BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-137K18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 65,691,694 - 65,723,821
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAstn2
Upstream genePappa, Trim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-137K18.bB6Ng01-137K18.g
ACCDH937129DH937130
length1,150337
definitionDH937129|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137K18, 5' end.DH937130|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-137K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,691,694 - 65,692,850)(65,723,485 - 65,723,821)
sequence
gaattctccaagagtcaaagctatcagttgctctaatagtgtgggggctt
tctatcatcacaggagtgcaagccaaatatggacagttatttctaaaaga
aaactactggatgaagggcttgacacatccttttggtcttagttgctgtg
ttaaaacactgccccaaagcaattagaacatgattatttgcctcagtctt
tgatgtctcacattgctgagagaagccaagttaggaactcaacaggaact
gaaggcaggaactgaagcggggtcctccaaagagacactcagtgacttgc
ttttcatggcttgctctacatgctttcttatagaacccaggatccctgcc
cagggatgctactgtcctaagtgggctagaccctcccactataatcatta
atgaagaaactcccacacagacatgtctacaggctagtctgatggaggca
gttcctcaattgaggttctctcctcccagataactctgttttgtgccctc
ctgacaaaaattaactagcatggcagggtttctcctttagtctatgagac
ttgggtgtgtaagtctggggcttgcaaatgcactcacataacaactctag
gagacgggggttggggtaacatctcagggttacaggtaaaacgtcaagga
gcagagttcccagcagagagtacttgctcaagggaaggtgatacaaggga
aagagctctggtgggtctatactgcaaatccctccctgagctgtccagcc
tgcctcccatcggcagtttcacactgatagcagacctcaagcctgcccca
tattgattgcagctgtcccctccctcctcctcagaccctgtctctctccc
ctgttttctcccccacatgtatttatgctgggctgcctggtaacaaacgg
ctcgttaccatgcggagggcgacagccaggcgattagtgaaatttgttac
ccgtgcgttctcttgacaaattaaattaaaagtgctgcttcgctgtcaga
taagggccaggcttctgagattaatttttacttctcaaacactcaattac
cagtgaggcttggatcagattcatctaaggggagggtaaaatggatgtaa
aatgagaacggacctccaggacgaatgttagatttgttattcatttcttc

cacagggtccctagtggctcctactcgaagctttctgatggactagttca
tttggtaaagctgggatctccaactgcctccaagccctgctggtgttttt
agttgaattgacaagatgtcctctcaggtcacgtgtaatgacacatctgg
gagcaaaaatcaattgaggctagccttgtgacttttcattcatgaaaatg
ctatcttagatagcttagtggtagatcatttcaacagcatgcatgagacc
cagggttccatccccaccaatcccaaaaagacagaaaaaagaaaatgctc
tgttattgagtgggtaggggagcaggggagggggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_65691694_65692850
seq2: B6Ng01-137K18.b_49_1198

seq1  GAATTCTCCAAGAGTCAAAGCTATCAGTTGCTCTAATAGTGTGGGGGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCAAGAGTCAAAGCTATCAGTTGCTCTAATAGTGTGGGGGCTT  50

seq1  TCTATCATCACAGGAGTGCAAGCCAAATATGGACAGTTATTTCTAAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCATCACAGGAGTGCAAGCCAAATATGGACAGTTATTTCTAAAAGA  100

seq1  AAACTACTGGATGAAGGGCTTGACACATCCTTTTGGTCTTAGTTGCTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACTGGATGAAGGGCTTGACACATCCTTTTGGTCTTAGTTGCTGTG  150

seq1  TTAAAACACTGCCCCAAAGCAATTAGAACATGATTATTTGCCTCAGTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACACTGCCCCAAAGCAATTAGAACATGATTATTTGCCTCAGTCTT  200

seq1  TGATGTCTCACATTGCTGAGAGAAGCCAAGTTAGGAACTCAACAGGAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTCACATTGCTGAGAGAAGCCAAGTTAGGAACTCAACAGGAACT  250

seq1  GAAGGCAGGAACTGAAGCGGGGTCCTCCAAAGAGACACTCAGTGACTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAGGAACTGAAGCGGGGTCCTCCAAAGAGACACTCAGTGACTTGC  300

seq1  TTTTCATGGCTTGCTCTACATGCTTTCTTATAGAACCCAGGATCCCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATGGCTTGCTCTACATGCTTTCTTATAGAACCCAGGATCCCTGCC  350

seq1  CAGGGATGCTACTGTCCTAAGTGGGCTAGACCCTCCCACTATAATCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATGCTACTGTCCTAAGTGGGCTAGACCCTCCCACTATAATCATTA  400

seq1  ATGAAGAAACTCCCACACAGACATGTCTACAGGCTAGTCTGATGGAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAAACTCCCACACAGACATGTCTACAGGCTAGTCTGATGGAGGCA  450

seq1  GTTCCTCAATTGAGGTTCTCTCCTCCCAGATAACTCTGTTTTGTGCCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTCAATTGAGGTTCTCTCCTCCCAGATAACTCTGTTTTGTGCCCTC  500

seq1  CTGACAAAAATTAACTAGCATGGCAGGGTTTCTCCTTTAGTCTATGAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAAAATTAACTAGCATGGCAGGGTTTCTCCTTTAGTCTATGAGAC  550

seq1  TTGGGTGTGTAAGTCTGGGGCTTGCAAATGCACTCACATAACAACTCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGTGTAAGTCTGGGGCTTGCAAATGCACTCACATAACAACTCTAG  600

seq1  GAGACGGGGGTTGGGGTAACATCTCAGGGTTACAGGTAAAACGTCAAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACGGGGGTTGGGGTAACATCTCAGGGTTACAGGTAAAACGTCAAGGA  650

seq1  GCAGAGTTCCCAGCAGAGAGTACTTGCTCAAGGGAAGGTGATACAAGGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTTCCCAGCAGAGAGTACTTGCTCAAGGGAAGGTGATACAAGGGA  700

seq1  AAGAGCTCTGGTGGGTCTATACTGCAAATCCCTCCCTGAGCTGTCCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTCTGGTGGGTCTATACTGCAAATCCCTCCCTGAGCTGTCCAGCC  750

seq1  TGCCTCCCATCGGCAGTTTCACACTGATAGCAGACCTCAAGCCTGCCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCCATCGGCAGTTTCACACTGATAGCAGACCTCAAGCCTGCCCCA  800

seq1  TATTGATTGCAGCTGTCCCCTCCCTCCTCCTCAGACCCTGTCTCTCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGATTGCAGCTGTCCCCTCCCTCCTCCTCAGACCCTGTCTCTCTCCC  850

seq1  CTGTTTTCTCCCCCACATGTATTTATGCTGGGCTGCCTGGTAACAAACGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTCCCCCACATGTATTTATGCTGGGCTGCCTGGTAACAAACGG  900

seq1  CTCGTTACCATGCGGAGGGCGACAGCCAGGCGATTAGTGAAATTTGTTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTTACCATGCGGAGGGCGACAGCCAGGCGATTAGTGAAATTTGTTAC  950

seq1  CCGTGCG-TCTCTGAACAAAATTAAATTAAAAGTGCTGCTTCGCTGTCAA  999
      ||||||| |||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCGTGCGTTCTCTTGAC-AAATTAAATTAAAAGTGCTGCTTCGCTGTC-A  998

seq1  GATAAGGGCCAGGCTGCTGAGA-TAATTTTTCACTCTCAAACACTCAATT  1048
      ||||||||||||||| |||||| ||||||||   ||||||||||||||||
seq2  GATAAGGGCCAGGCTTCTGAGATTAATTTTTACTTCTCAAACACTCAATT  1048

seq1  ACCCAGTGAGGC-TGGATCAGATACAATCAAAGGGAGGGGGAAAAAAGGA  1097
      | |||||||||| |||||||||| | ||| ||||| | ||| |||| || 
seq2  A-CCAGTGAGGCTTGGATCAGATTC-ATCTAAGGG-GAGGGTAAAATGG-  1094

seq1  AAGGAAAAAATAGAGACAGGACCTCCAGGAACAGATGTAAGAGTTTGTTA  1147
       | | ||||   ||||  ||||||||||| ||  |||| ||| |||||||
seq2  -ATGTAAAA--TGAGAACGGACCTCCAGG-ACGAATGTTAGA-TTTGTTA  1139

seq1  -TCATTTCTTC  1157
       ||||||||||
seq2  TTCATTTCTTC  1150

seq1: chr4_65723485_65723821
seq2: B6Ng01-137K18.g_74_410 (reverse)

seq1  CCTCCCCCTCCCCTGCTCCCCTACCCACTCAATAACAGAGCATTTTCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCTCCCCTGCTCCCCTACCCACTCAATAACAGAGCATTTTCTTT  50

seq1  TTTCTGTCTTTTTGGGATTGGTGGGGATGGAACCCTGGGTCTCATGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTCTTTTTGGGATTGGTGGGGATGGAACCCTGGGTCTCATGCATG  100

seq1  CTGTTGAAATGATCTACCACTAAGCTATCTAAGATAGCATTTTCATGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAAATGATCTACCACTAAGCTATCTAAGATAGCATTTTCATGAAT  150

seq1  GAAAAGTCACAAGGCTAGCCTCAATTGATTTTTGCTCCCAGATGTGTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTCACAAGGCTAGCCTCAATTGATTTTTGCTCCCAGATGTGTCAT  200

seq1  TACACGTGACCTGAGAGGACATCTTGTCAATTCAACTAAAAACACCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGTGACCTGAGAGGACATCTTGTCAATTCAACTAAAAACACCAGCA  250

seq1  GGGCTTGGAGGCAGTTGGAGATCCCAGCTTTACCAAATGAACTAGTCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGGAGGCAGTTGGAGATCCCAGCTTTACCAAATGAACTAGTCCAT  300

seq1  CAGAAAGCTTCGAGTAGGAGCCACTAGGGACCCTGTG  337
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGCTTCGAGTAGGAGCCACTAGGGACCCTGTG  337