BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168F05
Chromosome4 (Build37)
Map Location 109,868,408 - 110,065,938
singlet/doubletdoublet
Overlap geneElavl4
Upstream geneCalr4, Eps15, LOC666144, 4922503N01Rik, Rnf11, 4930522H14Rik, Cdkn2c, LOC100040307, Faf1, Dmrta2
Downstream geneLOC100040381
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168F05.bB6Ng01-168F05.g
ACCDH959592DH959593
length1,1581,170
definitionDH959592|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168F05, 5' end.DH959593|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168F05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,868,408 - 109,869,581)(110,064,747 - 110,065,938)
sequence
gaattcttaagagagactcttagattttgagataggcatgaactagacaa
ataaataataatgaaataaacatttgtatatttattactacctgccaggc
agtgcttaagcactaacacattattaatttgttcctctcaatcccttgaa
ctttggacttttaacattgttgtgactgctatagactatgagtactttga
aagttggaataaatgcattttgcattatgctatgtttaagtatggccccc
atagactcatgtttttgaacaagtctatggggaccagggagtggaatgtg
atggtttgtatatccttggaccagggagtggcaccatctgaaggtatggc
cttgttggaataggtgtgacctggttggaatgggtgtgtcactgtgggta
tgggtataagatcctcaccctagttgcctggaagtcagtcttccactagc
agcttttggatgaagacatagaactctcagctctgcctgtgccatgcctg
cctggatactgacatgcttccaccttgatggtaatggactgaacttctga
acatgtaagccagccccaattaaatgttgctttttataagacttgctttg
gtcatggtgtctgttcacagcaataaaaccctaactaagacagaagttta
ttcagagtgggcactagtatcatttatattttgtagaatggagtgtctca
gctctctttcttttgcctttttataaaatatggatttttcaacaaattgt
gctgtgtttatccacattaggaagggtaatcttgcttactaattacttac
tgattcttatgaattcttactgattcaaatgccagtttcctccagtcaca
gacatactaagaaacaacatactgtgactgggtcagtcagctctctcttg
ctgtaactgatacccaagataaccagcttataaagagaaaaggctcattc
tggctcacagtttcagagtgtcagtctattagctgactccattactttta
ggcctgaagcatggagccagtcgtagtggagttaatggcagatgaaaaac
aaacaaacaaacaaacaatcaagacaaattgctaaaacaacaaaaaattc
attgttttctggatgtccaggaagcaggaggaaagaaagagaaaggagac
tcaaatcc
gaattccatattcaaaccataacaagtgtgatcagccaggtaaaaagtaa
aatgggaataagaaagaaaatcacttctaaatccaatttgtcatttatat
ctgctttagttacattggtttggctatgtagaaatgccttaaattagctt
ctcagtatagattttttttaactaccctattttaaagctctaaagattat
ttgtggaattctttttaatgccttagagttttatattttacatctttgac
ccaattgaatgtatgttgatataagttaggaaacatggctcttgtctttt
ttccatggtgactatgctattacccaaacaaaacctgctttaaaaaatcc
actcattgccctacagatttgaggtgtcatcttaataattttctaaatta
cagtgtttgtattgattgctgaactttttattccatctcactgacatata
tatgaactcatgcaaagttaatcaatccactttaaaggtcttttgacatt
ctctaatgacagggaagacttgtcccattttccattaatcatttttccat
atttcactgtatattgacatcttcaaaagaacagaacctgggagaaactg
atctgcccaggtttaggtacttctttcagataccaagaggtttcacaatc
tatcttgagtttatagcccaatcacattcttatctaagtctaatgcatct
agctggttttccttctagtctattaggtaccaaacaactagaaccccaac
tcctataggccatttccaccggaattattcaaactagtcagttgctatgg
tatgagaaaaatttattgccatttaatagttttaaaattgggaccttata
ggagaatagaaattggattaatgtcattattgctatagtaaataatcaca
gcagtggagttcacaattaaaaaggatggattcagcccattttcctttgt
ccaagcaaggctgtttctaagactataggttgtcttccacaatctgacat
aagccccatgctgaagacacacctattacccctcataagatagagaatgt
aagtgggtgctatatagagccctcatcacattccaggatctttggtaccg
gacatactcgccacactcttaagagaacttaaactcaagacagtaaatct
tttctacatgtatacggccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_109868408_109869581
seq2: B6Ng01-168F05.b_46_1203

seq1  GAATTCTTAAGAGAGACTCTTAGATTTTGAGATAGGCATGAACTAGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAAGAGAGACTCTTAGATTTTGAGATAGGCATGAACTAGACAA  50

seq1  ATAAATAATAATGAAATAAACATTTGTATATTTATTACTACCTGCCAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAATAATGAAATAAACATTTGTATATTTATTACTACCTGCCAGGC  100

seq1  AGTGCTTAAGCACTAACACATTATTAATTTGTTCCTCTCAATCCCTTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTTAAGCACTAACACATTATTAATTTGTTCCTCTCAATCCCTTGAA  150

seq1  CTTTGGACTTTTAACATTGTTGTGACTGCTATAGACTATGAGTACTTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGACTTTTAACATTGTTGTGACTGCTATAGACTATGAGTACTTTGA  200

seq1  AAGTTGGAATAAATGCATTTTGCATTATGCTATGTTTAAGTATGGCCCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGAATAAATGCATTTTGCATTATGCTATGTTTAAGTATGGCCCCC  250

seq1  ATAGACTCATGTTTTTGAACAAGTCTATGGGGACCAGGGAGTGGAATGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTCATGTTTTTGAACAAGTCTATGGGGACCAGGGAGTGGAATGTG  300

seq1  ATGGTTTGTATATCCTTGGACCAGGGAGTGGCACCATCTGAAGGTATGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTTGTATATCCTTGGACCAGGGAGTGGCACCATCTGAAGGTATGGC  350

seq1  CTTGTTGGAATAGGTGTGACCTGGTTGGAATGGGTGTGTCACTGTGGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGGAATAGGTGTGACCTGGTTGGAATGGGTGTGTCACTGTGGGTA  400

seq1  TGGGTATAAGATCCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATAAGATCCTCACCCTAGTTGCCTGGAAGTCAGTCTTCCACTAGC  450

seq1  AGCTTTTGGATGAAGACATAGAACTCTCAGCTCTGCCTGTGCCATGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTTGGATGAAGACATAGAACTCTCAGCTCTGCCTGTGCCATGCCTG  500

seq1  CCTGGATACTGACATGCTTCCACCTTGATGGTAATGGACTGAACTTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGATACTGACATGCTTCCACCTTGATGGTAATGGACTGAACTTCTGA  550

seq1  ACATGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGCTTTTTATAAGACTTGCTTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGCTTTTTATAAGACTTGCTTTG  600

seq1  GTCATGGTGTCTGTTCACAGCAATAAAACCCTAACTAAGACAGAAGTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTGTCTGTTCACAGCAATAAAACCCTAACTAAGACAGAAGTTTA  650

seq1  TTCAGAGTGGGCACTAGTATCATTTATATTTTGTAGAATGGAGTGTCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGTGGGCACTAGTATCATTTATATTTTGTAGAATGGAGTGTCTCA  700

seq1  GCTCTCTTTCTTTTGCCTTTTTATAAAATATGGATTTTTCAACAAATTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTTCTTTTGCCTTTTTATAAAATATGGATTTTTCAACAAATTGT  750

seq1  GCTGTGTTTATCCACATTAGGAAGGGTAATCTTGCTTACTAATTACTTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTTTATCCACATTAGGAAGGGTAATCTTGCTTACTAATTACTTAC  800

seq1  TGATTCTTATGAATTCTTACTGATTCAAATGCCAGTTTCCTCCAGTCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTTATGAATTCTTACTGATTCAAATGCCAGTTTCCTCCAGTCACA  850

seq1  GACATACTAAGAAACAACATACTGTGACTGGGTCAGTCAGCTCTCTCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACTAAGAAACAACATACTGTGACTGGGTCAGTCAGCTCTCTCTTG  900

seq1  CTGTAACTGATACCCAAGATAACCAGCTTATAAAGAGAAAAGGCTCATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACTGATACCCAAGATAACCAGCTTATAAAGAGAAAAGGCTCATTC  950

seq1  TGGCTCACAGTTTCAGGAGTGTCAGTCTATTAGCTGACTCCATTACTTTT  1000
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCACAGTTTCA-GAGTGTCAGTCTATTAGCTGACTCCATTACTTTT  999

seq1  AGGCCTGAGGCATGGAAGCCAGTCGTAGTGGAAGTAAATGGCAGAGGAAA  1050
      |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||
seq2  AGGCCTGAAGCATGG-AGCCAGTCGTAGTGG-AGTTAATGGCAGATGAAA  1047

seq1  AACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAGACAAAATGCCAAAAACAAA  1100
      ||| |||||||   |||||||   || ||||||||| || | ||||||  
seq2  AAC-AAACAAA--CAAACAAA--CAATCAAGACAAATTG-CTAAAACA--  1089

seq1  CAAAAAAAATCCAATTGTTTTTCTGATGTCCAGGAAGCAAAGAGGGAGAG  1150
       | ||||||| | ||||||||   ||||||||||||||    |||  || 
seq2  -ACAAAAAATTC-ATTGTTTTCTGGATGTCCAGGAAGC----AGGAGGAA  1133

seq1  AGAAAGA-AGAGGAGACTCAAATCC  1174
      ||||||| | |||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGAAAGGAGACTCAAATCC  1158

seq1: chr4_110064747_110065938
seq2: B6Ng01-168F05.g_68_1237 (reverse)

seq1  GGGCTGTATACTATGGTAGAAAAATGATTTGTGACTGTCTTTGTGTTTAT  50
      |||| |||||| || ||||||||  |||||   |||||| ||| ||||| 
seq2  GGGCCGTATAC-AT-GTAGAAAA--GATTT---ACTGTC-TTGAGTTTAA  42

seq1  GTTTCTCTTTTAAGAGTGTGCAGAGTATGTTCCTGTACCAAAGATCTTGG  100
      ||   ||| |||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||| |||
seq2  GT---TCTCTTAAGAGTGTGGCGAGTATG-TCCGGTACCAAAGATCCTGG  88

seq1  AATGTAGAAATGAAGGCTCTATATAGGCACCCACTTAACATCTCTATCTT  150
      |||||    |||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||
seq2  AATGT---GATGAGGGCTCTATATA-GCACCCACTTACATTCTCTATCTT  134

seq1  TAATGAGGGGT-ATAGGTGTTGTCTTCAGCAATGGGGCTTTATTGTCAGT  199
        ||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||   |||||| 
seq2  --ATGAGGGGTAATAGGTG-TGTCTTCAGC-ATGGGGCTT--ATGTCAGA  178

seq1  TTGTGGAGAACAACCTATAGTCTTAGAAACAGCCTGGCTTGGACAAAGGA  249
      |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTGTGGAAGACAACCTATAGTCTTAGAAACAGCCTTGCTTGGACAAAGGA  228

seq1  AAATGGGCTGAATCCATCCTTTTTAATTGTGAACT-CACTGCTGTGATTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AAATGGGCTGAATCCATCCTTTTTAATTGTGAACTCCACTGCTGTGATTA  278

seq1  TTTACTATAGCAATAATGACATTAATCC-ATTTCTATTCTCCTATAAAGG  347
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  TTTACTATAGCAATAATGACATTAATCCAATTTCTATTCTCCTAT-AAGG  327

seq1  TCCCAATTTTTAAAACTATTTAAATGGCAATAAATTTTTCTCATACCATA  397
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAA-TTTTAAAACTA-TTAAATGGCAATAAATTTTTCTCATACCATA  375

seq1  GCAACTGACTAGTTTGAATAATTCCGGTGGAAATGGCCTATAGGAGTTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGACTAGTTTGAATAATTCCGGTGGAAATGGCCTATAGGAGTTGG  425

seq1  GGTTCTAGTTGTTTGGTACCTAATAGACTAGAAGGAAAACCAGCTAGATG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTAGTTGTTTGGTACCTAATAGACTAGAAGGAAAACCAGCTAGATG  475

seq1  CATTAGACTTAGATAAGAATGTGATTGGGCTATAAACTCAAGATAGATTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGACTTAGATAAGAATGTGATTGGGCTATAAACTCAAGATAGATTG  525

seq1  TGAAACCTCTTGGTATCTGAAAGAAGTACCTAAACCTGGGCAGATCAGTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCTCTTGGTATCTGAAAGAAGTACCTAAACCTGGGCAGATCAGTT  575

seq1  TCTCCCAGGTTCTGTTCTTTTGAAGATGTCAATATACAGTGAAATATGGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAGGTTCTGTTCTTTTGAAGATGTCAATATACAGTGAAATATGGA  625

seq1  AAAATGATTAATGGAAAATGGGACAAGTCTTCCCTGTCATTAGAGAATGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGATTAATGGAAAATGGGACAAGTCTTCCCTGTCATTAGAGAATGT  675

seq1  CAAAAGACCTTTAAAGTGGATTGATTAACTTTGCATGAGTTCATATATAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGACCTTTAAAGTGGATTGATTAACTTTGCATGAGTTCATATATAT  725

seq1  GTCAGTGAGATGGAATAAAAAGTTCAGCAATCAATACAAACACTGTAATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGAGATGGAATAAAAAGTTCAGCAATCAATACAAACACTGTAATT  775

seq1  TAGAAAATTATTAAGATGACACCTCAAATCTGTAGGGCAATGAGTGGATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATTATTAAGATGACACCTCAAATCTGTAGGGCAATGAGTGGATT  825

seq1  TTTTAAAGCAGGTTTTGTTTGGGTAATAGCATAGTCACCATGGAAAAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAGCAGGTTTTGTTTGGGTAATAGCATAGTCACCATGGAAAAAAG  875

seq1  ACAAGAGCCATGTTTCCTAACTTATATCAACATACATTCAATTGGGTCAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGCCATGTTTCCTAACTTATATCAACATACATTCAATTGGGTCAA  925

seq1  AGATGTAAAATATAAAACTCTAAGGCATTAAAAAGAATTCCACAAATAAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTAAAATATAAAACTCTAAGGCATTAAAAAGAATTCCACAAATAAT  975

seq1  CTTTAGAGCTTTAAAATAGGGTAGTTAAAAAAAATCTATACTGAGAAGCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAGCTTTAAAATAGGGTAGTTAAAAAAAATCTATACTGAGAAGCT  1025

seq1  AATTTAAGGCATTTCTACATAGCCAAACCAATGTAACTAAAGCAGATATA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAGGCATTTCTACATAGCCAAACCAATGTAACTAAAGCAGATATA  1075

seq1  AATGACAAATTGGATTTAGAAGTGATTTTCTTTCTTATTCCCATTTTACT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAAATTGGATTTAGAAGTGATTTTCTTTCTTATTCCCATTTTACT  1125

seq1  TTTTACCTGGCTGATCACACTTGTTATGGTTTGAATATGGAATTC  1192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTGGCTGATCACACTTGTTATGGTTTGAATATGGAATTC  1170