSG00000010694, LOC626480, LOC666474, LOC666482, LOC434514, LOC626288, LOC666498, LOC100043034, LOC666514, LOC100041561, LOC100041570, OTTMUSG00000010657, LOC384087, LOC666546, LOC666557, LOC545716, LOC666574, LOC666581, EG666588, LOC627701
Downstream geneOTTMUSG00000010671, LOC545718, OTTMUSG00000010673, 2610305D13Rik, LOC666618, LOC100043100, LOC666640, LOC194189, LOC666652, LOC100041677, LOC277692, MGC67181, D4Wsu114e, Fv1, Mfn2, Plod1, 2510039O18Rik, Nppb, Nppa, Clcn6, Mthfr, LOC433806, Agtrap, 2610109H07Rik, Mad2l2, Fbxo6, Fbxo44, Fbxo2, Ptchd2, Ubiad1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-117E05.bB6Ng01-117E05.g
ACCDH922046DH922047
length1,0541,085
definitionDH922046|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117E05, 5' end.DH922047|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-117E05, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(146,820,847 - 146,821,904)(145,026,256 - 145,027,355)
sequence
gaattctcatgtgacctcttaggttcaaaacctgttgtgatgattatgag
aggttaaaatggattctagctcagcatggaggtgagggctcagaagcaca
aacccaaacctgggggtctgactttaaagaacagggttctgtgcccatgg
acacctttcagatggcagggctacttgtttcccattggggtgaattttag
tttttcccatattgtacttatgctaaaaaaaaagtcacaagctaattgat
tcctcatatgtgaatagattaaacatactagtgattaataatgcatctgt
gttgagttaaggaaagaaatgaaagccttttcctcagaggcatttaactg
agtgtgagtacaaagttgaattctctacttcatgttccctgtgcttccat
cctctgtgtgtctgttcagttagtttaaatctgtaacttcctgaaggctg
cttgtatagctctccctttctgtctgccttttgtctccatgtttgtgtct
atctgtgcaatctgttgtctgtttgtatctctctgactggccttaagaga
gagctttggagtgcttctagaacatcaagggaaccatcacatggggaaag
aatgggatagtgaagagtaatcttttataaatgattaggtaactggctcc
aagtggtcaagtggacaagacaacaagcatttataaacatgacttttatc
aaccaatacctataactgtatatgcatttttgaactatgttttaagcctc
tgtatttcatgctttcatcaaatgacactcatgcagattctgagcaggac
ttgaaaaagtacataaattaccattgtatctatgcatcaagttaggtttt
aaaagttgatatcaagagaagtccaaggagaataatgttagtttttacgt
tgttctttgaaagtgtgctaaaccctcaagttgagtaaacagtagatcac
agctttaaatcttaaatttttcaagtgccttaattctggtgtgaggtcca
ggaaattctccatctattacaagtagatgtttatataatacattgtcaca
cgta
gaattccatgctaatctgtgcagtcctcagatactgtcagaggaaactct
tcctatttcagtctgacccgttcttgatgtgtgtcctacttctgtaatgt
agaaggttgatatttttttcactttttttctaggactcatcacatcttca
attgtgatggatttgtgtatacctctctacagtactgcataagggaacac
tgcagtcattgtcatacatggcagtgtctcctttttagctctagctctca
tcgatacacaaaacttcttttaatttaaataagctgaacattattttgtt
aggactttagtgtcttcacaggaacaagtccgttatattaaaccattgca
ttctctttgagtctctattcattaatttctacataaccttattaatgtct
ttctctgtactattttccaagtgactcattttcaagcttgtaagccctca
catatgtaattatgtgaaagtatctcactgccaaatttctcaatgtatct
ttaccaccccacttctgtgcaactgtctttcatgactgtgctggcactca
ccctgacactctaagaaagtatccttcatgctccataaattctgtcccaa
tgtttattgatttatgtctccacagtagctaattaagaatcaaagctgtg
gctctgcagttaagggtactttttcttgtggtattcaggttcagtttcct
gtaactgcgtggggacttttcatccttccaggactctttttcaagaatat
ctgttatcattttttgagtactatagcttctacagttctgaagtccacag
agttacatggaggcaaaggtaactttccatataaaattaaaattaataaa
cattattttaaaattatatatgatctggaagtattgaaagacacaagaag
cagtccaggaaagagaatgaatgtgaagcctgatatgtacaggtatctga
cccttcatatcatattttacattaggatgacttttatgtatgataaatgt
tatgtttacatggagccagagctggaaactcttatttgttaattgtatgg
gagaaaagatattatcctatggatgatgtatttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_146820847_146821904
seq2: B6Ng01-117E05.b_43_1096 (reverse)

seq1  TACGTGTGACAATGTATTATATAAAACATCTTAACTTGTAATAGATGGGG  50
      |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| |
seq2  TACGTGTGACAATGTATTATAT-AAACATCT--ACTTGTAATAGATGGAG  47

seq1  AATTTTCCTGGACCTCACAACCAGAATTAAGGAAACTTGAAGAAATTTAA  100
      || ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||
seq2  AA-TTTCCTGGACCTCAC-ACCAGAATTAAGG-CACTTGAA-AAATTTAA  93

seq1  GATTTAAAGCTGTGATCCTACTGTTTATTCAACTTGAGGGTTTAGTACAC  150
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  GATTTAAAGCTGTGAT-CTACTGTTTACTCAACTTGAGGGTTTAGCACAC  142

seq1  TTTTCAAAGAACAACGTAAAAACTAACATTATTCTCCTTTGACTTCTCTT  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  -TTTCAAAGAACAACGTAAAAACTAACATTATTCTCCTTGGACTTCTCTT  191

seq1  GATATCAACTTTTAAAACCTAACTTGATGCATAGATACAATGGTAATTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATCAACTTTTAAAACCTAACTTGATGCATAGATACAATGGTAATTTA  241

seq1  TGTACTTTTTCAAGTCCTGCTCAGAAACTGCATGAGTGTCACTTGATGAA  300
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTACTTTTTCAAGTCCTGCTCAGAATCTGCATGAGTGTCATTTGATGAA  291

seq1  AGCATGAAATACAGAGGCTTAAAACATAGTTCAAAAATGCATATACAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGAAATACAGAGGCTTAAAACATAGTTCAAAAATGCATATACAGTT  341

seq1  ATGGGTATTGGTTGATAAAAGTCATGTTTATAAATGTCTGTTGTCTTGAC  400
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |
seq2  ATAGGTATTGGTTGATAAAAGTCATGTTTATAAATGCTTGTTGTCTTGTC  391

seq1  CACTTGACCACTTGGAGCCAGTTACCTAATCCTTTATAAAATATTACTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |
seq2  CACTTGACCACTTGGAGCCAGTTACCTAATCATTTATAAAAGATTACTCT  441

seq1  TCACTATCCCATTCTTTCCCCATGTGATGGATCCCTTGATGTTCTAGAAG  500
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCACTATCCCATTCTTTCCCCATGTGATGGTTCCCTTGATGTTCTAGAAG  491

seq1  CACTCCAAAGCTCTCTCTCAAGGCCAGTCAGAGAGATACAAATAGACAAC  550
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CACTCCAAAGCTCTCTCTTAAGGCCAGTCAGAGAGATACAAACAGACAAC  541

seq1  AGATTACAC----AGACACCAACATGGAGACAAAAGGCAGACAGAAAGGG  596
      ||||| |||    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGCACAGATAGACACAAACATGGAGACAAAAGGCAGACAGAAAGGG  591

seq1  AGAGCTATACAAGCAGCCTTCAGGAAGTTACAGATTTAAACTAACTGAAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTATACAAGCAGCCTTCAGGAAGTTACAGATTTAAACTAACTGAAC  641

seq1  AGATACACAGAGGATGGAAGCACAGGGAACATGAAGTAGAGAATTCAACT  696
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACAGAGGATGGAAGCACAGGGAACATGAAGTAGAGAATTCAACT  691

seq1  TTGTACTCACACTCAGTTAAATGCCTCTGAGGAAAAGGCTTTCATTTCTT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTCACACTCAGTTAAATGCCTCTGAGGAAAAGGCTTTCATTTCTT  741

seq1  TCCTTAACTCAACACAGATGCATTATTAATCACTAGTATGTTTAATCTAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAACTCAACACAGATGCATTATTAATCACTAGTATGTTTAATCTAT  791

seq1  TCACATATGAGGAATCAATTAGCTTGTGAC-TTTTTTTTAGCATAAGTAC  845
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCACATATGAGGAATCAATTAGCTTGTGACTTTTTTTTTAGCATAAGTAC  841

seq1  AATATGGGAAAAACTAAAATTCACCCCAATGGGAAACAAGTAGCCCTGTC  895
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATATGGGAAAAACTAAAATTCACCCCAATGGGAAACAAGTAGCCCTGCC  891

seq1  ATCTGAAAGGTGTCCATGGGCACAGAACCCTGTTCTTTAAAGTCAGACCC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAAGGTGTCCATGGGCACAGAACCCTGTTCTTTAAAGTCAGACCC  941

seq1  CCAGGTTTGGGTTTGTGCTTCTGAGCTCTCACCTCCATGCTGAGCTAGAA  995
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTTGGGTTTGTGCTTCTGAGCCCTCACCTCCATGCTGAGCTAGAA  991

seq1  TCCATTTTAACCTCTCATAATCATCACAACAGGTTTTGAACCTAAGAGGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTAACCTCTCATAATCATCACAACAGGTTTTGAACCTAAGAGGT  1041

seq1  CACATGAGAATTC  1058
      |||||||||||||
seq2  CACATGAGAATTC  1054

seq1: chr4_145026256_145027355
seq2: B6Ng01-117E05.g_66_1150

seq1  GAATTCCATGCTAATCTGTGCAGTCCTCAGATACTGTCAGAGGAAACTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGCTAATCTGTGCAGTCCTCAGATACTGTCAGAGGAAACTCT  50

seq1  TCCTATTTCAGTCTGACCCGTTCTTGATGTGTGTCCTACTTCTGTAATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTTCAGTCTGACCCGTTCTTGATGTGTGTCCTACTTCTGTAATGT  100

seq1  AGAAGGGTGATATTTTTTTCACTTTTTTTCTAGGACTCATCACATCTTCT  150
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  AGAAGGTTGATATTTTTTTCACTTTTTTTCTAGGACTCATCACA---TCT  147

seq1  TCAATTGTGATGGATTTGTGTATACCTCTCTATAGTACTGCATAAGGGAA  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCAATTGTGATGGATTTGTGTATACCTCTCTACAGTACTGCATAAGGGAA  197

seq1  CACTGCAGTCATTGTCATACATGGCAGTGTCTCCTTTTTAGCTCTAGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCAGTCATTGTCATACATGGCAGTGTCTCCTTTTTAGCTCTAGCTC  247

seq1  TCATCGATACACAAACCTTCTTTTAATTTAAATAAGCTGAACATTATTTT  300
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCGATACACAAAACTTCTTTTAATTTAAATAAGCTGAACATTATTTT  297

seq1  GTTAGGACTTTAGTGTCTTCACAGGAACAAGTCCATTATATTAAACCATT  350
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTTAGGACTTTAGTGTCTTCACAGGAACAAGTCCGTTATATTAAACCATT  347

seq1  GCATTCTCTTTGAGTCTCTATTCATTAATTTCTAAATAACCTTATTAATG  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCATTCTCTTTGAGTCTCTATTCATTAATTTCTACATAACCTTATTAATG  397

seq1  TCTTTCTCTGTACTATTTTCCAAGTGACTCATTTTCAAGCTTGTAAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCTGTACTATTTTCCAAGTGACTCATTTTCAAGCTTGTAAGCCC  447

seq1  TCACATATGTAATTATGTGAAAGTATCTCACTGCCAAATTTCTCAATGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATATGTAATTATGTGAAAGTATCTCACTGCCAAATTTCTCAATGTA  497

seq1  TCTTTACCACCCCACTTCTGTGCAACTGTCTTTCATGACTGTGCTTGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCTTTACCACCCCACTTCTGTGCAACTGTCTTTCATGACTGTGCTGGCAC  547

seq1  TCACCCTGACACTCTAAGAAAGTATCCTTCATGCTCCATAAATTCTGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCTGACACTCTAAGAAAGTATCCTTCATGCTCCATAAATTCTGTCC  597

seq1  CAATGTTTATTGATTTATGTCTCCACAGTAGCTAATTAAGAATCAAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTTTATTGATTTATGTCTCCACAGTAGCTAATTAAGAATCAAAGCT  647

seq1  GTGGCTCTGCAGTTAAGGGTACTTTTTCTTGTGGTATTCAGGTTCAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCTGCAGTTAAGGGTACTTTTTCTTGTGGTATTCAGGTTCAGTTT  697

seq1  CCTGTAACTGCGTGGGGACTTTTCATCCTTCCAGGACTCTTTTTCAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAACTGCGTGGGGACTTTTCATCCTTCCAGGACTCTTTTTCAAGAA  747

seq1  TATCTGTTATCATTTTTTGAGTACTATAGCTTCTACAGTTCTGAAGTCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTTATCATTTTTTGAGTACTATAGCTTCTACAGTTCTGAAGTCCA  797

seq1  CAGAGTTACATGGAGGCAAAGGTAACTTTCCGTATAAAATTAAAATTAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTACATGGAGGCAAAGGTAACTTTCCATATAAAATTAAAATTAAT  847

seq1  AAACATTATTTTAAAATTATATATGATCTGGAAGTATTGAAAGGACACAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAACATTATTTTAAAATTATATATGATCTGGAAGTATTGAAA-GACACAA  896

seq1  GAAGCAGTCCAGGAAAGAGAATGAATGTGAAGCCTGAATATGTTACAGGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| 
seq2  GAAGCAGTCCAGGAAAGAGAATGAATGTGAAGCCTG-ATATG-TACAGG-  943

seq1  TATCTGACCCTTCATATCAATATTTTAACAATTAGGAATACCTCTATGTA  1000
      |||||||||||||||||| ||||||||   |||||||  || | ||||||
seq2  TATCTGACCCTTCATATC-ATATTTTA--CATTAGGATGACTTTTATGTA  990

seq1  TGATAAAATGTTATGTATACATGGAGCCCAGAGCCGGAGACTCTTATTTA  1050
      |||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||||| 
seq2  TGAT-AAATGTTATGTTTACATGGAG-CCAGAGCTGGAAACTCTTATTTG  1038

seq1  TTAATTGTAATGTGAGAAAAGAATATTTATCCTATGGATGATGTATTTAG  1100
      |||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGT-ATGGGAGAAAAG-ATA-TTATCCTATGGATGATGTATTTAG  1085