BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-164P03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 99,577,751 - 99,706,067
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC020077, Pgm2
Upstream geneUsp1, Dock7, Angptl3, LOC665193, Atg4c, LOC665212, LOC638890, LOC100042589, Foxd3, Alg6, Itgb3bp
Downstream geneRor1, Ube2u, LOC277707, LOC621573, Cachd1, LOC100039747
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-164P03.bB6Ng01-164P03.g
ACCDH957137DH957138
length1,1631,090
definitionDH957137|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164P03, 5' end.DH957138|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-164P03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,704,914 - 99,706,067)(99,577,751 - 99,578,839)
sequence
gaattccctcttcttggagcctgccttccagtggggccagacagatggca
aacaaagaatatgcaataggtctcattacaagttggaaagagaaaagtca
ccgtggaaaggaaccagagggtaatgggatatgttgttgtattatagaaa
gagcctctctggcaaggtgggctttgaaagcactgagggaaggaagcagg
aaagaggttctgggtggggctactagaagcttggtggctagcaagccggg
gcagctgagtgagcagagtgcatgatgggaagtggagtcaagaaagatag
tattcccaaaccagccctcctgcggtgagggagagtgagccaaggcttct
tcctttcaataaacaggagcctgaaccctttcatgggcccaaattaaatc
gcaccccactttgactcaagagtgagggatgttgcctgtttgaccctgag
catgtacccattcacactagctcagcttggcgtagcttctgtagaataat
ctggccctgaactgtatgccatctttagatcagattactgtgtttggggc
tatttcatctcagaactgggcactaatctgcacattgttctttgtttcca
tgagagatggggcaacttggccagcactgccttattcaccggcagctttc
ggttcctcatataaagtctggctgaggtcctccgcctccatccaatgcta
ctacctcatctgcatggactttccaagatctatagaagaataagcttatc
tggcctgggtattgaccgtgaggctggaagtaaaaggaactcccaccagg
caggctagagccagtggaggctcacgtgggcatgggcagccagcgggcag
gctagcagcatggcatggcagaatgggaaggagtagactcttttctaaag
accactgggtaggtgggcaacagggccatggaggaatgttacacacatac
agaaaagcttaggaacagattggctgtgggatctcatggaaggtcaccat
cagcagcagtccaggaactcagcaccattatttacaacaggaataaggca
gccattgtcttaattaccttggcagaggtcttcgtttgggaagcaatctt
caggtgtagtcacccagaaagcctagacctgtggcctgatagacctctgc
aattgaataccaa
gaattcttagtgctcatgagaaaactcccaagtgaacaagacaagagtct
tgtgatctcagtttcttcaaaaacatggaattgttcttggaattgttctt
gcttctatgccccacccaggggtagccgataggagtgaggttacttcaga
ttattcattatggctggctgttgttatttgtttacatgcctctacggaaa
aacgcgatttcgctatgtgtggcttgccctattgattgaacatcttactc
atgtgattcttcttaactctcagagtttaaattggctgatgctctgaata
aagttggctagtgcatgagactttaatgtgcctaatttttaggtcccgct
ttcccaggctcaggccaccaacctattttaaattggagatggctgtttga
attgtcaaaatcttagttataaatcaaggaacttcatcctaagagaaaga
agattctctgagaataagaaggatgtgtctacagagagttaagaatgctt
gtttttgttttgttttgatttttgtttttttttttttttgtttgtctgtt
ttatagtgcttgggttaatatttataagacactggaaacagtgactgact
gataaagcactctgtatgtgatgtactagtcaatgacgtaatgagcaggt
acacagttaaataatactctaagtccaaaggacgagggaaattaggcctt
cttaagttctgtgtcatgtttaaaatacaggatttaagtgtttgagctcg
accacatactaagtaataagatttctttatactcttaacctggtattcat
tttctcatacatcagtcaactttttaatatttagcttatgtgtacaaatg
ttttggttgcatgtatgattgtgtaccacatgcatgccttgtatccatag
aagtcagaagaggggtcagatcccttggcactagaatcacagatgatggt
gaaccaccatggggggtgctgggaaatgatccaggacctctgggagagca
ggcgggggctctaactgctgggctatctcctcagctcaccactaaagacc
ccttaaaagttccggggatccatcccatatcagcttccaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_99704914_99706067
seq2: B6Ng01-164P03.b_46_1208 (reverse)

seq1  TTGGTA-TCATATGCAGATG-CTATCA-GCCACAGCTCT-GGCTTCCTGG  46
      |||||| |||  |||||| | |||||| ||||||| ||| ||||| ||||
seq2  TTGGTATTCAATTGCAGAGGTCTATCAGGCCACAGGTCTAGGCTTTCTGG  50

seq1  GTGACTACAACCTG-AGATTGC-TCCCCTACAGAGACCTCCTGCCAAGGT  94
      |||||||| ||||| ||||||| ||||  ||  |||||| ||||||||||
seq2  GTGACTAC-ACCTGAAGATTGCTTCCCAAACGAAGACCT-CTGCCAAGGT  98

seq1  TATT-AGACAATGGCTGCCTTATTCCTGTTGT-AATATTGGTGCTGAGTT  142
       ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
seq2  AATTAAGACAATGGCTGCCTTATTCCTGTTGTAAATAATGGTGCTGAGTT  148

seq1  CCTGGACTGCTGCTGATGGTGAACCTCCATGAGATCCCACAGCCAATCTG  192
      |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGACTGCTGCTGATGGTGACCTTCCATGAGATCCCACAGCCAATCTG  198

seq1  TTCCT-AGCTTTTCTGTATGTGTGTACCATTCCTCCAT-GCCCTGTTGCC  240
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TTCCTAAGCTTTTCTGTATGTGTGTAACATTCCTCCATGGCCCTGTTGCC  248

seq1  CACCTACCCAGTGGTCTTTAG-AAAGAGTCTACTCCTTCCCATTCTGCCA  289
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACCCAGTGGTCTTTAGAAAAGAGTCTACTCCTTCCCATTCTGCCA  298

seq1  TGCCATGCTGCTAGCCTGCCCGCTGGCTGCCCATGCCCACGTGAGCCTCC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGCTGCTAGCCTGCCCGCTGGCTGCCCATGCCCACGTGAGCCTCC  348

seq1  ACTGGCTCTAGCCTGCCTGGTGGGAGTTCCTTTTACTTCCAGCCTCACGG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTCTAGCCTGCCTGGTGGGAGTTCCTTTTACTTCCAGCCTCACGG  398

seq1  TCAATACCCAGGCCAGATAAGCTTATTCTTCTATAGATCTTGGAAAGTCC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATACCCAGGCCAGATAAGCTTATTCTTCTATAGATCTTGGAAAGTCC  448

seq1  ATGCAGATGAGGTAGTAGCATTGGATGGAGGCGGAGGACCTCAGCCAGAC  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGATGAGGTAGTAGCATTGGATGGAGGCGGAGGACCTCAGCCAGAC  498

seq1  TTTATATGAGGAACCGAAAGCTGCCGGTGAATAAGGCAGTGCTGGCCAAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGAGGAACCGAAAGCTGCCGGTGAATAAGGCAGTGCTGGCCAAG  548

seq1  TTGCCCCATCTCTCATGGAAACAAAGAACAATGTGCAGATTAGTGCCCAG  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCATCTCTCATGGAAACAAAGAACAATGTGCAGATTAGTGCCCAG  598

seq1  TTCTGAGATGAAATAGCCCCAAACACAGTAATCTGATCTAAAGATGGCAT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGATGAAATAGCCCCAAACACAGTAATCTGATCTAAAGATGGCAT  648

seq1  ACAGTTCAGGGCCAGATTATTCTACAGAAGCTACGCCAAGCTGAGCTAGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCAGGGCCAGATTATTCTACAGAAGCTACGCCAAGCTGAGCTAGT  698

seq1  GTGAATGGGTACATGCTCAGGGTCAAACAGGCAACATCCCTCACTCTTGA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATGGGTACATGCTCAGGGTCAAACAGGCAACATCCCTCACTCTTGA  748

seq1  GTCAAAGTGGGGTGCGATTTAATTTGGGCCCATGAAAGGGTTCAGGCTCC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAGTGGGGTGCGATTTAATTTGGGCCCATGAAAGGGTTCAGGCTCC  798

seq1  TGTTTATTGAAAGGAAGAAGCCTTGGCTCACTCTCCCTCACCGCAGGAGG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATTGAAAGGAAGAAGCCTTGGCTCACTCTCCCTCACCGCAGGAGG  848

seq1  GCTGGTTTGGGAATACTATCTTTCTTGACTCCACTTCCCATCATGCACTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTTGGGAATACTATCTTTCTTGACTCCACTTCCCATCATGCACTC  898

seq1  TGCTCACTCAGCTGCCCCGGCTTGCTAGCCACCAAGCTTCTAGTAGCCCC  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCACTCAGCTGCCCCGGCTTGCTAGCCACCAAGCTTCTAGTAGCCCC  948

seq1  ACCCAGAACCTCTTTCCTGCTTCCTTCCCTCAGTGCTTTCAAAGCCCACC  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAACCTCTTTCCTGCTTCCTTCCCTCAGTGCTTTCAAAGCCCACC  998

seq1  TTGCCAGAGAGGCTCTTTCTATAATACAACAACATATCCCATTACCCTCT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCAGAGAGGCTCTTTCTATAATACAACAACATATCCCATTACCCTCT  1048

seq1  GGTTCCTTTCCACGGTGACTTTTCTCTTTCCAACTTGTAATGAGACCTAT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTTTCCACGGTGACTTTTCTCTTTCCAACTTGTAATGAGACCTAT  1098

seq1  TGCATATTCTTTGTTTGCCATCTGTCTGGCCCCACTGGAAGGCAGGCTCC  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATTCTTTGTTTGCCATCTGTCTGGCCCCACTGGAAGGCAGGCTCC  1148

seq1  AAGAAGAGGGAATTC  1154
      |||||||||||||||
seq2  AAGAAGAGGGAATTC  1163

seq1: chr4_99577751_99578839
seq2: B6Ng01-164P03.g_67_1156

seq1  GAATTCTTAGTGCTCATGAGAAAACTCCCAAGTGAACAAGACAAGAGTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGTGCTCATGAGAAAACTCCCAAGTGAACAAGACAAGAGTCT  50

seq1  TGTGATCTCAGTTTCTTCAAAAACATGGAATTGTTCTTGGAATTGTTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATCTCAGTTTCTTCAAAAACATGGAATTGTTCTTGGAATTGTTCTT  100

seq1  GCTTCTATGCCCCACCCAGGGGTAGCCGATAGGAGTGAGGTTACTTCAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTATGCCCCACCCAGGGGTAGCCGATAGGAGTGAGGTTACTTCAGA  150

seq1  TTATTCATTATGGCTGGCTGTTGTTATTTGTTTACATGCCTCTACGGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCATTATGGCTGGCTGTTGTTATTTGTTTACATGCCTCTACGGAAA  200

seq1  AACGCGATTTCGCTATGTGTGGCTTGCCCTATTGATTGAACATCTTACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCGATTTCGCTATGTGTGGCTTGCCCTATTGATTGAACATCTTACTC  250

seq1  ATGTGATTCTTCTTAACTCTCAGAGTTTAAATTGGCTGATGCTCTGAATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATTCTTCTTAACTCTCAGAGTTTAAATTGGCTGATGCTCTGAATA  300

seq1  AAGTTGGCTAGTGCATGAGACTTTAATGTGCCTAATTTTTAGGTCCCGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGCTAGTGCATGAGACTTTAATGTGCCTAATTTTTAGGTCCCGCT  350

seq1  TTCCCAGGCTCAGGCCACCAACCTATTTTAAATTGGAGATGGCTGTTTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGCTCAGGCCACCAACCTATTTTAAATTGGAGATGGCTGTTTGA  400

seq1  ATTGTCAAAATCTTAGTTATAAATCAAGGAACTTCATCCTAAGAGAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCAAAATCTTAGTTATAAATCAAGGAACTTCATCCTAAGAGAAAGA  450

seq1  AGATTCTCTGAGAATAAGAAGGATGTGTCTACAGAGAGTTAAGAATGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTCTGAGAATAAGAAGGATGTGTCTACAGAGAGTTAAGAATGCTT  500

seq1  GTTTTTGTTTTGTTTTGATTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTGTTTGTCTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTGTTTTGTTTTGATTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTGTTTGTCTGTT  550

seq1  TTATAGTGCTTGGGTTAATATTTATAAGACACTGGAAACAGTGACTGACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTGCTTGGGTTAATATTTATAAGACACTGGAAACAGTGACTGACT  600

seq1  GATAAAGCACTCTGTATGTGATGTACTAGTCAATGACGTAATGAGCAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAGCACTCTGTATGTGATGTACTAGTCAATGACGTAATGAGCAGGT  650

seq1  ACACAGTTAAATAATACTCTAAGTCCAAAGGACGAGGGAAATTAGGCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTTAAATAATACTCTAAGTCCAAAGGACGAGGGAAATTAGGCCTT  700

seq1  CTTAAGTTCTGTGTCATGTTTAAAATACAGGATTTAAGTGTTTGAGCTCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTTCTGTGTCATGTTTAAAATACAGGATTTAAGTGTTTGAGCTCG  750

seq1  ACCACATACTAAGTAATAAGATTTCTTTATACTCTTAACCTGGTATTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACATACTAAGTAATAAGATTTCTTTATACTCTTAACCTGGTATTCAT  800

seq1  TTTCTCATACATCAGTCAACTTTTTAATATTTAGCTTATGTGTACAAATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCATACATCAGTCAACTTTTTAATATTTAGCTTATGTGTACAAATG  850

seq1  TTTTGGTTGCATGTATGATTGTGTACCACATGCATGCCTTGTATCCATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGTTGCATGTATGATTGTGTACCACATGCATGCCTTGTATCCATAG  900

seq1  AAGTCAGAAGAAGGTGTCAGATCCCTTGGCACTAGAATCACAGATGATGG  950
      |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGAAG-AGGGGTCAGATCCCTTGGCACTAGAATCACAGATGATGG  949

seq1  TGAACCACCAT-GTGGGTGCTGGGAAATGAATCCAGGACCTCTGGAAGAG  999
      ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  TGAACCACCATGGGGGGTGCTGGGAAATG-ATCCAGGACCTCTGGGAGAG  998

seq1  CAAGC-GGTGCTCTTAACTGCTGGGCTATCTCTCCAGCTCA-CACTAAAG  1047
      || || || |||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||
seq2  CAGGCGGGGGCTC-TAACTGCTGGGCTATCTCCTCAGCTCACCACTAAAG  1047

seq1  A-CACTTAAAAG-TCCGGGGATCCATCCCATAATCAGCTTCCAA  1089
      | | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACCCCTTAAAAGTTCCGGGGATCCATCCCAT-ATCAGCTTCCAA  1090