BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-169M16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 22,575,826 - 22,732,430
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700025O08Rik
Upstream genePrdm13, Ccnc, 2610029I01Rik, Usp45, 4930528A17Rik, 5730406M06Rik, Coq3, 6230409E13Rik, LOC100040379, Fbxl4, Pou3f2, LOC664911
Downstream geneLOC625462, LOC383998, LOC100040464, LOC623873
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-169M16.bB6Ng01-169M16.g
ACCDH960673DH960674
length1,089979
definitionDH960673|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169M16, 5' end.DH960674|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-169M16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,731,343 - 22,732,430)(22,575,826 - 22,576,636)
sequence
gaattcctgagacatcatgattgccgggcaagcgtgcttagatattgagt
cttctctccagctctcaacctaacttttaaagagaagagaacaatttcta
cttacaatgcctaaaataatataatatatctaaggcatattagttgatca
cttacataccttcaactttaggactttttcagaggccacaggcataaagc
tacatgtttagtgtgtgaaagcataaaaaacactgtccaactgtgaacat
gctgcctaagaggacgatgctgatttttgaaaagaaagaagaacaaaacc
ttgaattactcagcacttccactaaatgctgctaatgagacataaacttc
acagtgctaactagtgttacatttaagttacctaaaagatcctgtctctg
tgattttactaatcaccttgttacatagatagggacagagttaaaggcat
gcatatacacatatacatatatatgcatatgcacacagaggatataaata
tatgcattccatacaatgcatttaaacacatatgtgaagtatgtaataaa
tatgcaaatatgtgcatactaattactcaagtacttcaaacaatgatgaa
taaccatttaacgacaaacttttaaaaatataatccttacaatttctaca
gtaaaacgatccacatgtattttgtatgattctatggggaattttgtatg
atgaatctttgtcatgtttaggcattaggaatcaaaactctcaaggagac
ctagggatgctactcctatttccttctggcctatttctgataatataagt
cagagatcctatcctctatttcaaagtgtaaacagactgagtaatctgac
ctatgtagtacacagtcattttcatatcagtacagataattttataaaca
cgtattgttcctaaaatgtgaaagttcttgctacctctaaaacttagaaa
gaaaatattgcaaggtttcaccccatttcagttcattcttcagcaaactt
tcaaaaataatgtatgtagagttgcacccctggtacggtctgcaagatac
tcatttcagtagtttattggatagatttgataagaactg
gaattcagagagtatctaataatcagctgaatgaagtacaaatttaaaaa
aaaaatagatagccaggcattgtgacatatgcctttaatcccagcactcg
ggaggcagagccaggcagatttctgagttcaaggccagcctggtctacaa
agtgagttccaggacagccagagctatatagagaaaccctgtctcgaaaa
caaacaaacaaaagaaaacaaaacaaaaaaacaaaaaagaaacaaaaaaa
aaagaagtaaaaggaaattcaacaacatttcacattcacaacaaaaattc
acatatttggtcacaagaaatagtagcaatagaaactgctctagaacttc
tagaaaatcccagagacctgggatgtgagaggctcctagtcctcaatggg
gatggctttagctgaaatgcccaacagtggggagatggaacttgaagaga
ccacctggaggtatatagacaggggccccagtggaaggagggggcaaccc
acctacctttaaaatatttggaacaaaatgcagggacaaaaatgaagcag
agactgaaggaaagaccattcagtgaccgcccaacttgggacccatccat
gggcagatatcaaaccctgactattactgatgtcatattgttcttgcaga
caggagcctgacatgctgtcctctgagaggctctcccagcagctgactga
gacagacgcagatacttatagccaactattggattggaccccctatggaa
agttagggaaaggattgaaggaagtgaaggggatggcaaccctataggaa
gaacgagagtatcaactaacccagacccctcagagctctcagaggctaag
tcaccaaccaaagagcatacatggactgtaccctggcacacatgtagcag
aggactgtcttgtctggcctcagtgggagaggatgtacctaatctgtaga
gacctgatgcccagggaaggggatgctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_22731343_22732430
seq2: B6Ng01-169M16.b_44_1121 (reverse)

seq1  AAATCCTATCCAAATAAAACTAACCTGAAATGAGTAATCTTTGCAGACCC  50
      |||| ||||||||   ||||||  ||||||||||| ||| ||||||| ||
seq2  AAAT-CTATCCAA--TAAACTA--CTGAAATGAGT-ATC-TTGCAGA-CC  42

seq1  GTACCAGGGGTGCAACTCTACATACATTATTTTTGAAAGTTTGCTGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGGGGTGCAACTCTACATACATTATTTTTGAAAGTTTGCTGAAGA  92

seq1  ATGAACCTGAAATGGGGTGAAACCTTGCAAATATTTTCTTTCTAAGTTTT  150
      ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGAA-CTGAAATGGGGTGAAACCTTGC-AATATTTTCTTTCTAAGTTTT  140

seq1  AGAGGTAGCAAGAACTTTCACATTTTAGGAACAATACGTGTTTATAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAGCAAGAACTTTCACATTTTAGGAACAATACGTGTTTATAAAAT  190

seq1  TATCTGTACTGATATGAAAATGACTGTGTACTACATAGGTCAGATTACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTACTGATATGAAAATGACTGTGTACTACATAGGTCAGATTACTC  240

seq1  AGTCTGTTTACACTTTGAAATAGAGGATAGGATCTCTGACTTATATTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTGTTTACACTTTGAAATAGAGGATAGGATCTCTGACTTATATTATC  290

seq1  AGAAATAGGCCAGAAGGAAATAGGAGTAGCATCCCTAGGTCTCCTTGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAGGCCAGAAGGAAATAGGAGTAGCATCCCTAGGTCTCCTTGAGA  340

seq1  GTTTTGATTCCTAATGCCTAAACATGACAAAGATTCATCATACAAAATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGATTCCTAATGCCTAAACATGACAAAGATTCATCATACAAAATTC  390

seq1  CCCATAGAATCATACAAAATACATGTGGATCGTTTTACTGTAGAAATTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGAATCATACAAAATACATGTGGATCGTTTTACTGTAGAAATTGT  440

seq1  AAGGATTATATTTTTAAAAGTTTGTCGTTAAATGGTTATTCATCATTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATTATATTTTTAAAAGTTTGTCGTTAAATGGTTATTCATCATTGTT  490

seq1  TGAAGTACTTGAGTAATTAGTATGCACATATTTGCATATTTATTACATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTACTTGAGTAATTAGTATGCACATATTTGCATATTTATTACATAC  540

seq1  TTCACATATGTGTTTAAATGCATTGTATGGAATGCATATATTTATATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACATATGTGTTTAAATGCATTGTATGGAATGCATATATTTATATCCT  590

seq1  CTGTGTGCATATGCATATATATGTATATGTGTATATGCATGCCTTTAACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGCATATGCATATATATGTATATGTGTATATGCATGCCTTTAACT  640

seq1  CTGTCCCTATCTATGTAACAAGGTGATTAGTAAAATCACAGAGACAGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCTATCTATGTAACAAGGTGATTAGTAAAATCACAGAGACAGGAT  690

seq1  CTTTTAGGTAACTTAAATGTAACACTAGTTAGCACTGTGAAGTTTATGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAGGTAACTTAAATGTAACACTAGTTAGCACTGTGAAGTTTATGTC  740

seq1  TCATTAGCAGCATTTAGTGGAAGTGCTGAGTAATTCAAGGTTTTGTTCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGCAGCATTTAGTGGAAGTGCTGAGTAATTCAAGGTTTTGTTCTT  790

seq1  CTTTCTTTTCAAAAATCAGCATCGTCCTCTTAGGCAGCATGTTCACAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTTCAAAAATCAGCATCGTCCTCTTAGGCAGCATGTTCACAGTT  840

seq1  GGACAGTGTTTTTTATGCTTTCACACACTAAACATGTAGCTTTATGCCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGTGTTTTTTATGCTTTCACACACTAAACATGTAGCTTTATGCCTG  890

seq1  TGGCCTCTGAAAAAGTCCTAAAGTTGAAGGTATGTAAGTGATCAACTAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTCTGAAAAAGTCCTAAAGTTGAAGGTATGTAAGTGATCAACTAAT  940

seq1  ATGCCTTAGATATATTATATTATTTTAGGCATTGTAAGTAGAAATTGTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTAGATATATTATATTATTTTAGGCATTGTAAGTAGAAATTGTTC  990

seq1  TCTTCTCTTTAAAAGTTAGGTTGAGAGCTGGAGAGAAGACTCAATATCTA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTCTTTAAAAGTTAGGTTGAGAGCTGGAGAGAAGACTCAATATCTA  1040

seq1  AGCACGCTTGCCCGGCAATCATGATGTCTCAGGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACGCTTGCCCGGCAATCATGATGTCTCAGGAATTC  1078

seq1: chr4_22575826_22576636
seq2: B6Ng01-169M16.g_67_877

seq1  GAATTCAGAGAGTATCTAATAATCAGCTGAATGAAGTACAAATTTAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAGTATCTAATAATCAGCTGAATGAAGTACAAATTTAAAAA  50

seq1  AAAAATAGATAGCCAGGCATTGTGACATATGCCTTTAATCCCAGCACTCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAGATAGCCAGGCATTGTGACATATGCCTTTAATCCCAGCACTCG  100

seq1  GGAGGCAGAGCCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCAGAGCCAGGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAA  150

seq1  AGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATATAGAGAAACCCTGTCTCGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTTCCAGGACAGCCAGAGCTATATAGAGAAACCCTGTCTCGAAAA  200

seq1  CAAACAAACAAAAGAAAACAAAACAAAAAAACAAAAAAGAAACAAAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAACAAAAGAAAACAAAACAAAAAAACAAAAAAGAAACAAAAAAA  250

seq1  AAAGAAGTAAAAGGAAATTCAACAACATTTCACATTCACAACAAAAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAGTAAAAGGAAATTCAACAACATTTCACATTCACAACAAAAATTC  300

seq1  ACATATTTGGTCACAAGAAATAGTAGCAATAGAAACTGCTCTAGAACTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTGGTCACAAGAAATAGTAGCAATAGAAACTGCTCTAGAACTTC  350

seq1  TAGAAAATCCCAGAGACCTGGGATGTGAGAGGCTCCTAGTCCTCAATGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAATCCCAGAGACCTGGGATGTGAGAGGCTCCTAGTCCTCAATGGG  400

seq1  GATGGCTTTAGCTGAAATGCCCAACAGTGGGGAGATGGAACTTGAAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCTTTAGCTGAAATGCCCAACAGTGGGGAGATGGAACTTGAAGAGA  450

seq1  CCACCTGGAGGTATATAGACAGGGGCCCCAGTGGAAGGAGGGGGCAACCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGGAGGTATATAGACAGGGGCCCCAGTGGAAGGAGGGGGCAACCC  500

seq1  ACCTACCTTTAAAATATTTGGAACAAAATGCAGGGACAAAAATGAAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCTTTAAAATATTTGGAACAAAATGCAGGGACAAAAATGAAGCAG  550

seq1  AGACTGAAGGAAAGACCATTCAGTGACCGCCCAACTTGGGACCCATCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGAAGGAAAGACCATTCAGTGACCGCCCAACTTGGGACCCATCCAT  600

seq1  GGGCAGATATCAAACCCTGACTATTACTGATGTCATATTGTTCTTGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGATATCAAACCCTGACTATTACTGATGTCATATTGTTCTTGCAGA  650

seq1  CAGGAGCCTGACATGCTGTCCTCTGAGAGGCTCTCCCAGCAGCTGACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGCCTGACATGCTGTCCTCTGAGAGGCTCTCCCAGCAGCTGACTGA  700

seq1  GACAGACGCAGATACTTATAGCCAACTATTGGATTGGACCCCCTATGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACGCAGATACTTATAGCCAACTATTGGATTGGACCCCCTATGGAA  750

seq1  AGTTAGGGAAAGGATTGAAGGAAGTGAAGGGGATGGCAACCCTATAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGGAAAGGATTGAAGGAAGTGAAGGGGATGGCAACCCTATAGGAA  800

seq1  GAACGAGAGTA  811
      |||||||||||
seq2  GAACGAGAGTA  811