BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-144C12
Chromosome4 (Build37)
Map Location 152,777,344 - 152,951,153
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAjap1
Upstream geneKcnab2, LOC100042028, Nphp4, LOC667039, Gm833, LOC100042089
Downstream geneBC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16, Prdm16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-144C12.bB6Ng01-144C12.g
ACCDH941906DH941907
length1,089899
definitionDH941906|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144C12, 5' end.DH941907|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144C12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(152,950,055 - 152,951,153)(152,777,344 - 152,778,239)
sequence
gaattctcttctgctgtgcaagctgccttgagcaaaccaaccatcgctct
aagagccagcctgaccacccgtgtgccagcacagtctgtccttaacaaac
agtccacagatgcctagagaccactgtgaaaggtcacagtgggtgccctg
gctccaaagtgatggccccaaccattgctgtctgaagcaatcttttctgc
agatgaaagtctgcatggaccatttttaccaaggcacttcccctagtgga
ggactacggtgacattttttttttaatcttttttttttttaaatcttttt
tttattaggtattttcctcgtttacatttccaatgctatcccaaaagtcc
cccatacccaccccccaatcccctaccaacccactccccctttttggccc
tggcattcccctgtactggggcatataaagtttgcaagtccaaagggcct
ctctttccagtgatggctgactaggccatcttctgatacatatgcagcta
gagacaagagctctggggtactggttagttcatattgttgttccacatat
agggttgcagttccctttagctccttgggtactttctctagctcctccat
tgggggccgtgtgacccatccaatagctgactgtgagcatccacttctgt
gtttgctaggcccgggtatagtctcacaagagacagctatatctgggtcc
ttacagcaaaatcttgttagtgtatgcaatggtgtcagcgtttggaggct
gattgtgggatggatgacatcttaaggtagagccatgattggcctaaaat
tcaagctttaaggactgatgggtgtaagagcaaggcaagaggctgtgatt
gatgcaaaaggatcagcgatgattggtcaagcatcccttcgctggctgtt
taagaggctatgcaggtagacctcctctggggttgaagttctcagaatta
atcaaatctcccttgtgaagttgagcggtcttaggttctattgctctgat
gaaacaccatgactaaagcaacttactgggtaggaaatgggttgcttcac
ttactggtccgacccccggaccagaaaccaagtaagaac
gaattccctaagctctcaggctccccacagcttgcttctcttgaatctgt
tttccacacatatcagagcaggaaaggcttagctaaaaagaaactcttag
gcttggtgagagaacacagggagtctaagccatgaaccgtttacaaagag
gagacatgtgggctccacccagcaggctgatgagaacaggaccacggaag
aggacagacacactgactgctaccagcagctatgagccagtgatcccctg
gtgtttggcagaagtctcagatcaacaagagcagaaccagcagctctcag
aggccagcctctgcctcctgcccctgcataagtcactcctgtcttttgag
aaactgctcagtaaactgtcatcaggcagcttcatagggggcagggtggg
ggtggtcagagctcttcttgatgacagagggactcagggaatgatggagg
cttccggccttgacactagtgagctgctcaggaagaggggatgatggcac
tatggctgatcttgctcatcaccttgacgggagatttagaatcactatgg
aaacacagtcagtgagggattatctagattaggttaattgaggcgggaag
aatcaccctgactatggatgggatgtggcctggacctaagaagggagaaa
cagattaaaccttcatctctgcttcctgaatgtgcccatggtccccatgg
tgtgacaactgcttcctgaatgtggccactgaatgtgatttcctgaatgt
gacaactgcttcctgctctccctgtctgcctttccaccgtaatggcttgt
gacccaaagaatcccttcttcttcttttcttccttctcttcctcgtcctt
ctcttcctctcctctatcctctcctctctctttcaactccctctcctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_152950055_152951153
seq2: B6Ng01-144C12.b_48_1136 (reverse)

seq1  GTTCTTTCTCTGGTTTCTGGTCCCGGTGGTCGGGACAAGTAAGCTGAAGC  50
      |||||| || ||||||||||| |||| |||| |||| |||||| ||||||
seq2  GTTCTTACT-TGGTTTCTGGT-CCGGGGGTC-GGACCAGTAAG-TGAAGC  46

seq1  AACCCATTTCCTACCCAAGTAAGTTGCTTTTAGTCATGGTGTTTCATCAG  100
      |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATTTCCTACCC-AGTAAGTTGC-TTTAGTCATGGTGTTTCATCAG  94

seq1  AGCAATAGAAACCCTAAGA-CGCTCAACTTCACAAGGGAAGATTTGATTA  149
      ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AGCAATAGAA--CCTAAGACCGCTCAACTTCACAAGGG-AGATTTGATTA  141

seq1  AATCTGAG-ACTTCAACCCCAGAGGAGGTCTACCTGCATAGCCTCCTTAG  198
      | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  ATTCTGAGAACTTCAACCCCAGAGGAGGTCTACCTGCATAGCCT-CTTAA  190

seq1  ACAGCCAGCGAAGGGATGCTTGGACCAATCATCGCTGATCCTTTTGCGTC  248
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACAGCCAGCGAAGGGATGCTT-GACCAATCATCGCTGATCCTTTTGCATC  239

seq1  AATCACAGCCTCTTGCCTTGCCTCTTACACCCATCAGTCCTTAAAGCTTG  298
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACAGCCTCTTGCCTTG-CTCTTACACCCATCAGTCCTTAAAGCTTG  288

seq1  AATTTTAGGCCAATCATGGCTCTACCTTAAGATGTCATCCATCCCACAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAGGCCAATCATGGCTCTACCTTAAGATGTCATCCATCCCACAAT  338

seq1  CAGCCTCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAACAAGATTTTGCTGTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTCCAAACGCTGACACCATTGCATACACTAACAAGATTTTGCTGTA  388

seq1  AGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTATACCCGGGCCTAGCAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTATACCCGGGCCTAGCAAA  438

seq1  CACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGGTCACACGGCCCCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGGTCACACGGCCCCC  488

seq1  AATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCC  538

seq1  TATATGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCAGAGCTCTTGTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCAGAGCTCTTGTCT  588

seq1  CTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTGCATATGTATCAGAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAGA  638

seq1  GAGGCCCTTTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCCTTTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCC  688

seq1  AGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTTGGTAGGGGATTGGGGGGTGGGTATGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTTGGTAGGGGATTGGGGGGTGGGTATGG  738

seq1  GGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAACGAGGAAAATACCTAATAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAACGAGGAAAATACCTAATAA  788

seq1  AAAAAAGATTTAAAAAAAAAAAAGATTAAAAAAAAAATGTCACCGTAGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGATTTAAAAAAAAAAAAGATTAAAAAAAAAATGTCACCGTAGTC  838

seq1  CTCCACTAGGGGAAGTGCCTTGGTAAAAATGGTCCATGCAGACTTTCATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACTAGGGGAAGTGCCTTGGTAAAAATGGTCCATGCAGACTTTCATC  888

seq1  TGCAGAAAAGATTGCTTCAGACAGCAATGGTTGGGGCCATCACTTTGGAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAAAAGATTGCTTCAGACAGCAATGGTTGGGGCCATCACTTTGGAG  938

seq1  CCAGGGCACCCACTGTGACCTTTCACAGTGGTCTCTAGGCATCTGTGGAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCACCCACTGTGACCTTTCACAGTGGTCTCTAGGCATCTGTGGAC  988

seq1  TGTTTGTTAAGGACAGACTGTGCTGGCACACGGGTGGTCAGGCTGGCTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTAAGGACAGACTGTGCTGGCACACGGGTGGTCAGGCTGGCTCT  1038

seq1  TAGAGCGATGGTTGGTTTGCTCAAGGCAGCTTGCACAGCAGAAGAGAATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCGATGGTTGGTTTGCTCAAGGCAGCTTGCACAGCAGAAGAGAATT  1088

seq1  C  1099
      |
seq2  C  1089

seq1: chr4_152777344_152778239
seq2: B6Ng01-144C12.g_67_965

seq1  GAATTCCCTAAGCTCTCAGGCTCCCCACAGCTTGCTTCTCTTGAATCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAAGCTCTCAGGCTCCCCACAGCTTGCTTCTCTTGAATCTGT  50

seq1  TTTCCACACATATCAGAGCAGGAAAGGCTTAGCTAAAAAGAAACTCTTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACACATATCAGAGCAGGAAAGGCTTAGCTAAAAAGAAACTCTTAG  100

seq1  GCTTGGTGAGAGAACACAGGGAGTCTAAGCCATGAACCGTTTACAAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGTGAGAGAACACAGGGAGTCTAAGCCATGAACCGTTTACAAAGAG  150

seq1  GAGACATGTGGGCTCCACCCAGCAGGCTGATGAGAACAGGACCACGGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACATGTGGGCTCCACCCAGCAGGCTGATGAGAACAGGACCACGGAAG  200

seq1  AGGACAGACACACTGACTGCTACCAGCAGCTATGAGCCAGTGATCCCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGACACACTGACTGCTACCAGCAGCTATGAGCCAGTGATCCCCTG  250

seq1  GTGTTTGGCAGAAGTCTCAGATCAACAAGAGCAGAACCAGCAGCTCTCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGCAGAAGTCTCAGATCAACAAGAGCAGAACCAGCAGCTCTCAG  300

seq1  AGGCCAGCCTCTGCCTCCTGCCCCTGCATAAGTCACTCCTGTCTTTTGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGCCTCTGCCTCCTGCCCCTGCATAAGTCACTCCTGTCTTTTGAG  350

seq1  AAACTGCTCAGTAAACTGTCATCAGGCAGCTTCATAGGGGGCAGGGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTCAGTAAACTGTCATCAGGCAGCTTCATAGGGGGCAGGGTGGG  400

seq1  GGTGGTCAGAGCTCTTCTTGATGACAGAGGGACTCAGGGAATGATGGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGTCAGAGCTCTTCTTGATGACAGAGGGACTCAGGGAATGATGGAGG  450

seq1  CTTCCGGCCTTGACACTAGTGAGCTGCTCAGGAAGAGGGGATGATGGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGGCCTTGACACTAGTGAGCTGCTCAGGAAGAGGGGATGATGGCAC  500

seq1  TATGGCTGATCTTGCTCATCACCTTGACGGGAGATTTAGAATCACTATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTGATCTTGCTCATCACCTTGACGGGAGATTTAGAATCACTATGG  550

seq1  AAACACAGTCAGTGAGGGATTATCTAGATTAGGTTAATTGAGGCGGGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAGTCAGTGAGGGATTATCTAGATTAGGTTAATTGAGGCGGGAAG  600

seq1  AATCACCCTGACTATGGATGGGATGTGGCCTGGACCTAAGAAGGGAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACCCTGACTATGGATGGGATGTGGCCTGGACCTAAGAAGGGAGAAA  650

seq1  CAGATTAAACCTTCATCTCTGCTTCCTGAATGTGCCCATGGTCCCCATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAAACCTTCATCTCTGCTTCCTGAATGTGCCCATGGTCCCCATGG  700

seq1  TGTGACAACTGCTTCCTGAATGTGGCCACTGAATGTGA-TTCCTGAATGT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGTGACAACTGCTTCCTGAATGTGGCCACTGAATGTGATTTCCTGAATGT  750

seq1  GACAACTGCTTCCTGCTCTCCCTGTCTGCCTTTCCACCGTAATGGCCTGT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GACAACTGCTTCCTGCTCTCCCTGTCTGCCTTTCCACCGTAATGGCTTGT  800

seq1  GACCCAAAAGAAATCCCTTCTTCTTCTTTTTCTTCCTTCTTCTTCCTCCT  849
      ||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |
seq2  GACCCAAA--GAATCCCTTCTTCTTC-TTTTCTTCCTTC-TCTTCCTCGT  846

seq1  CCTTCTCTTCCTCCTCCTCCTTCCTTCTCCTCTCCTCTTTCTCCTCC---  896
      |||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||  ||||   
seq2  CCTTCTCTTCCT-CTCCTCTATCC-TCTCCTCT-CTCTTTCAACTCCCTC  893

seq1  ------  896
            
seq2  TCCTCC  899