BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-130P01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 17,177,709 - 17,294,649
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040173
Upstream geneLOC383994, LOC100040154, LOC667212
Downstream geneMmp16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-130P01.bB6Ng01-130P01.g
ACCDH932126DH932127
length1,1251,051
definitionDH932126|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130P01, 5' end.DH932127|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-130P01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,177,709 - 17,178,858)(17,293,596 - 17,294,649)
sequence
gaattcacaaaaactgggaactttcaatatgcaatcacataaaataaact
ttgtcccttacaactttaaaattgatctaactacttctgtattctgcaat
gttctgttcaatgtgttgacactgattggggtgagataagggatgaacac
ttcagaagatgtcaaatgaaacttgggacacgttttagcctctaaggtcc
tgtaatcaatgatatcattacattaatctcctttgaagactggcacagca
tgataccttttatattcaaatattatagtatcaaaaataaatgtagtgca
tggcgtgcacatacattcatatgtcaatacaggtgcaaaattctatctta
agatatttcattctaaatataatcccaaaattataagcattaaaaataaa
cactaaaactaatcatcacaaaaacaacccaaactataataaatgcttac
aaacatgagggaacccttatagtccattattggagtgtaattaaaaatta
tgcatttatatgattcacccatacatccctgagaatatatctcatgaaat
ctcagcatactaagcacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cactcacaataattgccttgttattcacggtgctaaattctcacctgtat
tgagacctgaatgtcaaagtgtcaccttaaggaatctgatgaagggtttc
catttagaagtattaagcctgatgtttctgtaagtgtgtgagaaacatgc
cttacattattctgagatacagaaaagagtttgagcagatgttttatgtg
tttcattctattacatcacatagataacattcatgaaggaatacatgaga
aagtgacttaaatttatggtactttacagttttccgagatgatgccactg
ctcagatgttttggaaattgttataattgattctcacagatgctgatggt
tccaaaattgttcagcaatggaaactctcgcccaagctagatctcgcgca
gaattcacttggacacggatctcctacgcaaagcttttatgctcaacata
aggagacccgacagagatgcactgctatatagccgcagcggacgtttcag
cacctgatgtagctgacgcacctga
gaattctaaagaatggggaattatgagaggaaaatgaggcaaaacaaaca
caatatgttttatctcctatacagaataaatatatatgatctacatataa
atcatgtataaataaatacaatatatacgttatgaaaacagagtaaggaa
tatgtgctttgaagaagggaatgagaatctcatgtgagaaaaaaacatag
gcattcataaagtacaatgataatataagtatgaaaatatgaactccatt
aatttgtatactcatttataaaatcgataaactctatatgacatattcaa
ggaaaaaactcaaaataagacaaatagaatgtcttcaggaaattgaaagg
aagaaatgctccagaattttatgaacatatttatcagatccctgaaagct
gatcaaaaccatgagaacacagacagaaacaaagtcaaactctggctatg
accacatggctcctcagcaggtagagggtaacaaataattcctgcaaaaa
ggaacctgggcaattctgctgaaaacagatgggaagatctaaccacagga
caaaaccacagctctcacataacccagagccagtagcatagtttagtgag
acaaggattcctagaggggatcggtcagcagtggacaagaatcccacatt
gtcaagtgcatgactctgagggcagaagctgggctccatcttgaggaaga
acctgtcattaagaattacaaagaataacctcaagaagcagagcccaaat
ttaattcaccctgataagagtcagctctgggaagcaattttaaagagcaa
gagaacgagcctctgacaggcagaacactgcactggcccttggtaactga
agagctaggaacagctcataccaacttggatgttattgggtgggtctatc
acctccgagatcattctggaatttaatatgaggtctaagtcagatagtgg
attcaattccagaggcatctgagttatgttcatggagcatgaggcctagg
actaagggggtggacttaaaactcgcggagtacctctcttaatacaaaaa
c
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_17177709_17178858
seq2: B6Ng01-130P01.b_43_1167

seq1  GAATTCACAAAAACTGGGAACTTTCAATATGCAATCACATAAAATAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAAAACTGGGAACTTTCAATATGCAATCACATAAAATAAACT  50

seq1  TTGTCCCTTACAACTTTAAAATTGATCTAACTACTTCTGTATTCTGCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCTTACAACTTTAAAATTGATCTAACTACTTCTGTATTCTGCAAT  100

seq1  GTTCTGTTCAATGTGTTGACACTGATTGGGGTGAGATAAGGGATGAACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGTTCAATGTGTTGACACTGATTGGGGTGAGATAAGGGATGAACAC  150

seq1  TTCAGAAGATGTCAAATGAAACTTGGGACACGTTTTAGCCTCTAAGGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAAGATGTCAAATGAAACTTGGGACACGTTTTAGCCTCTAAGGTCC  200

seq1  TGTAATCAATGATATCATTACATTAATCTCCTTTGAAGACTGGCACAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATCAATGATATCATTACATTAATCTCCTTTGAAGACTGGCACAGCA  250

seq1  TGATACCTTTTATATTCAAATATTATAGTATCAAAAATAAATGTAGTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACCTTTTATATTCAAATATTATAGTATCAAAAATAAATGTAGTGCA  300

seq1  TGGCGTGCACATACATTCATATGTCAATACAGGTGCAAAATTCTATCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCGTGCACATACATTCATATGTCAATACAGGTGCAAAATTCTATCTTA  350

seq1  AGATATTTCATTCTAAATATAATCCCAAAATTATAAGCATTAAAAATAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTCATTCTAAATATAATCCCAAAATTATAAGCATTAAAAATAAA  400

seq1  CACTAAAACTAATCATCACAAAAACAACCCAAACTATAATAAATGCTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAAACTAATCATCACAAAAACAACCCAAACTATAATAAATGCTTAC  450

seq1  AAACATGAGGGAACCCTTATAGTCCATTATTGGAGTGTAATTAAAAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGAGGGAACCCTTATAGTCCATTATTGGAGTGTAATTAAAAATTA  500

seq1  TGCATTTATATGATTCACCCATACATCCCTGAGAATATATCTCATGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTATATGATTCACCCATACATCCCTGAGAATATATCTCATGAAAT  550

seq1  CTCAGCATACTAAGCACACACACACACACACACACACACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATACTAAGCACACACACACACACACACACACACACACACACACA  600

seq1  CACTCACAATAATTGCCTTGTTATTCACGGTGCTAAATTCTCACCTGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACAATAATTGCCTTGTTATTCACGGTGCTAAATTCTCACCTGTAT  650

seq1  TGAGACCTGAATGTCAAAGTGTCACCTTAAGGAATCTGATGAAGGGTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCTGAATGTCAAAGTGTCACCTTAAGGAATCTGATGAAGGGTTTC  700

seq1  CATTTAGAAGTATTAAGCCTGATGTTTCTGTAAGTGTGTGAGAAACATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGAAGTATTAAGCCTGATGTTTCTGTAAGTGTGTGAGAAACATGC  750

seq1  CTTACATTATTCTGAGATACAGAAAAGAGTTTGAGCAGATGTTTTATGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACATTATTCTGAGATACAGAAAAGAGTTTGAGCAGATGTTTTATGTG  800

seq1  TTTCATTCTATTACATCACATAGATAACATTCATGAAGGAATACATGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCTATTACATCACATAGATAACATTCATGAAGGAATACATGAGA  850

seq1  AAGTGACTTAAATTTATGGTACTTTACAGTTTTCCGAGATGATGCCACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACTTAAATTTATGGTACTTTACAGTTTTCCGAGATGATGCCACTG  900

seq1  CTCAGATGTTTTGGAAATTGTTATAATTGATTCTCACAAGATGCTGATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTCAGATGTTTTGGAAATTGTTATAATTGATTCTCAC-AGATGCTGATGG  949

seq1  TTCCAAAATTTGTTCCAGCAATGGAAACTCTCGCCCAAGCTAGAATCTCG  1000
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCCAAAA-TTGTT-CAGCAATGGAAACTCTCGCCCAAGCTAG-ATCTCG  996

seq1  CCGGCAAGAATTCACTTGGACAACCGGATCCTTCTACGGCAAAGCTTTTA  1050
      |  || ||||||||||||||||  ||||| || |||| ||||||||||||
seq2  C--GC-AGAATTCACTTGGACA--CGGAT-CTCCTAC-GCAAAGCTTTTA  1039

seq1  TTGCTTCAACATAAGGAAGACCCCGAACCAGGAGAATGGCACTGCTTATA  1100
       ||| ||||||||||| ||| |||||  || ||||   ||||||| ||||
seq2  -TGC-TCAACATAAGG-AGA-CCCGA--CA-GAGA--TGCACTGC-TATA  1079

seq1  TAGCCCGCAGCGTGACGTTTCAGCACCTGATGTAGCGTGACAGCACCTGA  1150
      ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  TAG-CCGCAGCG-GACGTTTCAGCACCTGATGTAGC-TGAC-GCACCTGA  1125

seq1: chr4_17293596_17294649
seq2: B6Ng01-130P01.g_70_1120 (reverse)

seq1  GTTTTTGTATTAGGGAGGGTACTTCTGCGAGTTTTAAGTCCACCACTATA  50
      |||||||||||| |   ||||| || |||||||||||||||||| |  ||
seq2  GTTTTTGTATTAAGAGAGGTAC-TCCGCGAGTTTTAAGTCCACCCCCTTA  49

seq1  GTCCTAGGTCTCATGCTCCATGACACTAAACTTCAGATGCCTCTGGAATT  100
      |||||||| |||||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGGCCTCATGCTCCATGA-ACATAAC-TCAGATGCCTCTGGAATT  97

seq1  GAATTCACTATCTGACTTTAGA-CTCATATTAAATTCCAGAATGAT-TCT  148
      |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || 
seq2  GAATCCACTATCTGAC-TTAGACCTCATATTAAATTCCAGAATGATCTCG  146

seq1  GAGGTGATAAGACCACCCAATAACATCCAGGTTGGTATGAGCTGTTCCTT  198
      |||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
seq2  GAGGTGATAGACCCACCCAATAACATCCAAGTTGGTATGAGCTGTTCC-T  195

seq1  AGCTCTTCAGTTACCAA-GGCCAGTTGCAGTGTTCTGCCTGTCAGAGGCT  247
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTCAGTTACCAAGGGCCAG-TGCAGTGTTCTGCCTGTCAGAGGCT  244

seq1  CGTTCTCTTGCTCTTTAAAATTGCTTCCCAGAGCTGACTCTTATCAGGGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTCTTGCTCTTTAAAATTGCTTCCCAGAGCTGACTCTTATCAGGGT  294

seq1  GAATTAAATTTGGGCTCTGCTTCTTGAGGTTATTCTTTGTAATTCTTAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAATTTGGGCTCTGCTTCTTGAGGTTATTCTTTGTAATTCTTAAT  344

seq1  GACAGGTTCTTCCTCAAGATGGAGCCCAGCTTCTGCCCTCAGAGTCATGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGTTCTTCCTCAAGATGGAGCCCAGCTTCTGCCCTCAGAGTCATGC  394

seq1  ACTTGACAATGTGGGATTCTTGTCCACTGCTGACCGATCCCCTCTAGGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGACAATGTGGGATTCTTGTCCACTGCTGACCGATCCCCTCTAGGAA  444

seq1  TCCTTGTCTCACTAAACTATGCTACTGGCTCTGGGTTATGTGAGAGCTGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTCTCACTAAACTATGCTACTGGCTCTGGGTTATGTGAGAGCTGT  494

seq1  GGTTTTGTCCTGTGGTTAGATCTTCCCATCTGTTTTCAGCAGAATTGCCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGTCCTGTGGTTAGATCTTCCCATCTGTTTTCAGCAGAATTGCCC  544

seq1  AGGTTCCTTTTTGCAGGAATTATTTGTTACCCTCTACCTGCTGAGGAGCC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCCTTTTTGCAGGAATTATTTGTTACCCTCTACCTGCTGAGGAGCC  594

seq1  ATGTGGTCATAGCCAGAGTTTGACTTTGTTTCTGTCTGTGTTCTCATGGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTCATAGCCAGAGTTTGACTTTGTTTCTGTCTGTGTTCTCATGGT  644

seq1  TTTGATCAGCTTTCAGGGATCTGATAAATATGTTCATAAAATTCTGGAGC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATCAGCTTTCAGGGATCTGATAAATATGTTCATAAAATTCTGGAGC  694

seq1  ATTTCTTCCTTTCAATTTCCTGAAGACATTCTATTTGTCTTATTTTGAGT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTCCTTTCAATTTCCTGAAGACATTCTATTTGTCTTATTTTGAGT  744

seq1  TTTTTCCTTGAATATGTCATATAGAGTTTATCGATTTTATAAATGAGTAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCTTGAATATGTCATATAGAGTTTATCGATTTTATAAATGAGTAT  794

seq1  ACAAATTAATGGAGTTCATATTTTCATACTTATATTATCATTGTACTTTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTAATGGAGTTCATATTTTCATACTTATATTATCATTGTACTTTA  844

seq1  TGAATGCCTATGTTTTTTTCTCACATGAGATTCTCATTCCCTTCTTCAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCCTATGTTTTTTTCTCACATGAGATTCTCATTCCCTTCTTCAAA  894

seq1  GCACATATTCCTTACTCTGTTTTCATAACGTATATATTGTATTTATTTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATATTCCTTACTCTGTTTTCATAACGTATATATTGTATTTATTTAT  944

seq1  ACATGATTTATATGTAGATCATATATATTTATTCTGTATAGGAGATAAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGATTTATATGTAGATCATATATATTTATTCTGTATAGGAGATAAAA  994

seq1  CATATTGTGTTTGTTTTGCCTCATTTTCCTCTCATAATTCCCCATTCTTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGTGTTTGTTTTGCCTCATTTTCCTCTCATAATTCCCCATTCTTT  1044

seq1  AGAATTC  1054
      |||||||
seq2  AGAATTC  1051