BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-140K05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 54,061,214 - 54,170,443
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAbca1, 4930522O17Rik, AI427809, LOC100041197, Slc44a1, Fsd1l, LOC666483, Fcmd, Tal2, LOC435784, Tmem38b, LOC670124, LOC100041280
Downstream geneLOC666901, LOC100041303, LOC384018, EG666920, Zfp462, LOC670211
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-140K05.bB6Ng01-140K05.g
ACCDH939312DH939313
length1,0801,066
definitionDH939312|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140K05, 5' end.DH939313|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-140K05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,061,214 - 54,062,306)(54,169,378 - 54,170,443)
sequence
gaattcatggtcagcttgctctttatagtgaagtccaggctagccaggga
aaccctatgtcaaaaaacaaccaaccaactaaaggacaaaaataagaaag
aagagattcattgaaacgtctgttcttaggacctcaagctgtataggtta
agttgtatttgtgggtctaagcagcttgtgctatggtgatgaaccaggtc
tagtgagatgggactgatgtttaactctaattttagacatacagcatctt
taattctatgatagtgagtctgcctctgtcccttcttctgtagcatttgc
aggtggtgctggcacaagctcaatttgggcttggtgctgccagagaaacc
tttgtaggctggggagactagctgagggagttatcttcccatggctagaa
tggaaactatgcccagggaaaagcatgcttgaccttctttgaatcatctc
ttctggatctgttagggcctcatggcccgtctcagcaccatggctttgct
cagttcccacctctaggattgaaacatcttctggttcttctttcagagcc
ttctctgggattctttgtgaagcgtttgtaaacagtgcctgcatcgtttc
tggtagtgaattgaattaaaatatcctttgttgatagtccagcttcaaaa
gtgctcaagtctgctgttaatcttctttttccttccaaccactgaggaga
tactcctgcaagggagagggggaaacaataatgcccttgttctggtttag
agattcattatgccctcgctgtgtatttatgctgtcaaatgtggggcaac
tgtaaatcaaaccatcctatcgaagaagagcaaacattacattaaatgtt
gataattttcttctcttccagatgcttacctaattttattcagcaaacac
tcaccgagcatttcaattgtgctaaatgcagataaatgagatctacaatt
ttgaggaacctcatgggctactcaaaagaaacaggagtaaatgacagctg
tagtttcagggcaactggggtaccaaaaattactgtttacctggattcta
aaccctaggactatctgggcaacgttgcct
gaattccatattccctgcgggtcttgcagcctcttctgtcaaagcttgtc
agaaatgggaagtactttaaaacggcagggagaagacataaaacaagcac
agcatggcgacttcaagactggatgccaccaacccaatagaatccaaatt
tagtacatctcagtcactacatccaatgggaaaaaccctcaggtcccaaa
ggagcagattctcaggggaaaaatgtatcaaatgtcttgaagtaagtacg
attgaactaattagtaatgaagacaacccaaatatatatatggaaacttt
ccctttaacacaagctaagccaatgagtacaaaaatcttagatttatgct
acttatcatcccagacacatttttatcatttatcaaggcatagctatgga
gaataaaaatctggacataaattttcacattggtaaactgaaggacagtc
ctaaggagctcctaaaggcagaggagtgccatcgaatgggtctgtaatta
gctctctggtgggtaaatctgggcattttagcagagcttcgccaatcaat
ctcagttaccaggaagaacagagcagcagaagcagactccaaagactaga
cagacgatccactgaaaaaggtctaaccaagagtgagttctgttgctctg
aaagtgaaaacattatgaaaagcacattgagaagacaaaaaatagagaag
gatgctattgttgaatctaatatcctcacatgagagctggtatggggagt
gtttttttaataacagtcaaaacaccatcacacattgactgcgtggcttc
atttcacaaacattcaacaaccatcaacccattctaccagaaggattttt
tttctttaatgatcagcaaatgaaacaaacttttttcctgactttgtcag
ctttcacattttaaggggactatggccatagaacagtttaggatatatta
ttgactctggttgaagataattcacatgaaaaaaaagaacataagtttat
ggattttcttccctaaggcaccaaagtggttcttgctttgctaagtctca
ataaccaaatgtcccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_54061214_54062306
seq2: B6Ng01-140K05.b_45_1124

seq1  GAATTCATGGTCAGCTTGCTCTTTATAGTGAAGTCCAGGCTAGCCAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGTCAGCTTGCTCTTTATAGTGAAGTCCAGGCTAGCCAGGGA  50

seq1  AACCCTATGTCAAAAAACAACCAACCAACTAAAGGACAAAAATAAGAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTATGTCAAAAAACAACCAACCAACTAAAGGACAAAAATAAGAAAG  100

seq1  AAGAGATTCATTGAAACGTCTGTTCTTAGGACCTCAAGCTGTATAGGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGATTCATTGAAACGTCTGTTCTTAGGACCTCAAGCTGTATAGGTTA  150

seq1  AGTTGTATTTGTGGGTCTAAGCAGCTTGTGCTATGGTGATGAACCAGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTATTTGTGGGTCTAAGCAGCTTGTGCTATGGTGATGAACCAGGTC  200

seq1  TAGTGAGATGGGACTGATGTTTAACTCTAATTTTAGACATACAGCATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGATGGGACTGATGTTTAACTCTAATTTTAGACATACAGCATCTT  250

seq1  TAATTCTATGATAGTGAGTCTGCCTCTGTCCCTTCTTCTGTAGCATTTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTATGATAGTGAGTCTGCCTCTGTCCCTTCTTCTGTAGCATTTGC  300

seq1  AGGTGGTGCTGGCACAAGCTCAATTTGGGCTTGGTGCTGCCAGAGAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGTGCTGGCACAAGCTCAATTTGGGCTTGGTGCTGCCAGAGAAACC  350

seq1  TTTGTAGGCTGGGGAGACTAGCTGAGGGAGTTATCTTCCCATGGCTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAGGCTGGGGAGACTAGCTGAGGGAGTTATCTTCCCATGGCTAGAA  400

seq1  TGGAAACTATGCCCAGGGAAAAGCATGCTTGACCTTCTTTGAATCATCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACTATGCCCAGGGAAAAGCATGCTTGACCTTCTTTGAATCATCTC  450

seq1  TTCTGGATCTGTTAGGGCCTCATGGCCCGTCTCAGCACCATGGCTTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGATCTGTTAGGGCCTCATGGCCCGTCTCAGCACCATGGCTTTGCT  500

seq1  CAGTTCCCACCTCTAGGATTGAAACATCTTCTGGTTCTTCTTTCAGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCCACCTCTAGGATTGAAACATCTTCTGGTTCTTCTTTCAGAGCC  550

seq1  TTCTCTGGGATTCTTTGTGAAGCGTTTGTAAACAGTGCCTGCATCGTTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGGGATTCTTTGTGAAGCGTTTGTAAACAGTGCCTGCATCGTTTC  600

seq1  TGGTAGTGAATTGAATTAAAATATCCTTTGTTGATAGTCCAGCTTCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGTGAATTGAATTAAAATATCCTTTGTTGATAGTCCAGCTTCAAAA  650

seq1  GTGCTCAAGTCTGCTGTTAATCTTCTTTTTCCTTCCAACCACTGAGGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTCAAGTCTGCTGTTAATCTTCTTTTTCCTTCCAACCACTGAGGAGA  700

seq1  TACTCCTGCAAGGGAGAGGGGGAAACAATAATGCCCTTGTTCTGGTTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCTGCAAGGGAGAGGGGGAAACAATAATGCCCTTGTTCTGGTTTAG  750

seq1  AGATTCATTATGCCCTCGCTGTGTATTTATGCTGTCAAATGTGGGGCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCATTATGCCCTCGCTGTGTATTTATGCTGTCAAATGTGGGGCAAC  800

seq1  TGTAAATCAAACCATCCTATCGAAGAAGAGCAAACATTACATTAAATGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATCAAACCATCCTATCGAAGAAGAGCAAACATTACATTAAATGTT  850

seq1  GATAATTTTCTTCTCTTCCAGATGCTTACCTAATTTTATTTCAGCAAACA  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATAATTTTCTTCTCTTCCAGATGCTTACCTAATTTTA-TTCAGCAAACA  899

seq1  CTCACCGAGCATTTCAATTGTGCTAAATGCAGATAAAATGAGATCTACAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCACCGAGCATTTCAATTGTGCTAAATGCAGAT-AAATGAGATCTACAA  948

seq1  TTTTGAGGAACCCCATGGGCTACTCAAAAAGAGACAGGAGTAAATGAACA  1000
      |||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||
seq2  TTTTGAGGAACCTCATGGGCTACTC-AAAAGAAACAGGAGTAAATG-ACA  996

seq1  GCTGTAGTTTTCAGGGCAACTGGGGTACCAAAGACATCACTGTTTACCAT  1050
      ||||||| |||||||||||||||||||||||  | || |||||||||| |
seq2  GCTGTAG-TTTCAGGGCAACTGGGGTACCAA--AAATTACTGTTTACC-T  1042

seq1  GGATGTCATAGACCCCTAAGGACTATTCTGGCATACGTTGCCT  1093
      |||| || || ||||   ||||||| |||||   |||||||||
seq2  GGAT-TC-TAAACCC--TAGGACTA-TCTGGGCAACGTTGCCT  1080

seq1: chr4_54169378_54170443
seq2: B6Ng01-140K05.g_68_1133 (reverse)

seq1  GGGGACATTTGGATTATGAGACTTAAGCAAAGCAAGGAAACACTATTGTG  50
      |||||||||||| |  |||||||| |||||||||| ||| |||| ||| |
seq2  GGGGACATTTGGTTATTGAGACTT-AGCAAAGCAA-GAACCACT-TTG-G  46

seq1  TGCTTTAGAGAAGAAAATACAATAAAC-TATGTTC-TTTTTTTCATGTGA  98
      ||| |||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  TGCCTTAGGGAAGAAAAT-CCATAAACTTATGTTCTTTTTTTTCATGTGA  95

seq1  ATTATC-TCAACCAGAGTCAAATAATTATATCCTAAACTGTTCTATGGCC  147
      |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTTCAACCAGAGTC-AATAA-TATATCCTAAACTGTTCTATGGCC  143

seq1  ATAGTCCCTTTAAAATGTG-AAGCTGACAAGGTCAGG-AAAAAGTTTGTT  195
      |||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  ATAGTCCCCTTAAAATGTGAAAGCTGACAAAGTCAGGAAAAAAGTTTGTT  193

seq1  TCATTTGCTGATCATT-AAGAAAAAAAATCCTTCTGGTAG-ATGGGTTGA  243
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCATTTGCTGATCATTAAAGAAAAAAAATCCTTCTGGTAGAATGGGTTGA  243

seq1  TGGTTGTTGAATGTTTGTGAAATGAAGCCACGCAGTCAATGTGTGATGGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTTGAATGTTTGTGAAATGAAGCCACGCAGTCAATGTGTGATGGT  293

seq1  GTTTTGACTGTTATTAAAAAAACACTCCCCATACCAGCTCTCATGTGAGG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGACTGTTATTAAAAAAACACTCCCCATACCAGCTCTCATGTGAGG  343

seq1  ATATTAGATTCAACAATAGCATCCTTCTCTATTTTTTGTCTTCTCAATGT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAGATTCAACAATAGCATCCTTCTCTATTTTTTGTCTTCTCAATGT  393

seq1  GCTTTTCATAATGTTTTCACTTTCAGAGCAACAGAACTCACTCTTGGTTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCATAATGTTTTCACTTTCAGAGCAACAGAACTCACTCTTGGTTA  443

seq1  GACCTTTTTCAGTGGATCGTCTGTCTAGTCTTTGGAGTCTGCTTCTGCTG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTTTTCAGTGGATCGTCTGTCTAGTCTTTGGAGTCTGCTTCTGCTG  493

seq1  CTCTGTTCTTCCTGGTAACTGAGATTGATTGGCGAAGCTCTGCTAAAATG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTCTTCCTGGTAACTGAGATTGATTGGCGAAGCTCTGCTAAAATG  543

seq1  CCCAGATTTACCCACCAGAGAGCTAATTACAGACCCATTCGATGGCACTC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATTTACCCACCAGAGAGCTAATTACAGACCCATTCGATGGCACTC  593

seq1  CTCTGCCTTTAGGAGCTCCTTAGGACTGTCCTTCAGTTTACCAATGTGAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCTTTAGGAGCTCCTTAGGACTGTCCTTCAGTTTACCAATGTGAA  643

seq1  AATTTATGTCCAGATTTTTATTCTCCATAGCTATGCCTTGATAAATGATA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTATGTCCAGATTTTTATTCTCCATAGCTATGCCTTGATAAATGATA  693

seq1  AAAATGTGTCTGGGATGATAAGTAGCATAAATCTAAGATTTTTGTACTCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTGTCTGGGATGATAAGTAGCATAAATCTAAGATTTTTGTACTCA  743

seq1  TTGGCTTAGCTTGTGTTAAAGGGAAAGTTTCCATATATATATTTGGGTTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTAGCTTGTGTTAAAGGGAAAGTTTCCATATATATATTTGGGTTG  793

seq1  TCTTCATTACTAATTAGTTCAATCGTACTTACTTCAAGACATTTGATACA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATTACTAATTAGTTCAATCGTACTTACTTCAAGACATTTGATACA  843

seq1  TTTTTCCCCTGAGAATCTGCTCCTTTGGGACCTGAGGGTTTTTCCCATTG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCCCCTGAGAATCTGCTCCTTTGGGACCTGAGGGTTTTTCCCATTG  893

seq1  GATGTAGTGACTGAGATGTACTAAATTTGGATTCTATTGGGTTGGTGGCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGTGACTGAGATGTACTAAATTTGGATTCTATTGGGTTGGTGGCA  943

seq1  TCCAGTCTTGAAGTCGCCATGCTGTGCTTGTTTTATGTCTTCTCCCTGCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCTTGAAGTCGCCATGCTGTGCTTGTTTTATGTCTTCTCCCTGCC  993

seq1  GTTTTAAAGTACTTCCCATTTCTGACAAGCTTTGACAGAAGAGGCTGCAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAAGTACTTCCCATTTCTGACAAGCTTTGACAGAAGAGGCTGCAA  1043

seq1  GACCCGCAGGGAATATGGAATTC  1066
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCGCAGGGAATATGGAATTC  1066