BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-155I23
Chromosome4 (Build37)
Map Location 44,883,941 - 44,993,912
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZcchc7, D4Wsu132e
Upstream geneReck, Glipr2, Ccin, Clta, Gne, LOC100040313, OTTMUSG00000007209, Rnf38, Melk, Pax5, 5730488B01Rik, LOC545618
Downstream geneGrhpr, Zbtb5, 1700055D18Rik, Polr1e, Fbxo10, 1110019J04Rik, Frmpd1, Rg9mtd3, Exosc3, LOC666325, Wdr32, Mcart1, Shb, LOC100040140, LOC100040557, Gm829, LOC100040567, LOC100040580, Aldh1b1, Igfbpl1, 1300002K09Rik, Tdrd7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-155I23.bB6Ng01-155I23.g
ACCDH950309DH950310
length1,1261,102
definitionDH950309|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155I23, 5' end.DH950310|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-155I23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,883,941 - 44,885,043)(44,992,803 - 44,993,912)
sequence
gaattctttgtttagctctgagccccattttttaatggggttatttgttt
ttctggagtccaccttcttgagttctttatatatattggatattagtccc
ctacctgatttaggataggtaaagatcctttcccagtctgttggtggcct
ttttgtcttattgacggtgtcttttgccttgcagaagctttgcagtttta
tgaggtcccatttgttgattctcgatcttacagcacaagccattgctgtt
ctattcaggaatttttcctctgtacccatatcttcgagggttttccctac
tttctcctctataagtttcagtgtctctggttttatgtggagttccttaa
tccacttagatttgaccttagtacaaggatataggaatggttcaattcgc
actcttctacatgataaccaccagttgtgatggtttttaaatttaggttc
tagaggatctgaactcagctcctcttatttttgcagcaagtactttatct
gttgattcattgctctagcctcgcttctagaaatttcaggattatcaatc
ttacatttaaaactatagatatttcttttgtgcattgctattaaaaactt
aaaattaggctttacagtggtttggattagagtggcccccataggctcat
gtatttggatatttagtcatcaggagttgttactacttgagaggaattaa
gtgtggcctaattggagtagctgtggtcttgtttgaggaagtatttcact
aggggtggaccctgcagtttcaaaagctcaagcctggctcataatctctt
ttcctgctgcctatggatccagaggaagaactctcagctacctccccaac
accatgtctgacagcatgccaccaccataatggacttaacctctgaaagt
gtaagccagacccaattaaatgctttcttttgtaagagttgccatgggcc
atggtgtctcttcacagccatagacatgactaagacagaccttgacatat
ctcaacatttatttgtatttttattaccagaaacagtcaaattcttgaca
tctccatttaaaatacttgggacacacttgcattcttagatttcagccct
gaagaacttcttaaaactcttacttg
gaattctaagccgagcctgacctgcatgctgagggaggagactgagggag
agggtctgagtccagacattatagctttaatacttagaatgattccttac
tgggactttacaattgtgatgatattttagcccatcacgggccacccagg
cgagctagacacaagtgctaactgtctggaagcagttcctgagcaagcag
ggaccaggtatgctgagccacgggtagatccagggtttgcaggtagatgg
gactgagtctggatcttggctttaaccctttccagttgtttgacctttaa
ccctaatctgcattcccacccctgtttcttcaggcacatcgtgaggttag
catttcctttgaaggttgttttcactactgaacaggggtgcttagcctga
gggtggcagagctcaagctgcaatgcccagatgcctggggctaaatgccc
gattcaccaccgtgagcaattattaaacgttgtgtgcctccatgtcttcc
ttatctgtcccatggggattgtagtaatgcttgccttggcttgttgagag
atgaagtatgtactgtgcttataatagagactaaggcaggcatggcgatt
atgcttataatccggcattcaagaggtagaggcaggactgttcaaggcca
gcccagactttacggcaaatgatgcagatcctgaaggcggtttaggacta
gctcagggccccaggcctgtccttcagctctgcaacctcacttcagtcca
agggctgctcagtgacttggtctctggtctggaagggcgccaaggacaac
acagtgtactcttcactgattttatggggacccatgaggactctagtaca
acacacacgcagtgttgacagatgtcaactgggccatttgggatgtttat
ttattatttatttatttatttgaacacatagtccccaccagcctccagct
agcaggagatggccttgaacttgccggataacatgtacttagcacacttc
ctgtcctatctgggtccaggtcaaggcttggcacaacccttcccgtctaa
gtaatacattattctcccctactgacccgttgctaggtcactgaagggaa
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_44883941_44885043
seq2: B6Ng01-155I23.b_68_1170

seq1  CCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGTTTTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGTTTTTCTGGAGTCCACCTTCTTGAGT  50

seq1  TCTTTATATATATTGGATATTAGTCCCCTACCTGATTTAGGATAGGTAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATATATATTGGATATTAGTCCCCTACCTGATTTAGGATAGGTAAA  100

seq1  GATCCTTTCCCAGTCTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTTATTGACGGTGTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTTTCCCAGTCTGTTGGTGGCCTTTTTGTCTTATTGACGGTGTCTT  150

seq1  TTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAGTTTTATGAGGTCCCATTTGTTGATTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTGCAGAAGCTTTGCAGTTTTATGAGGTCCCATTTGTTGATTCTC  200

seq1  GATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTTCCTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTACAGCACAAGCCATTGCTGTTCTATTCAGGAATTTTTCCTCTGT  250

seq1  ACCCATATCTTCGAGGGTTTTCCCTACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATATCTTCGAGGGTTTTCCCTACTTTCTCCTCTATAAGTTTCAGTG  300

seq1  TCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTAATCCACTTAGATTTGACCTTAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTTTTATGTGGAGTTCCTTAATCCACTTAGATTTGACCTTAGTA  350

seq1  CAAGGATATAGGAATGGTTCAATTCGCACTCTTCTACATGATAACCACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGATATAGGAATGGTTCAATTCGCACTCTTCTACATGATAACCACCA  400

seq1  GTTGTGATGGTTTTTAAATTTAGGTTCTAGAGGATCTGAACTCAGCTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGATGGTTTTTAAATTTAGGTTCTAGAGGATCTGAACTCAGCTCCT  450

seq1  CTTATTTTTGCAGCAAGTACTTTATCTGTTGATTCATTGCTCTAGCCTCG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTTGCAGCAAGTACTTTATCTGTTGATTCATTGCTCTAGCCTCG  500

seq1  CTTCTAGAAATTTCAGGATTATCAATCTTACATTTAAAACTATAGATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAGAAATTTCAGGATTATCAATCTTACATTTAAAACTATAGATATT  550

seq1  TCTTTTGTGCATTGCTATTAAAAACTTAAAATTAGGCTTTACAGTGGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTTGTGCATTGCTATTAAAAACTTAAAATTAGGCTTTACAGTGGTTT  600

seq1  GGATTAGAGTGGCCCCCATAGGCTCATGTATTTGGATATTTAGTCATCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGAGTGGCCCCCATAGGCTCATGTATTTGGATATTTAGTCATCAG  650

seq1  GAGTTGTTACTACTTGAGAGGAATTAAGTGTGGCCTAATTGGAGTAGCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGTTACTACTTGAGAGGAATTAAGTGTGGCCTAATTGGAGTAGCTG  700

seq1  TGGTCTTGTTTGAGGAAGTATTTCACTAGGGGTGGACCCTGCAGTTTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTTGTTTGAGGAAGTATTTCACTAGGGGTGGACCCTGCAGTTTCAA  750

seq1  AAGCTCAAGCCTGGCTCATAATCTCTTTTCCTGCTGCCTATGGATCCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAAGCCTGGCTCATAATCTCTTTTCCTGCTGCCTATGGATCCAGA  800

seq1  GGAAGAACTCTCAGCTACCTCCCCAACACCATGTCTGACAGCATGCCACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACTCTCAGCTACCTCCCCAACACCATGTCTGACAGCATGCCACC  850

seq1  ACCATAATGGACTTAACCTCTGAAAGTGTAAGCCAGACCCAATTAAATGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAATGGACTTAACCTCTGAAAGTGTAAGCCAGACCCAATTAAATGC  900

seq1  TTTCTTTTGTAAGAGTTGCCAT-GGCCATGGTGTCTCTTCACAGCCATAG  949
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTGTAAGAGTTGCCATGGGCCATGGTGTCTCTTCACAGCCATAG  950

seq1  AACAATGACTAAGACAGACCTTGACATAATCTCAACATTTATTTGTA-TT  998
      |   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||
seq2  A--CATGACTAAGACAGACCTTGACAT-ATCTCAACATTTATTTGTATTT  997

seq1  TTATTACCAG-AACAGTCAAATTCTTGACATCTCCA-TTAAAATACTTTG  1046
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  TTATTACCAGAAACAGTCAAATTCTTGACATCTCCATTTAAAATACTTGG  1047

seq1  GACACAC-TGCATACTTAAGATTTCAGCCCTGAAAGAAACCTCTTAAAA-  1094
      ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||   ||| |||||||| 
seq2  GACACACTTGCATTCTT-AGATTTCAGCCCTGAA--GAACTTCTTAAAAC  1094

seq1  TCTTACTTG  1103
      |||||||||
seq2  TCTTACTTG  1103

seq1: chr4_44992803_44993912
seq2: B6Ng01-155I23.g_68_1169 (reverse)

seq1  CTTTCCCCTCAGTGACCTAGCAAACGGGTCAGTAGGGGAGACATTAATGT  50
      ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||
seq2  CTTTCCCTTCAGTGACCTAGC-AACGGGTCAGTAGGGGAG--AATAATGT  47

seq1  ATTACTTAGGACGGGAAGGGTTGTGCAAAGCCTTGGCCTGGACCCAGATA  100
      |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTACTTA-GACGGGAAGGGTTGTGCCAAGCCTTGACCTGGACCCAGATA  96

seq1  GGAACAGGAAGTGTGCTAGGTACATGTAATTCCGGCAAGTTCAAGGCCAT  150
      || ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||
seq2  GG-ACAGGAAGTGTGCTAAGTACATGTTA-TCCGGCAAGTTCAAGGCCAT  144

seq1  CTCCTGCTAGCTGGAGGCTGGTGGGGACTATGTGTTTCAAATAAATAAAT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTAGCTGGAGGCTGGTGGGGACTATGTG-TTCAAATAAATAAAT  193

seq1  AAATAAATAAATAAACATCCCAAATGGCCCAGTTGACATCTGTCAACACT  250
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAT-AATAAATAAACATCCCAAATGGCCCAGTTGACATCTGTCAACACT  242

seq1  GCGTGTGTGTTGTACTAGAGTCCTCATGGGTCCCCATAAAATCAGTGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGTGTGTTGTACTAGAGTCCTCATGGGTCCCCATAAAATCAGTGAAG  292

seq1  AGTACACTGTGTTGTCCTTGGCGCCCTTCCAGACCAGAGACCAAGTCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACTGTGTTGTCCTTGGCGCCCTTCCAGACCAGAGACCAAGTCACT  342

seq1  GAGCAGCCCTTGGACTGAAGTGAGGTTGCAGAGCTGAAGGACAGGCCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCCCTTGGACTGAAGTGAGGTTGCAGAGCTGAAGGACAGGCCTGG  392

seq1  GGCCCTGAGCTAGTCCTAAACCGCCTTCAGGATCTGCATCATTTGCCGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGAGCTAGTCCTAAACCGCCTTCAGGATCTGCATCATTTGCCGTA  442

seq1  AAGTCTGGGCTGGCCTTGAACAGTCCTGCCTCTACCTCTTGAATGCCGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTGGGCTGGCCTTGAACAGTCCTGCCTCTACCTCTTGAATGCCGGA  492

seq1  TTATAAGCATAATCGCCATGCCTGCCTTAGTCTCTATTATAAGCACAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGCATAATCGCCATGCCTGCCTTAGTCTCTATTATAAGCACAGTA  542

seq1  CATACTTCATCTCTCAACAAGCCAAGGCAAGCATTACTACAATCCCCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTCATCTCTCAACAAGCCAAGGCAAGCATTACTACAATCCCCATG  592

seq1  GGACAGATAAGGAAGACATGGAGGCACACAACGTTTAATAATTGCTCACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGATAAGGAAGACATGGAGGCACACAACGTTTAATAATTGCTCACG  642

seq1  GTGGTGAATCGGGCATTTAGCCCCAGGCATCTGGGCATTGCAGCTTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGAATCGGGCATTTAGCCCCAGGCATCTGGGCATTGCAGCTTGAGC  692

seq1  TCTGCCACCCTCAGGCTAAGCACCCCTGTTCAGTAGTGAAAACAACCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCACCCTCAGGCTAAGCACCCCTGTTCAGTAGTGAAAACAACCTTC  742

seq1  AAAGGAAATGCTAACCTCACGATGTGCCTGAAGAAACAGGGGTGGGAATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAATGCTAACCTCACGATGTGCCTGAAGAAACAGGGGTGGGAATG  792

seq1  CAGATTAGGGTTAAAGGTCAAACAACTGGAAAGGGTTAAAGCCAAGATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTAGGGTTAAAGGTCAAACAACTGGAAAGGGTTAAAGCCAAGATCC  842

seq1  AGACTCAGTCCCATCTACCTGCAAACCCTGGATCTACCCGTGGCTCAGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGTCCCATCTACCTGCAAACCCTGGATCTACCCGTGGCTCAGCA  892

seq1  TACCTGGTCCCTGCTTGCTCAGGAACTGCTTCCAGACAGTTAGCACTTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGGTCCCTGCTTGCTCAGGAACTGCTTCCAGACAGTTAGCACTTGT  942

seq1  GTCTAGCTCGCCTGGGTGGCCCGTGATGGGCTAAAATATCATCACAATTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAGCTCGCCTGGGTGGCCCGTGATGGGCTAAAATATCATCACAATTG  992

seq1  TAAAGTCCCAGTAAGGAATCATTCTAAGTATTAAAGCTATAATGTCTGGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGTCCCAGTAAGGAATCATTCTAAGTATTAAAGCTATAATGTCTGGA  1042

seq1  CTCAGACCCTCTCCCTCAGTCTCCTCCCTCAGCATGCAGGTCAGGCTCGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACCCTCTCCCTCAGTCTCCTCCCTCAGCATGCAGGTCAGGCTCGG  1092

seq1  CTTAGAATTC  1110
      ||||||||||
seq2  CTTAGAATTC  1102