BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-143N07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 65,680,882 - 65,848,119
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAstn2
Upstream genePappa, Trim32
Downstream geneLOC667499, Tlr4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-143N07.bB6Ng01-143N07.g
ACCDH941665DH941666
length1,1591,158
definitionDH941665|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143N07, 5' end.DH941666|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-143N07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,846,940 - 65,848,119)(65,680,882 - 65,682,036)
sequence
gaattcttttgctttttagtggtgttgatacaacaaccctgcaggttccc
tggcagaggaacatttagagcccatgcttaccagcagccaatttctgata
tgttctccacatccctcaactttcatcgtatctccctctacaaagaagct
tttgactgacatattttacatatacttgaaaatttatacatatgtgcatt
gaaataaagtcatgtagtggtggtaaggttatgttcagtttttgttattg
atttttaagttgtgatatctaggaaagtattccttgggaccttactgtag
atcactaccaagttcaaggcaggacttctgtgctgctataattctcccat
cccaaacttatacccagctaccttccaaccttacccattttaagagagga
tacatgtatatttactgtagtgaattacagatcttagataaaagaacatt
gtagtgtttgctatgtgtttggtcagcaggatatagggacaaatttagtg
aaaagatgataagattgttaaacagtatctgctggagtcactcaccttct
ctcaagacacactaacagagctgtgctaagcagtaccaaaacccaaagag
gtgaaaaactcctgctatccaccattgtcaggaacctggaagatgaatgc
ttatttagggaatattctgccctcagaaaatcatagacaagatcatttcg
taaatttcaaacatgtgccatatttctaatagccgaagtttggataaact
aaagataaaataaacttcagtatatcttaagtttctaattaaatgagcct
tgggaagtttttttcattcattcattcattcattcattcttcaacatgtt
ttaagaacctacattgtaccccaaaccccttcttgaaaatcaagattaaa
ggactgaaatgagaaaatacagactgtagtaatgagaaatatctataaaa
tcgttaaagaatatttggatttggataatgcatctaatactatctgaagt
tgtgatggagtgtagggattttaatatttcttgaggattctgggaaactc
atgttgtagataataaaataggcttgaagagtgtggatgattgtcctggg
ctgccccactgggaggagaaacagaagccaccccctgcatttacaaggga
tagtctaac
gaattctggaattttagtttccttaagaaacacagacatataagaatatg
ttttcatttcaaccccaggtgtggctatgtagggctgcttcccaggaggt
gactctgatttgcctccagctctagcacaagcatggttttgccagctgca
gatagtttctgtggttgtgtgacatttagaattctggaaacttttcagag
agaatataagtgctagggccttgaaaggcaggttagttgctatttgtttg
tagtcatgcccaaagaagaaacaagagggaaaaaaaatagattcaagaat
ctcccgctctctctgtcctctctatcttctctctcccatttagtgatgga
agtgaaaccagggagataatgaatggaaaaaagaagaactcacaaactag
caaagcccgactacattaagatatcacttttcagagggcaaacctttaaa
cacctaatgcactcttccctcattatttcctaggctatcctttcatctca
ctttactcttcaataaccctaattgcactgaattttcatgacactttgcc
ttagaacagggatttctcaagtctcagcacaatattttatcccagccgtg
agctctagctatcagaagctctttaacaatgggcagaaaatgcatgtttc
tatgtctgtttgtatttaattgcttatgtgcatcgtatttgctacatgtc
cattaagccacttaaaaacaattaacaatacactataaattatccctgtt
ctgctgacagccttgaagcaaagcattggtctgagtgtcaaaggccaagg
ttagaatttgaactctacatttagtaggtatcgtggaagatattagtcaa
atatttaacttatagatatacttcatgcttagaatgttatactaaaatgt
gaactgcaattactgtatgatacaaaatgagtatattgccttggagtatt
ctaccatgttcttatggtacttgtctataggaaataggaaaatgagcaat
agaagtggaagagatgccgatggtttcatcatttgctgcaaaagtttaaa
gaactggagtttgaattcccagaactcacctcaatgcccgagggtaagtg
acatgtgtatgtactaacatgctgccaagaatggggacaaaggatagaag
aatctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_65846940_65848119
seq2: B6Ng01-143N07.b_48_1206 (reverse)

seq1  GTTAGGACTATCTACCTTGTTAAATGCAGGTGGTTGCTTTCTTGTTTCTC  50
      |||| |||||||  ||||| |||||||||| ||| ||||   ||||||||
seq2  GTTA-GACTATC--CCTTG-TAAATGCAGGGGGTGGCTT--CTGTTTCTC  44

seq1  CTACCAGCTGAGCAGCCCCAGGACAGTCCATCACACTCTCTCAGCCTTAT  100
      || ||||  | |||| ||||||||| ||   |||||||| |||  | |||
seq2  CTCCCAGTGGGGCAG-CCCAGGACAATCATCCACACTCT-TCAAGCCTAT  92

seq1  TTTATTATCTACAACATGAGTTTCCCAGAAT-CTCAAGAGATAGTAAAAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||
seq2  TTTATTATCTACAACATGAGTTTCCCAGAATCCTCAAGAAATATTAAAAT  142

seq1  CCCCTACACTCCATCACAACTTTCAGATAGTATTAGATTGCATTATCCAA  199
       ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -CCCTACACTCCATCACAAC-TTCAGATAGTATTAGA-TGCATTATCCAA  189

seq1  ATCCAAATATTTCTTTAACGATTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACTA  249
      ||||||||| |||||||||||||||   |||||||||   ||| ||||||
seq2  ATCCAAATA-TTCTTTAACGATTTT--ATAGATATTT--CTCA-TTACTA  233

seq1  CAGTCTGTATTTTCTTCATTTTCAGTCCTTTAATCTTTGATTTTTCAAGA  299
      |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  CAGTCTGTATTTTC-TCA-TTTCAGTCCTTTAATC-TTGA-TTTTCAAGA  279

seq1  AGGGGTTTGGGGTACAATGTAGGTTCTTAAAACATGTTTGAAGAATGAAT  349
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGGGTTTGGGGTACAATGTAGGTTCTTAAAACATG-TTGAAGAATGAAT  328

seq1  GAATGAATGAATGAATGAAAAAAACTTCCCAAGGCTCATTTAATTAGAAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAATGAATGAATGAAAAAAACTTCCCAAGGCTCATTTAATTAGAAA  378

seq1  CTTAAGATATACTGAAGTTTATTTTATCTTTAGTTTATCCAAACTTCGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGATATACTGAAGTTTATTTTATCTTTAGTTTATCCAAACTTCGGC  428

seq1  TATTAGAAATATGGCACATGTTTGAAATTTACGAAATGATCTTGTCTATG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAAATATGGCACATGTTTGAAATTTACGAAATGATCTTGTCTATG  478

seq1  ATTTTCTGAGGGCAGAATATTCCCTAAATAAGCATTCATCTTCCAGGTTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTGAGGGCAGAATATTCCCTAAATAAGCATTCATCTTCCAGGTTC  528

seq1  CTGACAATGGTGGATAGCAGGAGTTTTTCACCTCTTTGGGTTTTGGTACT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATGGTGGATAGCAGGAGTTTTTCACCTCTTTGGGTTTTGGTACT  578

seq1  GCTTAGCACAGCTCTGTTAGTGTGTCTTGAGAGAAGGTGAGTGACTCCAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGCACAGCTCTGTTAGTGTGTCTTGAGAGAAGGTGAGTGACTCCAG  628

seq1  CAGATACTGTTTAACAATCTTATCATCTTTTCACTAAATTTGTCCCTATA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATACTGTTTAACAATCTTATCATCTTTTCACTAAATTTGTCCCTATA  678

seq1  TCCTGCTGACCAAACACATAGCAAACACTACAATGTTCTTTTATCTAAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTGACCAAACACATAGCAAACACTACAATGTTCTTTTATCTAAGA  728

seq1  TCTGTAATTCACTACAGTAAATATACATGTATCCTCTCTTAAAATGGGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATTCACTACAGTAAATATACATGTATCCTCTCTTAAAATGGGTA  778

seq1  AGGTTGGAAGGTAGCTGGGTATAAGTTTGGGATGGGAGAATTATAGCAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGGAAGGTAGCTGGGTATAAGTTTGGGATGGGAGAATTATAGCAGC  828

seq1  ACAGAAGTCCTGCCTTGAACTTGGTAGTGATCTACAGTAAGGTCCCAAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGTCCTGCCTTGAACTTGGTAGTGATCTACAGTAAGGTCCCAAGG  878

seq1  AATACTTTCCTAGATATCACAACTTAAAAATCAATAACAAAAACTGAACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTTTCCTAGATATCACAACTTAAAAATCAATAACAAAAACTGAACA  928

seq1  TAACCTTACCACCACTACATGACTTTATTTCAATGCACATATGTATAAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTTACCACCACTACATGACTTTATTTCAATGCACATATGTATAAAT  978

seq1  TTTCAAGTATATGTAAAATATGTCAGTCAAAAGCTTCTTTGTAGAGGGAG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAGTATATGTAAAATATGTCAGTCAAAAGCTTCTTTGTAGAGGGAG  1028

seq1  ATACGATGAAAGTTGAGGGATGTGGAGAACATATCAGAAATTGGCTGCTG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACGATGAAAGTTGAGGGATGTGGAGAACATATCAGAAATTGGCTGCTG  1078

seq1  GTAAGCATGGGCTCTAAATGTTCCTCTGCCAGGGAACCTGCAGGGTTGTT  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCATGGGCTCTAAATGTTCCTCTGCCAGGGAACCTGCAGGGTTGTT  1128

seq1  GTATCAACACCACTAAAAAGCAAAAGAATTC  1180
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAACACCACTAAAAAGCAAAAGAATTC  1159

seq1: chr4_65680882_65682036
seq2: B6Ng01-143N07.g_68_1225

seq1  GAATTCTGGAATTTTAGTTTCCTTAAGAAACACAGACATATAAGAATATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAATTTTAGTTTCCTTAAGAAACACAGACATATAAGAATATG  50

seq1  TTTTCATTTCAACCCCAGGTGTGGCTATGTAGGGCTGCTTCCCAGGAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATTTCAACCCCAGGTGTGGCTATGTAGGGCTGCTTCCCAGGAGGT  100

seq1  GACTCTGATTTGCCTCCAGCTCTAGCACAAGCATGGTTTTGCCAGCTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGATTTGCCTCCAGCTCTAGCACAAGCATGGTTTTGCCAGCTGCA  150

seq1  GATAGTTTCTGTGGTTGTGTGACATTTAGAATTCTGGAAACTTTTCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTTCTGTGGTTGTGTGACATTTAGAATTCTGGAAACTTTTCAGAG  200

seq1  AGAATATAAGTGCTAGGGCCTTGAAAGGCAGGTTAGTTGCTATTTGTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATAAGTGCTAGGGCCTTGAAAGGCAGGTTAGTTGCTATTTGTTTG  250

seq1  TAGTCATGCCCAAAGAAGAAACAAGAGGGAAAAAAAATAGATTCAAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGCCCAAAGAAGAAACAAGAGGGAAAAAAAATAGATTCAAGAAT  300

seq1  CTCCCGCTCTCTCTGTCCTCTCTATCTTCTCTCTCCCATTTAGTGATGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCGCTCTCTCTGTCCTCTCTATCTTCTCTCTCCCATTTAGTGATGGA  350

seq1  AGTGAAACCAGGGAGATAATGAATGGAAAAAAGAAGAACTCACAAACTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAACCAGGGAGATAATGAATGGAAAAAAGAAGAACTCACAAACTAG  400

seq1  CAAAGCCCGACTACATTAAGATATCACTTTTCAGAGGGCAAACCTTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCCGACTACATTAAGATATCACTTTTCAGAGGGCAAACCTTTAAA  450

seq1  CACCTAATGCACTCTTCCCTCATTATTTCCTAGGCTATCCTTTCATCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTAATGCACTCTTCCCTCATTATTTCCTAGGCTATCCTTTCATCTCA  500

seq1  CTTTACTCTTCAATAACCCTAATTGCACTGAATTTTCATGACACTTTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACTCTTCAATAACCCTAATTGCACTGAATTTTCATGACACTTTGCC  550

seq1  TTAGAACAGGGATTTCTCAAGTCTCAGCACAATATTTTATCCCAGCCGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACAGGGATTTCTCAAGTCTCAGCACAATATTTTATCCCAGCCGTG  600

seq1  AGCTCTAGCTATCAGAAGCTCTTTAACAATGGGCAGAAAATGCATGTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTAGCTATCAGAAGCTCTTTAACAATGGGCAGAAAATGCATGTTTC  650

seq1  TATGTCTGTTTGTATTTAATTGCTTATGTGCATCGTATTTGCTACATGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTGTTTGTATTTAATTGCTTATGTGCATCGTATTTGCTACATGTC  700

seq1  CATTAAGCCACTTAAAAACAATTAACAATACACTATAAATTATCCCTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGCCACTTAAAAACAATTAACAATACACTATAAATTATCCCTGTT  750

seq1  CTGCTGACAGCCTTGAAGCAAAGCATTGGTCTGAGTGTCAAAGGCCAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGACAGCCTTGAAGCAAAGCATTGGTCTGAGTGTCAAAGGCCAAGG  800

seq1  TTAGAATTTGAACTCTACATTTAGTAGGTATCGTGGAAGATATTAGTCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAATTTGAACTCTACATTTAGTAGGTATCGTGGAAGATATTAGTCAA  850

seq1  ATATTTAACTTATAGATATACTTCATGCTTAGAATGTTATACTAAAATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAACTTATAGATATACTTCATGCTTAGAATGTTATACTAAAATGT  900

seq1  GAACTGCAATTACTGTATGATACAAAATGAGTAATATTGCCTTGGAGTAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAACTGCAATTACTGTATGATACAAAATGAGT-ATATTGCCTTGGAGTAT  949

seq1  TCTACCATG-TCTTATGGTACCTGTCTATAGGAGATAGAAAAATGAGCAA  999
      ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TCTACCATGTTCTTATGGTACTTGTCTATAGGAAATAGGAAAATGAGCAA  999

seq1  TAGAAGTGG-AGAGATTGCAGAATGGTTTCAACATTTGCTGCAAAAGTAT  1048
      ||||||||| ||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TAGAAGTGGAAGAGA-TGCCG-ATGGTTTCATCATTTGCTGCAAAAGTTT  1047

seq1  AAAGAACT-GAGTTTGAATCCCCAGAACCCA-CTCAATGCCCGAGG--TA  1094
      |||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||   |
seq2  AAAGAACTGGAGTTTGAATTCCCAGAACTCACCTCAATGCCCGAGGGTAA  1097

seq1  GTGACATGTGTATGTACTAACAGTGCTGGCAAGATGGGTGACAGAGG-TA  1143
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||||  || |||| ||| ||
seq2  GTGACATGTGTATGTACTAACA-TGCTGCCAAGAATGGGGACAAAGGATA  1146

seq1  AGAGAATCTCTG  1155
        ||||||||||
seq2  GAAGAATCTCTG  1158