BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136C06
Chromosome4 (Build37)
Map Location 62,748,417 - 62,811,184
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZfp618, Ambp
Upstream geneLOC100039345, OTTMUSG00000000231, Zfp37, Slc31a2, Fkbp15, Slc31a1, Cdc26, Prpf4, Rnf183, Wdr31, Bspry, Hdhd3, Alad, Pole3, 4933430I17Rik, Rgs3
Downstream geneKif12, Col27a1, Orm1, Orm-ps, Orm3, Orm2, Akna, Whrn, Atp6v1g1, 6330416G13Rik, LOC670833, 1700018C11Rik, LOC667451, Tnfsf15, Tnfsf8, Rpl17-ps, Tnc
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136C06.bB6Ng01-136C06.g
ACCDH935993DH935994
length1,1621,043
definitionDH935993|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136C06, 5' end.DH935994|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136C06, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(62,810,018 - 62,811,184)(62,748,417 - 62,749,469)
sequence
gaattctcacaccatctctgaaagccactcctagagccagggagacagtt
caatgattaaagtgcttgccaccaagaatgaggccaaattgggattccca
gaacccacacaaacaccaggtgggtgtggccatctgcctgtaattctagc
cagccagcagggggtctgtcaggatctgtcaggggatcctacccaagctg
gcaagggacacaggtgtatctgtgggttctgagtttgactgagagaccct
accccaatggtaggagagcaatgtaagccgattccttcttcaacccctgg
cttccacctgcataggtgcccacatagacaaacacatgtgcgtgcatgca
tgcatgcacacctgtgcacacccctccctaccatgaaaatggaaaggagc
caggagaaagtgactctagagtcatcgaggtccagacaaagccaatggga
atagccctgaataaggacccaggacctatggtgggcccagtctctctctt
ggagacccatctttcaatggtatgccaaggggagttaatgggccagtcct
ttccacacttttcactggacacagtccagctggccaggaagcctgggact
ctcagcttctcctctgacttctgtttgcaggtcgggagccacagctgagg
gacagccttctgcaggagttcaaggatgtggccctgaatgtgggcatctc
tgagaactccatcatttttatgcctgacagaggtaagtggtattttgcct
gactctgaattttggttctcctctccttcctgtcccatagagagcatccc
cagtccctgcactcagagacaagcaaggccatggtcctctccctctctac
agagactgagagagctcctgggtttgcccaagtctcagaacatgcactag
cagaggcagcacttaacgaattccattcttaatcccagggtcacaagtct
tccatgagggtatccacagacactgccgagaaggcaggaaagccttgggg
ttgagggcacagacttcaacagtcaccgtacccacattgaagctagtgct
caagcacgaggttttgactctgggctagccatcctaggacctactacctc
acctgtcaaatgggaaaatattggcgctcctatcaggccactgtgagggt
tggtgagaaaaa
gaattcctcctgccagcatatggcgtccgtcctcactctggaaggggtgg
ggagatggttagaggccatggcagcctgcacccttagctctccagaaaca
gaggagatgaattgactgccttaaaggcactcattataagcagcattgac
tctgtacactgcactcctcactacagctgggcaggggctcacctcgagcc
tccaggtcctcctctggctgtcacaacaccatcaccacgttttctccagg
cctgctgacccatctgccccccattagatggagggcagggatcacatcca
tctcgctgctgagcctcggtgcctggccatcacaaatgctcaataaatcc
ttggttggtggaaagaaattggcagaagctgttagagtaggtggaggcac
caagaagaaagtcaggaagttatcacttggagattgatgagtatagcagc
gagccaacatgaaatactgagtcctcactgtgtgccagccacggggctga
atgcaaagaaatacacgtgctttatcgctccagggttgtgtggctggggt
gatgtgtgcagaaacccctcaaaggccagcttctgagtgctgtgtggcaa
aaggatgtcagtgggcccagagtatctcacagtaacacggccaccggccc
tggccactgtcccctagtacttcctgtgtgccagtggctcatgtactctg
tctgtgtcttgctatcactgtttaagagtcaggagccacagtcttggtgg
caagtgaggaatccaacactcagacaagtaaaagtgagttcgatggggga
gcaaggttggcatccaaactctttgaagctgcctgacataaagtgtccgc
tgctaggcccagaaacagagggtggcgcttagaatcatgatcgctcccca
tgtgtctcagatatgtggtcttcatgcgctatctcattgctcttcaccga
ggagaccttcaagtatggattgtgaacgagcgagcgtgctcctctggact
gcactaagaaagtgaagtacctccacttgactgcaggcaccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_62810018_62811184
seq2: B6Ng01-136C06.b_47_1208 (reverse)

seq1  TTTTCTCTCACAGACCCCTCACAGTGGGCTTTGATAGGGAGCG-CATTAT  49
       ||| ||||||  | |||||||||||| |  ||||| |||||| || |||
seq2  -TTTTTCTCAC-CAACCCTCACAGTGGCC--TGATA-GGAGCGCCAATAT  45

seq1  TATCCCATTTGACAGGTGAGGTAAGTAAGGGTCTAGGATGGCTAGCCAGA  99
      | |||||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||   
seq2  TTTCCCATTTGACAGGTGAGGT-AGT-AGGTCCTAGGATGGCTAGCCCAG  93

seq1  AGTCAAAACTCTGTGCTTGAGCCACTAAGCTTCAATGTGGGTACGGTGAC  149
      |||||||||   ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAAACCTCGTGCTTGAG-CACT-AGCTTCAATGTGGGTACGGTGAC  141

seq1  TG-TGGAGTCTGTGCCCTCAACCCCAAGGCTTTCCTGCCTCTTCGGCAGT  198
      || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TGTTGAAGTCTGTGCCCTCAACCCCAAGGCTTTCCTGCCTTCTCGGCAGT  191

seq1  GTCTGTGGATACCCTCATGG-AGACTTGTGACCCTGGGA-TAAGAATGGA  246
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTCTGTGGATACCCTCATGGAAGACTTGTGACCCTGGGATTAAGAATGGA  241

seq1  ATTCGTTAAGTGCTGCCTCTGCTAGTGCATGTTCTGAGACTTGGGCAAAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGTTAAGTGCTGCCTCTGCTAGTGCATGTTCTGAGACTTGGGCAAAC  291

seq1  CCAGGAGCTCTCTCAGTCTCTGTAGAGAGGGAGAGGACCATGGCCTTGCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAGCTCTCTCAGTCTCTGTAGAGAGGGAGAGGACCATGGCCTTGCT  341

seq1  TGTCTCTGAGTGCAGGGACTGGGGATGCTCTCTATGGGACAGGAAGGAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTGAGTGCAGGGACTGGGGATGCTCTCTATGGGACAGGAAGGAGA  391

seq1  GGAGAACCAAAATTCAGAGTCAGGCAAAATACCACTTACCTCTGTCAGGC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACCAAAATTCAGAGTCAGGCAAAATACCACTTACCTCTGTCAGGC  441

seq1  ATAAAAATGATGGAGTTCTCAGAGATGCCCACATTCAGGGCCACATCCTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATGATGGAGTTCTCAGAGATGCCCACATTCAGGGCCACATCCTT  491

seq1  GAACTCCTGCAGAAGGCTGTCCCTCAGCTGTGGCTCCCGACCTGCAAACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCCTGCAGAAGGCTGTCCCTCAGCTGTGGCTCCCGACCTGCAAACA  541

seq1  GAAGTCAGAGGAGAAGCTGAGAGTCCCAGGCTTCCTGGCCAGCTGGACTG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAGAGGAGAAGCTGAGAGTCCCAGGCTTCCTGGCCAGCTGGACTG  591

seq1  TGTCCAGTGAAAAGTGTGGAAAGGACTGGCCCATTAACTCCCCTTGGCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAGTGAAAAGTGTGGAAAGGACTGGCCCATTAACTCCCCTTGGCAT  641

seq1  ACCATTGAAAGATGGGTCTCCAAGAGAGAGACTGGGCCCACCATAGGTCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTGAAAGATGGGTCTCCAAGAGAGAGACTGGGCCCACCATAGGTCC  691

seq1  TGGGTCCTTATTCAGGGCTATTCCCATTGGCTTTGTCTGGACCTCGATGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCTTATTCAGGGCTATTCCCATTGGCTTTGTCTGGACCTCGATGA  741

seq1  CTCTAGAGTCACTTTCTCCTGGCTCCTTTCCATTTTCATGGTAGGGAGGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGAGTCACTTTCTCCTGGCTCCTTTCCATTTTCATGGTAGGGAGGG  791

seq1  GTGTGCACAGGTGTGCATGCATGCATGCACGCACATGTGTTTGTCTATGT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACAGGTGTGCATGCATGCATGCACGCACATGTGTTTGTCTATGT  841

seq1  GGGCACCTATGCAGGTGGAAGCCAGGGGTTGAAGAAGGAATCGGCTTACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACCTATGCAGGTGGAAGCCAGGGGTTGAAGAAGGAATCGGCTTACA  891

seq1  TTGCTCTCCTACCATTGGGGTAGGGTCTCTCAGTCAAACTCAGAACCCAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTCCTACCATTGGGGTAGGGTCTCTCAGTCAAACTCAGAACCCAC  941

seq1  AGATACACCTGTGTCCCTTGCCAGCTTGGGTAGGATCCCCTGACAGATCC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACACCTGTGTCCCTTGCCAGCTTGGGTAGGATCCCCTGACAGATCC  991

seq1  TGACAGACCCCCTGCTGGCTGGCTAGAATTACAGGCAGATGGCCACACCC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGACCCCCTGCTGGCTGGCTAGAATTACAGGCAGATGGCCACACCC  1041

seq1  ACCTGGTGTTTGTGTGGGTTCTGGGAATCCCAATTTGGCCTCATTCTTGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGTGTTTGTGTGGGTTCTGGGAATCCCAATTTGGCCTCATTCTTGG  1091

seq1  TGGCAAGCACTTTAATCATTGAACTGTCTCCCTGGCTCTAGGAGTGGCTT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAAGCACTTTAATCATTGAACTGTCTCCCTGGCTCTAGGAGTGGCTT  1141

seq1  TCAGAGATGGTGTGAGAATTC  1167
      |||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGATGGTGTGAGAATTC  1162

seq1: chr4_62748417_62749469
seq2: B6Ng01-136C06.g_67_1109

seq1  GAATTCCTCCTGCCAGCATATGGCGTCCGTCCTCACTCTGGAAGGGGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTGCCAGCATATGGCGTCCGTCCTCACTCTGGAAGGGGTGG  50

seq1  GGAGATGGTTAGAGGCCATGGCAGCCTGCACCCTTAGCTCTCCAGAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGTTAGAGGCCATGGCAGCCTGCACCCTTAGCTCTCCAGAAACA  100

seq1  GAGGAGATGAATTGACTGCCTTAAAGGCACTCATTATAAGCAGCATTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGATGAATTGACTGCCTTAAAGGCACTCATTATAAGCAGCATTGAC  150

seq1  TCTGTACACTGCACTCCTCACTACAGCTGGGCAGGGGCTCACCTCGAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACACTGCACTCCTCACTACAGCTGGGCAGGGGCTCACCTCGAGCC  200

seq1  TCCAGGTCCTCCTCTGGCTGTCACAACACCATCACCACGTTTTCTCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTCCTCCTCTGGCTGTCACAACACCATCACCACGTTTTCTCCAGG  250

seq1  CCTGCTGACCCATCTGCCCCCCATTAGATGGAGGGCAGGGATCACATCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGACCCATCTGCCCCCCATTAGATGGAGGGCAGGGATCACATCCA  300

seq1  TCTCGCTGCTGAGCCTCGGTGCCTGGCCATCACAAATGCTCAATAAATCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCGCTGCTGAGCCTCGGTGCCTGGCCATCACAAATGCTCAATAAATCC  350

seq1  TTGGTTGGTGGAAAGAAATTGGCAGAAGCTGTTAGAGTAGGTGGAGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGGTGGAAAGAAATTGGCAGAAGCTGTTAGAGTAGGTGGAGGCAC  400

seq1  CAAGAAGAAAGTCAGGAAGTTATCACTTGGAGATTGATGAGTATAGCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGAAAGTCAGGAAGTTATCACTTGGAGATTGATGAGTATAGCAGC  450

seq1  GAGCCAACATGAAATACTGAGTCCTCACTGTGTGCCAGCCACGGGGCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAACATGAAATACTGAGTCCTCACTGTGTGCCAGCCACGGGGCTGA  500

seq1  ATGCAAAGAAATACACGTGCTTTATCGCTCCAGGGTTGTGTGGCTGGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAAAGAAATACACGTGCTTTATCGCTCCAGGGTTGTGTGGCTGGGGT  550

seq1  GATGTGTGCAGAAACCCCTCAAAGGCCAGCTTCTGAGTGCTGTGTGGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTGCAGAAACCCCTCAAAGGCCAGCTTCTGAGTGCTGTGTGGCAA  600

seq1  AAGGATGTCAGTGGGCCCAGAGTATCTCACAGTAACACGGCCACCGGCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGTCAGTGGGCCCAGAGTATCTCACAGTAACACGGCCACCGGCCC  650

seq1  TGGCCACTGTCCCCTAGTACTTCCTGTGTGCCAGTGGCTCATGTACTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACTGTCCCCTAGTACTTCCTGTGTGCCAGTGGCTCATGTACTCTG  700

seq1  TCTGTGTCTTGCTATCACTGTTTAAGAGTCAGGAGCCACAGTCTTGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTCTTGCTATCACTGTTTAAGAGTCAGGAGCCACAGTCTTGGTGG  750

seq1  CAAGTGAGGAATCCAACACTCAGACAAGTAAAAGTGAGTTCGATGGGGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGAGGAATCCAACACTCAGACAAGTAAAAGTGAGTTCGATGGGGGA  800

seq1  GCAAGGTTGGCATCCAAACTCTTTGAAGCTGCCTGACAGAAGAGTGTCCG  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
seq2  GCAAGGTTGGCATCCAAACTCTTTGAAGCTGCCTGACATAA-AGTGTCCG  849

seq1  CTGCTAGGCCCAGAAACAGAGGGTGGCGCTTAGTAATCATGATCGCTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGGCCCAGAAACAGAGGGTGGCGCTTAG-AATCATGATCGCTCCC  898

seq1  CATGTGTCTACAGAGTATGTGGTCCTCATTCAGCTATCTCATTGCTCCTC  950
      ||||||||| |||| ||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||
seq2  CATGTGTCT-CAGA-TATGTGGTCTTCATGC-GCTATCTCATTGCTCTTC  945

seq1  CTCCAGAGAAGACACTTAGGTATGGACTGTGAACGGCAGAGCCATGCTCC  1000
         | ||| ||||  | | ||||||| ||||||||   ||| | ||||||
seq2  --ACCGAGGAGACCTTCAAGTATGGATTGTGAACGAGCGAG-CGTGCTCC  992

seq1  TCTGGACCTGCACTAAAGAAGTGATGTCCCCCACCTTGACTGCAGGGCAC  1050
      |||||| |||||||||  |||||| || || |  |||||||||| |||||
seq2  TCTGGA-CTGCACTAAGAAAGTGAAGTACCTCCACTTGACTGCA-GGCAC  1040

seq1  CAG  1053
      |||
seq2  CAG  1043