BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-168G20
Chromosome4 (Build37)
Map Location 17,838,619 - 17,994,554
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMmp16
Upstream geneLOC100040154, LOC667212, LOC100040173
Downstream geneLOC667251, LOC435772
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-168G20.bB6Ng01-168G20.g
ACCDH959667DH959668
length1,0891,025
definitionDH959667|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168G20, 5' end.DH959668|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-168G20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,993,464 - 17,994,554)(17,838,619 - 17,839,653)
sequence
gaattctcagtttatctatgtaccacattttaaaatttttattggttatt
ttatttatttacatttcaaatgctatcccctttcccagtatcccctcctc
aaaccccctcctccctcccctccccctgcttctgtgaagatgctctacta
tccacccacccactccttcctcacctccctaaaattaccctattctggga
atgagtgaccagcccttacattattagctgctttggtcttcagatcaatg
ctgttaatggtaactaatgatgcgaccagtaactgctatgagcaacaaga
tttgacaagcagagtctgcagaagcacagtgtgtgaatatgggagctcag
agatgaagagaggggctgcatcaaatattagacacaattgtttcttttaa
aatgttttatgtacactgagctgaatgaagttataacacactattttcaa
ataaaatttgaataaattataacacttctataaagaaaggtacataatac
aatttaattttactgaagttacaagatgataatataaagacatggtattt
ctcatcccactctaggttagattattgtgtctcctccctgcatcaccttg
ttgattctggttcacgaatcacataaagacaatgctcataaaaaacaaaa
acaaaaacaaaacctacagagctatctacagagatagcatgcctgtcact
gtcccccaggactaccgctcttaaggttactcctctgccctgttccccca
gccttgtgtcctgtattttcttgtcttcaaatgctcaacagtgtagtttc
tgctggtcttcctatggggtcaccctcctcctcaagttcttccagccttt
cttaatccaaccacagggtttcttgattttaatccactggttgggaataa
gtatctgcttctgtctcagtcaacagcttataagcctcacagagggcagc
aaccatgctaaacacttgtctgtaactatatcatagcatcagtaatagtg
tcagaccttgagtctcccttcagaatgggttcccaaaggagatatctcag
atactgagccaccaaaccaagcagcatacagtgttggtc
gaattctcctttaatgaccttaaaaatccttttctctaagcaaaggattt
tggttggatcaaacagggagtagctgttcaccttattttcttatggttac
tgagtatttgagtatcttagcatgtccttcctcgtaaatagcacacctca
gagggtcatactgagaaaataggcagtcacctgtatgttttggacactta
ggaattactcagttcatagtgatttctgatactactgaaatgtgaaatat
ttttattcactgaaaatattttaatatgatatagtctgattatggtttct
tgtcctccatctactcctatatcctttccacttcctcacctccccaactc
caaacctattctttctgttcctctttcgaaaaacaggcaaacaaaacaaa
ccagaaaaataatcactaaaatgcaaaatgttgaatatagtctttaactt
ctcttgcttttttaggtctatcaatgatctccagtaacatgcacatatgt
agatatttgttacacgcatgttatatttgtaggataatgagggaaaatgt
atcagtcatgtattttgcatatttttgcttagcctttttcagcaatatct
cttaaaaacgtggagttagaagttgaattcaggagcccagaaatgcacac
tgaagcccttgctctaagaacttcagaatgtagccttatgcttagagggg
cagggtcccatcaaaggtgattaaattaaaataaagttctttaggatgag
ctgtaattctgtatataccatgcctcattgaaaagaaaatttgaatgtgt
aagtgtgaggatatgggactaacgggagaacggaaagacaatgccatctt
ctatccaagaatcagatagacctagaatatggcctttccttatatttccc
taaagaaccagtaccaaaaaaccttgatatagaccccaacaccaggactc
tctagagtaatgtgtgtgtgcgtgtgtgcgtgtgttttttagtcatctat
atacaaggtgtattgaagaatgcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_17993464_17994554
seq2: B6Ng01-168G20.b_47_1135 (reverse)

seq1  GACCAAACACTGTATGCTGCCTGG-TTGGTGGCTCAGTATCTGAGATATC  49
      |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GACC-AACACTGTATGCTGCTTGGTTTGGTGGCTCAGTATCTGAGATATC  49

seq1  TCCCTTTGGGACCCA-TCTGAAGGGGAGACTCCAAGGTCTGACACTATTA  98
      ||| || || ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGGGAACCCATTCTGAA-GGGAGACT-CAAGGTCTGACACTATTA  97

seq1  CTGATGCTATGATATAGTTACAGACAAGTGTTTAGCATGGTTGCTGCCCT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCTATGATATAGTTACAGACAAGTGTTTAGCATGGTTGCTGCCCT  147

seq1  CTGTGAGGCCTTATAAGCTGTTGACTGAGACAGAAGCAGATACTTATTCC  198
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGG-CTTATAAGCTGTTGACTGAGACAGAAGCAGATACTTATTCC  196

seq1  CAACCAGTGGATTAAAATCAAGAAACCCTGTGGTTGGATTAAGAAAGGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGTGGATTAAAATCAAGAAACCCTGTGGTTGGATTAAGAAAGGCT  246

seq1  GGAAGAACTTGAGGAGGAGGGTGACCCCATAGGAAGACCAGCAGAAACTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAACTTGAGGAGGAGGGTGACCCCATAGGAAGACCAGCAGAAACTA  296

seq1  CACTGTTGAGCATTTGAAGACAAGAAAATACAGGACACAAGGCTGGGGGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTTGAGCATTTGAAGACAAGAAAATACAGGACACAAGGCTGGGGGA  346

seq1  ACAGGGCAGAGGAGTAACCTTAAGAGCGGTAGTCCTGGGGGACAGTGACA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCAGAGGAGTAACCTTAAGAGCGGTAGTCCTGGGGGACAGTGACA  396

seq1  GGCATGCTATCTCTGTAGATAGCTCTGTAGGTTTTGTTTTTGTTTTTGTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCTATCTCTGTAGATAGCTCTGTAGGTTTTGTTTTTGTTTTTGTT  446

seq1  TTTTATGAGCATTGTCTTTATGTGATTCGTGAACCAGAATCAACAAGGTG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGAGCATTGTCTTTATGTGATTCGTGAACCAGAATCAACAAGGTG  496

seq1  ATGCAGGGAGGAGACACAATAATCTAACCTAGAGTGGGATGAGAAATACC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGGGAGGAGACACAATAATCTAACCTAGAGTGGGATGAGAAATACC  546

seq1  ATGTCTTTATATTATCATCTTGTAACTTCAGTAAAATTAAATTGTATTAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTTATATTATCATCTTGTAACTTCAGTAAAATTAAATTGTATTAT  596

seq1  GTACCTTTCTTTATAGAAGTGTTATAATTTATTCAAATTTTATTTGAAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTTTCTTTATAGAAGTGTTATAATTTATTCAAATTTTATTTGAAAA  646

seq1  TAGTGTGTTATAACTTCATTCAGCTCAGTGTACATAAAACATTTTAAAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGTTATAACTTCATTCAGCTCAGTGTACATAAAACATTTTAAAAG  696

seq1  AAACAATTGTGTCTAATATTTGATGCAGCCCCTCTCTTCATCTCTGAGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATTGTGTCTAATATTTGATGCAGCCCCTCTCTTCATCTCTGAGCT  746

seq1  CCCATATTCACACACTGTGCTTCTGCAGACTCTGCTTGTCAAATCTTGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATTCACACACTGTGCTTCTGCAGACTCTGCTTGTCAAATCTTGTT  796

seq1  GCTCATAGCAGTTACTGGTCGCATCATTAGTTACCATTAACAGCATTGAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATAGCAGTTACTGGTCGCATCATTAGTTACCATTAACAGCATTGAT  846

seq1  CTGAAGACCAAAGCAGCTAATAATGTAAGGGCTGGTCACTCATTCCCAGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGACCAAAGCAGCTAATAATGTAAGGGCTGGTCACTCATTCCCAGA  896

seq1  ATAGGGTAATTTTAGGGAGGTGAGGAAGGAGTGGGTGGGTGGATAGTAGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGGTAATTTTAGGGAGGTGAGGAAGGAGTGGGTGGGTGGATAGTAGA  946

seq1  GCATCTTCACAGAAGCAGGGGGAGGGGAGGGAGGAGGGGGTTTGAGGAGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTTCACAGAAGCAGGGGGAGGGGAGGGAGGAGGGGGTTTGAGGAGG  996

seq1  GGATACTGGGAAAGGGGATAGCATTTGAAATGTAAATAAATAAAATAACC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATACTGGGAAAGGGGATAGCATTTGAAATGTAAATAAATAAAATAACC  1046

seq1  AATAAAAATTTTAAAATGTGGTACATAGATAAACTGAGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAATTTTAAAATGTGGTACATAGATAAACTGAGAATTC  1089

seq1: chr4_17838619_17839653
seq2: B6Ng01-168G20.g_69_1093

seq1  GAATTCTCCTTTAATGACCTTAAAAATCCTTTTCTCTAAGCAAAGGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTTTAATGACCTTAAAAATCCTTTTCTCTAAGCAAAGGATTT  50

seq1  TGGTTGGATCAAACAGGGAGTAGCTGTTCACCTTATTTTCTTATGGTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGATCAAACAGGGAGTAGCTGTTCACCTTATTTTCTTATGGTTAC  100

seq1  TGAGTATTTGAGTATCTTAGCATGTCCTTCCTCGTAAATAGCACACCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTATTTGAGTATCTTAGCATGTCCTTCCTCGTAAATAGCACACCTCA  150

seq1  GAGGGTCATACTGAGAAAATAGGCAGTCACCTGTATGTTTTGGACACTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTCATACTGAGAAAATAGGCAGTCACCTGTATGTTTTGGACACTTA  200

seq1  GGAATTACTCAGTTCATAGTGATTTCTGATACTACTGAAATGTGAAATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTACTCAGTTCATAGTGATTTCTGATACTACTGAAATGTGAAATAT  250

seq1  TTTTATTCACTGAAAATATTTTAATATGATATAGTCTGATTATGGTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTCACTGAAAATATTTTAATATGATATAGTCTGATTATGGTTTCT  300

seq1  TGTCCTCCATCTACTCCTATATCCTTTCCACTTCCTCACCTCCCCAACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCCATCTACTCCTATATCCTTTCCACTTCCTCACCTCCCCAACTC  350

seq1  CAAACCTATTCTTTCTGTTCCTCTTTCGAAAAACAGGCAAACAAAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACCTATTCTTTCTGTTCCTCTTTCGAAAAACAGGCAAACAAAACAAA  400

seq1  CCAGAAAAATAATCACTAAAATGCAAAATGTTGAATATAGTCTTTAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAAAATAATCACTAAAATGCAAAATGTTGAATATAGTCTTTAACTT  450

seq1  CTCTTGCTTTTTTAGGTCTATCAATGATCTCCAGTAACATGCACATATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTTTTTTAGGTCTATCAATGATCTCCAGTAACATGCACATATGT  500

seq1  AGATATTTGTTACACGCATGTTATATTTGTAGGATAATGAGGGAAAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATTTGTTACACGCATGTTATATTTGTAGGATAATGAGGGAAAATGT  550

seq1  ATCAGTCATGTATTTTGCATATTTTTGCTTAGCCTTTTTCAGCAATATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTCATGTATTTTGCATATTTTTGCTTAGCCTTTTTCAGCAATATCT  600

seq1  CTTAAAAACGTGGAGTTAGAAGTTGAATTCAGGAGCCCAGAAATGCACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAACGTGGAGTTAGAAGTTGAATTCAGGAGCCCAGAAATGCACAC  650

seq1  TGAAGCCCTTGCTCTAAGAACTTCAGAATGTAGCCTTATGCTTAGAGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCCCTTGCTCTAAGAACTTCAGAATGTAGCCTTATGCTTAGAGGGG  700

seq1  CAGGGTCCCATCAAAGGTGATTAAATTAAAATAAAGTTCTTTAGGATGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCCCATCAAAGGTGATTAAATTAAAATAAAGTTCTTTAGGATGAG  750

seq1  CTGTAATTCTGTATATACCATGCCTCATTGAAAAGAAAATTTGAATGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATTCTGTATATACCATGCCTCATTGAAAAGAAAATTTGAATGTGT  800

seq1  AAGTGTGAGGATAT-GGACTAACGGGAGAACGGAAAGACAATGCCATCTT  849
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAGGATATGGGACTAACGGGAGAACGGAAAGACAATGCCATCTT  850

seq1  CTATCCAAGAATCAGATAGACCTAGAATATGGCCTTTCCTTATATTTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCAAGAATCAGATAGACCTAGAATATGGCCTTTCCTTATATTTCCC  900

seq1  TAAAAGAACCAGTACCAAAAAAACCTTGATATTAGACCCCAACACCAGGA  949
      | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  T-AAAGAACCAGTACC-AAAAAACCTTGATA-TAGACCCCAACACCAGGA  947

seq1  CTCTCTAAGAGTAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTTTAAGT  999
      |||||| |||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||
seq2  CTCTCT-AGAGTAA--TGTGTGTGTGCGTGTGTGCGTGTGTTTTTT-AGT  993

seq1  CATCTAATATACAATGTGTTATTTGAAGAATTGCAA  1035
      ||||| |||||||| ||||   |||||||| |||||
seq2  CATCT-ATATACAAGGTGT--ATTGAAGAA-TGCAA  1025