BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143J08
Chromosome4 (Build37)
Map Location 7,218,849 - 7,358,772
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSdcbp, Nsmaf, LOC100039397, LOC100039414, Tox, LOC100039421, LOC666700
Downstream geneCar8, LOC100039494, LOC100039505
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143J08.bB6Ng01-143J08.g
ACCDH941483DH941484
length9941,065
definitionDH941483|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143J08, 5' end.DH941484|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143J08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,357,778 - 7,358,772)(7,218,849 - 7,219,939)
sequence
gaattcactgtgttgttcaggagagatcaaacaacattgtgcaaatgaat
ccattttaagctttttcttaaggagtatgtggatagtgtaatacaaaata
aacatatgtatgaccacatttactgttgtggtttgaacagcaaatgacct
tcattggcttgtgtgtttgaacacatggttgccagctggtgacattattt
gggaaggtaataagacctggtgatggtagagtcttgctagagaaagtact
tcactcatggcaggctttgagattttttttaaactttttttttaactttt
taaaattaggtattttcttcatttacatttccaatgctatcccaaaagtc
cccccataccctacccccccccactcccctcctcactccctcttcttggc
cctggcgtttccctgtactggggcatataaagtttgcaagaccaatgggc
ctctctttccactgatggccgactaggccatcttctgatacatatgcagc
tagaaacatgagctctagggtactggttagctcatattgttgttccacct
atagggttgcagacccctttagctccttgggtacttttttgtaccctttt
taaaccttgctttctgggctttccgactgctgggtcccatgatgaacata
gtctcatactcctgcagcatgctttttctatgatgatggaactgcaagcc
aaaacaatttcttccttaagatgctttggtcatcatattttatcaacaat
agccaataaaatgaaacacaaaattaaattaaaagcataagcatcaatta
gttctgagaaagtggtgtgttcttctagttttaggattctgaaattgtat
aatctttagttttttcctatgttctagtcatttcattttataatgctaac
agcctttgacaagaacttttattacggccattcaagtgttgaaagcatgt
agatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagat

gaattctttgacgactcaggtgactgttttacatccaggtgtatgaattt
gggaaactatgttctcaaaatatgttcctttgctacaagctactactcat
tttctatgttaaaatgctgccctggccagtctttgttccctaagtcaaac
ctaacaaaaacacttttctgtttcttactttggtgatgtaaggattagaa
acccttctaggcttctttggcagtctcacatggttcatcagatgcagttt
ttcccatgaagcccttctaatctcagttacaaacaagacgtgttgtgctg
aatctcaacagtaacattttatacctctcaaattaaaagaaccaatacgc
ctctctctaaattatcacatggttttgaagtatttattatagagaggttc
cctagggtcaaatagtgacctttgaagatactattagaatgagttctaac
aattaaaagaaaaaacccaaacaaacaaacaaacaaacaaacataaaatc
attttgaggcaatgttttccatctcttgagtgggatattaattattataa
tgggaaagattggattctatgtctgaaacacatagggcaatattcttcat
agatcggggttatatgtgtagttaaggctttattacattatgcatttcct
aatgtttattgctgagcttctagaagctaggacaataaattacttattgt
aatatataaaccatgttacctcaaaatatatctgctgaccaaatgtatga
atattaaatgctaaaatgaatgctttaatgtaaaatttctgtattttagc
ccatgaagctgtgaaaagctaaattttttgattggttcatgcgtatttat
ttagtcattcataaatatttactgagcatttatatgcaaatgtagcagta
gaaccagtggatggcacttgtacatcttttgtcctcaactcagcatctga
atatagagaagatgctgaagcacagaggtggtgtgtatagaatacaaatt
ttgactcaaaatgatctgaactcattttttgcacattctaagatgatcta
gtacaatgtactttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_7357778_7358772
seq2: B6Ng01-143J08.b_49_1042 (reverse)

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTACA-TG  49

seq1  CTTTCAACACTTGAATGGCCGTAATAAAAGTTCTTGTCAAAGGCTGTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAACACTTGAATGGCCGTAATAAAAGTTCTTGTCAAAGGCTGTTAG  99

seq1  CATTATAAAATGAAATGACTAGAACATAGGAAAAAACTAAAGATTATACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATAAAATGAAATGACTAGAACATAGGAAAAAACTAAAGATTATACA  149

seq1  ATTTCAGAATCCTAAAACTAGAAGAACACACCACTTTCTCAGAACTAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGAATCCTAAAACTAGAAGAACACACCACTTTCTCAGAACTAATT  199

seq1  GATGCTTATGCTTTTAATTTAATTTTGTGTTTCATTTTATTGGCTATTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTTATGCTTTTAATTTAATTTTGTGTTTCATTTTATTGGCTATTGT  249

seq1  TGATAAAATATGATGACCAAAGCATCTTAAGGAAGAAATTGTTTTGGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAATATGATGACCAAAGCATCTTAAGGAAGAAATTGTTTTGGCTT  299

seq1  GCAGTTCCATCATCATAGAAAAAGCATGCTGCAGGAGTATGAGACTATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTCCATCATCATAGAAAAAGCATGCTGCAGGAGTATGAGACTATGT  349

seq1  TCATCATGGGACCCAGCAGTCGGAAAGCCCAGAAAGCAAGGTTTAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATGGGACCCAGCAGTCGGAAAGCCCAGAAAGCAAGGTTTAAAAAG  399

seq1  GGTACAAAAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACAAAAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTG  449

seq1  GAACAACAATATGAGCTAACCAGTACCCTAGAGCTCATGTTTCTAGCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAACAATATGAGCTAACCAGTACCCTAGAGCTCATGTTTCTAGCTGC  499

seq1  ATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCGGCCATCAGTGGAAAGAGAGGCCCA  549

seq1  TTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGAAACGCCAGGGCCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGAAACGCCAGGGCCAA  599

seq1  GAAGAGGGAGTGAGGAGGGGAGTGGGGGGGGGTAGGGTATGGGGGGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGGAGTGAGGAGGGGAGTGGGGGGGGGTAGGGTATGGGGGGACTT  649

seq1  TTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAAGAAAATACCTAATTTTAAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAAGAAAATACCTAATTTTAAAAAG  699

seq1  TTAAAAAAAAAGTTTAAAAAAAATCTCAAAGCCTGCCATGAGTGAAGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAAAAAGTTTAAAAAAAATCTCAAAGCCTGCCATGAGTGAAGTAC  749

seq1  TTTCTCTAGCAAGACTCTACCATCACCAGGTCTTATTACCTTCCCAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTAGCAAGACTCTACCATCACCAGGTCTTATTACCTTCCCAAATA  799

seq1  ATGTCACCAGCTGGCAACCATGTGTTCAAACACACAAGCCAATGAAGGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACCAGCTGGCAACCATGTGTTCAAACACACAAGCCAATGAAGGTC  849

seq1  ATTTGCTGTTCAAACCACAACAGTAAATGTGGTCATACATATGTTTATTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTGTTCAAACCACAACAGTAAATGTGGTCATACATATGTTTATTT  899

seq1  TGTATTACACTATCCACATACTCCTTAAGAAAAAGCTTAAAATGGATTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTACACTATCCACATACTCCTTAAGAAAAAGCTTAAAATGGATTCA  949

seq1  TTTGCACAATGTTGTTTGATCTCTCCTGAACAACACAGTGAATTC  995
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACAATGTTGTTTGATCTCTCCTGAACAACACAGTGAATTC  994


seq1: chr4_7218849_7219939
seq2: B6Ng01-143J08.g_67_1131

seq1  GAATTCTTTGACGACTCAGGTGACTGTTTTACATCCAGGTGTATGAATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGACGACTCAGGTGACTGTTTTACATCCAGGTGTATGAATTT  50

seq1  GGGAAACTATGTTCTCAAAATATGTTCCTTTGCTACAAGCTACTACTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACTATGTTCTCAAAATATGTTCCTTTGCTACAAGCTACTACTCAT  100

seq1  TTTCTATGTTAAAATGCTGCCCTGGCCAGTCTTTGTTCCCTAAGTCAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATGTTAAAATGCTGCCCTGGCCAGTCTTTGTTCCCTAAGTCAAAC  150

seq1  CTAACAAAAACACTTTTCTGTTTCTTACTTTGGTGATGTAAGGATTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAAAACACTTTTCTGTTTCTTACTTTGGTGATGTAAGGATTAGAA  200

seq1  ACCCTTCTAGGCTTCTTTGGCAGTCTCACATGGTTCATCAGATGCAGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTCTAGGCTTCTTTGGCAGTCTCACATGGTTCATCAGATGCAGTTT  250

seq1  TTCCCATGAAGCCCTTCTAATCTCAGTTACAAACAAGACGTGTTGTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCATGAAGCCCTTCTAATCTCAGTTACAAACAAGACGTGTTGTGCTG  300

seq1  AATCTCAACAGTAACATTTTATACCTCTCAAATTAAAAGAACCAATACGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCAACAGTAACATTTTATACCTCTCAAATTAAAAGAACCAATACGC  350

seq1  CTCTCTCTAAATTATCACATGGTTTTGAAGTATTTATTATAGAGAGGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTAAATTATCACATGGTTTTGAAGTATTTATTATAGAGAGGTTC  400

seq1  CCTAGGGTCAAATAGTGACCTTTGAAGATACTATTAGAATGAGTTCTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGGTCAAATAGTGACCTTTGAAGATACTATTAGAATGAGTTCTAAC  450

seq1  AATTAAAAGAAAAAACCCAAACAAACAAACAAACAAACAAACATAAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAAGAAAAAACCCAAACAAACAAACAAACAAACAAACATAAAATC  500

seq1  ATTTTGAGGCAATGTTTTCCATCTCTTGAGTGGGATATTAATTATTATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAGGCAATGTTTTCCATCTCTTGAGTGGGATATTAATTATTATAA  550

seq1  TGGGAAAGATTGGATTCTATGTCTGAAACACATAGGGCAATATTCTTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAAGATTGGATTCTATGTCTGAAACACATAGGGCAATATTCTTCAT  600

seq1  AGATCGGGGTTATATGTGTAGTTAAGGCTTTATTACATTATGCATTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGGGGTTATATGTGTAGTTAAGGCTTTATTACATTATGCATTTCCT  650

seq1  AATGTTTATTGCTGAGCTTCTAGAAGCTAGGACAATAAATTACTTATTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTATTGCTGAGCTTCTAGAAGCTAGGACAATAAATTACTTATTGT  700

seq1  AATATATAAACCATGTTACCTCAAAATATATCTGCTGACCAAATGTATGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATAAACCATGTTACCTCAAAATATATCTGCTGACCAAATGTATGA  750

seq1  ATATTAAATGCTAAAATGAATGCTTTAATGTAAAATTTCTGTATTTTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAATGCTAAAATGAATGCTTTAATGTAAAATTTCTGTATTTTAGC  800

seq1  CCATGAAGCTGTGAAAAGCTAAATTTTTTGATTGGTTCATGCGTATTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAGCTGTGAAAAGCTAAATTTTTTGATTGGTTCATGCGTATTTAT  850

seq1  TTAGTCATTCATAAATATTTACTGAGCATTTATATGCAAATGTAGCAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCATTCATAAATATTTACTGAGCATTTATATGCAAATGTAGCAGTA  900

seq1  GAACCAGTGGATGGCAACTTGTACAATCTTTGTCCTCAAACTCAGCAATC  950
      ||||||||||||||| |||||||||   ||||||||| |||||||| |||
seq2  GAACCAGTGGATGGC-ACTTGTACATCTTTTGTCCTC-AACTCAGC-ATC  947

seq1  TTGGAATATAGGAAGGAAGATGCCTGAAAAGCACAGAGTGTGTGGTGTAT  1000
      |  ||||||||    ||||||| |||  |||||||||| |||  ||||||
seq2  T--GAATATAG---AGAAGATG-CTG--AAGCACAGAG-GTGGTGTGTAT  988

seq1  AGAATACAAAATTTTGACTCAAAATGATCTGAAACTCATTTTTTTTGCAA  1050
      ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||| 
seq2  AGAATAC-AAATTTTGACTCAAAATGATCTG-AACTCA--TTTTTTGCAC  1034

seq1  CATCTAAAGTATGATCTAGTTTAAAACAAAAGTGTACTTTC  1091
        |||||   ||||||||||     ||||   |||||||||
seq2  ATTCTAA--GATGATCTAGT-----ACAA---TGTACTTTC  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |