BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-122I02
Chromosome4 (Build37)
Map Location 77,638,440 - 77,688,666
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039974
Upstream genenone
Downstream geneLOC100039996
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-122I02.bB6Ng01-122I02.g
ACCDH925911DH925912
length1,1701,113
definitionDH925911|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122I02, 5' end.DH925912|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-122I02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,687,494 - 77,688,666)(77,638,440 - 77,639,572)
sequence
gaattccatagccttagtagtagtgtcaggccttggggcctccccttgag
ctgagagaaatgactcaggttaagagcactaactgctctcccagaattcc
tgagttaaattcccaacaaccacatctcctcttctgaatctgaagacaga
ttcagtatatatgtttatatctggatctagatataaatataaatattgta
tgtgggtgtgtatcttgttgatacatgttgatacattgtattgttctttt
tgttactaatttattgatttcaatcctgttttattatatcccgcagtgta
ttactctttggtgtgtttgcttctttttgttctagacctttcaggtgtgc
agtttagctgctataagagctctccaatttttttaggaaggcacgtagtg
ctatgaaatttcctcttagcacttctttcattttgtacaatgagtttggg
tatgttgtgacttcattttcactgaattctagaaagccttcaatttcatt
tttttttcttttttccctcaacagtcattgaatagaaagttgttcagttt
actagtgtatagtcgcaaagttaaagacaaaactttatccagtggtgagc
catgtaaaataaccccagaataagtattttacagaaacaaaccatgattg
agtcaggaccaagaccactgtctcatacaaattgagcatgtaaacatgat
gggatggttgggtttagccatttttttaaaaatatttattaggtattttc
cccatttacatttccaatgctatcccaaaagtcccccatacccacccccc
acgcccctacccacccactccccctttagccattaaagagcacaagcaca
catagtttagtagtttaagctgtgcttgtgttggtatgttgatgtgttac
aagcatgtcctcatgtcttagccccaagtacttgggatatgacaaacggg
actcattgtgatcattgctttacaggtttaggatctcatcatgccactga
cccttctaagctagaagggattcacatgcactaagcaccatacagtcatc
aaagccactaaggtgagacttccaaatgcttggtattttctaacaggatg
aacaactctgatgctcttacttaagaaaactaagctaataacattttaga
aaatcctgaaaactgtattt
gaattcaataaagacaaaaataaattgtggaagagcttcataaggaatta
agtcttaaatctctagagtgccagctccatttcattcattcggttatcta
gttgttcattcaggcaacaaagttaatcaatcacatgactctagtctaca
taatgaaaacatgatgggtactatttattttctcaaagacttcatggatt
aaaaggagtaggagtgaatataaaccacaatgtaatgttatggatgctat
aatgtggcatttgtaaggaaagggaaatggaaacagaaaagtgcgatcca
aatgctcttggctgttagctatatatagaacctggactccactataatta
ttcacttcttaagtgggaaggaagtgcatcctgagctaaaatgattacaa
agaaataagcttcctgacgagggaatgcacgtctgcatttcttggcagga
ggaatggcaaaatatgtagactcaagcagaggcttgactgtagtagattc
ttaatgaatacttgtggactgaatctctaaatggataattagccaaaaaa
aaaaatagctgattgtgccgaaatgatcatgcttattacagacaccaata
aacacacacattttgaagtaatttataattgtagctcagaataaattgtc
ttgtattgaatttgcttggcaagtgttgtgaagagtaaaagagaaaaaca
gcgactttgtgcttagaaacttgctttctactctaggcagtagggtctga
gtcttgccttttggtcatcatgaccttggcccgggtacttgatcttgtta
aatgtgtttgctgctggctaaagtgcagtcttattctgacgagagtttat
tcttttaaaatatgtactaaaaaatctagaattcagtaagtcctctgtat
tgatacctcataataattattaatatgcatgggtcagcttttaaatagta
atacaattgcagaaatagctggtttctatatcggagaagatgtaactaca
taaatagtatataagtgatccactgagtatcattcatgaaattttgtcat
ttgtttatatcagaagaatgacgtggcaaggatttcaaataatcgtgtaa
tgctcctgttata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_77687494_77688666
seq2: B6Ng01-122I02.b_44_1213 (reverse)

seq1  AAATA---TTTTCAGAATTTTCTAAAATGTTATTAGCTTAGTATTTTCCT  47
      |||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |
seq2  AAATACAGTTTTCAGGATTTTCTAAAATGTTATTAGCTTAG--TTTTCTT  48

seq1  AAAGTAGAGCATACAG-GTTG-TCATCCTGTATAGGAAACTCCCAGCA-T  94
      ||   ||||||| ||| |||| ||||||||| ||| |||  || |||| |
seq2  AAGTAAGAGCAT-CAGAGTTGTTCATCCTGT-TAGAAAATACCAAGCATT  96

seq1  TGTGAGTCTCACTTTAGTGGCTTTGATGACTGTATGGTGGCTTAGTGCAT  144
      ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  TGGAAGTCTCACCTTAGTGGCTTTGATGACTGTATGGT-GCTTAGTGCA-  144

seq1  TGTGAATCCCTTCTAGCTAAGAAGGGTCAGATGGCATGATTGAGATCCTA  194
      |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TGTGAATCCCTTCTAGCTTAGAAGGGTCAG-TGGCATGA-TGAGATCCTA  192

seq1  AACCTGTGAAAGCAATGATCACAATGAGTCCCGTTTGTACATAT-CCATG  243
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |
seq2  AACCTGT-AAAGCAATGATCACAATGAGTCCCGTTTGT-CATATCCCAAG  240

seq1  TACTTGTGGCTATGACATGAGGACATGCTTGTAACACATCAACATACC-A  292
      |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TACTTGGGGCTAAGACATGAGGACATGCTTGTAACACATCAACATACCAA  290

seq1  CACAAGCACAGCTTAAACTACTTAACTATGTGTGCTTGTGCTCTTTAATG  342
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGCACAGCTTAAACTACTAAACTATGTGTGCTTGTGCTCTTTAATG  340

seq1  GCTAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGCGTGGGGGGTGGGTATGGGGGA  392
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCT-AAAGGGGGAGTGGGTGGGTAGGGGCGTGGGGGGTGGGTATGGGGGA  389

seq1  CTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGGGGAAAATACCTAATAAATAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGGGGAAAATACCTAATAAATAT  439

seq1  TTTTAAAAAAATGGCTAAACCCAACCATCCCATCATGTTTACATGCTCAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAAAATGGCTAAACCCAACCATCCCATCATGTTTACATGCTCAA  489

seq1  TTTGTATGAGACAGTGGTCTTGGTCCTGACTCAATCATGGTTTGTTTCTG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATGAGACAGTGGTCTTGGTCCTGACTCAATCATGGTTTGTTTCTG  539

seq1  TAAAATACTTATTCTGGGGTTATTTTACATGGCTCACCACTGGATAAAGT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATACTTATTCTGGGGTTATTTTACATGGCTCACCACTGGATAAAGT  589

seq1  TTTGTCTTTAACTTTGCGACTATACACTAGTAAACTGAACAACTTTCTAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTTTAACTTTGCGACTATACACTAGTAAACTGAACAACTTTCTAT  639

seq1  TCAATGACTGTTGAGGGAAAAAAGAAAAAAAAATGAAATTGAAGGCTTTC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGACTGTTGAGGGAAAAAAGAAAAAAAAATGAAATTGAAGGCTTTC  689

seq1  TAGAATTCAGTGAAAATGAAGTCACAACATACCCAAACTCATTGTACAAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATTCAGTGAAAATGAAGTCACAACATACCCAAACTCATTGTACAAA  739

seq1  ATGAAAGAAGTGCTAAGAGGAAATTTCATAGCACTACGTGCCTTCCTAAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGAAGTGCTAAGAGGAAATTTCATAGCACTACGTGCCTTCCTAAA  789

seq1  AAAATTGGAGAGCTCTTATAGCAGCTAAACTGCACACCTGAAAGGTCTAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGGAGAGCTCTTATAGCAGCTAAACTGCACACCTGAAAGGTCTAG  839

seq1  AACAAAAAGAAGCAAACACACCAAAGAGTAATACACTGCGGGATATAATA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAGAAGCAAACACACCAAAGAGTAATACACTGCGGGATATAATA  889

seq1  AAACAGGATTGAAATCAATAAATTAGTAACAAAAAGAACAATACAATGTA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGATTGAAATCAATAAATTAGTAACAAAAAGAACAATACAATGTA  939

seq1  TCAACATGTATCAACAAGATACACACCCACATACAATATTTATATTTATA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATGTATCAACAAGATACACACCCACATACAATATTTATATTTATA  989

seq1  TCTAGATCCAGATATAAACATATATACTGAATCTGTCTTCAGATTCAGAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATCCAGATATAAACATATATACTGAATCTGTCTTCAGATTCAGAA  1039

seq1  GAGGAGATGTGGTTGTTGGGAATTTAACTCAGGAATTCTGGGAGAGCAGT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGATGTGGTTGTTGGGAATTTAACTCAGGAATTCTGGGAGAGCAGT  1089

seq1  TAGTGCTCTTAACCTGAGTCATTTCTCTCAGCTCAAGGGGAGGCCCCAAG  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCTCTTAACCTGAGTCATTTCTCTCAGCTCAAGGGGAGGCCCCAAG  1139

seq1  GCCTGACACTACTACTAAGGCTATGGAATTC  1173
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACACTACTACTAAGGCTATGGAATTC  1170

seq1: chr4_77638440_77639572
seq2: B6Ng01-122I02.g_66_1178

seq1  GAATTCAATAAAGACAAAAATAAATTGTGGAAGAGCTTCATAAGGAATTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAAGACAAAAATAAATTGTGGAAGAGCTTCATAAGGAATTA  50

seq1  AGTCTTAAATCTCTAGAGTGCCAGCTCCATTTCATTCATTCGGTTATCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTAAATCTCTAGAGTGCCAGCTCCATTTCATTCATTCGGTTATCTA  100

seq1  GTTGTTCATTCAGGCAACAAAGTTAATCAATCACATGACTCTAGTCTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTCATTCAGGCAACAAAGTTAATCAATCACATGACTCTAGTCTACA  150

seq1  TAATGAAAACATGATGGGTACTATTTATTTTCTCAAAGACTTCATGGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAAACATGATGGGTACTATTTATTTTCTCAAAGACTTCATGGATT  200

seq1  AAAAGGAGTAGGAGTGAATATAAACCACAATGTAATGTTATGGATGCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGAGTAGGAGTGAATATAAACCACAATGTAATGTTATGGATGCTAT  250

seq1  AATGTGGCATTTGTAAGGAAAGGGAAATGGAAACAGAAAAGTGCGATCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGGCATTTGTAAGGAAAGGGAAATGGAAACAGAAAAGTGCGATCCA  300

seq1  AATGCTCTTGGCTGTTAGCTATATATAGAACCTGGACTCCACTATAATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTCTTGGCTGTTAGCTATATATAGAACCTGGACTCCACTATAATTA  350

seq1  TTCACTTCTTAAGTGGGAAGGAAGTGCATCCTGAGCTAAAATGATTACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTCTTAAGTGGGAAGGAAGTGCATCCTGAGCTAAAATGATTACAA  400

seq1  AGAAATAAGCTTCCTGACGAGGGAATGCACGTCTGCATTTCTTGGCAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAAGCTTCCTGACGAGGGAATGCACGTCTGCATTTCTTGGCAGGA  450

seq1  GGAATGGCAAAATATGTAGACTCAAGCAGAGGCTTGACTGTAGTAGATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGCAAAATATGTAGACTCAAGCAGAGGCTTGACTGTAGTAGATTC  500

seq1  TTAATGAATACTTGTGGACTGAATCTCTAAATGGATAATTAGCCAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAATACTTGTGGACTGAATCTCTAAATGGATAATTAGCCAAAAAA  550

seq1  AAAAATAGCTGATTGTGCCGAAATGATCATGCTTATTACAGACACCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGCTGATTGTGCCGAAATGATCATGCTTATTACAGACACCAATA  600

seq1  AACACACACATTTTGAAGTAATTTATAATTGTAGCTCAGAATAAATTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACACATTTTGAAGTAATTTATAATTGTAGCTCAGAATAAATTGTC  650

seq1  TTGTATTGAATTTGCTTGGCAAGTGTTGTGAAGAGTAAAAGAGAAAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTGAATTTGCTTGGCAAGTGTTGTGAAGAGTAAAAGAGAAAAACA  700

seq1  GCGACTTTGTGCTTAGAAACTTGCTTTCTACTCTAGGCAGTAGGGTCTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACTTTGTGCTTAGAAACTTGCTTTCTACTCTAGGCAGTAGGGTCTGA  750

seq1  GTCTTGCCTTTTGGTCATCATGACCTTGGCCCGGGTACTTGATCTTGTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCCTTTTGGTCATCATGACCTTGGCCCGGGTACTTGATCTTGTTA  800

seq1  AATGTGTTTGCTGCTGGCTAAAGTGCAGTCTTATTCTGACGAGAGTTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTTTGCTGCTGGCTAAAGTGCAGTCTTATTCTGACGAGAGTTTAT  850

seq1  TCTTTTAAAATATGTACTAAAAAATCTAGAATTCAGTAAGTCCTCTGTAA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCTTTTAAAATATGTACTAAAAAATCTAGAATTCAGTAAGTCCTCTGT-A  899

seq1  TTGATACCTCATAATAATTATTAATATGCATGGGTCAGCTTTTAAATAGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACCTCATAATAATTATTAATATGCATGGGTCAGCTTTTAAATAGT  949

seq1  AAATACAATTGCAG-AATAGCTGGTATCTATAATCGAGAAGAATGTAACT  999
       ||||||||||||| |||||||||| ||||||   |||||| ||||||||
seq2  -AATACAATTGCAGAAATAGCTGGTTTCTATATCGGAGAAG-ATGTAACT  997

seq1  ACAATAAAATAGTTATTATAAGTGATCCCACTGGAGTAATCATTTCATGA  1049
      |||   |||||||   |||||||||| ||||| |||| |||| |||||||
seq2  ACA--TAAATAGT--ATATAAGTGAT-CCACT-GAGT-ATCA-TTCATGA  1039

seq1  AATTTTTGTCCCATATGTTTATATCAGAGAAATGGAACGTGGCCAAAGAT  1099
      || ||||||  ||| |||||||||||||  ||||  |||||||  |||  
seq2  AA-TTTTGT--CATTTGTTTATATCAGAAGAATG--ACGTGGC--AAGGA  1082

seq1  TTTCAAATAATCGTGTAAAATTGCTCCTGTTATA  1133
      ||||||||||||||||||   |||||||||||||
seq2  TTTCAAATAATCGTGTAA---TGCTCCTGTTATA  1113