BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120C11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 78,954,100 - 79,084,766
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667922
Upstream geneLOC100040026, LOC100040036
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120C11.bB6Ng01-120C11.g
ACCDH924171DH924172
length1,1231,092
definitionDH924171|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120C11, 5' end.DH924172|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(78,954,100 - 78,955,226)(79,083,657 - 79,084,766)
sequence
gaattcaaggcccatatctaaagataataaaagcaatttactgcatacca
atagccagtataacattaagtggagacatacatgaagcaatcccactgaa
atcagggacaagacaaggatgcacacactccccatatctattcaatatag
cactcgcagtgttagctagaacaataagacaacaaaaagagatcaagagg
ctacaacttggtatagaagaattaaggtatcactatttgtggacactatt
atagtacacataagcgacctcaaaaattctaccagagaaatttgccagct
gataaacaacttcagcaaagtggccagatataaaattaactcaaataaat
cagtaattctcctttataaaatggataaatgagctgagaaaaaaaaagat
tcaatcttacagagagaattttttgttggcattaatggaaacattttgaa
atgatcaagacttcaaataatccatatggtacacagtttatatatttcat
atatttcaagtagttggtcatttttaccagcactttaaaatgtgtgttat
ccagaatctatctctatataggatgtgatattatttgcttgagaacaaaa
gaaatgtaaaatcagagattttagacttttataatatgttttgcgagaaa
ctctaataacaatcaaatgataaaaatattcaacttgagattatattatt
caaatgtgaacaagtgggtaatttggataagaacatttgccagaaattgg
tatctatcaatacttgtgtattacacatcattagttgacctaatctatct
gttgtaccagaatatctcatattaaaccaccttatctgggtttgaataaa
ttagatgagataagatatgcatgaattgaactcagaggtacagaagttag
ctagcaaacatttagactgcattaactttgctaagtcttgttcttggcct
atgtctttgcattttgagatctggttgtatatagtatcatataggctaca
atgtagctaaaataaccttaaatttctgattcttctacatgtcttgctga
gtcgtagatagcttaaacatcatgttttttctggtttcacgcagtcttgg
agagcaaccaggattcatgcaat
gaattccaaaaattacattagcacactaattatctgcagctgtcaaaaaa
catgcctctgttagaggatgagacaaatcgacagtcagctgatgtggata
gaccatgaacactccatggcagccccatgtccatacacctaggattaaaa
caaaaacagattcttataatattccttataataaatataatatttaaaga
aaccaaaattccataattgtcattacactactgtactatgaattcatttt
ttctacctccctttttccctaagacatcatattttgtctatatgatactc
tcttactgtttctatgaaggagatttatgtcccctatttttatcaccatt
tataaagacaaatagatctttgctctcttgcgttctttctacaaacctga
cttcctagattaattagtggcctccattctccttataaaccttatcttaa
agctgtatattatcatgttaacagctattctatttctttgcttagtcaca
atttgtacccaaatccttttaaagagctatacattaattttatataacag
taggtaaaattaatttctataacaataaggcttataattttaatgttgat
gagttattttgaagaattcaaagaataaaaaatattttttaatactttga
taaaatgtgctaacttaattatcctactttctttattttttgtaaaaaac
actaactgacaacaactttggtcaaaggaaaaggtttctttggtttacat
gtccaaccactaccaatcattaaagaagtcagccagggactctaggtatg
tacctggaagcaggactgaattagggaatatgaaagaaggctgcatactg
gtttgctctctagacttgctcagctaacattctacagctctaggcacatg
ctcaggctaagccacccttagtgggctcatccattctatggatactagat
ggaagtaccttcttagttaagatttcacttccagatgttataatttatgt
tcaaccagcaacacaaatgtactattcccattgatagatacatggatgaa
caaacttccttagtatactgctcaaatcatttagaaatattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_78954100_78955226
seq2: B6Ng01-120C11.b_51_1173

seq1  GAATTCAAGGCCCATATCTAAAGATAATAAAAGCAATTTACTGCATACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCCATATCTAAAGATAATAAAAGCAATTTACTGCATACCA  50

seq1  ATAGCCAGTATAACATTAAGTGGAGACATACATGAAGCAATCCCACTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCAGTATAACATTAAGTGGAGACATACATGAAGCAATCCCACTGAA  100

seq1  ATCAGGGACAAGACAAGGATGCACACACTCCCCATATCTATTCAATATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGACAAGACAAGGATGCACACACTCCCCATATCTATTCAATATAG  150

seq1  CACTCGCAGTGTTAGCTAGAACAATAAGACAACAAAAAGAGATCAAGAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCGCAGTGTTAGCTAGAACAATAAGACAACAAAAAGAGATCAAGAGG  200

seq1  CTACAACTTGGTATAGAAGAATTAAGGTATCACTATTTGTGGACACTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAACTTGGTATAGAAGAATTAAGGTATCACTATTTGTGGACACTATT  250

seq1  ATAGTACACATAAGCGACCTCAAAAATTCTACCAGAGAAATTTGCCAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACACATAAGCGACCTCAAAAATTCTACCAGAGAAATTTGCCAGCT  300

seq1  GATAAACAACTTCAGCAAAGTGGCCAGATATAAAATTAACTCAAATAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAACAACTTCAGCAAAGTGGCCAGATATAAAATTAACTCAAATAAAT  350

seq1  CAGTAATTCTCCTTTATAAAATGGATAAATGAGCTGAGAAAAAAAAAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAATTCTCCTTTATAAAATGGATAAATGAGCTGAGAAAAAAAAAGAT  400

seq1  TCAATCTTACAGAGAGAATTTTTTGTTGGCATTAATGGAAACATTTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCTTACAGAGAGAATTTTTTGTTGGCATTAATGGAAACATTTTGAA  450

seq1  ATGATCAAGACTTCAAATAATCCATATGGTACACAGTTTATATATTTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCAAGACTTCAAATAATCCATATGGTACACAGTTTATATATTTCAT  500

seq1  ATATTTCAAGTAGTTGGTCATTTTTACCAGCACTTTAAAATGTGTGTTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCAAGTAGTTGGTCATTTTTACCAGCACTTTAAAATGTGTGTTAT  550

seq1  CCAGAATCTATCTCTATATAGGATGTGATATTATTTGCTTGAGAACAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATCTATCTCTATATAGGATGTGATATTATTTGCTTGAGAACAAAA  600

seq1  GAAATGTAAAATCAGAGATTTTAGACTTTTATAATATGTTTTGCGAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTAAAATCAGAGATTTTAGACTTTTATAATATGTTTTGCGAGAAA  650

seq1  CTCTAATAACAATCAAATGATAAAAATATTCAACTTGAGATTATATTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAATAACAATCAAATGATAAAAATATTCAACTTGAGATTATATTATT  700

seq1  CAAATGTGAACAAGTGGGTAATTTGGATAAGAACATTTGCCAGAAATTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTGAACAAGTGGGTAATTTGGATAAGAACATTTGCCAGAAATTGG  750

seq1  TATCTATCAATACTTGTGTATTACACATCATTAGTTGACCTAATCTATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCAATACTTGTGTATTACACATCATTAGTTGACCTAATCTATCT  800

seq1  GTTGTACCAGAATATCTCATATTAAACCACCTTATCTGGGTTTGAATAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTACCAGAATATCTCATATTAAACCACCTTATCTGGGTTTGAATAAA  850

seq1  TTAGATGAGATAAGATATGCATGAATTGAACTCAGAGGTACAGAAGTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATGAGATAAGATATGCATGAATTGAACTCAGAGGTACAGAAGTTAG  900

seq1  CTAGCAAACATTTAGACTGCATTAACTTTGCTAAGTCTTGTTCTTGGCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAAACATTTAGACTGCATTAACTTTGCTAAGTCTTGTTCTTGGCCT  950

seq1  ATGTCTTTGCATTTTGAGATCTGGTTGTATATAGTATCATATAGGCTACA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTTGCATTTTGAGATCTGGTTGTATATAGTATCATATAGGCTACA  1000

seq1  ATGTAGCTAAAAATAACCTTAAATTTCTGATTCTTCTACATGTCTTGCTG  1050
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGCT-AAAATAACCTTAAATTTCTGATTCTTCTACATGTCTTGCTG  1049

seq1  AGTCGTAGGATAGCTTAAACATCATG-TTTTTCTGGTTTCACGCAGTCTT  1099
      ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGTA-GATAGCTTAAACATCATGTTTTTTCTGGTTTCACGCAGTCTT  1098

seq1  -GAGAGCCAAACCCAGGGATTCATGCAAT  1127
       ||||||  ||||   |||||||||||||
seq2  GGAGAGC--AACC--AGGATTCATGCAAT  1123

seq1: chr4_79083657_79084766
seq2: B6Ng01-120C11.g_70_1161 (reverse)

seq1  AAATATTTCTAAAATGAATTTGAGCAGTATTACTAAAGGAAGTTTTGTTC  50
      |||||||||| ||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||
seq2  AAATATTTCT-AAATG-ATTTGAGCAGTA-TACT-AAGGAAG-TTTGTTC  45

seq1  ATACATGTATCTTATCAATGGG-ATAGTTACATTTTGTTGTTGCTGGTTT  99
      || |||||||| |||||||||| |||| |||||||   ||||||||||| 
seq2  ATCCATGTATC-TATCAATGGGAATAG-TACATTT--GTGTTGCTGGTTG  91

seq1  GACATAAATTATAACATCTGGAAGTGGAAATCTTAACTAAGAAGGTACTT  149
       |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAAATTATAACATCTGGAAGT-GAAATCTTAACTAAGAAGGTACTT  140

seq1  CCATCTTAGTAATCCATAGAATGGATGAGCCCACTAAGGGTGGCCTTAGC  199
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCATC-TAGT-ATCCATAGAATGGATGAGCCCACTAAGGGTGG-CTTAGC  187

seq1  CTTGAGCATGTTGCCTAGAGCTGTAGAAATGTTAGCTGAGCAAGTCTTAG  249
      | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  C-TGAGCATG-TGCCTAGAGCTGTAG-AATGTTAGCTGAGCAAGTC-TAG  233

seq1  AGAGCAAACCAGTATGCAGCCTTCTTTCATATTCCCTAATTCAGTTCCTG  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGAGCAAACCAGTATGCAGCCTTCTTTCATATTCCCTAATTCAG-TCCTG  282

seq1  CTTCCAGGTACATACCTAGAGTCCCTGGCCTGACTTCTTTAATGATTGGT  349
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGGTACATACCTAGAGTCCCTGG-CTGACTTCTTTAATGATTGGT  331

seq1  AGTGGTTGGACATGTAAACCAAAGAAACCTTTTCCTTTGACCAAAGTTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTGGACATGTAAACCAAAGAAACCTTTTCCTTTGACCAAAGTTGT  381

seq1  TGTCAGTTAGTGTTTTTTACAAAAAATAAAGAAAGTAGGATAATTAAGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTTAGTGTTTTTTACAAAAAATAAAGAAAGTAGGATAATTAAGTT  431

seq1  AGCACATTTTATCAAAGTATTAAAAAATATTTTTTATTCTTTGAATTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATTTTATCAAAGTATTAAAAAATATTTTTTATTCTTTGAATTCTT  481

seq1  CAAAATAACTCATCAACATTAAAATTATAAGCCTTATTGTTATAGAAATT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAACTCATCAACATTAAAATTATAAGCCTTATTGTTATAGAAATT  531

seq1  AATTTTACCTACTGTTATATAAAATTAATGTATAGCTCTTTAAAAGGATT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTACCTACTGTTATATAAAATTAATGTATAGCTCTTTAAAAGGATT  581

seq1  TGGGTACAAATTGTGACTAAGCAAAGAAATAGAATAGCTGTTAACATGAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTACAAATTGTGACTAAGCAAAGAAATAGAATAGCTGTTAACATGAT  631

seq1  AATATACAGCTTTAAGATAAGGTTTATAAGGAGAATGGAGGCCACTAATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACAGCTTTAAGATAAGGTTTATAAGGAGAATGGAGGCCACTAATT  681

seq1  AATCTAGGAAGTCAGGTTTGTAGAAAGAACGCAAGAGAGCAAAGATCTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAGGAAGTCAGGTTTGTAGAAAGAACGCAAGAGAGCAAAGATCTAT  731

seq1  TTGTCTTTATAAATGGTGATAAAAATAGGGGACATAAATCTCCTTCATAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTTATAAATGGTGATAAAAATAGGGGACATAAATCTCCTTCATAG  781

seq1  AAACAGTAAGAGAGTATCATATAGACAAAATATGATGTCTTAGGGAAAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTAAGAGAGTATCATATAGACAAAATATGATGTCTTAGGGAAAAA  831

seq1  GGGAGGTAGAAAAAATGAATTCATAGTACAGTAGTGTAATGACAATTATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTAGAAAAAATGAATTCATAGTACAGTAGTGTAATGACAATTATG  881

seq1  GAATTTTGGTTTCTTTAAATATTATATTTATTATAAGGAATATTATAAGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTGGTTTCTTTAAATATTATATTTATTATAAGGAATATTATAAGA  931

seq1  ATCTGTTTTTGTTTTAATCCTAGGTGTATGGACATGGGGCTGCCATGGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTTTTGTTTTAATCCTAGGTGTATGGACATGGGGCTGCCATGGAG  981

seq1  TGTTCATGGTCTATCCACATCAGCTGACTGTCGATTTGTCTCATCCTCTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCATGGTCTATCCACATCAGCTGACTGTCGATTTGTCTCATCCTCTA  1031

seq1  ACAGAGGCATGTTTTTTGACAGCTGCAGATAATTAGTGTGCTAATGTAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGCATGTTTTTTGACAGCTGCAGATAATTAGTGTGCTAATGTAAT  1081

seq1  TTTTGGAATTC  1110
      |||||||||||
seq2  TTTTGGAATTC  1092