BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-163A15
Chromosome4 (Build37)
Map Location 134,824,000 - 134,951,648
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClic4, LOC676072, Srrm1, A330049M08Rik
Upstream genePdik1l, Trim63, Slc30a2, Extl1, LOC434166, Pafah2, Stmn1, Paqr7, 2610002D18Rik, 2410166I05Rik, Sepn1, Man1c1, Ldlrap1, Tmem57, Rhd, Tmem50a, D4Wsu53e, Syf2, Runx3
Downstream geneLOC665287, Dscr1l2, Npal3, 4930555I21Rik, Grhl3, 1700029M20Rik, Il28ra, Il22ra1, LOC665334, Myom3, Fusip1, Pnrc2, Cnr2, Fuca1, Hmgcl, Gale, Lypla2, 1110049F12Rik, LOC669445, Tceb3, Rpl11, Id3, E2f2, Ddefl1, Tcea3, Zfp46, Hnrpr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-163A15.bB6Ng01-163A15.g
ACCDH955725DH955726
length1,1261,112
definitionDH955725|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163A15, 5' end.DH955726|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-163A15, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(134,950,519 - 134,951,648)(134,824,000 - 134,825,111)
sequence
gaattcctgatccacagtgaggctaggtaggcaggaggcagaaagtcagg
gagggagggggccagagctgagtcacttacctgtagtggggctccatgtt
cccccactcagtgcggcaccggggaaggtggagccagctgcagggtggca
ggtccaggagaagttctgtggtccaaagctctccggcaactttacagctc
ggtctgagggtggaaaagagggtgtgtctgtctctgagacaaggcttgtt
ctatagctagtctggagcctgttctcaggacctcctgtctgtgccaggca
tgcctgagctgatgagacccccaagccagggtcccagtggcagcagagtg
ggaggtgtaagaacggggcaccttggggaatgatgaggatctagaaaccc
agctgaccttgtgccagaactgaggaggggacgaccagcagggactttac
cctacactgtgcccagtgtctgcatgtggtttaaacctcgtgtctctgat
ctaccactccctgatttatcgatcagcagcaattacttaataatgtcagt
gcccccttttggagaaacctgtgtctaggacctgctgtgacaatttttag
ggcatgctgccttgaaattttaaaattcttcctaccactgggcatggtgg
accctttcacccagaacttctcgagaaggccagcccctctagtcctctca
gttctgggagccacaccttagctctctttccagctgcagacctgaaggat
gcccagaggacaaaggcagattcctctctgttcctccctcatccagctgc
agtgtctggtcctagagacatagcagtgatcctgcgagcagcctacgcct
tcagctgaattcctccaaaagcctcagcgctcaacggatgggacattcat
cccttcctaaccccaccccacccccgcagttgcacaaacaggctttagaa
gtatgaacacccaggtggtgttcccagggatgggcctgagtcagtcagac
tatctatctcagctggcctcgaacttgctacatagccaagatgaccattg
gaagttcaaggacccctcggaaactaacacctcttacgttcatatctggt
tgtaaaatagccaagcatataacaca
gaattcaccctgcaggttaacgtcctataaaaacccctcccaattccaga
agcttgggactactgcagatagtgataacctaattcaaacgatagtacat
aaagtttaaattatgacccataaaactaagtccagcagagagattacctc
ctacttagataagaaatacaccacttcatacagatgcagccaaagtggag
aaacagtggtgtcaacacaaactgggccataaaagcaaaacaaaactcca
actcctgattactctctatctgtgtgtaatccctgcactccgggggctga
ggagagacaactgccacaaatttaaggttagcctgggctacagagtaagg
ccctgtctcaaatgactatataaaccaaaagagggtgacctcaggcacac
aggtcagtaatcacctctctgctcctttcatttgtgcttcctgagttaat
ttttattcacctttacaaaagcagaaatcttggaccctaactacagatac
agccaagaagatacattggtagaaaatgtggcagatacacaaaaagatca
gaaatactaaactatgaaggaaaagaggttaaataggtctggaaagatgg
ctcagcggttaagagcactgactgctcttccagaagtcttgagttcaatt
cccagcaaccacatagtggctcacgaccatctgtaatgggatctgatgct
cgctctcttctggtgtggtgtgttgttcaaggagaacagggtgttgcatg
cctgtaatgtcagcactcaagaggctgaggcagaactgctctaagttaga
ggacagcctgggctatgtagggagtgcaaggatagcttagatacaaaggg
aaaaccagtccaaaacaaaacagaaaaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaca
agacaaaggagggaggtgttgtttccattcaaaggacagacagacatatg
ctaacagcaacagcaacaatgctggagtagatggccaggggtcgagtgct
cgctcactgctggtaagcagccatgcagcaggacctgtagaagaatcaga
attccaatttcccagcatctgtgtttgggcttgcaaacaccaccaagact
ctagtttccagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_134950519_134951648
seq2: B6Ng01-163A15.b_39_1164 (reverse)

seq1  TGTGTT-TATGCTTTGCTATTTTACATACAGGATATGACTGTCAGAGGTG  49
      |||||| ||||||| ||||||||||| ||  |||||||  || |||||||
seq2  TGTGTTATATGCTTGGCTATTTTACA-ACCAGATATGAACGTAAGAGGTG  49

seq1  TTAGTATCCGAGGGGTCCTTGAAC-TCCCATGGTCATCTTTGGCTATGTA  98
      ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||
seq2  TTAGTTTCCGAGGGGTCCTTGAACTTCCAATGGTCATC-TTGGCTATGTA  98

seq1  GCAAGTTCGAGGCCAGCCTGAGATAGATAGTCTGACTGACTCAGGCCCAT  148
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGTTCGAGGCCAG-CTGAGATAGATAGTCTGACTGACTCAGGCCCAT  147

seq1  CCCTGGGAACACCACCTGGGTGTTCATACTTCTAAAGCCTGTTTGTGCAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGAACACCACCTGGGTGTTCATACTTCTAAAGCCTGTTTGTGCAA  197

seq1  CTGCGGGGGTGGGGGTGGGGTTAGGAAGGGATGAATGTCCCATCCGTTGA  248
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGGGGT-GGGGTGGGGTTAGGAAGGGATGAATGTCCCATCCGTTGA  246

seq1  GCGCCTGAGGCTTTTGGAGGAATTCAGCTGAAGGCGTAGGCTGCTCGCAG  298
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCG-CTGAGGCTTTTGGAGGAATTCAGCTGAAGGCGTAGGCTGCTCGCAG  295

seq1  GATCACTGCTAATGTCTCTAGGACCAGACACTGCAGCTGGATGAGGGAGG  348
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTGCT-ATGTCTCTAGGACCAGACACTGCAGCTGGATGAGGGAGG  344

seq1  AACAGAGAGGAATCTGCCTTTGTCCTCTGGGCATCCTTCAGGTCTGCAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGAGGAATCTGCCTTTGTCCTCTGGGCATCCTTCAGGTCTGCAGC  394

seq1  TGGAAAGAGAGCTAAGGTGTGGCTCCCAGAACTGAGAGGACTAGAGGGGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGAGAGCTAAGGTGTGGCTCCCAGAACTGAGAGGACTAGAGGGGC  444

seq1  TGGCCTTCTCGAGAAGTTCTGGGTGAAAGGGTCCACCATGCCCAGTGGTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTTCTCGAGAAGTTCTGGGTGAAAGGGTCCACCATGCCCAGTGGTA  494

seq1  GGAAGAATTTTAAAATTTCAAGGCAGCATGCCCTAAAAATTGTCACAGCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAATTTTAAAATTTCAAGGCAGCATGCCCTAAAAATTGTCACAGCA  544

seq1  GGTCCTAGACACAGGTTTCTCCAAAAGGGGGCACTGACATTATTAAGTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTAGACACAGGTTTCTCCAAAAGGGGGCACTGACATTATTAAGTAA  594

seq1  TTGCTGCTGATCGATAAATCAGGGAGTGGTAGATCAGAGACACGAGGTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCTGATCGATAAATCAGGGAGTGGTAGATCAGAGACACGAGGTTT  644

seq1  AAACCACATGCAGACACTGGGCACAGTGTAGGGTAAAGTCCCTGCTGGTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACATGCAGACACTGGGCACAGTGTAGGGTAAAGTCCCTGCTGGTC  694

seq1  GTCCCCTCCTCAGTTCTGGCACAAGGTCAGCTGGGTTTCTAGATCCTCAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCTCCTCAGTTCTGGCACAAGGTCAGCTGGGTTTCTAGATCCTCAT  744

seq1  CATTCCCCAAGGTGCCCCGTTCTTACACCTCCCACTCTGCTGCCACTGGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCCAAGGTGCCCCGTTCTTACACCTCCCACTCTGCTGCCACTGGG  794

seq1  ACCCTGGCTTGGGGGTCTCATCAGCTCAGGCATGCCTGGCACAGACAGGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGCTTGGGGGTCTCATCAGCTCAGGCATGCCTGGCACAGACAGGA  844

seq1  GGTCCTGAGAACAGGCTCCAGACTAGCTATAGAACAAGCCTTGTCTCAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTGAGAACAGGCTCCAGACTAGCTATAGAACAAGCCTTGTCTCAGA  894

seq1  GACAGACACACCCTCTTTTCCACCCTCAGACCGAGCTGTAAAGTTGCCGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACACACCCTCTTTTCCACCCTCAGACCGAGCTGTAAAGTTGCCGG  944

seq1  AGAGCTTTGGACCACAGAACTTCTCCTGGACCTGCCACCCTGCAGCTGGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTTTGGACCACAGAACTTCTCCTGGACCTGCCACCCTGCAGCTGGC  994

seq1  TCCACCTTCCCCGGTGCCGCACTGAGTGGGGGAACATGGAGCCCCACTAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTTCCCCGGTGCCGCACTGAGTGGGGGAACATGGAGCCCCACTAC  1044

seq1  AGGTAAGTGACTCAGCTCTGGCCCCCTCCCTCCCTGACTTTCTGCCTCCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGTGACTCAGCTCTGGCCCCCTCCCTCCCTGACTTTCTGCCTCCT  1094

seq1  GCCTACCTAGCCTCACTGTGGATCAGGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCTAGCCTCACTGTGGATCAGGAATTC  1126

seq1: chr4_134824000_134825111
seq2: B6Ng01-163A15.g_68_1179

seq1  GAATTCACCCTGCAGGTTAACGTCCTATAAAAACCCCTCCCAATTCCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCCTGCAGGTTAACGTCCTATAAAAACCCCTCCCAATTCCAGA  50

seq1  AGCTTGGGACTACTGCAGATAGTGATAACCTAATTCAAACGATAGTACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGGGACTACTGCAGATAGTGATAACCTAATTCAAACGATAGTACAT  100

seq1  AAAGTTTAAATTATGACCCATAAAACTAAGTCCAGCAGAGAGATTACCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTAAATTATGACCCATAAAACTAAGTCCAGCAGAGAGATTACCTC  150

seq1  CTACTTAGATAAGAAATACACCACTTCATACAGATGCAGCCAAAGTGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTAGATAAGAAATACACCACTTCATACAGATGCAGCCAAAGTGGAG  200

seq1  AAACAGTGGTGTCAACACAAACTGGGCCATAAAAGCAAAACAAAACTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTGGTGTCAACACAAACTGGGCCATAAAAGCAAAACAAAACTCCA  250

seq1  ACTCCTGATTACTCTCTATCTGTGTGTAATCCCTGCACTCCGGGGGCTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGATTACTCTCTATCTGTGTGTAATCCCTGCACTCCGGGGGCTGA  300

seq1  GGAGAGACAACTGCCACAAATTTAAGGTTAGCCTGGGCTACAGAGTAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGACAACTGCCACAAATTTAAGGTTAGCCTGGGCTACAGAGTAAGG  350

seq1  CCCTGTCTCAAATGACTATATAAACCAAAAGAGGGTGACCTCAGGCACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTCTCAAATGACTATATAAACCAAAAGAGGGTGACCTCAGGCACAC  400

seq1  AGGTCAGTAATCACCTCTCTGCTCCTTTCATTTGTGCTTCCTGAGTTAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGTAATCACCTCTCTGCTCCTTTCATTTGTGCTTCCTGAGTTAAT  450

seq1  TTTTATTCACCTTTACAAAAGCAGAAATCTTGGACCCTAACTACAGATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCACCTTTACAAAAGCAGAAATCTTGGACCCTAACTACAGATAC  500

seq1  AGCCAAGAAGATACATTGGTAGAAAATGTGGCAGATACACAAAAAGATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGAAGATACATTGGTAGAAAATGTGGCAGATACACAAAAAGATCA  550

seq1  GAAATACTAAACTATGAAGGAAAAGAGGTTAAATAGGTCTGGAAAGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTAAACTATGAAGGAAAAGAGGTTAAATAGGTCTGGAAAGATGG  600

seq1  CTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAAGTCTTGAGTTCAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCAGAAGTCTTGAGTTCAATT  650

seq1  CCCAGCAACCACATAGTGGCTCACGACCATCTGTAATGGGATCTGATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCAACCACATAGTGGCTCACGACCATCTGTAATGGGATCTGATGCT  700

seq1  CGCTCTCTTCTGGTGTGGTGTGTTGTTCAAGGAGAACAGGGTGTTGCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCTCTTCTGGTGTGGTGTGTTGTTCAAGGAGAACAGGGTGTTGCATG  750

seq1  CCTGTAATGTCAGCACTCAAGAGGCTGAGGCAGAACTGCTCTAAGTTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTAATGTCAGCACTCAAGAGGCTGAGGCAGAACTGCTCTAAGTTAGA  800

seq1  GGACAGCCTGGGCTATGTAGGGAGTGCAAGGATAGCTTAGATACAAAGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCCTGGGCTATGTAGGGAGTGCAAGGATAGCTTAGATACAAAGGG  850

seq1  AAAACCAGTCCAAAAACAAAAACAAGAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAA  900
      ||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGTCC-AAAACAAAA--CAGAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAA  897

seq1  AACAAAGACAAAAAGGAGGGAGGTGTTGTTTCCAATTCAAAGGACAGACA  950
      |   |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  A--CAAGAC--AAAGGAGGGAGGTGTTGTTTCC-ATTCAAAGGACAGAC-  941

seq1  AGACATATGCTAACAGCAACAGCAACAATGCTGGAG-AGATGGCCAGGGG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGACATATGCTAACAGCAACAGCAACAATGCTGGAGTAGATGGCCAGGGG  991

seq1  TCGAGTGCTCGCTCACTGCTGGT-AGCAGCCATGCAGCAGGACCTGTAG-  1047
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCGAGTGCTCGCTCACTGCTGGTAAGCAGCCATGCAGCAGGACCTGTAGA  1041

seq1  AGGATCAGAGTTC--AATTCCCAGCATCTGTG-TTGGGC-TGCAAACACC  1093
      || |||||| |||  | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  AGAATCAGAATTCCAATTTCCCAGCATCTGTGTTTGGGCTTGCAAACACC  1091

seq1  ACC-AGACTCTAG-TTCCAGG  1112
      ||| ||||||||| |||||||
seq2  ACCAAGACTCTAGTTTCCAGG  1112