BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161J05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 66,590,646 - 66,707,942
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAstn2, LOC667499, Tlr4
Downstream geneLOC100039379, Hmgb1-rs18, LOC433715
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161J05.bB6Ng01-161J05.g
ACCDH954652DH954653
length1,183418
definitionDH954652|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161J05, 5' end.DH954653|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161J05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,706,754 - 66,707,942)(66,590,646 - 66,591,069)
sequence
gaattcactcaggttgtcaagcttggcagcaagtacgtcgagttgttgag
ctacttcactggccttgaggagttcatagtcttaaacaactgtcccaggt
aacaattccaagcctccaggcaatgattaaaaactatctatgtgttatta
tctgtaactttgcaactcatggtgctctctttacttaagaactaattctg
tacctcatgacacttataatgatgaatctcaagggctaataatttacttc
caaattatccagtgaagtcactggatcaatgtgggtttagcattaataca
tcccaattccattatacttagctatccagacatatttagaacttcatgga
ccataaaagtcccaggagtctgatacaatataatattatggcagatttag
ttacaatctaattggcttttacttatgattcatgaatagggatgcacctt
actttggacaaagtagaatctaagcagaaaaacaatagaggagtagggtc
tgtaaggtgtgaatgaagaaacagacgagaagttttaaaaagagagaaaa
tgttgattacttaacaagaggagcatcctgttatcctgactgaggaggaa
tcaaattttatgttttcagtagtttttccacactggtgtctccaaagctt
cgctatgctctaaatagtccattaaattcagtggtactttacacgaatgt
ctccagtaagatgatctgtttgggtgagtgcaggagtctcacagcttttc
ttcagttaaaggtcatcatcaccatcatcctctaagggtgcagcaccata
gggaattacatgttcaaaaggaaatcagtgacatagtcagaaaccatttc
ctccatggcactgtaaggaataaaagagaagaaaaccagtgttatttaaa
tactggaattggcctttaacccttataaggacataaaagctttgtgatgc
ttcttgatttagagatatgagactcatatatttatttacagaactagaat
gtgatatggcatgattctagctattcattgggctttgagtctttagccgt
ttgagttataacactttaacttcttattatcacatatttgctagtaggca
ttgggtaacgaactatctgtcattcagccaatggtaaggcacgaaggctg
tcgaaattaacgttgaaatctggcttaattatc
tttcttgattaaacagtaggaagttattcattgcagttgctttcaaagtc
aaaggctaaaagatgagaagtataaggaagtgagtcttttcatactatca
aaaaaaaattacatggaagagaactcacattccacagttcagaaatattc
acttctgatgtgatgagtctggaagtatgcaatcgtcagttacccaagct
acttcaggtaagatgaatacacatgagcgcagtgaccatgtggcccagtt
agatttagctgtcaacttgaaaaagcctagagccacctcagagggaaatc
tcaacttagcgatttcccacatcaaatggcctgtgagcatatatgtgttt
cattattattattattattattattattattattattagtagtagtagta
gtagtagtagtaatagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_66706754_66707942
seq2: B6Ng01-161J05.b_49_1231 (reverse)

seq1  GATAATTACAGCCAGATTTCAACGTTAATTCTGACAGCC-TCTGCCCTTA  49
      |||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||   |||||
seq2  GATAATTA-AGCCAGATTTCAACGTTAATTTCGACAGCCTTCGTGCCTTA  49

seq1  CCCATTGACCTGAATGACAGTATGTCTGTTA-CCAATGGCTACTAGCAAA  98
       ||||||  |||||||||||   ||  |||| |||||| |||||||||||
seq2  -CCATTG-GCTGAATGACAGATAGTTCGTTACCCAATGCCTACTAGCAAA  97

seq1  TATGTGATAATAAGAAGTTAAAGTGTTATTAACTCAAACGGCTAAAGACT  148
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGATAATAAGAAGTTAAAGTGTTA-TAACTCAAACGGCTAAAGACT  146

seq1  CAAAGCCCAATGAATTAGCTAAGAATCATGCCATATCACATTCTAGTTCT  198
      |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCCCAATGAA-TAGCT-AGAATCATGCCATATCACATTCTAGTTCT  194

seq1  GTAAAT-AATATATGAGTCTTCATATCTCTAAATCAAGAAGCATCACAAA  247
      |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAAATATATGAGTC-TCATATCTCTAAATCAAGAAGCATCACAAA  243

seq1  GCTTTTATGTCCTTATTAGGGTTAAAGGCCATTTCAAGTATTTAATTAAC  297
      |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||
seq2  GCTTTTATGTCCTTATAAGGGTTAAAGGCCAATTCCAGTATTTAAATAAC  293

seq1  ACTGGTTTTCTTCTCTTTTATTCCTTACAGTGCCATGGAGGAAATGGTTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTTTTCTTCTCTTTTATTCCTTACAGTGCCATGGAGGAAATGGTTT  343

seq1  CTGACTATGTCACCTGATTTCCTTTTGAACATGTAATTCCCTATGGTGCC  397
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTGACTATGTCA-CTGATTTCCTTTTGAACATGTAATTCCCTATGGTG-C  391

seq1  TGCACCCTTAGAGGATGATGGTGATGATGACCTTTAACTGAAGAAAAGCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCCTTAGAGGATGATGGTGATGATGACCTTTAACTGAAGAAAAGCT  441

seq1  GTGAGACTCCTGCACTCACCCAAACAGATCATCTTACTGGAGACATTCGT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACTCCTGCACTCACCCAAACAGATCATCTTACTGGAGACATTCGT  491

seq1  GTAAAGTACCACTGAATTTAATGGACTATTTAGAGCATAGCGAAGCTTTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGTACCACTGAATTTAATGGACTATTTAGAGCATAGCGAAGCTTTG  541

seq1  GAGACACCAGTGTGGAAAAACTACTGAAAACATAAAATTTGATTCCTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACCAGTGTGGAAAAACTACTGAAAACATAAAATTTGATTCCTCCT  591

seq1  CAGTCAGGATAACAGGATGCTCCTCTTGTTAAGTAATCAACATTTTCTCT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGGATAACAGGATGCTCCTCTTGTTAAGTAATCAACATTTTCTCT  641

seq1  CTTTTTAAAACTTCTCGTCTGTTTCTTCATTCACACCTTACAGACCCTAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTAAAACTTCTCGTCTGTTTCTTCATTCACACCTTACAGACCCTAC  691

seq1  TCCTCTATTGTTTTTCTGCTTAGATTCTACTTTGTCCAAAGTAAGGTGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTATTGTTTTTCTGCTTAGATTCTACTTTGTCCAAAGTAAGGTGCA  741

seq1  TCCCTATTCATGAATCATAAGTAAAAGCCAATTAGATTGTAACTAAATCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTATTCATGAATCATAAGTAAAAGCCAATTAGATTGTAACTAAATCT  791

seq1  GCCATAATATTATATTGTATCAGACTCCTGGGACTTTTATGGTCCATGAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAATATTATATTGTATCAGACTCCTGGGACTTTTATGGTCCATGAA  841

seq1  GTTCTAAATATGTCTGGATAGCTAAGTATAATGGAATTGGGATGTATTAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTAAATATGTCTGGATAGCTAAGTATAATGGAATTGGGATGTATTAA  891

seq1  TGCTAAACCCACATTGATCCAGTGACTTCACTGGATAATTTGGAAGTAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAACCCACATTGATCCAGTGACTTCACTGGATAATTTGGAAGTAAA  941

seq1  TTATTAGCCCTTGAGATTCATCATTATAAGTGTCATGAGGTACAGAATTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGCCCTTGAGATTCATCATTATAAGTGTCATGAGGTACAGAATTA  991

seq1  GTTCTTAAGTAAAGAGAGCACCATGAGTTGCAAAGTTACAGATAATAACA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTAAGTAAAGAGAGCACCATGAGTTGCAAAGTTACAGATAATAACA  1041

seq1  CATAGATAGTTTTTAATCATTGCCTGGAGGCTTGGAATTGTTACCTGGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGATAGTTTTTAATCATTGCCTGGAGGCTTGGAATTGTTACCTGGGA  1091

seq1  CAGTTGTTTAAGACTATGAACTCCTCAAGGCCAGTGAAGTAGCTCAACAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTTTAAGACTATGAACTCCTCAAGGCCAGTGAAGTAGCTCAACAA  1141

seq1  CTCGACGTACTTGCTGCCAAGCTTGACAACCTGAGTGAATTC  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGACGTACTTGCTGCCAAGCTTGACAACCTGAGTGAATTC  1183

seq1: chr4_66590646_66591069
seq2: B6Ng01-161J05.g_67_490

seq1  GAATTCTTTCTTGATTAAACAGTAGGAAGTTATTCATTGCAGTTGCTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTTGATTAAACAGTAGGAAGTTATTCATTGCAGTTGCTTTC  50

seq1  AAAGTCAAAGGCTAAAAGATGAGAAGTATAAGGAAGTGAGTCTTTTCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAAAGGCTAAAAGATGAGAAGTATAAGGAAGTGAGTCTTTTCATA  100

seq1  CTATCAAAAAAAAATTACATGGAAGAGAACTCACATTCCACAGTTCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCAAAAAAAAATTACATGGAAGAGAACTCACATTCCACAGTTCAGAA  150

seq1  ATATTCACTTCTGATGTGATGAGTCTGGAAGTATGCAATCGTCAGTTACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCACTTCTGATGTGATGAGTCTGGAAGTATGCAATCGTCAGTTACC  200

seq1  CAAGCTACTTCAGGTAAGATGAATACACATGAGCGCAGTGACCATGTGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTACTTCAGGTAAGATGAATACACATGAGCGCAGTGACCATGTGGC  250

seq1  CCAGTTAGATTTAGCTGTCAACTTGAAAAAGCCTAGAGCCACCTCAGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTAGATTTAGCTGTCAACTTGAAAAAGCCTAGAGCCACCTCAGAGG  300

seq1  GAAATCTCAACTTAGCGATTTCCCACATCAAATGGCCTGTGAGCATATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCTCAACTTAGCGATTTCCCACATCAAATGGCCTGTGAGCATATAT  350

seq1  GTGTTTCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGTAGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTATTAGTAGTA  400

seq1  GTAGTAGTAGTAGTAGTAATAGTA  424
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTAGTAGTAGTAGTAATAGTA  424