BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-127G18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 85,549,341 - 85,709,138
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668052
Upstream geneD530005L17Rik, LOC622811, LOC100040303, Sh3gl2, A930009N24
Downstream geneAdamtsl1, 4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l, Slc24a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-127G18.bB6Ng01-127G18.g
ACCDH929544DH929545
length1,170810
definitionDH929544|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127G18, 5' end.DH929545|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-127G18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,549,341 - 85,550,516)(85,708,332 - 85,709,138)
sequence
gaattcagatcccaaatttatgtaaaagaaaaaatagcaggtgtggtcac
atgcacctgcattcccagtgcagaggagtaaagaccagtatatccaggaa
gctactagatcaggcaaaactcagcaaggccaagtttggtaagagatgct
ctctaaagagtctaaggtagatggatacctggcatctccctcttgcctgt
gaattcatgagctcagccacacagaccacctgtgtgtgtacacacacatc
ctcccctcccacaacaaaaacaataattatatgataaactattctaacta
gttgctgtaaccaagttcaagtgtgtggggtctcttcaaatgccattgcc
atcagggagggtaatgatccatgtgagtcaagaaggaatctcagtcagca
ggactcagcagccttcgttggttcaaactgctagagtctgatgccaggac
cttttactttggacatacttaagtacagtacaactttggcagaaagtttc
ctggtgacagttattacaataaagcttaagatgtgactaagcatgtaaag
aaaacatcaaaactcttttgcaatgcatatgcaacatcttccataacaat
gcattctaccattgaagggccaaggagagaatctggtgtgggctctgtca
ttatagaggtcactaagctataaagtatacatgacatctcccctggggat
ggattctattgacttaaaaacaatgctgaagataaaggtcaggaaggaat
gttctgggataaacataaatggttttggtgaattcagtgtggcctgggcc
tatacagatggcacaaaatcaccaggctattaactacgtccactctcagt
tttccaggcagaaaacaggtatgcatctcaaaattttgagggtctaacat
ggattagaaaccacagttagaaaacatttggctttaaaaccactcatgcg
tgaagagatggctcagcagttgagtacatgttcctctttctgagaacctg
aatctgtggttcctggtacctaggtcagtgacttacagccttctacagct
ctagcttcaagcgatctgacaccccctttcttgaattcaaagcattgcat
catttgttatgtgggttgggtgcaacatcaacacaacacacacacatgca
gatacacacgtgcacgcatg
gaattcaatgaaaacagtgacctaaaggaagggaatctggattgtatggt
tgaccctacttaagaggtattgctgatagatgggactcaaatttcccagt
caacactttgcattttaaattcagttatttgtcaaacaaaagtgcaatga
tggacaattgcttcacttattcacagagcaagcttacaataagtacctat
ttaaataaaattctgcctgccatcaaggaggcagattgtgtgtgtgtttg
tgtgtgtgtgtgttggatatgatgacaccaaattcttacctccaaagggg
tccccatcattagaggctacattctgtacagggtgcaagatctggcagtc
tacatgctatcaagatccttctgtaacagtaaattcaaagcaagcttgtc
atttcaggcaagctacaagccccagagcaagggctcaatgaccaatggct
agaacaactcttatgaaagagcaggaaatttcttccaagatctttttcca
aatctcactccagcccaggaacaatgggcactctgatggtttccattacc
cctttttcatttctggttctgctgacaaagttcaatatttaaacaataca
tgtaaagacttcaagtggtggctgagattatagcctacaaaatgggttgg
ggaaatcagatacccgaccatacctctctataagattggagtgaggtata
ttttattttattggacagtttgaaattattataggttgttgacaatttcc
tgtctcatttcttttatgctcttggaagttaggtcaggatgtcttgggtt
atcacactcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_85549341_85550516
seq2: B6Ng01-127G18.b_44_1213

seq1  GAATTCAGATCCCAAATTTATGTAAAAGAAAAAATAGCAGGTGTGGTCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGATCCCAAATTTATGTAAAAGAAAAAATAGCAGGTGTGGTCAC  50

seq1  ATGCACCTGCATTCCCAGTGCAGAGGAGTAAAGACCAGTATATCCAGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACCTGCATTCCCAGTGCAGAGGAGTAAAGACCAGTATATCCAGGAA  100

seq1  GCTACTAGATCAGGCAAAACTCAGCAAGGCCAAGTTTGGTAAGAGATGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTAGATCAGGCAAAACTCAGCAAGGCCAAGTTTGGTAAGAGATGCT  150

seq1  CTCTAAAGAGTCTAAGGTAGATGGATACCTGGCATCTCCCTCTTGCCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGAGTCTAAGGTAGATGGATACCTGGCATCTCCCTCTTGCCTGT  200

seq1  GAATTCATGAGCTCAGCCACACAGACCACCTGTGTGTGTACACACACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAGCTCAGCCACACAGACCACCTGTGTGTGTACACACACATC  250

seq1  CTCCCCTCCCACAACAAAAACAATAATTATATGATAAACTATTCTAACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTCCCACAACAAAAACAATAATTATATGATAAACTATTCTAACTA  300

seq1  GTTGCTGTAACCAAGTTCAAGTGTGTGGGGTCTCTTCAAATGCCATTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTGTAACCAAGTTCAAGTGTGTGGGGTCTCTTCAAATGCCATTGCC  350

seq1  ATCAGGGAGGGTAATGATCCATGTGAGTCAAGAAGGAATCTCAGTCAGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGAGGGTAATGATCCATGTGAGTCAAGAAGGAATCTCAGTCAGCA  400

seq1  GGACTCAGCAGCCTTCGTTGGTTCAAACTGCTAGAGTCTGATGCCAGGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCAGCAGCCTTCGTTGGTTCAAACTGCTAGAGTCTGATGCCAGGAC  450

seq1  CTTTTACTTTGGACATACTTAAGTACAGTACAACTTTGGCAGAAAGTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTTTGGACATACTTAAGTACAGTACAACTTTGGCAGAAAGTTTC  500

seq1  CTGGTGACAGTTATTACAATAAAGCTTAAGATGTGACTAAGCATGTAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGACAGTTATTACAATAAAGCTTAAGATGTGACTAAGCATGTAAAG  550

seq1  AAAACATCAAAACTCTTTTGCAATGCATATGCAACATCTTCCATAACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATCAAAACTCTTTTGCAATGCATATGCAACATCTTCCATAACAAT  600

seq1  GCATTCTACCATTGAAGGGCCAAGGAGAGAATCTGGTGTGGGCTCTGTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTACCATTGAAGGGCCAAGGAGAGAATCTGGTGTGGGCTCTGTCA  650

seq1  TTATAGAGGTCACTAAGCTATAAAGTATACATGACATCTCCCCTGGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGAGGTCACTAAGCTATAAAGTATACATGACATCTCCCCTGGGGAT  700

seq1  GGATTCTATTGACTTAAAAACAATGCTGAAGATAAAGGTCAGGAAGGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCTATTGACTTAAAAACAATGCTGAAGATAAAGGTCAGGAAGGAAT  750

seq1  GTTCTGGGATAAACAT-AATGGTTTTGGTGAATTCAGGTGTGGCCTGGGC  799
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTCTGGGATAAACATAAATGGTTTTGGTGAATTCA-GTGTGGCCTGGGC  799

seq1  CTATACAGATGGCACAAAATCACCAGGCTATTAACTACGTCCACTCTCAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACAGATGGCACAAAATCACCAGGCTATTAACTACGTCCACTCTCAG  849

seq1  TTTTCCAGGCAGAAAACAGGTATGCATCTCAAAATTTTGAGGGTCTAACA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAGGCAGAAAACAGGTATGCATCTCAAAATTTTGAGGGTCTAACA  899

seq1  TGGATTAGAAACCACAGTTAGAAAACAATTGGCTTTAAAACCACTCAGGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  TGGATTAGAAACCACAGTTAGAAAACATTTGGCTTTAAAACCACTCATGC  949

seq1  GTGAAGAGATGGCTCAGCAGTTGAGTACATGTTCCTCTTTCTGAGAACCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGAGATGGCTCAGCAGTTGAGTACATGTTCCTCTTTCTGAGAACCT  999

seq1  GAATCTGTGGTTCCTGGTACCTAGGTCAGGTGACTTACAGCCTTCTACAG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGTGGTTCCTGGTACCTAGGTCA-GTGACTTACAGCCTTCTACAG  1048

seq1  CTCTAGCTTCAGGCGATCTGACACCTC--TTCTGGATTCCAAAGGCATTG  1097
      ||||||||||| ||||||||||||| |  |||| || | |||| ||||||
seq2  CTCTAGCTTCAAGCGATCTGACACCCCCTTTCTTGAATTCAAA-GCATTG  1097

seq1  CATTCATGTGTATTTGGTGGTTGTGTGCAACATCACACACACACACACAC  1147
      || |||| ||| | ||  ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  CA-TCATTTGT-TATGTGGGTTGGGTGCAACATCA-ACACA-ACACACAC  1143

seq1  ACATGCATGTACACACGTGTGCACGCATG  1176
      |||||||  |||||||  |||||||||||
seq2  ACATGCAGATACACAC--GTGCACGCATG  1170

seq1: chr4_85708332_85709138
seq2: B6Ng01-127G18.g_69_878 (reverse)

seq1  GGAGTGTGATAACCCAAGACATCCTGACCTAACTTCCAAGAGCATAAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGTGATAACCCAAGACATCCTGACCTAACTTCCAAGAGCATAAAAG  50

seq1  AAATGAGACAGGAAATTGTCAACAACCTATAATAATTTCAAACTGTCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGACAGGAAATTGTCAACAACCTATAATAATTTCAAACTGTCCAA  100

seq1  TAAAAT-AAATATACCTCACTCCAATCTTATAGAGAGGTATGGTCGGGTA  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAAAATATACCTCACTCCAATCTTATAGAGAGGTATGGTCGGGTA  150

seq1  TCTGATTT-CCCAACCCATTTTGTAGGCTATAATCTCAGCCACCACTTGA  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTTCCCCAACCCATTTTGTAGGCTATAATCTCAGCCACCACTTGA  200

seq1  AGTCTTTACATGTATTGTTTAAATATTGAACTTTGTCAGCAGAACCAGAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTTACATGTATTGTTTAAATATTGAACTTTGTCAGCAGAACCAGAA  250

seq1  ATG-AAAAGGGGTAATGGAAACCATCAGAGTGCCCATTGTTCCTGGGCTG  297
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAAAGGGGTAATGGAAACCATCAGAGTGCCCATTGTTCCTGGGCTG  300

seq1  GAGTGAGATTTGGAAAAAGATCTTGGAAGAAATTTCCTGCTCTTTCATAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGATTTGGAAAAAGATCTTGGAAGAAATTTCCTGCTCTTTCATAA  350

seq1  GAGTTGTTCTAGCCATTGGTCATTGAGCCCTTGCTCTGGGGCTTGTAGCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTTCTAGCCATTGGTCATTGAGCCCTTGCTCTGGGGCTTGTAGCT  400

seq1  TGCCTGAAATGACAAGCTTGCTTTGAATTTACTGTTACAGAAGGATCTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGAAATGACAAGCTTGCTTTGAATTTACTGTTACAGAAGGATCTTG  450

seq1  ATAGCATGTAGACTGCCAGATCTTGCACCCTGTACAGAATGTAGCCTCTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATGTAGACTGCCAGATCTTGCACCCTGTACAGAATGTAGCCTCTA  500

seq1  ATGATGGGGACCCCTTTGGAGGTAAGAATTTGGTGTCATCATATCCAACA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGGGACCCCTTTGGAGGTAAGAATTTGGTGTCATCATATCCAACA  550

seq1  CACACACACACAAACACACACACAATCTGCCTCCTTGATGGCAGGCAGAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACAAACACACACACAATCTGCCTCCTTGATGGCAGGCAGAA  600

seq1  TTTTATTTAAATAGGTACTTATTGTAAGCTTGCTCTGTGAATAAGTGAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTAAATAGGTACTTATTGTAAGCTTGCTCTGTGAATAAGTGAAG  650

seq1  CAATTGTCCATCATTGCACTTTTGTTTGACAAATAACTGAATTTAAAATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTCCATCATTGCACTTTTGTTTGACAAATAACTGAATTTAAAATG  700

seq1  CAAAGTGTTGACTGGGAAATTTGAGTCCCATCTATCAGCAATACCTCTTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGTTGACTGGGAAATTTGAGTCCCATCTATCAGCAATACCTCTTA  750

seq1  AGTAGGGTCAACCATACAATCCAGATTCCCTTCCTTTAGGTCACTGTTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGGTCAACCATACAATCCAGATTCCCTTCCTTTAGGTCACTGTTTT  800

seq1  CATTGAATTC  807
      ||||||||||
seq2  CATTGAATTC  810