BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139A22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 70,737,862 - 70,888,349
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCdk5rap2, Megf9, LOC100039565
Downstream geneLOC100039979, LOC667638, EG667649, Tle1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139A22.bB6Ng01-139A22.g
ACCDH938140DH938141
length1,1521,085
definitionDH938140|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139A22, 5' end.DH938141|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139A22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,737,862 - 70,739,031)(70,887,255 - 70,888,349)
sequence
gaattccaggaagtaccagtagaaactgaaaagtaagtcaggacacacaa
agcctactctttttaaagccatcttagtatcagagattgtgaattttttt
tttataaatagccatataatcatattgcaggccaagtgaactatgaagcc
tcctgttagttacctagctctgcttttgtaacacaaatatcaaccacaga
caaaatgtgaccacaagtgtttcattgtttcccagtaaaattttatttag
gggcaggagaattagaatttaatttgatctctcaagtgaaaagtagattt
tttttcagtaattaaaaatgtaagttgagcagtagtggagcatgccttta
atcccagcccttgggaggcagaggcaggtggatttctgagttcaaggcca
tcctggtctacagagtgagttccaggtcaccagggctacacagagaaaca
ctgtctcaaaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaca
gtaaaagcaatattctgttcttgggcttaaattgaaagtttgtcttatgg
acaaagtttgcttaacccctgatttaatattaaatacttgagatgctgct
tagtccagaaggaatatgtacacaagattcaactcctttaacttccttca
gggcacagtgtgtcttataaacatcagtctgctaaaatgaaaatgtttat
ttgctccaactatggaatgaagtcagtaataatgaaaaataatcaggaac
cttgatctgggcatgaacacatttgccacatccatataatccactcatat
taatgtcttatggacacaaaaaaacctaataaatactactgagttctgtt
tgttttatatgaacaaaggcttttggacccatccctgttagatgtgcata
tcacatgtgctttattatgctatgtgaaaacaaaaacccatgaaccagaa
ctttttgattatactggtcttgtaatccctgccctagtagcctctgagct
ttttatttgaaagaagaaggcttcttcttttgtgctagactgacacagcc
agtgtatattcctcacactatgcatagaacaatggactatctttccagag
ttactctatatctaaacttccatgactgagtactaatggttagtggaggc
aa
gaattcttgtatagcaatggcaaggctgtgggttccatcactagcagaac
atacaagcacacagaagcacacacatgcacacacacatacacacacagag
acagagacaggcagagacagagacaaagattaagaatgaaagagacagag
acagtaaaagagacaggaagaaagaaaatgacagagagagagaaagagag
agagagagagggagagacagagagagacagagagagagaggtcttttctt
aaaaaaaaaaactattacagggtgacaaactagttcatctggtgattttg
ttgcagtattatttcagctaatcatgaatgtaggcattaagataaatgtc
tgaaaatacaaggacacagtcgatgttatgtaacctctaattggatgatt
caacagaatctatatgaacaggctagacaaatatatgagtcacgcaggcc
acctgactgataagaaaaacggataacaataaaacagcccaagaggaaag
gcattgtgccctaattagtaaaccattttcaaagctggtcactattgttt
atctcatgataaagatgcctaaaacaaaggaaacagctaatggggccctt
atctatcgagaaagcagagagaatcttctgactagaaatgctcagtcagt
taaccacagcatcgctgtaattttaatgaggcccacttggttgatttttc
ttggatattaaaacatcaatttgatgactttttgatatgtatcttgtatt
cttcattcactcaatacccaaagcacagttattatagagcattctgttga
ctacacagaccattaaatgactattgatatggtatcttgtgtttctgcag
tgtttgcctgggaacttaaaagtctcatagtttagcagtacttaaacagg
taatattaattcattccaaatgctatgcatgtggtttcaatccatttttt
aataagatggcatgtttcattgttgatgtattatttctcatggtattatt
aagataggtagagtctataattaaggaaagaatgtttagaagatgtatga
tatttttagcaaaaaaaaagagatatgttatatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_70737862_70739031
seq2: B6Ng01-139A22.b_48_1199

seq1  GAATTCCAGGAAGTACCAGTAGAAACTGAAAAGTAAGTCAGGACACACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAAGTACCAGTAGAAACTGAAAAGTAAGTCAGGACACACAA  50

seq1  AGCCTACTCTTTTTAAAGCCATCTTAGTATCAGAGATTGTGAATTTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACTCTTTTTAAAGCCATCTTAGTATCAGAGATTGTGAATTTTTTT  100

seq1  TTTATAAATAGCCATATAATCATATTGCAGGCCAAGTGAACTATGAAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAATAGCCATATAATCATATTGCAGGCCAAGTGAACTATGAAGCC  150

seq1  TCCTGTTAGTTACCTAGCTCTGCTTTTGTAACACAAATATCAACCACAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTAGTTACCTAGCTCTGCTTTTGTAACACAAATATCAACCACAGA  200

seq1  CAAAATGTGACCACAAGTGTTTCATTGTTTCCCAGTAAAATTTTATTTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGTGACCACAAGTGTTTCATTGTTTCCCAGTAAAATTTTATTTAG  250

seq1  GGGCAGGAGAATTAGAATTTAATTTGATCTCTCAAGTGAAAAGTAGATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGGAGAATTAGAATTTAATTTGATCTCTCAAGTGAAAAGTAGATTT  300

seq1  TTTTTCAGTAATTAAAAATGTAAGTTGAGCAGTAGTGGAGCATGCCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAGTAATTAAAAATGTAAGTTGAGCAGTAGTGGAGCATGCCTTTA  350

seq1  ATCCCAGCCCTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCAAGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGCCCTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCAAGGCCA  400

seq1  TCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGTCACCAGGGCTACACAGAGAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGTCACCAGGGCTACACAGAGAAACA  450

seq1  CTGTCTCAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAACA  500

seq1  GTAAAAGCAATATTCTGTTCTTGGGCTTAAATTGAAAGTTTGTCTTATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGCAATATTCTGTTCTTGGGCTTAAATTGAAAGTTTGTCTTATGG  550

seq1  ACAAAGTTTGCTTAACCCCTGATTTAATATTAAATACTTGAGATGCTGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTTGCTTAACCCCTGATTTAATATTAAATACTTGAGATGCTGCT  600

seq1  TAGTCCAGAAGGAATATGTACACAAGATTCAACTCCTTTAACTTCCTTCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCAGAAGGAATATGTACACAAGATTCAACTCCTTTAACTTCCTTCA  650

seq1  GGGCACAGTGTGTCTTATAAACATCAGTCTGCTAAAATGAAAATGTTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCACAGTGTGTCTTATAAACATCAGTCTGCTAAAATGAAAATGTTTAT  700

seq1  TTGCTCCAACTATGGAATGAAGTCAGTAATAATGAAAAATAATCAGGAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCAACTATGGAATGAAGTCAGTAATAATGAAAAATAATCAGGAAC  750

seq1  CTTGATCTGGGCATGAACACATTTGCCACATCCATATAATCCACTCATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTGGGCATGAACACATTTGCCACATCCATATAATCCACTCATAT  800

seq1  TAATGTCTTATGGACACAAAAAAACCTAATAAATACTACTGAGTTCTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTCTTATGGACACAAAAAAACCTAATAAATACTACTGAGTTCTGTT  850

seq1  TGTTTTATATGAAC-AAGGCTTTTGGACCCATCCCTGTTAGATGTGCATA  899
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTATATGAACAAAGGCTTTTGGACCCATCCCTGTTAGATGTGCATA  900

seq1  TCACATGTGCTTTATTATGCTATGTGAAAACAAAAACCCATGAACCAGAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATGTGCTTTATTATGCTATGTGAAAACAAAAACCCATGAACCAGAA  950

seq1  CTTTTTGATTATACTGGTCTTGTAATCCCTGCCCTAGTAGCCTCCTGAGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTTTTGATTATACTGGTCTTGTAATCCCTGCCCTAGTAGCCT-CTGAGC  999

seq1  TTTTTATTTGAAAGAAAGGAAGGCTTCT--CTTTGTGCTAAGACTGACCA  1047
      ||||||||||||||||  ||||||||||   |||||||| ||||||||  
seq2  TTTTTATTTGAAAGAA--GAAGGCTTCTTCTTTTGTGCT-AGACTGAC--  1044

seq1  ACAGCCAGTGTATATTCCTCACAACTAATGCATAGAACAAAATGGGACTA  1097
      |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    ||||||
seq2  ACAGCCAGTGTATATTCCTCAC-ACT-ATGCATAGAACAA---TGGACTA  1089

seq1  TCTTCCCCAGAGGTTTACTC-ATATCTAAACTCCCATGACTTTGAGTAAC  1146
      ||||  ||||||  |||||| ||||||||||| |||||||  ||||||  
seq2  TCTT-TCCAGAG--TTACTCTATATCTAAACTTCCATGAC--TGAGTA--  1132

seq1  CTATAATGGGTTTAGTGAAGGCAA  1170
         ||||||  |||||| ||||||
seq2  --CTAATGG--TTAGTGGAGGCAA  1152

seq1: chr4_70887255_70888349
seq2: B6Ng01-139A22.g_66_1150 (reverse)

seq1  TCATAT-ACATATCTCTTTTTTTTTTGCTAAAATATTTCATTACATTCTT  49
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||| ||||
seq2  TCATATAACATATCTC-TTTTTTTTTGCTAAAA-ATATCA-TACA-TCTT  46

seq1  CTAACATTTCTTTTCCTTATTTATAGACTCTTACCTATCTTTTAATAATA  99
      ||||   ||| |||||||| |||||||||| ||||||||  |||||||||
seq2  CTAAACATTC-TTTCCTTAATTATAGACTC-TACCTATC--TTAATAATA  92

seq1  CCATGAGAAATAATAACATCAACAATGAAACATGCCATCTTATTAAAAAA  149
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGAAATAAT-ACATCAACAATGAAACATGCCATCTTATTAAAAAA  141

seq1  TGGAATTGAAACCACATGCATAGCATTTTGGAATGAATTAATATTACCTG  199
      ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGG-ATTGAAACCACATGCATAGCA-TTTGGAATGAATTAATATTACCTG  189

seq1  TTTAAGTACTGCTAAACTATGAGACTTTTAAGTTCCCAGGCAAACACTGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTACTGCTAAACTATGAGACTTTTAAGTTCCCAGGCAAACACTGC  239

seq1  AGAAACACAAGATACCATATCAATAGTCATTTAATGGTCTGTGTAGTCAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACACAAGATACCATATCAATAGTCATTTAATGGTCTGTGTAGTCAA  289

seq1  CAGAATGCTCTATAATAACTGTGCTTTGGGTATTGAGTGAATGAAGAATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATGCTCTATAATAACTGTGCTTTGGGTATTGAGTGAATGAAGAATA  339

seq1  CAAGATACATATCAAAAAGTCATCAAATTGATGTTTTAATATCCAAGAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATACATATCAAAAAGTCATCAAATTGATGTTTTAATATCCAAGAAA  389

seq1  AATCAACCAAGTGGGCCTCATTAAAATTACAGCGATGCTGTGGTTAACTG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACCAAGTGGGCCTCATTAAAATTACAGCGATGCTGTGGTTAACTG  439

seq1  ACTGAGCATTTCTAGTCAGAAGATTCTCTCTGCTTTCTCGATAGATAAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCATTTCTAGTCAGAAGATTCTCTCTGCTTTCTCGATAGATAAGG  489

seq1  GCCCCATTAGCTGTTTCCTTTGTTTTAGGCATCTTTATCATGAGATAAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATTAGCTGTTTCCTTTGTTTTAGGCATCTTTATCATGAGATAAAC  539

seq1  AATAGTGACCAGCTTTGAAAATGGTTTACTAATTAGGGCACAATGCCTTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGACCAGCTTTGAAAATGGTTTACTAATTAGGGCACAATGCCTTT  589

seq1  CCTCTTGGGCTGTTTTATTGTTATCCGTTTTTCTTATCAGTCAGGTGGCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGGGCTGTTTTATTGTTATCCGTTTTTCTTATCAGTCAGGTGGCC  639

seq1  TGCGTGACTCATATATTTGTCTAGCCTGTTCATATAGATTCTGTTGAATC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGACTCATATATTTGTCTAGCCTGTTCATATAGATTCTGTTGAATC  689

seq1  ATCCAATTAGAGGTTACATAACATCGACTGTGTCCTTGTATTTTCAGACA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAATTAGAGGTTACATAACATCGACTGTGTCCTTGTATTTTCAGACA  739

seq1  TTTATCTTAATGCCTACATTCATGATTAGCTGAAATAATACTGCAACAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTAATGCCTACATTCATGATTAGCTGAAATAATACTGCAACAAA  789

seq1  ATCACCAGATGAACTAGTTTGTCACCCTGTAATAGTTTTTTTTTTTAAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCAGATGAACTAGTTTGTCACCCTGTAATAGTTTTTTTTTTTAAGA  839

seq1  AAAGACCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTGTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCT  889

seq1  CTTTCTCTCTCTCTGTCATTTTCTTTCTTCCTGTCTCTTTTACTGTCTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTCTCTCTGTCATTTTCTTTCTTCCTGTCTCTTTTACTGTCTCT  939

seq1  GTCTCTTTCATTCTTAATCTTTGTCTCTGTCTCTGCCTGTCTCTGTCTCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTTCATTCTTAATCTTTGTCTCTGTCTCTGCCTGTCTCTGTCTCT  989

seq1  GTGTGTGTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGCTTCTGTGTGCTTGTATGTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTATGTGTGTGTGCATGTGTGTGCTTCTGTGTGCTTGTATGTTC  1039

seq1  TGCTAGTGATGGAACCCACAGCCTTGCCATTGCTATACAAGAATTC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGTGATGGAACCCACAGCCTTGCCATTGCTATACAAGAATTC  1085