BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-120J03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 126,257,556 - 126,378,052
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClspn, LOC665197, 5730409E04Rik, LOC620877, Psmb2
Upstream geneGrik3, Csf3r, Mrps15, 1810007P19Rik, LOC100039645, Lsm10, Stk40, 2610027C15Rik, 1700029G01Rik, Thrap3, Mtap7d1, Trappc3, Col8a2, EG667193, Adprhl2, Tekt2, Eif2c3, Eif2c1, LOC100039351, Eif2c4
Downstream geneTcfap2e, Ncdn, AU040320, Sfpq, Zmym1, LOC665245, Zmym6, LOC100039968, LOC621588, Dlgap3, BC003266, Gja4, Gjb3, Gjb4, Gjb5, LOC667296
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-120J03.bB6Ng01-120J03.g
ACCDH924481DH924482
length1,0571,053
definitionDH924481|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120J03, 5' end.DH924482|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-120J03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(126,257,556 - 126,258,483)(126,376,991 - 126,378,052)
sequence
gaattcactgttagttcaggctgacctcaaactagtaatcctctgcttca
tccaccaagtgtgtacatcaaacccagccaataggagggaagtatgacac
atgcttcaccatggagggaccgtgacgatatgctaggaacaagaaacatt
tgtcactgagggacaagtactgtataagtctgcctatatagtcactggag
taagcagtttgacagagacaggaaattagatggtggctggagaaagagag
gaagatttgtctaataggcgtagagtttttactacctgaaggacttcgga
ggttgcttatataatagtctcaacgtaattttttctgttttgttttgaga
ctaggtctcattctgtagccctggctgacctggacctcactctatagacc
agattagcctcaaactcacagagatcctacttccttctgtctcccaagtg
ctggaatgaaaggcctggaccactacacccagggatgactagcctttcta
gtcagtccactctgagcatccttatctctgccttatgaggctgtaattac
aggtgggccactctgccaagctggcactgatgcaggttctggggtcaaaa
ctccagttttcacagtagcagggtaaatgctttagccctcaggctcaaaa
cacctttttaaaaagacaaaatacctcatttcccgcttcttaaaagaaat
ttctggtgctgatgagtgtcttaagtccttagcttggctggctgcttgtg
gtgtgctttcagtaacttagtgttttgtcctctagggaggaagagggtga
agaggaggaatttggagacttccagcttgtttcaaaggagaatggatttg
ctagtgacgaggtgagtgcagagagagtacaaccaagctccactcggtgc
tcccctgccctcgttctggagactgagcttagcgtcttaccagaagcagt
gtcctgtgctgagcgtggggacagaactttataaccctctgttgccttct
gtttgtctcatggcgctggagctcaaacctgggacatgtgctcgaaatct
agtgctt
gaattctctactttcttatggttgccaagggggtaacattgaactgggtc
tcatccataaagtggatcttttatgtacttcttcctgcagaagtgtctcc
gcacccgagaactacagagccaagctccattctcctgagattcttacact
tttggaagtggagagtgtgtatcatacacagagacttgcttaaattagat
ggaccattcccttccttctaacttttgtgcatacgactccttgtctgttt
cctctatcaggaaaaagaaacactgtagtgattaacaagtgcttgaaatt
ccataaattttacagctaaggagaacagttgtgacaaacacactgaaaca
acaaaatcagcgactacagagtctgggcggtgacaagcagcggtgtgaca
tctggcggaagccaaagtcacagcaagggggagagaggtgggcgtgagga
agcatcctgccgagcgtggacacagacagggagaggaattgacagtcttc
ttttggagccaggccagcctctgccacctctaattgaatgggatgacatt
actatgactgagggacttgaagaacgatgcagtttctttggggccaatct
aagcagtgtgggaattcgtctacttctatgcctggtgggtcagtaaggtg
gaagtagatactaaaccaccatgggacaagtgagatgagcattgtaatga
atggacttctaaatattctaaacagacaatatatataaaaaaagaacact
gtggccactatttgcaggtggtgggaggacttaaacacagggtcttctgc
atgctaaatgcacgctttcagcagagattcgccagcccatgcttgaagag
gccatctttcatcctaggatagctcatgaaatgtagtttgtacacttgga
gagctgagcttaccgagcttctccagcatccctctacacgtgcgctcatg
ctcaaagagagctgcagtgcacatgggtcccagcatcagtcagactgagt
cattcttcccaagtattaagccccatgtgcttcccagaaaccactctgcc
tcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_126257556_126258483
seq2: B6Ng01-120J03.b_183_1102

seq1  AACAAGAAACATTTGTCACTGAGGGACAAGTACTGTATAAGTCTGCCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGAAACATTTGTCACTGAGGGACAAGTACTGTATAAGTCTGCCTAT  50

seq1  ATAGTCACTGGAGTAAGCAGTTTGACAGAGACAGGAAATTAGATGGTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCACTGGAGTAAGCAGTTTGACAGAGACAGGAAATTAGATGGTGGC  100

seq1  TGGAGAAAGAGAGGAAGATTTGTCTAATAGGCGTAGAGTTTTTACTACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAAAGAGAGGAAGATTTGTCTAATAGGCGTAGAGTTTTTACTACCT  150

seq1  GAAGGACTTCGGAGGTTGCTTATATAATAGTCTCAACGTAATTTTTTCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACTTCGGAGGTTGCTTATATAATAGTCTCAACGTAATTTTTTCTG  200

seq1  TTTTGTTTTGAGACTAGGTCTCATTCTGTAGCCCTGGCTGACCTGGACCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTTGAGACTAGGTCTCATTCTGTAGCCCTGGCTGACCTGGACCT  250

seq1  CACTCTATAGACCAGATTAGCCTCAAACTCACAGAGATCCTACTTCCTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTATAGACCAGATTAGCCTCAAACTCACAGAGATCCTACTTCCTTC  300

seq1  TGTCTCCCAAGTGCTGGAATGAAAGGCCTGGACCACTACACCCAGGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCCCAAGTGCTGGAATGAAAGGCCTGGACCACTACACCCAGGGATG  350

seq1  ACTAGCCTTTCTAGTCAGTCCACTCTGAGCATCCTTATCTCTGCCTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCCTTTCTAGTCAGTCCACTCTGAGCATCCTTATCTCTGCCTTATG  400

seq1  AGGCTGTAATTACAGGTGGGCCACTCTGCCAAGCTGGCACTGATGCAGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGTAATTACAGGTGGGCCACTCTGCCAAGCTGGCACTGATGCAGGT  450

seq1  TCTGGGGTCAAAACTCCAGTTTTCACAGTAGCAGGGTAAATGCTTTAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGTCAAAACTCCAGTTTTCACAGTAGCAGGGTAAATGCTTTAGCC  500

seq1  CTCAGGCTCAAAACACCTTTTTAAAAAGACAAAATACCTCATTTCCCGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGCTCAAAACACCTTTTTAAAAAGACAAAATACCTCATTTCCCGCT  550

seq1  TCTTAAAAGAAATTTCTGGTGCTGATGAGTGTCTTAAGTCCTTAGCTTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAGAAATTTCTGGTGCTGATGAGTGTCTTAAGTCCTTAGCTTGG  600

seq1  CTGGCTGCTTGTGGTGTGCTTTCAGTAACTTAGTGTTTTGTCCTCTAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGCTTGTGGTGTGCTTTCAGTAACTTAGTGTTTTGTCCTCTAGGG  650

seq1  AGGAAGAGGGTGAAGAGGAGGAATTTGGAGACTTCCAGCTTGTTTCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAGGGTGAAGAGGAGGAATTTGGAGACTTCCAGCTTGTTTCAAAG  700

seq1  GAGAATGGATTTGCTAGTGACGAGGTGAGTGCAGAGAGAGTACAACCAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATGGATTTGCTAGTGACGAGGTGAGTGCAGAGAGAGTACAACCAAG  750

seq1  CTCCACTCGGTGCTCCCCTGCCCTCGTTCTTGAGAACTGAGCTTAGCGTC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  CTCCACTCGGTGCTCCCCTGCCCTCGTTCTGGAG-ACTGAGCTTAGCGTC  799

seq1  TTACCAGAAGCAGTGTCCTGTGCTGAGGCGTGGGGACAGAACTTTATAAA  850
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  TTACCAGAAGCAGTGTCCTGTGCTGA-GCGTGGGGACAGAACTTTAT-AA  847

seq1  CCCTCTTGTTGCCTTCTGGTTTTGTCTCATGGCGCTGGAGCTCAAACCTG  900
      ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTC-TGTTGCCTTCTG--TTTGTCTCATGGCGCTGGAGCTCAAACCTG  894

seq1  GGACCATGTGCCCGAAATCCTAGTGCTT  928
      ||| ||||||| |||||| |||||||||
seq2  GGA-CATGTGCTCGAAAT-CTAGTGCTT  920

seq1: chr4_126376991_126378052
seq2: B6Ng01-120J03.g_67_1119 (reverse)

seq1  GGAGGCAGAGTGGTTTCCTGGGAAAGCACATGGGGCTTAATACTTGGGAA  50
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGAGTGGTTT-CTGGG-AAGCACATGGGGCTTAATACTTGGGAA  48

seq1  GAATGACTCCAGGTCCTGACTGATGCTTGGGACCCATGTGCACTGCAGCC  100
      |||||||| |||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  GAATGACT-CAG--TCTGACTGATGC-TGGGACCCATGTGCACTGCAG-C  93

seq1  TCTTCTTTGAGCATTGAGCCGCACGTGTAAGAGGGATGCTGGAGAAGCTC  150
      || |||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TC-TCTTTGAGCA-TGAG-CGCACGTGT-AGAGGGATGCTGGAGAAGCTC  139

seq1  GGTAAGCTCAGCTCTCCAAGTGTACAAACTACATTTCATGAGCTATCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGCTCAGCTCTCCAAGTGTACAAACTACATTTCATGAGCTATCCTA  189

seq1  GGATGAAAGATGGCCTCTTCAAGCATGGGCTGGCGAATCTCTGCTG-AAG  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGATGAAAGATGGCCTCTTCAAGCATGGGCTGGCGAATCTCTGCTGAAAG  239

seq1  CGTGCATTTAGCATGCAGAAGACCCTGTGTTTAAGTCCTCCCACCACCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATTTAGCATGCAGAAGACCCTGTGTTTAAGTCCTCCCACCACCTG  289

seq1  CAAATAGTGGCCACAGTGTTC-TTTTTTATATATATTGTCTGTTTAGAAT  348
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGTGGCCACAGTGTTCTTTTTTTATATATATTGTCTGTTTAGAAT  339

seq1  ATTTAGAAGTCCATTCATTACAATGCTCATCTCACTTGTCCCATGGTGGT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAAGTCCATTCATTACAATGCTCATCTCACTTGTCCCATGGTGGT  389

seq1  TTAGTATCTACTTCCACCTTACTGACCCACCAGGCATAGAAGTAGACGAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTATCTACTTCCACCTTACTGACCCACCAGGCATAGAAGTAGACGAA  439

seq1  TTCCCACACTGCTTAGATTGGCCCCAAAGAAACTGCATCGTTCTTCAAGT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCACACTGCTTAGATTGGCCCCAAAGAAACTGCATCGTTCTTCAAGT  489

seq1  CCCTCAGTCATAGTAATGTCATCCCATTCAATTAGAGGTGGCAGAGGCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGTCATAGTAATGTCATCCCATTCAATTAGAGGTGGCAGAGGCTG  539

seq1  GCCTGGCTCCAAAAGAAGACTGTCAATTCCTCTCCCTGTCTGTGTCCACG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGCTCCAAAAGAAGACTGTCAATTCCTCTCCCTGTCTGTGTCCACG  589

seq1  CTCGGCAGGATGCTTCCTCACGCCCACCTCTCTCCCCCTTGCTGTGACTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGCAGGATGCTTCCTCACGCCCACCTCTCTCCCCCTTGCTGTGACTT  639

seq1  TGGCTTCCGCCAGATGTCACACCGCTGCTTGTCACCGCCCAGACTCTGTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCGCCAGATGTCACACCGCTGCTTGTCACCGCCCAGACTCTGTA  689

seq1  GTCGCTGATTTTGTTGTTTCAGTGTGTTTGTCACAACTGTTCTCCTTAGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCTGATTTTGTTGTTTCAGTGTGTTTGTCACAACTGTTCTCCTTAGC  739

seq1  TGTAAAATTTATGGAATTTCAAGCACTTGTTAATCACTACAGTGTTTCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATTTATGGAATTTCAAGCACTTGTTAATCACTACAGTGTTTCTT  789

seq1  TTTCCTGATAGAGGAAACAGACAAGGAGTCGTATGCACAAAAGTTAGAAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGATAGAGGAAACAGACAAGGAGTCGTATGCACAAAAGTTAGAAG  839

seq1  GAAGGGAATGGTCCATCTAATTTAAGCAAGTCTCTGTGTATGATACACAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGAATGGTCCATCTAATTTAAGCAAGTCTCTGTGTATGATACACAC  889

seq1  TCTCCACTTCCAAAAGTGTAAGAATCTCAGGAGAATGGAGCTTGGCTCTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCACTTCCAAAAGTGTAAGAATCTCAGGAGAATGGAGCTTGGCTCTG  939

seq1  TAGTTCTCGGGTGCGGAGACACTTCTGCAGGAAGAAGTACATAAAAGATC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTCGGGTGCGGAGACACTTCTGCAGGAAGAAGTACATAAAAGATC  989

seq1  CACTTTATGGATGAGACCCAGTTCAATGTTACCCCCTTGGCAACCATAAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTATGGATGAGACCCAGTTCAATGTTACCCCCTTGGCAACCATAAG  1039

seq1  AAAGTAGAGAATTC  1062
      ||||||||||||||
seq2  AAAGTAGAGAATTC  1053