BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-156M01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 52,635,160 - 52,738,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040908
Upstream geneLOC384015, LOC100041026, LOC100041038, LOC666724, Smc2, LOC100040883, 4930547C10Rik
Downstream geneLOC666761, Olfr275, Olfr274-ps1, Olfr273, LOC230185, Olfr272, Olfr271-ps1, Olfr270, 1700054F22Rik, Nipsnap3a, Abca1, 4930522O17Rik, AI427809, LOC100041197, Slc44a1, Fsd1l, LOC666483, Fcmd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-156M01.bB6Ng01-156M01.g
ACCDH951174DH951175
length8001,137
definitionDH951174|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156M01, 5' end.DH951175|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-156M01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,738,199 - 52,738,998)(52,635,160 - 52,636,300)
sequence
gaattcactcttgtaaccatcagagggaagtaggcgggagccatgtgcaa
ccaaagagcggaagtgagccccgatcagctgtatctaaaggcctcacaaa
tggggtgtggctgtgctggaccatcgatgtctgaaggcctcacaaacaga
gcatggccatctctgtgttctattatgtggtcgactatcagatctagatg
actcgaaaattggagaaagaaataggttaggttaaatcccaaggaaacca
ttgggtctttaaaattatatctttctctttgaaaaactacacaaggctat
tttcaaaaagtatataatatactttgcatatgttcctccatacccaacta
cccaacttggcaaatatacatttccagaatgcaaacacttttagcatctt
tctttgcaataatgatttgagctaccccttgtcactatctttctgtcatt
taaagagtatttgagatgcaatacacacacacacacacacacacacacac
acagagacacacacacacgtgcatacatactggggtgggggggtgaggag
cagagacagaaaactgaaagagaatagagacaaagccaaaaatacagata
ccttgaatatgtatccataaagttcaaatactatggaaggagaatcaaag
acatagctttttgtgctaaagctgtcttgagccagtgtgttttcaaatac
tgacattttatgtgtggtttttgggtaattagtattgtggtattgagtga
gtctactatctacaccttggaggagaagtccccgtgagttttgagaacag

gaattctttgctatatgctacaagctactggtaagtcctgacagcaacaa
tacatgggggcagaccttaaattcattaaaataagttaaaggttattttc
cttaaagacatcttctaaaataaggtgtcagctcaacatctcagattgtg
tcctcctctgttcccatcatcatgcttcatcccataaccagacaactgga
tcgtctccttgatgaaaacttaatgccatctcatctcgagagatatattg
catccacatgtgagcccagtgatttaatcttggttagtgctgtctgtgtg
cttgtcagatgggttagcaattggtcatgtatttcacagcactgctatta
aatcctctgggaattaacatgttaaatccataatcatgctttattgcctg
tataatcctaggttaactgaaaacgaagttgattcatttttcacatgttc
accaaagtgaagtcatattttttccttaactagtaattaacctttatggc
tttattaactgctttattaaatttaaatgaaatgtttattggggaaagtt
catggtaagtataaactatggtgacagtgccaccctggtaatgtcctgtt
ttttggaacttctctattaaaacagtttgtattacatggagttcattttt
tatctgaaggtaccagcgcttgtaatgaatgtgggatataataaaaaaaa
aggaacatctttggaggcaggcagatgtgtattcaaatttgtatctaatt
acttactggtttattggctgtgtgaccttgggacaagctaccctatatct
ctgaaccttaatttctttctatgtaatttatgaataataatgattgtatt
cagtctgttggtgataaagaatgtgaaggaattaaagttgaagatatcag
aggtagttaattcacataggtaattttttttttagagtctatttctggct
gagattttcccacttttgctcagttaaaagagagaagaaaagatgatttt
tccattcttctccttcatgagatggtcttagcaatgaaaggatctgtggc
acaaggcttctgacattcttcattagactgttttgaaatcttcctagcct
atagtcactctgtatatctagcaaggtgccagttagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_52738199_52738998
seq2: B6Ng01-156M01.b_36_835 (reverse)

seq1  CTGTTCTCAAAACACACGGTGACTTCTCCTCCAAGGTGTAGATAGTAGAC  50
      ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTCAAAACTCACGGGGACTTCTCCTCCAAGGTGTAGATAGTAGAC  50

seq1  TCACTCAATACCACAATACTAATTACCCAAAAACCACACATAAAATGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCAATACCACAATACTAATTACCCAAAAACCACACATAAAATGTCA  100

seq1  GTATTTGAAAACACACTGGCTCAAGACAGCTTTAGCACAAAAAGCTATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGAAAACACACTGGCTCAAGACAGCTTTAGCACAAAAAGCTATGT  150

seq1  CTTTGATTCTCCTTCCATAGTATTTGAACTTTATGGATACATATTCAAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATTCTCCTTCCATAGTATTTGAACTTTATGGATACATATTCAAGG  200

seq1  TATCTGTATTTTTGGCTTTGTCTCTATTCTCTTTCAGTTTTCTGTCTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTATTTTTGGCTTTGTCTCTATTCTCTTTCAGTTTTCTGTCTCTG  250

seq1  CTCCTCACCCCCCCACCCCAGTATGTATGCACGTGTGTGTGTGTCTCTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCACCCCCCCACCCCAGTATGTATGCACGTGTGTGTGTGTCTCTGT  300

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGCATCTCAAATACTCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTGCATCTCAAATACTCTTTA  350

seq1  AATGACAGAAAGATAGTGACAAGGGGTAGCTCAAATCATTATTGCAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAGAAAGATAGTGACAAGGGGTAGCTCAAATCATTATTGCAAAGA  400

seq1  AAGATGCTAAAAGTGTTTGCATTCTGGAAATGTATATTTGCCAAGTTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCTAAAAGTGTTTGCATTCTGGAAATGTATATTTGCCAAGTTGGG  450

seq1  TAGTTGGGTATGGAGGAACATATGCAAAGTATATTATATACTTTTTGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGGTATGGAGGAACATATGCAAAGTATATTATATACTTTTTGAAA  500

seq1  ATAGCCTTGTGTAGTTTTTCAAAGAGAAAGATATAATTTTAAAGACCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTTGTGTAGTTTTTCAAAGAGAAAGATATAATTTTAAAGACCCAA  550

seq1  TGGTTTCCTTGGGATTTAACCTAACCTATTTCTTTCTCCAATTTTCGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCCTTGGGATTTAACCTAACCTATTTCTTTCTCCAATTTTCGAGT  600

seq1  CATCTAGATCTGATAGTCGACCACATAATAGAACACAGAGATGGCCATGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGATCTGATAGTCGACCACATAATAGAACACAGAGATGGCCATGC  650

seq1  TCTGTTTGTGAGGCCTTCAGACATCGATGGTCCAGCACAGCCACACCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGTGAGGCCTTCAGACATCGATGGTCCAGCACAGCCACACCCCA  700

seq1  TTTGTGAGGCCTTTAGATACAGCTGATCGGGGCTCACTTCCGCTCTTTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAGGCCTTTAGATACAGCTGATCGGGGCTCACTTCCGCTCTTTGG  750

seq1  TTGCACATGGCTCCCGCCTACTTCCCTCTGATGGTTACAAGAGTGAATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACATGGCTCCCGCCTACTTCCCTCTGATGGTTACAAGAGTGAATTC  800

seq1: chr4_52635160_52636300
seq2: B6Ng01-156M01.g_69_1205

seq1  GAATTCTTTGCTATATGCTACAAGCTACTGGTAAGTCCTGACAGCAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGCTATATGCTACAAGCTACTGGTAAGTCCTGACAGCAACAA  50

seq1  TACATGGGGGCAGACCTTAAATTCATTAAAATAAGTTAAAGGTTATTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGGGGGCAGACCTTAAATTCATTAAAATAAGTTAAAGGTTATTTTC  100

seq1  CTTAAAGACATCTTCTAAAATAAGGTGTCAGCTCAACATCTCAGATTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGACATCTTCTAAAATAAGGTGTCAGCTCAACATCTCAGATTGTG  150

seq1  TCCTCCTCTGTTCCCATCATCATGCTTCATCCCATAACCAGACAACTGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCTGTTCCCATCATCATGCTTCATCCCATAACCAGACAACTGGA  200

seq1  TCGTCTCCTTGATGAAAACTTAATGCCATCTCATCTCGAGAGATATATTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTCTCCTTGATGAAAACTTAATGCCATCTCATCTCGAGAGATATATTG  250

seq1  CATCCACATGTGAGCCCAGTGATTTAATCTTGGTTAGTGCTGTCTGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCACATGTGAGCCCAGTGATTTAATCTTGGTTAGTGCTGTCTGTGTG  300

seq1  CTTGTCAGATGGGTTAGCAATTGGTCATGTATTTCACAGCACTGCTATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCAGATGGGTTAGCAATTGGTCATGTATTTCACAGCACTGCTATTA  350

seq1  AATCCTCTGGGAATTAACATGTTAAATCCATAATCATGCTTTATTGCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTCTGGGAATTAACATGTTAAATCCATAATCATGCTTTATTGCCTG  400

seq1  TATAATCCTAGGTTAACTGAAAACGAAGTTGATTCATTTTTCACATGTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCCTAGGTTAACTGAAAACGAAGTTGATTCATTTTTCACATGTTC  450

seq1  ACCAAAGTGAAGTCATATTTTTTCCTTAACTAGTAATTAACCTTTATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGTGAAGTCATATTTTTTCCTTAACTAGTAATTAACCTTTATGGC  500

seq1  TTTATTAACTGCTTTATTAAATTTAAATGAAATGTTTATTGGGGAAAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAACTGCTTTATTAAATTTAAATGAAATGTTTATTGGGGAAAGTT  550

seq1  CATGGTAAGTATAAACTATGGTGACAGTGCCACCCTGGTAATGTCCTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAAGTATAAACTATGGTGACAGTGCCACCCTGGTAATGTCCTGTT  600

seq1  TTTTGGAACTTCTCTATTAAAACAGTTTGTATTACATGGAGTTCATTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAACTTCTCTATTAAAACAGTTTGTATTACATGGAGTTCATTTTT  650

seq1  TATCTGAAGGTACCAGCGCTTGTAATGAATGTGGGATATAATAAAAAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGAAGGTACCAGCGCTTGTAATGAATGTGGGATATAATAAAAAAAA  700

seq1  AGGAACATCTTTGGAGGCAGGCAGATGTGTATTCAAATTTGTATCTAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACATCTTTGGAGGCAGGCAGATGTGTATTCAAATTTGTATCTAATT  750

seq1  ACTTACTGGTTTATTGGCTGTGTGACCTT-GGACAAGCTACCCTATATCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTGGTTTATTGGCTGTGTGACCTTGGGACAAGCTACCCTATATCT  800

seq1  CTGAACCTTAATTTCTTTCTATGTAATTTATGAATAATAATGATTGTATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACCTTAATTTCTTTCTATGTAATTTATGAATAATAATGATTGTATT  850

seq1  CAGTCTGTTGGTGATAAAGAAGGTGAAGGAATTAAAGTTGAAGATATCAG  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTGTTGGTGATAAAGAATGTGAAGGAATTAAAGTTGAAGATATCAG  900

seq1  AGGTAGTTAATTCACAATAGGTAATTTTTTTATTAGAGTCTATTTCTGGC  949
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGTTAATTCAC-ATAGGTAATTTTTTTTTTAGAGTCTATTTCTGGC  949

seq1  TGAGACTTTCCCAC-TTTGCTCAGTTAAAAGAGAGAAGAAAAAAGATGAT  998
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||
seq2  TGAGATTTTCCCACTTTTGCTCAGTTAAAAGAGAGAAG--AAAAGATGAT  997

seq1  TTTTCCAATC-TCTCCTTCATGAGATGGTCCTAGCAATGAAAGGATCTGT  1047
      ||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCATTCTTCTCCTTCATGAGATGGTCTTAGCAATGAAAGGATCTGT  1047

seq1  GGCAC-AGGCTTCTGACATACTTCATTAAGAACTG-TTTGAAATCTCCCT  1095
      ||||| ||||||||||||| ||||||||   |||| |||||||||| |||
seq2  GGCACAAGGCTTCTGACATTCTTCATTA--GACTGTTTTGAAATCTTCCT  1095

seq1  AGCCTAATAGTCACTCTGTATATCTTAAGCAAAGGTGCAGGTTAGG  1141
      ||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||  ||||||
seq2  AGCCT-ATAGTCACTCTGTATATCT--AGC-AAGGTGCCAGTTAGG  1137