BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118G11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 54,758,463 - 54,871,292
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC384018
Upstream geneFcmd, Tal2, LOC435784, Tmem38b, LOC670124, LOC100041280, LOC666901, LOC100041303
Downstream geneEG666920, Zfp462, LOC670211, Rad23b, LOC666953, LOC100041348, Klf4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118G11.bB6Ng01-118G11.g
ACCDH922891DH922892
length1,0681,128
definitionDH922891|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118G11, 5' end.DH922892|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118G11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,870,212 - 54,871,292)(54,758,463 - 54,759,606)
sequence
gaattctttgtggatgaggatacctttcatcaggagagcactgtccacca
gcccagcctctgtcctttcttagggacagaaatcaacctgcaacagaaca
ttagttatagtttaccttgagccaggctctgtgctgagagcttcacctac
attatgcattctgtccttagatactttggaggtccttttataacctctta
ggagtaagaacttctggaagctgtcccgggacagatattgactaagtagt
aattgcagaattcaaagcatgtacattctcgccccagctcttatcaactg
ccatggcttctttctcttaccccctggacacaaggacttgggtacctgcc
cttttctgtctccacttctttttctgcagccatgtctgctcctgcttact
caactctcttgggtgattcagctatcaagctaggtctccctgattatgga
ggggacagggaaggcagacttcagggaaatgctttccttttctcctttct
aaacgctggtgttccaagactctggcagacgggcagttaatgaacactgg
actataggactaggaagcacacccacaactggctgcttggctaatggaga
catattacatatctcagaagcttgtcccgggtctctggggacagggagcc
tctcttgttaaacagctggtttaccacattgcctgccctgtgaggggtgc
actggaaagcccttaggaagaatcctcagggactgaaaggatgctggcta
tggggtggatttgtattggtgcaaatactcccagctggtctgatttttct
cctgggatggaagaatgttggaggaaggtacattgaacatgttgagttat
gagtgagctcaaggacctttggaagccctgtgggcattcactgtgacaga
acattcttccatgctctagcggcatttatgccacagtagtaaatacatcc
tcatctcatttacctccccagagatggcagagcagaagtgtagggcagca
cgagctctaaagctggaatgtgtgccctgcctgtgatgggaacgactgag
agctcgtatctttcgagt
gaattcttttatcttggctattcttatgatctcaagcaaaggtcaaagcc
tagattgggtctctgtatgtctctacatcaggtggaccaaaacacagcca
gccttgaataatcatggcgcaataaccctgcgtctagaggctaggaagca
tctgttaggtaaatggaatggtagcattctttgattgagtcctgattctt
cacttaactacctcaggagctgctgagaaagttgcctgatgcatttatgg
aaacctccaggacctaatcaatttccttcttctaagagaaaggccttagc
aggagagagcatcattttccgcaatgctgccaaatgaagaaaaagacaga
gcgatctatggcgacagccacctggactcttctggtttgttgttggctgt
ttctctttagacaagcgagccctgtctgaccccagaggtgaaggccgtcc
ttgtgttaacaggagagacagggtcatgtgcactcattctgtcatgctgt
gttttttaagtctggaaaaaaaaaagaatgtaaaatgtggaagttggcgg
gcagggggcggggtgtaatgcattgtgactgatgccactgtatctatctc
atgcaatatttagctgctgtgtctgtttggagccctgagaatagcaacag
ttctcaaaatcaagccccatctatggctgaacaaagcagatggggacatt
ttttccacatagcaacaatgattgggtttatgtagcatctgtccttggag
aacctctgagagacgttgagagtccttttttagttcgcactgtaagtggt
ttatgagaggcctgtgagatgcctctgtgggttaatatgctttgccctat
gagcctgtgaatctgagctcaacctctagaactcatgttaaataaaataa
ataaccagatgcattggcacacatctgtagcccagaactcacaccacagg
gagatgggagctgaagagtagactcactcaaagcttataggccagctagc
tagtgtatgcagcacgacggaaatgacaaaaaaacctgctttacagttga
aggaaagaactgactcctatgttggctgtgaactctaatgttccctatgg
aatcatgtgctatggtcatatcatacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_54870212_54871292
seq2: B6Ng01-118G11.b_45_1112 (reverse)

seq1  ACTCAAAAGATACAGAGCCTACTCAGTCTGTTCCCATCACAGCGCAGGGC  50
      |||| |||||||| ||||   ||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  ACTCGAAAGATAC-GAGC--TCTCAGTC-GTTCCCATCACAG-GCAGGGC  45

seq1  ACACATTCCAGCCTTTAGAGCCTCGTGGCTGCCCTACACTTCTGCCTCCT  100
      ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||   ||
seq2  ACACATTCCAG-CTTTAGAG-CTCGT-GCTGCCCTACACTTCTGC--TCT  90

seq1  GCCATCTCTGGGGAGGTAAATGAAGATGGGGATTGTATTTACTACTGTGG  150
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  GCCATCTCTGGGGAGGTAAATG-AGATGAGGA-TGTATTTACTACTGTGG  138

seq1  CATAAATGCCGCTAGAGCATGGAAGAATGTTCTGTCACAGTGAATGCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAATGCCGCTAGAGCATGGAAGAATGTTCTGTCACAGTGAATGCCCA  188

seq1  CAGGGCTTCCAAAGGTCCTTGAGCTCACTCATAACTCAACATCTTCAATG  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGGGCTTCCAAAGGTCCTTGAGCTCACTCATAACTCAACATGTTCAATG  238

seq1  TACCTTCCTCCAACCTTTCTTCCATCCCAGGAGAAAAATCAGACCAGCTG  300
      ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTCCTCCAA-CATTCTTCCATCCCAGGAGAAAAATCAGACCAGCTG  287

seq1  GGAGTATTTGCACCAATACAAATCCACCCCATAGCCAGCATCCTTTCAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTATTTGCACCAATACAAATCCACCCCATAGCCAGCATCCTTTCAGT  337

seq1  CCCTGAGGATTCTTCCTAAGGGCTTTCCAGTGCACCCCTCACAGGGCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGGATTCTTCCTAAGGGCTTTCCAGTGCACCCCTCACAGGGCAGG  387

seq1  CAATGTGGTAAACCAGCTGTTTAACAAGAGAGGCTCCCTGTCCCCAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGTGGTAAACCAGCTGTTTAACAAGAGAGGCTCCCTGTCCCCAGAGA  437

seq1  CCCGGGACAAGCTTCTGAGATATGTAATATGTCTCCATTAGCCAAGCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGGACAAGCTTCTGAGATATGTAATATGTCTCCATTAGCCAAGCAGC  487

seq1  CAGTTGTGGGTGTGCTTCCTAGTCCTATAGTCCAGTGTTCATTAACTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTGGGTGTGCTTCCTAGTCCTATAGTCCAGTGTTCATTAACTGCC  537

seq1  CGTCTGCCAGAGTCTTGGAACACCAGCGTTTAGAAAGGAGAAAAGGAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTGCCAGAGTCTTGGAACACCAGCGTTTAGAAAGGAGAAAAGGAAAG  587

seq1  CATTTCCCTGAAGTCTGCCTTCCCTGTCCCCTCCATAATCAGGGAGACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCCTGAAGTCTGCCTTCCCTGTCCCCTCCATAATCAGGGAGACCT  637

seq1  AGCTTGATAGCTGAATCACCCAAGAGAGTTGAGTAAGCAGGAGCAGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGATAGCTGAATCACCCAAGAGAGTTGAGTAAGCAGGAGCAGACAT  687

seq1  GGCTGCAGAAAAAGAAGTGGAGACAGAAAAGGGCAGGTACCCAAGTCCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCAGAAAAAGAAGTGGAGACAGAAAAGGGCAGGTACCCAAGTCCTT  737

seq1  GTGTCCAGGGGGTAAGAGAAAGAAGCCATGGCAGTTGATAAGAGCTGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCCAGGGGGTAAGAGAAAGAAGCCATGGCAGTTGATAAGAGCTGGGG  787

seq1  CGAGAATGTACATGCTTTGAATTCTGCAATTACTACTTAGTCAATATCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGAATGTACATGCTTTGAATTCTGCAATTACTACTTAGTCAATATCTG  837

seq1  TCCCGGGACAGCTTCCAGAAGTTCTTACTCCTAAGAGGTTATAAAAGGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCGGGACAGCTTCCAGAAGTTCTTACTCCTAAGAGGTTATAAAAGGAC  887

seq1  CTCCAAAGTATCTAAGGACAGAATGCATAATGTAGGTGAAGCTCTCAGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAGTATCTAAGGACAGAATGCATAATGTAGGTGAAGCTCTCAGCA  937

seq1  CAGAGCCTGGCTCAAGGTAAACTATAACTAATGTTCTGTTGCAGGTTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTGGCTCAAGGTAAACTATAACTAATGTTCTGTTGCAGGTTGAT  987

seq1  TTCTGTCCCTAAGAAAGGACAGAGGCTGGGCTGGTGGACAGTGCTCTCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTCCCTAAGAAAGGACAGAGGCTGGGCTGGTGGACAGTGCTCTCCT  1037

seq1  GATGAAAGGTATCCTCATCCACAAAGAATTC  1081
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGGTATCCTCATCCACAAAGAATTC  1068

seq1: chr4_54758463_54759606
seq2: B6Ng01-118G11.g_68_1195

seq1  GAATTCTTTTATCTTGGCTATTCTTATGATCTCAAGCAAAGGTCAAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAATTCTTTTATCTTGGCTATTCTTATGATCTCAAGCAAAGGTCAAAGCC  50

seq1  GAGATTGGGTCTCTGTATGTCTCTACATCAGGTGGACCAAAACACAGCCA  100
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATTGGGTCTCTGTATGTCTCTACATCAGGTGGACCAAAACACAGCCA  100

seq1  GCCTTGAATAATCATGGCGCAATAACCCTGCGTCTAGAGGCTAGGAAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGAATAATCATGGCGCAATAACCCTGCGTCTAGAGGCTAGGAAGCA  150

seq1  TCTGTTAGGTAAATGGAATGGTAGCATTCTTTGATTGAGTCCTGATTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAGGTAAATGGAATGGTAGCATTCTTTGATTGAGTCCTGATTCTT  200

seq1  CACTTAACTACCTCAGGAGCTGCTGAGAAAGTTGCCTGATGCATTTATGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTAACTACCTCAGGAGCTGCTGAGAAAGTTGCCTGATGCATTTATGG  250

seq1  AAACCTCCAGGACCTAATCAATTTCCTTCTTCTAAGAGAAAGGCCTTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCCAGGACCTAATCAATTTCCTTCTTCTAAGAGAAAGGCCTTAGC  300

seq1  AGGAGAGAGCATCATTTTCCGCAATGCTGCCAAATGAAGAAAAAGACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAGCATCATTTTCCGCAATGCTGCCAAATGAAGAAAAAGACAGA  350

seq1  GCGATCTATGGCGACAGCCACCTGGACTCTTCTGGTTTGTTGTTGGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATCTATGGCGACAGCCACCTGGACTCTTCTGGTTTGTTGTTGGCTGT  400

seq1  TTCTCTTTAGACAAGCGAGCCCTGTCTGACCCCAGAGGTGAAGGCCGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTAGACAAGCGAGCCCTGTCTGACCCCAGAGGTGAAGGCCGTCC  450

seq1  TTGTGTTAACAGGAGAGACAGGGTCATGTGCACTCATTCTGTCATGCTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTAACAGGAGAGACAGGGTCATGTGCACTCATTCTGTCATGCTGT  500

seq1  GTTTTTTAAGTCTGGAAAAAAAAAAGAATGTAAAATGTGGAAGTTGGCGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTAAGTCTGGAAAAAAAAAAGAATGTAAAATGTGGAAGTTGGCGG  550

seq1  GCAGGGGGCGGGGTGTAATGCATTGTGACTGATGCCACTGTATCTATCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGGCGGGGTGTAATGCATTGTGACTGATGCCACTGTATCTATCTC  600

seq1  ATGCAATATTTAGCTGCTGTGTCTGTTTGGAGCCCTGAGAATAGCAACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATATTTAGCTGCTGTGTCTGTTTGGAGCCCTGAGAATAGCAACAG  650

seq1  TTCTCAAAATCAAGCCCCATCTATGGCTGAACAAAGCAGATGGGGACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAAATCAAGCCCCATCTATGGCTGAACAAAGCAGATGGGGACATT  700

seq1  TTTTCCACATAGCAACAATGATTGGGTTTATGTAGCATCTGTCCTTGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCACATAGCAACAATGATTGGGTTTATGTAGCATCTGTCCTTGGAG  750

seq1  AACCTCTGAGAGACGTTGAGAGTCCTTTTTTAGTTCGCACTGTAAGTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGAGAGACGTTGAGAGTCCTTTTTTAGTTCGCACTGTAAGTGGT  800

seq1  TTATGAGAGGCCTGTGAGATGCCTCTGTGGGTTAATATGC-TTGCCCTAT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTATGAGAGGCCTGTGAGATGCCTCTGTGGGTTAATATGCTTTGCCCTAT  850

seq1  GAGCCTGTGAATCTGAGCTCAACCTCTAGAACTCATGTTAAATAAAATAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGTGAATCTGAGCTCAACCTCTAGAACTCATGTTAAATAAAATAA  900

seq1  ATAACCAGATGCATTGGCACACATCTGTAAGCCCAGAACTCACACCAACA  949
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  ATAACCAGATGCATTGGCACACATCTGT-AGCCCAGAACTCACACC-ACA  948

seq1  GGAAGATGGGAGCTGAAGAGTAGACTCCACTCAAAGCTTATAGGCCAGCT  999
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGATGGGAGCTGAAGAGTAGACT-CACTCAAAGCTTATAGGCCAGCT  997

seq1  AGCCTAGTGTATGCAGCACGACAGAAATGACAAAAAAAAACCTGCCTCAA  1049
      || ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||  |
seq2  AG-CTAGTGTATGCAGCACGACGGAAATGAC--AAAAAAACCTG-CTTTA  1043

seq1  CAAGTTTGAAGGAAAGAACTGACTCCCTAATGTTGTCCTGTGACCTCTAT  1099
      ||   |||||||||||||||||||||   ||||||  |||||| ||||| 
seq2  CA--GTTGAAGGAAAGAACTGACTCC--TATGTTG-GCTGTGAACTCTA-  1087

seq1  ATGTTCCCTATGGCATCCATGTGCCTATGCTCATACATCATACCA  1144
      ||||||||||||| || |||||| ||||| ||||  |||||||||
seq2  ATGTTCCCTATGGAAT-CATGTG-CTATGGTCAT--ATCATACCA  1128