BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161M22
Chromosome4 (Build37)
Map Location 36,712,642 - 36,865,171
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLingo2
Downstream geneLOC100042132, LOC545600, LOC621458
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161M22.bB6Ng01-161M22.g
ACCDH954819DH954820
length521844
definitionDH954819|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161M22, 5' end.DH954820|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161M22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,864,645 - 36,865,171)(36,712,642 - 36,713,503)
sequence
atgttatataagtgtgaaaaatgaatgcatttaatttaaggttatgggtt
attccactaattcagttagttggttaaactgggaaattgtcctctcccag
atagacacatattctgagactggtttatgctttaataatcaacttggcaa
gtaatactttgaagtataaaattcctcttttttttccattctccctctta
gtagattgtgcatttcatgtgttttgaaatatatcccctgggcagcccca
gtaaagacaatcaaaacttttatcacgaccttgggaagatgttcgatgac
actgaaagagttgatttaaaagggaactgcaaccctataggtggaacaac
aatatgaactaaccagtacccgggagctcttgtctttagctgcatatgta
tcaaaagatggcctagttggccatcactgcaaagagaggcccattggact
tgcaaactttatatgccccagtacaggggaacgccagggccaaaaagggg
gagtgggtgggtaggggattg
gaattcagaacttaatcgcaaattctaacatctgcactgtaagccaacat
ggagaacactaaaaagcatctaatattacttggcaaatagtcacaatttt
tttaagtgacatggagttttataatgattccaattcataatgagacacaa
tgttaatgaaacatttttttttcccaataaggatgtggctactgaccagc
agaactatgtccatgaatacccaattcttcatccttctctctatggaaag
gttcttctaaaggtttgttatagtccatgtactttcttttatgtcttgct
tatgtgtcatttgtgacccaatgtttttagaaatgcacagaatcaggcat
gttgacacagccctccatctctccttattctccacaattactctcattta
ttttgtaacaaaatgataagaatccatcatgtgtttgtacattcaacaca
tgtatattttattttcacatacaaatatattgtttttaaatcaatgaaaa
ttaaattaaataatgtgattgatttttagtttacctgattagcttaatta
tttttatatcataatagctaatgtaagaaagtatgtgaagtgatttaaca
tgtagataagtctaagatacaaaagtgcatacaaacagagctagagagaa
tatgagtaaccaaattgaaataaaaatatatgtaagccacaaacatgtaa
cactgtcatcaaatgtaagtactcaaattgtcacagatttgacgtcatgt
ttttggagtttggtggaaatataatatagagccacagtaaaacactgcta
gcatgatcatgttgtctattagtgacattgataggataatactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_36864645_36865171
seq2: B6Ng01-161M22.b_49_575 (reverse)

seq1  CAATCCCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCCCTACCCACCCACTCCCCCTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTGTA  50

seq1  CTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTGCAGTGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGGGCCTCTCTTTGCAGTGATG  100

seq1  GCCAACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAAAGACAAGAGCTCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACTAGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAAAGACAAGAGCTCCC  150

seq1  GGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGTTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGTTCCC  200

seq1  TTTTAAATCAACTCTTTCAGTGTCATCGAACATCTTCCCAAGGTCGTGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATCAACTCTTTCAGTGTCATCGAACATCTTCCCAAGGTCGTGAT  250

seq1  AAAAGTTTTGATTGTCTTTACTGGGGCTGCCCAGGGGATATATTTCAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTTGATTGTCTTTACTGGGGCTGCCCAGGGGATATATTTCAAAA  300

seq1  CACATGAAATGCACAATCTACTAAGAGGGAGAATGGAAAAAAAAGAGGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAAATGCACAATCTACTAAGAGGGAGAATGGAAAAAAAAGAGGAA  350

seq1  TTTTATACTTCAAAGTATTACTTGCCAAGTTGATTATTAAAGCATAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATACTTCAAAGTATTACTTGCCAAGTTGATTATTAAAGCATAAACC  400

seq1  AGTCTCAGAATATGTGTCTATCTGGGAGAGGACAATTTCCCAGTTTAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAGAATATGTGTCTATCTGGGAGAGGACAATTTCCCAGTTTAACC  450

seq1  AACTAACTGAATTAGTGGAATAACCCATAACCTTAAATTAAATGCATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAACTGAATTAGTGGAATAACCCATAACCTTAAATTAAATGCATTCA  500

seq1  TTTTTCACACTTATATAACATGAATTC  527
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCACACTTATATAACATGAATTC  527

seq1: chr4_36712642_36713503
seq2: B6Ng01-161M22.g_67_910

seq1  GAATTCAGAACTTAATCGCAAATTCTAACATCTGCACTGTAAGCCAACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAACTTAATCGCAAATTCTAACATCTGCACTGTAAGCCAACAT  50

seq1  GGAGAACACTAAAAAGCATCTAATATTACTTGGCAAATAGTCACAATTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAACACTAAAAAGCATCTAATATTACTTGGCAAATAGTCACAATTTT  100

seq1  TTTAAGTGACATGGAGTTTTATAATGATTCCAATTCATAATGAGACACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTGACATGGAGTTTTATAATGATTCCAATTCATAATGAGACACAA  150

seq1  TGTTAATGAAACATTTTTTTTTCCCAATAAGGATGTGGCTACTGACCAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATGAAACATTTTTTTTTCCCAATAAGGATGTGGCTACTGACCAGC  200

seq1  AGAACTATGTCCATGAATACCCAATTCTTCATCCTTCTCTCTATGGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTATGTCCATGAATACCCAATTCTTCATCCTTCTCTCTATGGAAAG  250

seq1  GTTCTTCTAAAGGTTTGTTATAGTCCATGTACTTTCTTTTATGTCTTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCTAAAGGTTTGTTATAGTCCATGTACTTTCTTTTATGTCTTGCT  300

seq1  TATGTGTCATTTGTGACCCAATGTTTTTAGAAATGCACAGAATCAGGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTCATTTGTGACCCAATGTTTTTAGAAATGCACAGAATCAGGCAT  350

seq1  GTTGACACAGCCCTCCATCTCTCCTTATTCTCCACAATTACTCTCATTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACACAGCCCTCCATCTCTCCTTATTCTCCACAATTACTCTCATTTA  400

seq1  TTTTGTAACAAAATGATAAGAATCCATCATGTGTTTGTACATTCAACACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTAACAAAATGATAAGAATCCATCATGTGTTTGTACATTCAACACA  450

seq1  TGTATATTTTATTTTCACATACAAATATATTGTTTTTAAATCAATGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATTTTATTTTCACATACAAATATATTGTTTTTAAATCAATGAAAA  500

seq1  TTAAATTAAATAATGTGATTGATTTTTAGTTTACCTGATTAGCTTAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTAAATAATGTGATTGATTTTTAGTTTACCTGATTAGCTTAATTA  550

seq1  TTTTTATATCATAATAGCTAATGTAAGAAAGTATGTGAAGTGATTTAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATATCATAATAGCTAATGTAAGAAAGTATGTGAAGTGATTTAACA  600

seq1  TGTAGATAAGTCTAAGAATACAAAAGTGCATACAAACAGAGCTAGAGAGA  650
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGATAAGTCTAAG-ATACAAAAGTGCATACAAACAGAGCTAGAGAGA  649

seq1  ATATGAGTAACCAAAATTGAAATAAAAATATATGTAAGCCACAAACATGT  700
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAGTAACC-AAATTGAAATAAAAATATATGTAAGCCACAAACATGT  698

seq1  AACACTGTCATCAAATGTAAGTAACTCAAATTGTCACAGAATTTGACGTT  750
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |
seq2  AACACTGTCATCAAATGTAAGT-ACTCAAATTGTCACAG-ATTTGACG-T  745

seq1  CATGTTTTTGGAGTTTTGGTGGAGATATAATATAGAGCCACAGTAAAAAA  800
      ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||
seq2  CATGTTTTTGGAG-TTTGGTGGAAATATAATATAGAGCCACAGT--AAAA  792

seq1  CACTGCCTAGCAATGGATTCAATGGTATGTCCTATTAGTGACATTGATAG  850
      ||||| ||||||   |||   ||| | |   |||||||||||||||||||
seq2  CACTG-CTAGCA--TGAT--CATGTTGT---CTATTAGTGACATTGATAG  834

seq1  TGATAATTACTG  862
       ||||| |||||
seq2  -GATAA-TACTG  844