BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-146J02
Chromosome4 (Build37)
Map Location 5,406,973 - 5,516,286
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC622019, Impad1, LOC100039338
Downstream gene1700012H17Rik, LOC669309, 3110003A22Rik, Cyp7a1, Sdcbp, Nsmaf, LOC100039397, LOC100039414
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-146J02.bB6Ng01-146J02.g
ACCDH943679DH943680
length1,085915
definitionDH943679|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146J02, 5' end.DH943680|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-146J02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,515,277 - 5,516,286)(5,406,973 - 5,407,887)
sequence
gaattcctaagatatctcccaggattcctgtcctctgattattttatcaa
aggctcatctagattctgctctgaaggggttttcagatctgattaaggtt
tctaatccttaacattgagagattacccaacattaactgaatagacccct
tagccttctatgggccccacatggtgaaggggagctatgcaccccagtgc
ttcaagtaagtggagttctgagacagcgggagagtaaaagctctgttatt
ctgttgatggagcacagagctgtgagtgtacattgaaggctgagaaagac
ccaccaccagccaggggaaagcgggtcttaaagggtgagtccagcactca
gttgactgaaacaggctcattgttggagctcaccaaaagtggcacagccg
cagacacctggctctgacctgtgaaaagcccttggtatggactgctgatc
tcctgctaagtttgtgttgatttgttctgcctgcaatagaatgcaaacac
caacacatggacaaaaacattttactcccatgtaaataaaaagaagcagt
attctgaaatggaaaaaagtaaaagggaacaaataaggtgtagcttaatc
aattaacacttatccccgactagcttacaaataaatcagaactcagactg
gttattttatttgggtttgaaaattactgggaggttacccctagtctact
cttgtaactgctgccctggctacctccccagtgatgtaccccagatattt
actgtttcttctggccatgcactcatcatcatccatctatactcatggcg
aattcctctcttctttcttcttcctccatatatccctggtctctcctcct
ccaaccaggtcactccaaacccacctacctctaattcctccagtaattgg
ctgtagctaactttatttaatgaatagttttaagtcaaggaacaaggttt
gcacagcaaagcttgtaaacctgagaagtcactggcaggcttagaccttc
tggtatagaatgcagcattgtaatacttagcaatagaccactctcataca
ggttatacacacacgtacgccaccactcatacaca

gaattcataacatgctattgtctttgactttgatctctctggatttgcac
accaatctgtgtaattcatgcatatggttaaatgtattaatatattgttt
ctttgattgctgagtggaattttgttgtgtgaatgttttgaattcaaaat
tcttttgctagacatttagtttccaagtccttgttctttagaaggaggtg
gtatgatctgtactcatctcattctgaatatatgtttttgtttatattat
gtattgtagcaagtagtgacttgtctacacagtaactttatattaatagc
tctaatctatcttgaatctgatgtgtgatttaaggtaaagttcataattt
atttaaccatacatgtttatttcttttacatttacaggaaatttctctcc
tgccaaaaattactttaatgacttttttaaattggttgaataaatgtcta
tttctagactattttctagcttattaatatattttaatattaccatgtta
atatcagtttgttttgataattttcatctttctagtaaatcttgagatca
ccacaaattctttattgtttactattctagattcttagttttagatagat
agatagatagatagatagatagatagacagacagacacacagacagacat
atactttctatctttataaagcaggagggtccacatggatggaggcacag
cacagtagtcccaccttcagttgaagagctacaatagcttctaggagaaa
taatgaaattggttttccttagggtgtggcgcttcataggctgactatcc
tgtacttgatgtccccacatccatgcatatgaacagcactaattcgactc
atttggatattgatagaacaggaaaaccagtggcatgatgttgggagggg
atatgagtggggatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_5515277_5516286
seq2: B6Ng01-146J02.b_113_1131 (reverse)

seq1  TGTGTAT--------------GTGTGTGTATAACCTTGTTATTGAGAGTT  36
      |||||||              |||||||||||||| |||   |||||| |
seq2  TGTGTATGAGTGGTGGCGTACGTGTGTGTATAACC-TGT--ATGAGAG-T  46

seq1  GGTCTATTGCTAAGTATTACAATGCTGCATTCTATACCAGAAGGTCTAAG  86
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTATTGCTAAGTATTACAATGCTGCATTCTATACCAGAAGGTCTAAG  96

seq1  CCTGCCAGTGACTTCTCAGGTTTACAAGCTTTTGCTGTGCAAACCTTGTT  136
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCAGTGACTTCTCAGGTTTACAAGC-TTTGCTGTGCAAACCTTGTT  145

seq1  CCTTGACTTAAAACTATTCATTAAATAAAGTTAGCTACAGCCAATTACTG  186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGACTTAAAACTATTCATTAAATAAAGTTAGCTACAGCCAATTACTG  195

seq1  GAGGAATTAGAGGTAGGTGGGTTTGGAGTGACCTGGTTGGAGGAGGAGAG  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAATTAGAGGTAGGTGGGTTTGGAGTGACCTGGTTGGAGGAGGAGAG  245

seq1  ACCAGGGATATATGGAGGAAGAAGAAAGAAGAGAGGAATTCGCCATGAGT  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGGATATATGGAGGAAGAAGAAAGAAGAGAGGAATTCGCCATGAGT  295

seq1  ATAGATGGATGATGATGAGTGCATGGCCAGAAGAAACAGTAAATATCTGG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGGATGATGATGAGTGCATGGCCAGAAGAAACAGTAAATATCTGG  345

seq1  GGTACATCACTGGGGAGGTAGCCAGGGCAGCAGTTACAAGAGTAGACTAG  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACATCACTGGGGAGGTAGCCAGGGCAGCAGTTACAAGAGTAGACTAG  395

seq1  GGGTAACCTCCCAGTAATTTTCAAACCCAAATAAAATAACCAGTCTGAGT  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAACCTCCCAGTAATTTTCAAACCCAAATAAAATAACCAGTCTGAGT  445

seq1  TCTGATTTATTTGTAAGCTAGTCGGGGATAAGTGTTAATTGATTAAGCTA  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTTATTTGTAAGCTAGTCGGGGATAAGTGTTAATTGATTAAGCTA  495

seq1  CACCTTATTTGTTCCCTTTTACTTTTTTCCATTTCAGAATACTGCTTCTT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTATTTGTTCCCTTTTACTTTTTTCCATTTCAGAATACTGCTTCTT  545

seq1  TTTATTTACATGGGAGTAAAATGTTTTTGTCCATGTGTTGGTGTTTGCAT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTACATGGGAGTAAAATGTTTTTGTCCATGTGTTGGTGTTTGCAT  595

seq1  TCTATTGCAGGCAGAACAAATCAACACAAACTTAGCAGGAGATCAGCAGT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTGCAGGCAGAACAAATCAACACAAACTTAGCAGGAGATCAGCAGT  645

seq1  CCATACCAAGGGCTTTTCACAGGTCAGAGCCAGGTGTCTGCGGCTGTGCC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACCAAGGGCTTTTCACAGGTCAGAGCCAGGTGTCTGCGGCTGTGCC  695

seq1  ACTTTTGGTGAGCTCCAACAATGAGCCTGTTTCAGTCAACTGAGTGCTGG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGGTGAGCTCCAACAATGAGCCTGTTTCAGTCAACTGAGTGCTGG  745

seq1  ACTCACCCTTTAAGACCCGCTTTCCCCTGGCTGGTGGTGGGTCTTTCTCA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCCTTTAAGACCCGCTTTCCCCTGGCTGGTGGTGGGTCTTTCTCA  795

seq1  GCCTTCAATGTACACTCACAGCTCTGTGCTCCATCAACAGAATAACAGAG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAATGTACACTCACAGCTCTGTGCTCCATCAACAGAATAACAGAG  845

seq1  CTTTTACTCTCCCGCTGTCTCAGAACTCCACTTACTTGAAGCACTGGGGT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTACTCTCCCGCTGTCTCAGAACTCCACTTACTTGAAGCACTGGGGT  895

seq1  GCATAGCTCCCCTTCACCATGTGGGGCCCATAGAAGGCTAAGGGGTCTAT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGCTCCCCTTCACCATGTGGGGCCCATAGAAGGCTAAGGGGTCTAT  945

seq1  TCAGTTAATGTTGGGTAATCTCTCAATGTTAAGGATTAGAAACCTTAATC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTAATGTTGGGTAATCTCTCAATGTTAAGGATTAGAAACCTTAATC  995

seq1  AGATCTGAAAACCCCTTCAGAGCA  1010
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGAAAACCCCTTCAGAGCA  1019


seq1: chr4_5406973_5407887
seq2: B6Ng01-146J02.g_70_984

seq1  GAATTCATAACATGCTATTGTCTTTGACTTTGATCTCTCTGGATTTGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAACATGCTATTGTCTTTGACTTTGATCTCTCTGGATTTGCAC  50

seq1  ACCAATCTGTGTAATTCATGCATATGGTTAAATGTATTAATATATTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATCTGTGTAATTCATGCATATGGTTAAATGTATTAATATATTGTTT  100

seq1  CTTTGATTGCTGAGTGGAATTTTGTTGTGTGAATGTTTTGAATTCAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATTGCTGAGTGGAATTTTGTTGTGTGAATGTTTTGAATTCAAAAT  150

seq1  TCTTTTGCTAGACATTTAGTTTCCAAGTCCTTGTTCTTTAGAAGGAGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGCTAGACATTTAGTTTCCAAGTCCTTGTTCTTTAGAAGGAGGTG  200

seq1  GTATGATCTGTACTCATCTCATTCTGAATATATGTTTTTGTTTATATTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATCTGTACTCATCTCATTCTGAATATATGTTTTTGTTTATATTAT  250

seq1  GTATTGTAGCAAGTAGTGACTTGTCTACACAGTAACTTTATATTAATAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTAGCAAGTAGTGACTTGTCTACACAGTAACTTTATATTAATAGC  300

seq1  TCTAATCTATCTTGAATCTGATGTGTGATTTAAGGTAAAGTTCATAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCTATCTTGAATCTGATGTGTGATTTAAGGTAAAGTTCATAATTT  350

seq1  ATTTAACCATACATGTTTATTTCTTTTACATTTACAGGAAATTTCTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAACCATACATGTTTATTTCTTTTACATTTACAGGAAATTTCTCTCC  400

seq1  TGCCAAAAATTACTTTAATGACTTTTTTAAATTGGTTGAATAAATGTCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAAAATTACTTTAATGACTTTTTTAAATTGGTTGAATAAATGTCTA  450

seq1  TTTCTAGACTATTTTCTAGCTTATTAATATATTTTAATATTACCATGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGACTATTTTCTAGCTTATTAATATATTTTAATATTACCATGTTA  500

seq1  ATATCAGTTTGTTTTGATAATTTTCATCTTTCTAGTAAATCTTGAGATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGTTTGTTTTGATAATTTTCATCTTTCTAGTAAATCTTGAGATCA  550

seq1  CCACAAATTCTTTATTGTTTACTATTCTAGATTCTTAGTTTTAGATAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAATTCTTTATTGTTTACTATTCTAGATTCTTAGTTTTAGATAGAT  600

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACACACAGACAGACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGATAGACAGACAGACACACAGACAGACAT  650

seq1  ATACTTTCTATCTTTATAAAGCAGGAGGGTCCACATGGATGGAGGCACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTCTATCTTTATAAAGCAGGAGGGTCCACATGGATGGAGGCACAG  700

seq1  CACAGTAGTCCCACCTTCAGTTGAAGAGCTACAATAGCTTCTAGGAGAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTAGTCCCACCTTCAGTTGAAGAGCTACAATAGCTTCTAGGAGAAA  750

seq1  TAATGAAATTGGTTTTCCTTAGGGTGTGGCGCTTCATAGGCTGACTATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAATTGGTTTTCCTTAGGGTGTGGCGCTTCATAGGCTGACTATCC  800

seq1  TGTACTTGATGTCCCCACATCCATGCATATGAACAGCACTAATTCGACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTGATGTCCCCACATCCATGCATATGAACAGCACTAATTCGACTC  850

seq1  ATTTGGATATTGATAGAACAGGAAAACCAGTGGCATGATGTTGGGAGGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGATATTGATAGAACAGGAAAACCAGTGGCATGATGTTGGGAGGGG  900

seq1  ATATGAGTGGGGATC  915
      |||||||||||||||
seq2  ATATGAGTGGGGATC  915


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |