BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139B11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 7,730,866 - 7,831,510
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTox, LOC100039421, LOC666700
Downstream geneCar8, LOC100039494, LOC100039505, LOC100039478, Rab2, EG666752, LOC666760, Chd7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139B11.bB6Ng01-139B11.g
ACCDH938166DH938167
length1,2011,081
definitionDH938166|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139B11, 5' end.DH938167|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139B11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,730,866 - 7,732,077)(7,830,427 - 7,831,510)
sequence
gaattcattattccaaaagtttatctgctgaagaaataaaccccagagtg
aggaaatgaccactgatgaggccttcaaagaggcaatcaagttaaaatga
gactatgtgagtatattctagtcatatctgagtgacagctacctaaggag
gaaacctgagaaccagtgtgaagacagtggagtgtaaacacacacacaca
ggaaagtctatgagacaacatgaaatgaaggtgctcatatggagctcctg
tggagtaataacatttgtttggcaacaaacaaagacaacaactgtgctca
gacatcaatctactcccaagttgactcggtataacatgtagatagacatt
cagcagtcctgattaagaatcgcaaagcctgttcaagattcattggttat
attgcagaaaagctgttttgtttgagaccattgctagtctttagaagtca
gacacatatggttatgctttcaaatttggtgatgttttcaatccaaatgc
tgttagaacaagaaggttagtttccctcaaggcaaaattgcattaatgtg
catgacagatgtaccaaaaacaggaggcatgagagataaaatcatgaggt
gagcccttagaatacttcaaaataaaagaagtttggacctttcacttgtc
tgaagtagaaaaacaccctctgacaacagttgaaagggggtaaaaggaaa
catattagcatagctgcaatgcagctaatgcctgcagacttgagcatagg
agtaaccacagcagtagagaaggtgtgcttggcgtgatggccaaagcatg
ctgtgcctgctctgttgagcatccgaaagaagtgaacagactttatgtat
aaaatggcgaggacagtgaatgacacaagtggctttctgctgcttttggt
gttaaagatgagtggtaacagctcactttattaccattggtgtttttgat
attccttgtgcactggatgatgtggactgaagctttgtaataactttcta
cagtctcattctacccttccccctctcctctgctacttcttcttcctcta
tctcccatctctcatgcctctttccctttctttctctccctcgtctaccc
ttaaagaataagaggcaatattttcatcatgcaatgctaaatctctttgc
tgcaagcatacttcttaaaacttgtatcttattcagtgagaggatgcttt
a

gaattctatgacagaaatacattaaacaaatttctttttgtaaaggtgag
agacataaacttttctatcatatcattttccacaggactctgctttccta
taggctaagcttctctagtaagctctatgttggggtctttatatggttgc
aatgcactatgtgaactctgctgtatactttgttttgaaagagacaactg
aacttaatgaacattttccatttactgacataagagcttgtcatgccact
gataacagccattgattgatgcactcagtatttcttagtccttaatatgt
gttgggcacttctctagaaactgcagatgtagtaatgaaaggcaaacttc
caatttccatgttctaatgtggcttatcattttgttattttctatgatgt
tgaggcaaaactctaaaatctattggtgggcagtactgattgagaacaca
acccctgcatgtgttatgacataagctactcattttagaaagtggccata
ctgttgtaccaaatatctgagaatgaaggtctgagagttgagtagaacgg
cccggaccctcagcagccctcctgaccttcagcatcctttgtggagtgga
acctcacaagcagcaggaagacctgcattagggtctgatgtgtgggttaa
cagagtgggaagagacgaaactggatatagaatggagggagcaatgagtc
tcagaagctctcatctttaagggccttaagaggatcctggctactgattt
atttctatcatctacatttcatgcaaattttctttttgccaaacctaatc
aaaaaatataaaggaagggggctctgtaaaccacagtagcagtcatgtca
ggttaatgcagcacaaagtacatttaacaatacatcaatcttacatcttt
taatttctcactttaaactgccacccttttcatctcctagaatgaattct
tcttttcagagacagctcattctgctgttgtcctttaaatttatcaacac
ttatctctctcagtcatgtccactagactttgacttcttagtctagacat
ttattggagcccagaataccacaagcttcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_7730866_7732077
seq2: B6Ng01-139B11.b_49_1249

seq1  GAATTCATTATTCCAAAAGTTTATCTGCTGAAGAAATAAACCCCAGAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTATTCCAAAAGTTTATCTGCTGAAGAAATAAACCCCAGAGTG  50

seq1  AGGAAATGACCACTGATGAGGCCTTCAAAGAGGCAATCAAGTTAAAATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATGACCACTGATGAGGCCTTCAAAGAGGCAATCAAGTTAAAATGA  100

seq1  GACTATGTGAGTATATTCTAGTCATATCTGAGTGACAGCTACCTAAGGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATGTGAGTATATTCTAGTCATATCTGAGTGACAGCTACCTAAGGAG  150

seq1  GAAACCTGAGAACCAGTGTGAAGACAGTGGAGTGTAAACACACACACACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTGAGAACCAGTGTGAAGACAGTGGAGTGTAAACACACACACACA  200

seq1  GGAAAGTCTATGAGACAACATGAAATGAAGGTGCTCATATGGAGCTCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTCTATGAGACAACATGAAATGAAGGTGCTCATATGGAGCTCCTG  250

seq1  TGGAGTAATAACATTTGTTTGGCAACAAACAAAGACAACAACTGTGCTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAATAACATTTGTTTGGCAACAAACAAAGACAACAACTGTGCTCA  300

seq1  GACATCAATCTACTCCCAAGTTGACTCGGTATAACATGTAGATAGACATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCAATCTACTCCCAAGTTGACTCGGTATAACATGTAGATAGACATT  350

seq1  CAGCAGTCCTGATTAAGAATCGCAAAGCCTGTTCAAGATTCATTGGTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTCCTGATTAAGAATCGCAAAGCCTGTTCAAGATTCATTGGTTAT  400

seq1  ATTGCAGAAAAGCTGTTTTGTTTGAGACCATTGCTAGTCTTTAGAAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAGAAAAGCTGTTTTGTTTGAGACCATTGCTAGTCTTTAGAAGTCA  450

seq1  GACACATATGGTTATGCTTTCAAATTTGGTGATGTTTTCAATCCAAATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATATGGTTATGCTTTCAAATTTGGTGATGTTTTCAATCCAAATGC  500

seq1  TGTTAGAACAAGAAGGTTAGTTTCCCTCAAGGCAAAATTGCATTAATGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAACAAGAAGGTTAGTTTCCCTCAAGGCAAAATTGCATTAATGTG  550

seq1  CATGACAGATGTACCAAAAACAGGAGGCATGAGAGATAAAATCATGAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACAGATGTACCAAAAACAGGAGGCATGAGAGATAAAATCATGAGGT  600

seq1  GAGCCCTTAGAATACTTCAAAATAAAAGAAGTTTGGACCTTTCACTTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCTTAGAATACTTCAAAATAAAAGAAGTTTGGACCTTTCACTTGTC  650

seq1  TGAAGTAGAAAAACACCCTCTGACAACAGTTGAAAGGGGGTAAAAGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTAGAAAAACACCCTCTGACAACAGTTGAAAGGGGGTAAAAGGAAA  700

seq1  CATATTAGCATAGCTGCAATGCAGCTAATGCCTGCAGACTTGAGCATAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTAGCATAGCTGCAATGCAGCTAATGCCTGCAGACTTGAGCATAGG  750

seq1  AGTAACCACAGCAGTAGAGAAGGTGTGCTTGGCGTGATGGCCAAAGCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACCACAGCAGTAGAGAAGGTGTGCTTGGCGTGATGGCCAAAGCATG  800

seq1  CTGTGCCTGCTCTGTTGAGCATCCGAAAGAAGTGAACAGACTTTATGTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCTGCTCTGTTGAGCATCCGAAAGAAGTGAACAGACTTTATGTAT  850

seq1  AAAATGGCGAGGACAGTGAATGACACAAGTGGCTTTCTGCTGCTTTTGGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGCGAGGACAGTGAATGACACAAGTGGCTTTCTGCTGCTTTTGGT  900

seq1  GTTAAAGATGAGTGGTAACAGCTCACTTTTATTACCATTGGTGTTTTTGA  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGATGAGTGGTAACAGCTCAC-TTTATTACCATTGGTGTTTTTGA  949

seq1  TATTCCTTGTGCACTGGGATGATGTGAACTGAAGCTTTGTAATAACTTTC  1000
      ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTTGTGCACT-GGATGATGTGGACTGAAGCTTTGTAATAACTTTC  998

seq1  TACAGTCTCATTCTACCCCTCCCCCTCTCCCTCCTGCCTACTTCTTCTCC  1050
      |||||||||||||||||| |||||||||||   ||| ||||||||||| |
seq2  TACAGTCTCATTCTACCCTTCCCCCTCTCC--TCTG-CTACTTCTTCTTC  1045

seq1  CTCTATCTCCCCATCTCTCATGCCTCTTTCCCTTTTCCTTTCTCTCCCTC  1100
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  CTCTATCT-CCCATCTCTCATGCCTCTTTCCCTTT--CTTTCTCTCCCTC  1092

seq1  CTTTCTACCCTTTAATAGATAAGAGGC-ATATTTTCATCATGC-ATGCCT  1148
         ||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||| ||||  
seq2  --GTCTACCCTTAAAGA-ATAAGAGGCAATATTTTCATCATGCAATGCTA  1139

seq1  ATTCTC-TTGCTGCATAGCATACCTC-TAAAACTTGTATCTATTTTCAGT  1196
      | |||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||| | ||||||
seq2  AATCTCTTTGCTGCA-AGCATACTTCTTAAAACTTGTATCT-TATTCAGT  1187

seq1  GAGAGTGATGCCTTTA  1212
      ||||| |||| |||||
seq2  GAGAG-GATG-CTTTA  1201


seq1: chr4_7830427_7831510
seq2: B6Ng01-139B11.g_68_1148 (reverse)

seq1  TAGAAGGCTGTGGTAATCTGGGGCTCAATAAATGTCTAGACTAAGAGTTC  50
      ||||||  ||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||  ||
seq2  TAGAAGCTTGTGGTATTCTGGGCTCCAATAAATGTCTAGACTAAGAAGTC  50

seq1  AAAGTCTAGGTGGACAATGACTGAGAGAGATAAGTGTTGATAAATTTAAA  100
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCTA-GTGGAC-ATGACTGAGAGAGATAAGTGTTGATAAATTTAAA  98

seq1  GGACAACAGCAGAATGAGCTGTCTCTGAAAAGGAAGAATTCATTCTAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGACAACAGCAGAATGAGCTGTCTCTGAAAA-GAAGAATTCATTCTAGGA  147

seq1  GATGAAAAGGGTGGCAGTTTAAAGTGAGAAATTAAAAGATGTAAGATTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAAGGGTGGCAGTTTAAAGTGAGAAATTAAAAGATGTAAGATTGA  197

seq1  TGTATTGTTAAATGTACTTTGTGCTGCATTAACCTGACATGACTGCTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTGTTAAATGTACTTTGTGCTGCATTAACCTGACATGACTGCTACT  247

seq1  GTGGTTTACAGAGCCCCCTTCCTTTATATTTTTTGATTAGGTTTGGCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTACAGAGCCCCCTTCCTTTATATTTTTTGATTAGGTTTGGCAAA  297

seq1  AAGAAAATTTGCATGAAATGTAGATGATAGAAATAAATCAGTAGCCAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATTTGCATGAAATGTAGATGATAGAAATAAATCAGTAGCCAGGA  347

seq1  TCCTCTTAAGGCCCTTAAAGATGAGAGCTTCTGAGACTCATTGCTCCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTAAGGCCCTTAAAGATGAGAGCTTCTGAGACTCATTGCTCCCTC  397

seq1  CATTCTATATCCAGTTTCGTCTCTTCCCACTCTGTTAACCCACACATCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTATATCCAGTTTCGTCTCTTCCCACTCTGTTAACCCACACATCAG  447

seq1  ACCCTAATGCAGGTCTTCCTGCTGCTTGTGAGGTTCCACTCCACAAAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAATGCAGGTCTTCCTGCTGCTTGTGAGGTTCCACTCCACAAAGGA  497

seq1  TGCTGAAGGTCAGGAGGGCTGCTGAGGGTCCGGGCCGTTCTACTCAACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGAAGGTCAGGAGGGCTGCTGAGGGTCCGGGCCGTTCTACTCAACTC  547

seq1  TCAGACCTTCATTCTCAGATATTTGGTACAACAGTATGGCCACTTTCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCTTCATTCTCAGATATTTGGTACAACAGTATGGCCACTTTCTAA  597

seq1  AATGAGTAGCTTATGTCATAACACATGCAGGGGTTGTGTTCTCAATCAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTAGCTTATGTCATAACACATGCAGGGGTTGTGTTCTCAATCAGT  647

seq1  ACTGCCCACCAATAGATTTTAGAGTTTTGCCTCAACATCATAGAAAATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCCACCAATAGATTTTAGAGTTTTGCCTCAACATCATAGAAAATAA  697

seq1  CAAAATGATAAGCCACATTAGAACATGGAAATTGGAAGTTTGCCTTTCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATGATAAGCCACATTAGAACATGGAAATTGGAAGTTTGCCTTTCAT  747

seq1  TACTACATCTGCAGTTTCTAGAGAAGTGCCCAACACATATTAAGGACTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACATCTGCAGTTTCTAGAGAAGTGCCCAACACATATTAAGGACTAA  797

seq1  GAAATACTGAGTGCATCAATCAATGGCTGTTATCAGTGGCATGACAAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTGAGTGCATCAATCAATGGCTGTTATCAGTGGCATGACAAGCT  847

seq1  CTTATGTCAGTAAATGGAAAATGTTCATTAAGTTCAGTTGTCTCTTTCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTCAGTAAATGGAAAATGTTCATTAAGTTCAGTTGTCTCTTTCAA  897

seq1  AACAAAGTATACAGCAGAGTTCACATAGTGCATTGCAACCATATAAAGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGTATACAGCAGAGTTCACATAGTGCATTGCAACCATATAAAGAC  947

seq1  CCCAACATAGAGCTTACTAGAGAAGCTTAGCCTATAGGAAAGCAGAGTCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACATAGAGCTTACTAGAGAAGCTTAGCCTATAGGAAAGCAGAGTCC  997

seq1  TGTGGAAAATGATATGATAGAAAAGTTTATGTCTCTCACCTTTACAAAAA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAAATGATATGATAGAAAAGTTTATGTCTCTCACCTTTACAAAAA  1047

seq1  GAAATTTGTTTAATGTATTTCTGTCATAGAATTC  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTTGTTTAATGTATTTCTGTCATAGAATTC  1081


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |