BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166P18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 87,756,134 - 87,905,886
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC057079
Upstream geneSlc24a2, Mllt3
Downstream genePtplad2, Ifnb1, OTTMUSG00000007655, Ifna14, Ifna9, Mrpl48-ps, Ifna12, C87499, Ifna13, LOC546834, OTTMUSG00000011275, Ifna2, Ifnab, LOC546835, Klhl9, LOC100040477, Ifnz, LOC100041062, EG545645, LOC668147, OTTMUSG00000011291, OTTMUSG00000011290, OTTMUSG00000011265, Ifnz, OTTMUSG00000011269, OTTMUSG00000011270, OTTMUSG00000011272, OTTMUSG00000011268, OTTMUSG00000011273, OTTMUSG00000011282, OTTMUSG00000011285, OTTMUSG00000011289, Ifna7, Ifna11, Ifna6, Ifna5, Ifna4, Ifna1, Ifne1, LOC100040617, Mtap, LOC625574
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166P18.bB6Ng01-166P18.g
ACCDH958604DH958605
length5051,089
definitionDH958604|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166P18, 5' end.DH958605|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166P18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,905,376 - 87,905,886)(87,756,134 - 87,757,219)
sequence
caggaggaaagtaactgcattaagtcacgcattggatatggagtaaaaaa
ataagaagcaagccaatgtcagatatgtgtccatggaggagatagtgtgg
aagagcacttacatactcaatattcccaaacctttggaatttccaataca
tgagtattcaactgtacaggaaaagtggttatcacagcataagagagcac
agtgcggaattatttacgctcatgcaatttctaagagtcttgaaaacttt
tcacaagttggcatctaacatcatgaatttgagagttgtgacagacttat
ttgctaatatatggaaaatattgctagtttaatataaaactgctaaaaca
gtctactatgtttatactgtgagataaaatgtcattgcaagatctacaat
catccattttataaaatatatagacaatgcctaaaagtgcttaaaacact
atatatatacacacacgtatatatgtatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgtg
gaattctcttatgatagaaaatgggttgggggtggtggtgcgcgccttta
acctcagtacaggagtagtagagacaggtgggtctctgaggtattggtca
agctggtctacatactgagtttcactccagccaaggctacattgtgagaa
tttggctcaagaaaaatatgaaactgcaaacaaacccaataacagcagca
acagcagcaacaacaacaacaacaacaacaacacaaacaaacaaaacaca
cacacacacaccaagtcctgtagttaaaaagagcctaagattcccattca
aaccatagttaactttaaactcacatgatcaaaaatacacctgggacttt
cttgaggttgggctgctctagcagggtagggagtctcagggagatggaag
ggagaagatgaatcagctgattggacaacatgggcaagaacgcttgggaa
taagaggtttagtctcaggtggggaagtgtttgaggggttgaaggagtga
gctgaaactcagtaaggctgaagactggattacattaggcctttgggttg
tggtaaggagttgagttttgtttttaaagtgcagtggggacctactgaac
agttttgagctggagttatagatggtttttagctgcctgatgtaggtgct
gggacaaacaggtgttcataccctaagccagattttcagccttgcaggat
agtttctatgatttctaaccttttgtgattattgttactttgtattgcac
ttgtgagatattctctgggtccattttgggatacattaaatcatgttaac
aatagataaatttactataaattctgcttttgatttggtctgctttagcc
agctaaggatgccagttaaaaccactaagctatacttttctattctgcat
gaatttagtatttcatttttatgaagaaatacaaatgaggttgattggtc
acttttgtagtcatcaacaacactgccaccaagccttgtatttgggtcac
agggattcttccagagtaagctttatttggatgtgagaaataatccaaga
atctgaaaaatatagccggttgtccttcctcctttgaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_87905376_87905886
seq2: B6Ng01-166P18.b_47_557 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACATATACATATATACGTGTGTGTATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACATATACATATATACGTGTGTGTATA  50

seq1  TATATAGTGTTTTAAGCACTTTTAGGCATTGTCTATATATTTTATAAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGTGTTTTAAGCACTTTTAGGCATTGTCTATATATTTTATAAAAT  100

seq1  GGATGATTGTAGATCTTGCAATGACATTTTATCTCACAGTATAAACATAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGATTGTAGATCTTGCAATGACATTTTATCTCACAGTATAAACATAG  150

seq1  TAGACTGTTTTAGCAGTTTTATATTAAACTAGCAATATTTTCCATATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTGTTTTAGCAGTTTTATATTAAACTAGCAATATTTTCCATATATT  200

seq1  AGCAAATAAGTCTGTCACAACTCTCAAATTCATGATGTTAGATGCCAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATAAGTCTGTCACAACTCTCAAATTCATGATGTTAGATGCCAACT  250

seq1  TGTGAAAAGTTTTCAAGACTCTTAGAAATTGCATGAGCGTAAATAATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAAAGTTTTCAAGACTCTTAGAAATTGCATGAGCGTAAATAATTCC  300

seq1  GCACTGTGCTCTCTTATGCTGTGATAACCACTTTTCCTGTACAGTTGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTGCTCTCTTATGCTGTGATAACCACTTTTCCTGTACAGTTGAAT  350

seq1  ACTCATGTATTGGAAATTCCAAAGGTTTGGGAATATTGAGTATGTAAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGTATTGGAAATTCCAAAGGTTTGGGAATATTGAGTATGTAAGTG  400

seq1  CTCTTCCACACTATCTCCTCCATGGACACATATCTGACATTGGCTTGCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCCACACTATCTCCTCCATGGACACATATCTGACATTGGCTTGCTT  450

seq1  CTTATTTTTTTACTCCATATCCAATGCGTGACTTAATGCAGTTACTTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTTTTTTACTCCATATCCAATGCGTGACTTAATGCAGTTACTTTCC  500

seq1  TCCTGGAATTC  511
      |||||||||||
seq2  TCCTGGAATTC  511

seq1: chr4_87756134_87757219
seq2: B6Ng01-166P18.g_70_1158

seq1  GAATTCTCTTATGATAGAAAATGGGTTGGGGGTGGTGGTGCGCGCCTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTATGATAGAAAATGGGTTGGGGGTGGTGGTGCGCGCCTTTA  50

seq1  ACCTCAGTACAGGAGTAGTAGAGACAGGTGGGTCTCTGAGGTATTGGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGTACAGGAGTAGTAGAGACAGGTGGGTCTCTGAGGTATTGGTCA  100

seq1  AGCTGGTCTACATACTGAGTTTCACTCCAGCCAAGGCTACATTGTGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTCTACATACTGAGTTTCACTCCAGCCAAGGCTACATTGTGAGAA  150

seq1  TTTGGCTCAAGAAAAATATGAAACTGCAAACAAACCCAATAACAGCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCTCAAGAAAAATATGAAACTGCAAACAAACCCAATAACAGCAGCA  200

seq1  ACAGCAGCAACAACAACAACAACAACAACAACACAAACAAACAAAACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGCAACAACAACAACAACAACAACAACACAAACAAACAAAACACA  250

seq1  CACACACACACCAAGTCCTGTAGTTAAAAAGAGCCTAAGATTCCCATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACCAAGTCCTGTAGTTAAAAAGAGCCTAAGATTCCCATTCA  300

seq1  AACCATAGTTAACTTTAAACTCACATGATCAAAAATACACCTGGGACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAGTTAACTTTAAACTCACATGATCAAAAATACACCTGGGACTTT  350

seq1  CTTGAGGTTGGGCTGCTCTAGCAGGGTAGGGAGTCTCAGGGAGATGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGTTGGGCTGCTCTAGCAGGGTAGGGAGTCTCAGGGAGATGGAAG  400

seq1  GGAGAAGATGAATCAGCTGATTGGACAACATGGGCAAGAACGCTTGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGATGAATCAGCTGATTGGACAACATGGGCAAGAACGCTTGGGAA  450

seq1  TAAGAGGTTTAGTCTCAGGTGGGGAAGTGTTTGAGGGGTTGAAGGAGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGTTTAGTCTCAGGTGGGGAAGTGTTTGAGGGGTTGAAGGAGTGA  500

seq1  GCTGAAACTCAGTAAGGCTGAAGACTGGATTACATTAGGCCTTTGGGTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAACTCAGTAAGGCTGAAGACTGGATTACATTAGGCCTTTGGGTTG  550

seq1  TGGTAAGGAGTTGAGTTTTG-TTTTAAAGTGCAGTGGGGACCTACTGAAC  599
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAAGGAGTTGAGTTTTGTTTTTAAAGTGCAGTGGGGACCTACTGAAC  600

seq1  AGTTTTGAGCTGGAGTTATAGATGGTTTTTAGCTGCCTGATGTAGGTGCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGAGCTGGAGTTATAGATGGTTTTTAGCTGCCTGATGTAGGTGCT  650

seq1  GGGACAAACAGGTGTTCATACCCTAAGCCAGATTTTCAGCCTTGCAGGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAAACAGGTGTTCATACCCTAAGCCAGATTTTCAGCCTTGCAGGAT  700

seq1  AG-TTCTATGATTTCTAACC-TTTGTGATTATTGTTACTTTGTATTGCAC  747
      || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTATGATTTCTAACCTTTTGTGATTATTGTTACTTTGTATTGCAC  750

seq1  TTGTGAGATATTCTCTGGGTCCATTTTGGGATACATT-AATCATGTTAAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGTGAGATATTCTCTGGGTCCATTTTGGGATACATTAAATCATGTTAAC  800

seq1  AATAGATAAATTTACTATAAAATTCTGCTTTTGATTTGGTCTGCTTTTAG  846
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATAGATAAATTTACTAT-AAATTCTGCTTTTGATTTGGTCTGC-TTTAG  848

seq1  TCAGCTAAGGATGCCAGTTAAAACCACTAAGCTATAACTTTTCTATTCTG  896
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCAGCTAAGGATGCCAGTTAAAACCACTAAGCTAT-ACTTTTCTATTCTG  897

seq1  CATGAATTTAGTAATTTAATTTTATG-AGAAATAACAAATGAGGTTGATT  945
      ||||||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  CATGAATTTAGTATTTCATTTTTATGAAGAAAT-ACAAATGAGGTTGATT  946

seq1  GGTCAC-TTTGTAGCAATCAACAAACACTGCCACTAAG-CTTGTATTTGG  993
      |||||| |||||||  |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||
seq2  GGTCACTTTTGTAGTCATCAAC-AACACTGCCACCAAGCCTTGTATTTGG  995

seq1  TCTACA-GGATTCTTTCCAAGAGTAAAGCCTTATTTTGATGTGAGAAATA  1042
         ||| ||||||||  | ||||| |||| |||||| |||||||||||||
seq2  GTCACAGGGATTCTT--CCAGAGT-AAGCTTTATTTGGATGTGAGAAATA  1042

seq1  A-CCAAGAAACTGAAAAATTATGCTGGTTGTCTTTC--TCTTTGAAA  1086
      | ||||||| |||||||||   || ||||||| |||   ||||||||
seq2  ATCCAAGAATCTGAAAAATATAGCCGGTTGTCCTTCCTCCTTTGAAA  1089