BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146E07
Chromosome4 (Build37)
Map Location 88,070,537 - 88,260,336
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtplad2, Ifnb1, OTTMUSG00000007655, Ifna14, Ifna9, Mrpl48-ps, Ifna12
Upstream geneMllt3, BC057079
Downstream geneC87499, Ifna13, LOC546834, OTTMUSG00000011275, Ifna2, Ifnab, LOC546835, Klhl9, LOC100040477, Ifnz, LOC100041062, EG545645, LOC668147, OTTMUSG00000011291, OTTMUSG00000011290, OTTMUSG00000011265, Ifnz, OTTMUSG00000011269, OTTMUSG00000011270, OTTMUSG00000011272, OTTMUSG00000011268, OTTMUSG00000011273, OTTMUSG00000011282, OTTMUSG00000011285, OTTMUSG00000011289, Ifna7, Ifna11, Ifna6, Ifna5, Ifna4, Ifna1, Ifne1, LOC100040617, Mtap, LOC625574, Cdkn2a, Cdkn2b, LOC664785
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146E07.bB6Ng01-146E07.g
ACCDH943456DH943457
length1,044757
definitionDH943456|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146E07, 5' end.DH943457|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146E07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,070,537 - 88,071,583)(88,259,583 - 88,260,336)
sequence
gaattctaacacaatgttgaacagagtagcaagaagggatgtccttatca
tgttcttaggaggacagcatctgactcatcattagctctcatattagctg
taatcttttcacaggcacctttagcagatgactaagatccctgctcatta
ttttctttcattttttttcacagtagattgagataattgtgcagagataa
aaacagtatcaaaatgggagcccagaggttttactactggctataaggga
aacaaaagcttatatgtgagtactcatggcatatttcttattgccaaaat
gtgggaataatgcaaatgtgcatcaactatgagaatgatccagggctttg
ttgatacaatggaaaattatttagccacaaaatgccatgaaataccatta
catgctacaacactgtattgagaacattattccaagggaaaagaggatgg
taacaaaagaccagctattcaatgattccatttacatgaaacacaaagtg
ggaaaacccatatagtacaaatatggttgccagggcctggggaaggaagg
agtcaggaatgatatgtgcatatggccatagatttctcatgggtgattct
tcaactgaataatagtggtggttgtacatctctttgactatacagaaact
cacatattttatattaaaaagttaaattgtggtaggtaacttatatctca
ataaagtggtcatttatgagaaggcaaatggcttgcccaagatcatgtat
caaataaatagtggaagttggtttcatcttgctgtatcctcttatgtccc
caaatcatcccatgatagtttactgctactttttgtgtgaaaggcatttt
attctgttgagtttatctgagaatggatactgaggtagacgggcccatat
tctaatgtagtggaaagctgtggttcctagggaggaacaaatgccatgta
ttaaataggaagtcaccaggctacaacgtgctaccataaatgctatgctg
gaaacattaataacttactaagtacactaccatcttaggactca
gaattcaagtgtagtctgtgtatgggtagtatgagtttaactttgctttt
gacagtcatcagagacatttgaagctgctttcacacacaagtgtagggtt
caagttgaatctcctgataccaagttcccagcagagtagaattcagggga
gctagctgtggatctgattggaaagaataaaaggaaagagcagttgaaat
gggtgtttatgaatctccaggaggcccttaagggaaatgtgactctgaga
aagatggatagtgtcacatgggaaaaacaaggtttataacgttgccagag
cagtgactgaggctgtgcatggtttatgtaattagtggggaaagaagcta
gatgaaaagtattttccctgaaataatgtctttctctggctatgtcaata
gcatctacctaccagattgccatgatgagcatcaaaaccccacccatgct
tctgagatggggagaagaagcctgctgaaagatagacttggccatctctg
ctctgcagggcctgctcatggaggtcttcccacctctcctcaagcatgca
ttcaccagcaagcaacctaacatcctgagggagatggtattagccaggct
ctccccatgctttcctgttggagctctggtggaggctccccacctacaga
ccttgaaggctgtgtttggatggcttgaatttgctgatgacacaaaaggt
tcaatgcaggtaagtgagatcaaggtatcatggaggggagtgtgtggatg
ggaagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_88070537_88071583
seq2: B6Ng01-146E07.b_46_1089

seq1  GAATTCTAACACAATGTTGAACAGAGTAGCAAGAAGGGATGTCCTTATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACACAATGTTGAACAGAGTAGCAAGAAGGGATGTCCTTATCA  50

seq1  TGTTCTTAGGAGGACAGCATCTGACTCATCATTAGCTCTCATATTAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTAGGAGGACAGCATCTGACTCATCATTAGCTCTCATATTAGCTG  100

seq1  TAATCTTTTCACAGGCACCTTTAGCAGATGACTAAGATCCCTGCTCATTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCTTTTCACAGGCACCTTTAGCAGATGACTAAGATCCCTGCTCATTA  150

seq1  TTTTCTTTCATTTTTTTTCACAGTAGATTGAGATAATTGTGCAGAGATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCATTTTTTTTCACAGTAGATTGAGATAATTGTGCAGAGATAA  200

seq1  AAACAGTATCAAAATGGGAGCCCAGAGGTTTTACTACTGGCTATAAGGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTATCAAAATGGGAGCCCAGAGGTTTTACTACTGGCTATAAGGGA  250

seq1  AACAAAAGCTTATATGTGAGTACTCATGGCATATTTCTTATTGCCAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGCTTATATGTGAGTACTCATGGCATATTTCTTATTGCCAAAAT  300

seq1  GTGGGAATAATGCAAATGTGCATCAACTATGAGAATGATCCAGGGCTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAATAATGCAAATGTGCATCAACTATGAGAATGATCCAGGGCTTTG  350

seq1  TTGATACAATGGAAAATTATTTAGCCACAAAATGCCATGAAATACCATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATACAATGGAAAATTATTTAGCCACAAAATGCCATGAAATACCATTA  400

seq1  CATGCTACAACACTGTATTGAGAACATTATTCCAAGGGAAAAGAGGATGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTACAACACTGTATTGAGAACATTATTCCAAGGGAAAAGAGGATGG  450

seq1  TAACAAAAGACCAGCTATTCAATGATTCCATTTACATGAAACACAAAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAAGACCAGCTATTCAATGATTCCATTTACATGAAACACAAAGTG  500

seq1  GGAAAACCCATATAGTACAAATATGGTTGCCAGGGCCTGGGGAAGGAAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACCCATATAGTACAAATATGGTTGCCAGGGCCTGGGGAAGGAAGG  550

seq1  AGTCAGGAATGATATGTGCATATGGCCATAGATTTCTCATGGGTGATTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGAATGATATGTGCATATGGCCATAGATTTCTCATGGGTGATTCT  600

seq1  TCAACTGAATAATAGTGGTGGTTGTACATCTCTTTGACTATACAGAAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTGAATAATAGTGGTGGTTGTACATCTCTTTGACTATACAGAAACT  650

seq1  CACATATTTTATATTAAAAAGTTAAATTGTGGTAGGTAACTTATATCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATTTTATATTAAAAAGTTAAATTGTGGTAGGTAACTTATATCTCA  700

seq1  ATAAAGTGGTCATTTATGAGAAGGCAAATGGCTTGCCCAAGATCATGTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTGGTCATTTATGAGAAGGCAAATGGCTTGCCCAAGATCATGTAT  750

seq1  CAAATAAATAGTGGAAGTTGGTTTCATCTTGCTGTATCCTCTTATGTCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATAGTGGAAGTTGGTTTCATCTTGCTGTATCCTCTTATGTCCC  800

seq1  CAAATCATCCCATGATAGTTTACTGCTACTTTTTGTGTGAAAGGCATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCATCCCATGATAGTTTACTGCTACTTTTTGTGTGAAAGGCATTTT  850

seq1  ATTCTGTTGAGTTTATCTGAGAATGGATACTGAGGTAGACGGGCCCATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGTTGAGTTTATCTGAGAATGGATACTGAGGTAGACGGGCCCATAT  900

seq1  TCTAATGTAGTGGAAAGCTGTGGTTCCTAGGGAGGAACCAATGCCATGTA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTAATGTAGTGGAAAGCTGTGGTTCCTAGGGAGGAACAAATGCCATGTA  950

seq1  -TAAATAGGAAGTCA-CAGGCTACAAACGTGCTACCATAAAGTGCTATGC  998
       |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTAAATAGGAAGTCACCAGGCTAC-AACGTGCTACCATAAA-TGCTATGC  998

seq1  TGGAAACATTAAATAACTTACTAAGTACACATACAATCTTTAGGACTCA  1047
      |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||
seq2  TGGAAACATT-AATAACTTACTAAGTACAC-TACCATC-TTAGGACTCA  1044

seq1: chr4_88259583_88260336
seq2: B6Ng01-146E07.g_68_823 (reverse)

seq1  ACTT-CCATCCACACACTCCCCTCCATGATACCTTGATCTCACTTACCTG  49
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCATCCACACACTCCCCTCCATGATACCTTGATCTCACTTACCTG  50

seq1  CATTGAACCTTTTGTGTCATCAGCAAATTCAAGCCATCC-AACACAGCCT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CATTGAACCTTTTGTGTCATCAGCAAATTCAAGCCATCCAAACACAGCCT  100

seq1  TCAAGGTCTGTAGGTGGGGAGCCTCCACCAGAGCTCCAACAGGAAAGCAT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGTCTGTAGGTGGGGAGCCTCCACCAGAGCTCCAACAGGAAAGCAT  150

seq1  GGGGAGAGCCTGGCTAATACCATCTCCCTCAGGATGTTAGGTTGCTTGCT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAGCCTGGCTAATACCATCTCCCTCAGGATGTTAGGTTGCTTGCT  200

seq1  GGTGAATGCATGCTTGAGGAGAGGTGGGAAGACCTCCATGAGCAGGCCCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATGCATGCTTGAGGAGAGGTGGGAAGACCTCCATGAGCAGGCCCT  250

seq1  GCAGAGCAGAGATGGCCAAGTCTATCTTTCAGCAGGCTTCTTCTCCCCAT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGCAGAGATGGCCAAGTCTATCTTTCAGCAGGCTTCTTCTCCCCAT  300

seq1  CTCAGAAGCATGGGTGGGGTTTTGATGCTCATCATGGCAATCTGGTAGGT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAAGCATGGGTGGGGTTTTGATGCTCATCATGGCAATCTGGTAGGT  350

seq1  AGATGCTATTGACATAGCCAGAGAAAGACATTATTTCAGGGAAAATACTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTATTGACATAGCCAGAGAAAGACATTATTTCAGGGAAAATACTT  400

seq1  TTCATCTAGCTTCTTTCCCCACTAATTACATAAACCATGCACAGCCTCAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTAGCTTCTTTCCCCACTAATTACATAAACCATGCACAGCCTCAG  450

seq1  TCACTGCTCTGGCAACGTTATAAACCTTGTTTTTCCCATGTGACACTATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGCTCTGGCAACGTTATAAACCTTGTTTTTCCCATGTGACACTATC  500

seq1  CATCTTTCTCAGAGTCACATTTCCCTTAAGGGCCTCCTGGAGATTCATAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCTCAGAGTCACATTTCCCTTAAGGGCCTCCTGGAGATTCATAA  550

seq1  ACACCCATTTCAACTGCTCTTTCCTTTTATTCTTTCCAATCAGATCCACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCATTTCAACTGCTCTTTCCTTTTATTCTTTCCAATCAGATCCACA  600

seq1  GCTAGCTCCCCTGAATTCTACTCTGCTGGGAACTTGGTATCAGGAGATTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCTCCCCTGAATTCTACTCTGCTGGGAACTTGGTATCAGGAGATTC  650

seq1  AACTTGAACCCTACACTTGTGTGTGAAAGCAGCTTCAAATGTCTCTGATG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAACCCTACACTTGTGTGTGAAAGCAGCTTCAAATGTCTCTGATG  700

seq1  ACTGTCAAAAGCAAAGTTAAACTCATACTACCCATACACAGACTACACTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCAAAAGCAAAGTTAAACTCATACTACCCATACACAGACTACACTT  750

seq1  GAATTC  754
      ||||||
seq2  GAATTC  756