BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161D13
Chromosome4 (Build37)4 (Build37)
Map Location 93,390,512 - 93,391,71893,321,067 - 93,321,763
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC620269, LOC384125, Tusc1
Downstream gene5830433M19Rik, Plaa, LOC667250, Lrrc19, Ift74
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161D13.bB6Ng01-161D13.g
ACCDH954398DH954399
length1,209697
definitionDH954398|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161D13, 5' end.DH954399|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161D13, 3' end.
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,390,512 - 93,391,718)(93,321,067 - 93,321,763)
sequence
gaattctcatttccacttctgaagtggaaatcataataaaggtgtggaaa
taagaaagcctgagcttgcatcagaagccagatgttactctagaaccttc
tgtgaacctaaggcttctgtgatataggacatgtccagtttcaaatgtga
ctgctgggataccaggtatcatctgattggtttgtatgattagtttttaa
ctctatgtgtccctttgaaagattgacattcactttatattcttgagtaa
aactgcttatttctacttctctttgagaaacaaataggctgttagtatat
ttataacaaaataaaatcttgatgatcgagacaggaccttgctcatcagc
attcaggacaatgggagaggtccttatgacccttccccaggggagaaaga
agactttggcaatggatggctactgtgtatgtgtgggtggggcagccatt
gacttcatttgtgtagtcactggtgtgttgaccaggtaacagtggagagc
actgcacccatgctcatgtggatagacctggttaaactatgtgagtcaaa
aaggaaaaaaaccaaaacaaactaagacatgaaagtaggaggaagactct
tttggagaaagaccgattggcagggaaaggaagggaataagaaaggattg
gacacgtgacatcagaatgtattatatatgtatgaatatcttaggggata
agtaaagatataagatctcactgttattgccatgtttgtcctttccacat
ttaattaatctttggattactctattgcctctttaagtttccaagtcgga
gcacaagataaggcagtagtaactccaagaacactctcctgggagagcag
catgggggatctcaccgccttcttttgcagctttctcatgttgggcttac
ttttatttagggatttttttttctctccagccttgatatacactaatgat
aatcagagcatttgtgattaatgtatatcagcttggtaggatagcaataa
ctaggaaacattcaaagccattgctttcaccttctcttggaagtgaacaa
aaaaatgaaggttaatggcttgaataactaaattttaactgctaaggtac
tggaacaatcattccattaagtttgcacacttaatgcaaagctggaactt
tataactctataatgctaagtaacctgcgagtttacaagtactgaaataa
cctgacggt
gaattcaaccaaagttttaaaactctctggtgaggaaagaggtcacagat
aggaagaccaagaagtctgaagtaatccagacaggcaatgattaaagtca
ggatgaggaaaggaattattgattgtgtaaagggggtatgggtagaggaa
gttaatttcccttgcttcttcttcacatcacccaaataaatcattgcttt
cacctatgcatccgaagtgaatgcatcaccccaaaagcagaactattgtg
ggttagaaacaatagcgctataaaatgttagctgctgctggaacttgaat
ttgtaaagatagcattgtaaatataaattattaattactaaggccaacac
ttattcccatattgccagagcctgctgagagtttgaaaaccaatatgttt
ttgtcttgaagggtgtttgaaagaaactggttaacctaaaaggccttgag
atgttaggggaattacagacgagagactctgtaaatcaatacaatttctt
cagtaaatacagttcaaaaagaacgacattgaattcaacattgtcagcaa
tggagataaaatcatttatattcaagaaagtgtaaacagcctcagcctga
atagtttacagcaccaaaggaaattgaaggaggctctcctcattcggtgc
tgcacaatctttgaattcagtaggggggtcattttacaatgacatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_93390512_93391718
seq2: B6Ng01-161D13.b_47_1255

seq1  GAATTCTCATTTCCACTTCTGAAGTGGAAATCATAATAAAGGTGTGGAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTTCCACTTCTGAAGTGGAAATCATAATAAAGGTGTGGAAA  50

seq1  TAAGAAAGCCTGAGCTTGCATCAGAAGCCAGATGTTACTCTAGAACCTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAGCCTGAGCTTGCATCAGAAGCCAGATGTTACTCTAGAACCTTC  100

seq1  TGTGAACCTAAGGCTTCTGTGATATAGGACATGTCCAGTTTCAAATGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACCTAAGGCTTCTGTGATATAGGACATGTCCAGTTTCAAATGTGA  150

seq1  CTGCTGGGATACCAGGTATCATCTGATTGGTTTGTATGATTAGTTTTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGGATACCAGGTATCATCTGATTGGTTTGTATGATTAGTTTTTAA  200

seq1  CTCTATGTGTCCCTTTGAAAGATTGACATTCACTTTATATTCTTGAGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGTGTCCCTTTGAAAGATTGACATTCACTTTATATTCTTGAGTAA  250

seq1  AACTGCTTATTTCTACTTCTCTTTGAGAAACAAATAGGCTGTTAGTATAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTTATTTCTACTTCTCTTTGAGAAACAAATAGGCTGTTAGTATAT  300

seq1  TTATAACAAAATAAAATCTTGATGATCGAGACAGGACCTTGCTCATCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAACAAAATAAAATCTTGATGATCGAGACAGGACCTTGCTCATCAGC  350

seq1  ATTCAGGACAATGGGAGAGGTCCTTATGACCCTTCCCCAGGGGAGAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGGACAATGGGAGAGGTCCTTATGACCCTTCCCCAGGGGAGAAAGA  400

seq1  AGACTTTGGCAATGGATGGCTACTGTGTATGTGTGGGTGGGGCAGCCATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTGGCAATGGATGGCTACTGTGTATGTGTGGGTGGGGCAGCCATT  450

seq1  GACTTCATTTGTGTAGTCACTGGTGTGTTGACCAGGTAACAGTGGAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCATTTGTGTAGTCACTGGTGTGTTGACCAGGTAACAGTGGAGAGC  500

seq1  ACTGCACCCATGCTCATGTGGATAGACCTGGTTAAACTATGTGAGTCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCACCCATGCTCATGTGGATAGACCTGGTTAAACTATGTGAGTCAAA  550

seq1  AAGGAAAAAAACCAAAACAAACTAAGACATGAAAGTAGGAGGAAGACTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAAAACCAAAACAAACTAAGACATGAAAGTAGGAGGAAGACTCT  600

seq1  TTTGGAGAAAGACCGATTGGCAGGGAAAGGAAGGGAATAAGAAAGGATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAGAAAGACCGATTGGCAGGGAAAGGAAGGGAATAAGAAAGGATTG  650

seq1  GACACGTGACATCAGAATGTATTATATATGTATGAATATCTTAGGGGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGTGACATCAGAATGTATTATATATGTATGAATATCTTAGGGGATA  700

seq1  AGTAAAGATATAAGATCTCACTGTTATTGCCATGTTTGTCCTTTCCACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGATATAAGATCTCACTGTTATTGCCATGTTTGTCCTTTCCACAT  750

seq1  TTAATTAATCTTTGGATTACTCTATTGCCTCTTTAAGTTTCCAAGTCGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTAATCTTTGGATTACTCTATTGCCTCTTTAAGTTTCCAAGTCGGA  800

seq1  GCACAAGATAAGGCAGTAGTAACTCCAAGAACACTCTCCT-GGAGAGCAG  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCACAAGATAAGGCAGTAGTAACTCCAAGAACACTCTCCTGGGAGAGCAG  850

seq1  CATGGGGGATCTCACCGCCTTCTTTTGCAGCTTTCTCATGTTGGGCTTAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGGATCTCACCGCCTTCTTTTGCAGCTTTCTCATGTTGGGCTTAC  900

seq1  TTTTATTTAGGGA-TTTTTTTTCTCTCCAGCCTTGATATACACTAATGAT  948
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTAGGGATTTTTTTTTCTCTCCAGCCTTGATATACACTAATGAT  950

seq1  AATCAAGAGCATTTGTGATTAATGTATATCAGCTTGG-AGGATTAGCAAT  997
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  AATC-AGAGCATTTGTGATTAATGTATATCAGCTTGGTAGGA-TAGCAAT  998

seq1  AACTAGGAAACATTCAGAGCCATTGCTTTCACC-TCTCTTGG-AGTGGAA  1045
      |||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||| | 
seq2  AACTAGGAAACATTCAAAGCCATTGCTTTCACCTTCTCTTGGAAGTGAAC  1048

seq1  CAGAAAATGAAGGTTAATGGCTTGAATAACT-AATTTTAACTGCCTAAGT  1094
       | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | ||
seq2  AAAAAAATGAAGGTTAATGGCTTGAATAACTAAATTTTAACTGCTAAGGT  1098

seq1  ACT-GAACAATCCATCCATT-AGTTTGCA-ACTTTAAATGCAAAGCTGGA  1141
      ||| ||||||||  |||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||
seq2  ACTGGAACAATCATTCCATTAAGTTTGCACACTT--AATGCAAAGCTGGA  1146

seq1  GCCTTTATAACTCATTAAGTCTAAGTAA-CTGGCAGTTTACAAGTCACTG  1190
        |||||||||||  |||  |||||||| |||  ||||||||||| ||||
seq2  -ACTTTATAACTCTATAATGCTAAGTAACCTGCGAGTTTACAAGT-ACTG  1194

seq1  AGAATAAACTTGACGGT  1207
      | ||| ||| |||||||
seq2  A-AAT-AACCTGACGGT  1209

seq1: chr4_93321067_93321763
seq2: B6Ng01-161D13.g_68_764

seq1  GAATTCAACCAAAGTTTTAAAACTCTCTGGTGAGGAAAGAGGTCACAGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCAAAGTTTTAAAACTCTCTGGTGAGGAAAGAGGTCACAGAT  50

seq1  AGGAAGACCAAGAAGTCTGAAGTAATCCAGACAGGCAATGATTAAAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGACCAAGAAGTCTGAAGTAATCCAGACAGGCAATGATTAAAGTCA  100

seq1  GGATGAGGAAAGGAATTATTGATTGTGTAAAGGGGGTATGGGTAGAGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGGAAAGGAATTATTGATTGTGTAAAGGGGGTATGGGTAGAGGAA  150

seq1  GTTAATTTCCCTTGCTTCTTCTTCACATCACCCAAATAAATCATTGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTTCCCTTGCTTCTTCTTCACATCACCCAAATAAATCATTGCTTT  200

seq1  CACCTATGCATCCGAAGTGAATGCATCACCCCAAAAGCAGAACTATTGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTATGCATCCGAAGTGAATGCATCACCCCAAAAGCAGAACTATTGTG  250

seq1  GGTTAGAAACAATAGCGCTATAAAATGTTAGCTGCTGCTGGAACTTGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGAAACAATAGCGCTATAAAATGTTAGCTGCTGCTGGAACTTGAAT  300

seq1  TTGTAAAGATAGCATTGTAAATATAAATTATTAATTACTAAGGCCAACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAAGATAGCATTGTAAATATAAATTATTAATTACTAAGGCCAACAC  350

seq1  TTATTCCCATATTGCCAGAGCCTGCTGAGAGTTTGAAAACCAATATGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCCATATTGCCAGAGCCTGCTGAGAGTTTGAAAACCAATATGTTT  400

seq1  TTGTCTTGAAGGGTGTTTGAAAGAAACTGGTTAACCTAAAAGGCCTTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTGAAGGGTGTTTGAAAGAAACTGGTTAACCTAAAAGGCCTTGAG  450

seq1  ATGTTAGGGGAATTACAGACGAGAGACTCTGTAAATCAATACAATTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGGGGAATTACAGACGAGAGACTCTGTAAATCAATACAATTTCTT  500

seq1  CAGCAAATACAGTATCAAAAAGAACGACATTGAATTCAACATTGTCAGCA  550
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAATACAGT-TCAAAAAGAACGACATTGAATTCAACATTGTCAGCA  549

seq1  ATGGAGATAAAATCATTTATATCCAAGAAAGTGTAAACAGCCTCAGCCTG  600
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGATAAAATCATTTATATTCAAGAAAGTGTAAACAGCCTCAGCCTG  599

seq1  AATAGTTGACAGCACCAAAGGAAATTGAAGGAGGCTCTCCTCATTCGGTG  650
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTTTACAGCACCAAAGGAAATTGAAGGAGGCTCTCCTCATTCGGTG  649

seq1  CTGCACAATCTTTGAATTCAGTAGGGGGGCCA-TTTACAATGACATAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  CTGCACAATCTTTGAATTCAGTAGGGGGGTCATTTTACAATGACATAG  697