BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170H18
Chromosome4 (Build37)
Map Location 155,102,634 - 155,253,155
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSsu72, EG381582, Atad3a, Vwa1, A230069A22Rik, E230028L10Rik, Mrpl20, Ccnl2, Aurkaip1, Mxra8, Dvl1, Tas1r3, BC002216, Cpsf3l
Upstream geneB230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52, Gnb1, Nadk, A530082C11Rik, Cdc2l1, Mmp23, Mib2, B930041F14Rik
Downstream genePusl1, Centb5, Ube2j2, C1qdc2, B3galt6, Sdf4, LOC100043436, Tnfrsf4, Tnfrsf18, Ttll10, 9430015G10Rik, EG667357, Agrn, LOC100038882, AW011738, LOC677185, 2310042D19Rik, Plekhn1, Klhl17, LOC100042378
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170H18.bB6Ng01-170H18.g
ACCDH961185DH961186
length1,0321,171
definitionDH961185|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170H18, 5' end.DH961186|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170H18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(155,102,634 - 155,103,664)(155,251,986 - 155,253,155)
sequence
gaattcactatgtagcccaggctgcctttggacaatggcaattcttccgc
ctcagctttctaagtggtacattaacaagcataatccaccatgccatatt
atagttaagatttcattttctaaggatgtggatgcctgaaattggtgtta
aaagtgttaagttttctgatgtgagcgctgggaattggagtcctggaacg
gtaggacgtactcttaactgctaacccatctctgttttgagtcaaggttt
cacatagctcaagcttccctcagacttgtgtagctgaagttggcctcctc
ataaccctgtgctaggattacagatgtccacccggaatcccagatccact
gttcctagttctcctttatccatcctgtcatatcatgtggtattaagaaa
ttgtatactctacaaggaaagcaacttgaattgtttgtgtgatggtaaat
cgagatgttttaaaattattctgaattgtgcttctgttgtgagacaacat
tccaggtcttttgggggccctcagtgtgaaccctgaatgaaccttgttcc
cctgtcaggctcctcagaaggccaacaggaacaagtaagggagcccaggg
ttggtgggagtggctcctcattcaagagcaagccagcaattggccatagc
acacccttcagcttttaggaatctcactccacgtgctggctaactggaac
caggaggcatagccaacttgacacctgcatctctggctcctagaacactt
tgctgggaagcccaagcctttgcttaagctcggactcttgaagtgcccag
ctaactggctgttcagtaagttaacaaaaacagggcaacaagaaagagga
ctctgggaaagtggcaatgcttttctattgtcatccacgcagtctagcct
ggtctctgaactacttctagacttgttgttcagagttgttaacaagtgtc
agttctctgggtagtgctgtgtgccttaaatcccagcacttggggaggca
gaagcagtggatcctctgcttttaaaggccag
gaattccaaatgacacacaatcacaaaaactatctgcagcttgcaagctg
acaaaacctcgcctctgcaaaccacagtcagctgctcagacttcagagcc
ccagagcctcaccttggggttaaaacaaaaacattttacttctgtgcttt
ttaaagaaaccaaaattccagaattctcactacacacaggtatcccccaa
cacctaaccaggcctcactttccacatttaaaatggactcttcagaatat
agatctcccccccaccccaagactcaaaaaaagaaaccccagatgcatga
aacagaatccagtttctaaaatcccagctagccagcctttcctaacgtaa
aacttcttgatccttatcaccatgcagatagcttacttccaagctgtctt
ggctctcataaggtcagcaatagggacctaggcatcaccaggaggtcaag
acttggggcagtggttagactatatgctcctggaagggataactctaaag
aatgatgggactgggaccagttcctggtctgtgtaccccagtaaaatctc
tccttaccagactcccaggcaaacatcctggcagtagatcagaaaatcaa
tgtatgtacctttggtcactttctctaggactgtcagaggaatccttagg
taataaggtaacatagaccacagtgtttcagtaggcagattagaataaga
gtcaacctggcatgacagacacctgtagtactaatgcccatgagactata
gtgcaggaaacaacatcacacatttgagagtaacctcaacaacatagcaa
aacatgtctgaaaaagccaatagcgatgacttgtgcacgcgggcacacac
gcacgcgcgcgcgcgcgcgcacacacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacatgcacaaacccaccctctcttcctctatcctcctt
ccctctcccataaccggaatcacatacatacatatgccacatacatgcac
caaggaataataaagagtaagagccaggcatggtgttaatgcctgtaatc
ccagtacctgggagaggaaggcaggaagatcatatgaaggtcaaagccaa
cttgctctacatagccaggtccctatgcctagcagacatacataaataaa
aaccctggtcccgaaaataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_155102634_155103664
seq2: B6Ng01-170H18.b_47_1078

seq1  GAATTCACTATGTAGCCCAGGCTGCCTTTGGACAATGGCAATTCTTCCGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGCCCAGGCTGCCTTTGGACAATGGCAATTCTTCCGC  50

seq1  CTCAGCTTTCTAAGTGGTACATTAACAAGCATAATCCACCATGCCATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTTTCTAAGTGGTACATTAACAAGCATAATCCACCATGCCATATT  100

seq1  ATAGTTAAGATTTCATTTTCTAAGGATGTGGATGCCTGAAATTGGTGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTAAGATTTCATTTTCTAAGGATGTGGATGCCTGAAATTGGTGTTA  150

seq1  AAAGTGTTAAGTTTTCTGATGTGAGCGCTGGGAATTGGAGTCCTGGAACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTTAAGTTTTCTGATGTGAGCGCTGGGAATTGGAGTCCTGGAACG  200

seq1  GTAGGACGTACTCTTAACTGCTAACCCATCTCTGTTTTGAGTCAAGGTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGACGTACTCTTAACTGCTAACCCATCTCTGTTTTGAGTCAAGGTTT  250

seq1  CACATAGCTCAAGCTTCCCTCAGACTTGTGTAGCTGAAGTTGGCCTCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGCTCAAGCTTCCCTCAGACTTGTGTAGCTGAAGTTGGCCTCCTC  300

seq1  ATAACCCTGTGCTAGGATTACAGATGTCCACCCGGAATCCCAGATCCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCCTGTGCTAGGATTACAGATGTCCACCCGGAATCCCAGATCCACT  350

seq1  GTTCCTAGTTCTCCTTTATCCATCCTGTCATATCATGTGGTATTAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTAGTTCTCCTTTATCCATCCTGTCATATCATGTGGTATTAAGAAA  400

seq1  TTGTATACTCTACAAGGAAAGCAACTTGAATTGTTTGTGTGATGGTAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATACTCTACAAGGAAAGCAACTTGAATTGTTTGTGTGATGGTAAAT  450

seq1  CGAGATGTTTTAAAATTATTCTGAATTGTGCTTCTGTTGTGAGACAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGATGTTTTAAAATTATTCTGAATTGTGCTTCTGTTGTGAGACAACAT  500

seq1  TCCAGGTCTTTTGGGGGCCCTCAGTGTGAACCCTGAATGAACCTTGTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTCTTTTGGGGGCCCTCAGTGTGAACCCTGAATGAACCTTGTTCC  550

seq1  CCTGTCAGGCTCCTCAGAAGGCCAACAGGAACAAGTAAGGGAGCCCAGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAGGCTCCTCAGAAGGCCAACAGGAACAAGTAAGGGAGCCCAGGG  600

seq1  TTGGTGGGAGTGGCTCCTCATTCAAGAGCAAGCCAGCAATTGGCCATAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGGAGTGGCTCCTCATTCAAGAGCAAGCCAGCAATTGGCCATAGC  650

seq1  ACACCCTTCAGCTTTTAGGAATCTCACTCCACGTGCTGGCTAACTGGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCTTCAGCTTTTAGGAATCTCACTCCACGTGCTGGCTAACTGGAAC  700

seq1  CAGGAGGCATAGCCAACTTGACACCTGCATCTCTGGCTCCTAGAACACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCATAGCCAACTTGACACCTGCATCTCTGGCTCCTAGAACACTT  750

seq1  TGCTGGGAAGCCCAAGCCTTTGCTTAAGCTCGGGACTCTTGAAGTTGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
seq2  TGCTGGGAAGCCCAAGCCTTTGCTTAAGCTC-GGACTCTTGAAG-TGCCC  798

seq1  AGCTAACTGGCTGTTCAGTAAGGTTAACAAAAACAGGGCAACAAAGAAAG  850
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCTAACTGGCTGTTCAGTAA-GTTAACAAAAACAGGGCAAC-AAGAAAG  846

seq1  AGGACTCTGGGAAAGTGGCAATGC-TTTCTA-TGTCACCCACGCAGTCTA  898
      |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||
seq2  AGGACTCTGGGAAAGTGGCAATGCTTTTCTATTGTCATCCACGCAGTCTA  896

seq1  GCCTGGTCTCTGAACTACTTCTAGACTGGTTG-TCAGAGTTGTT-ACAAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||
seq2  GCCTGGTCTCTGAACTACTTCTAGACTTGTTGTTCAGAGTTGTTAACAAG  946

seq1  TGTCAAGTTCTCTGGGTAGTGCTGTGTGCCTTAAATCCCAGCACTT-GGG  995
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TGTC-AGTTCTCTGGGTAGTGCTGTGTGCCTTAAATCCCAGCACTTGGGG  995

seq1  AGGCAGATGCAGGTGGAT-CTCTGCCTTT-GAGGCCAG  1031
      ||||||| ||| |||||| |||||| |||  |||||||
seq2  AGGCAGAAGCA-GTGGATCCTCTGCTTTTAAAGGCCAG  1032

seq1: chr4_155251986_155253155
seq2: B6Ng01-170H18.g_68_1238 (reverse)

seq1  TTTATTTTTGAGA-CAGGG-TCTTATTTATGTA-GTCTGGCTA-GCATAG  46
      |||||||| | || ||||| | ||||||||||| |||| |||| ||||||
seq2  TTTATTTTCGGGACCAGGGTTTTTATTTATGTATGTCT-GCTAGGCATAG  49

seq1  G--ACTTGCTATGTAGAGCAGGTTGGCTTTGACC-TCATAATGATCTTCC  93
      |   || ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  GGACCTGGCTATGTAGAGCAAGTTGGCTTTGACCTTCAT-ATGATCTTCC  98

seq1  TGCCTCCATCTCCCAAGTACTGGGATTACAGGCATATACCACCATGCCTG  143
      ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||
seq2  TGCCTTCCTCTCCCAGGTACTGGGATTACAGGCAT-TAACACCATGCCTG  147

seq1  GCTCTTTACTCTTTATTATTTCTTTGTGCATGTATGTTGCATATGTATGT  193
      |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTC-TTACTCTTTATTATTCCTTGGTGCATGTATGTGGCATATGTATGT  196

seq1  ATGTTGATTCTGTTTATGGGGAGAGGGAAGGAGGATAGGGGAAGAGAGGG  243
      ||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATG-TGATTCCGGTTAT-GGGAGAGGGAAGGAGGATAGAGGAAGAGAGGG  244

seq1  TGGGTTTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  294

seq1  TGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGCGTGCGTGTGTGCCCGCGTGCACAAGTC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGCGTGCGTGTGTGCCCGCGTGCACAAGTC  344

seq1  ATCGCTATTGGCTTTTTCAGACATGTTTTGCTATGTTGTTGAGGTTACTC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCTATTGGCTTTTTCAGACATGTTTTGCTATGTTGTTGAGGTTACTC  394

seq1  TCAAATGTGTGATGTTGTTTCCTGCACTATAGTCTCATGGGCATTAGTAC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGTGTGATGTTGTTTCCTGCACTATAGTCTCATGGGCATTAGTAC  444

seq1  TACAGGTGTCTGTCATGCCAGGTTGACTCTTATTCTAATCTGCCTACTGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGTGTCTGTCATGCCAGGTTGACTCTTATTCTAATCTGCCTACTGA  494

seq1  AACACTGTGGTCTATGTTACCTTATTACCTAAGGATTCCTCTGACAGTCC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGTGGTCTATGTTACCTTATTACCTAAGGATTCCTCTGACAGTCC  544

seq1  TAGAGAAAGTGACCAAAGGTACATACATTGATTTTCTGATCTACTGCCAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGAAAGTGACCAAAGGTACATACATTGATTTTCTGATCTACTGCCAG  594

seq1  GATGTTTGCCTGGGAGTCTGGTAAGGAGAGATTTTACTGGGGTACACAGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGCCTGGGAGTCTGGTAAGGAGAGATTTTACTGGGGTACACAGA  644

seq1  CCAGGAACTGGTCCCAGTCCCATCATTCTTTAGAGTTATCCCTTCCAGGA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAACTGGTCCCAGTCCCATCATTCTTTAGAGTTATCCCTTCCAGGA  694

seq1  GCATATAGTCTAACCACTGCCCCAAGTCTTGACCTCCTGGTGATGCCTAG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAGTCTAACCACTGCCCCAAGTCTTGACCTCCTGGTGATGCCTAG  744

seq1  GTCCCTATTGCTGACCTTATGAGAGCCAAGACAGCTTGGAAGTAAGCTAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTATTGCTGACCTTATGAGAGCCAAGACAGCTTGGAAGTAAGCTAT  794

seq1  CTGCATGGTGATAAGGATCAAGAAGTTTTACGTTAGGAAAGGCTGGCTAG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGGTGATAAGGATCAAGAAGTTTTACGTTAGGAAAGGCTGGCTAG  844

seq1  CTGGGATTTTAGAAACTGGATTCTGTTTCATGCATCTGGGGTTTCTTTTT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTTTAGAAACTGGATTCTGTTTCATGCATCTGGGGTTTCTTTTT  894

seq1  TTGAGTCTTGGGGTGGGGGGGAGATCTATATTCTGAAGAGTCCATTTTAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCTTGGGGTGGGGGGGAGATCTATATTCTGAAGAGTCCATTTTAA  944

seq1  ATGTGGAAAGTGAGGCCTGGTTAGGTGTTGGGGGATACCTGTGTGTAGTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAAAGTGAGGCCTGGTTAGGTGTTGGGGGATACCTGTGTGTAGTG  994

seq1  AGAATTCTGGAATTTTGGTTTCTTTAAAAAGCACAGAAGTAAAATGTTTT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTCTGGAATTTTGGTTTCTTTAAAAAGCACAGAAGTAAAATGTTTT  1044

seq1  TGTTTTAACCCCAAGGTGAGGCTCTGGGGCTCTGAAGTCTGAGCAGCTGA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTAACCCCAAGGTGAGGCTCTGGGGCTCTGAAGTCTGAGCAGCTGA  1094

seq1  CTGTGGTTTGCAGAGGCGAGGTTTTGTCAGCTTGCAAGCTGCAGATAGTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTTTGCAGAGGCGAGGTTTTGTCAGCTTGCAAGCTGCAGATAGTT  1144

seq1  TTTGTGATTGTGTGACATTTGGAATTC  1170
      |||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTGTGATTGTGTGTCATTTGGAATTC  1171