BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-170I01
Chromosome4 (Build37)
Map Location 104,757,410 - 104,880,133
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrkaa2, Ppap2b
Upstream geneDab1, C8b, C8a, 1700024P16Rik, LOC100039513
Downstream geneLOC433742, LOC665518, LOC434381, Ppia-ps4_954.1, Map1lc3, LOC384039
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-170I01.bB6Ng01-170I01.g
ACCDH961199DH961200
length1,1331,102
definitionDH961199|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170I01, 5' end.DH961200|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-170I01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,878,996 - 104,880,133)(104,757,410 - 104,758,513)
sequence
gaattcctcaatcaagctgggttttctccttgggtttgagagccaaagga
gaaggctgggtcacatgctcttcccacaatgtcttcctgctgctcaaact
gcctggcttttcagcaagcaggggccagctgtcactctgtaaggttactg
tggacagcatctttttgtcattagatcaaattgcctttggtgaaacacat
gtggatagtgtacacatgtggatagtgtctccctgactcggccgaattgc
ttgggtaaaacacaaccgtgcagtgccccctccccctttcttaactccac
agcacagctgtggccacttcctggttgcaactccaggccaggagcaggga
tggtcggctcatcactcaccacaaaagtccctttcacacttcctcccatg
aaggattatggaccacacttgcccgccctttcggtgagcagacgcgttca
caaccacaagggaagcaatagattggcacattcagggcactcctttgcag
aggtcctttgtaaaggaataactttacagtggggaaaggcatcaaagcag
gagtctaatctgggtcctcaaaggccccaaagtgtggggaaggatggtgt
gtaggataaacatagcagctgggcccagcgacaagcaggggcaggagagg
gagcaaggcacgctgacacaagagccctagttgactgtgtttataagtgc
cacaccttttccagatcactttgtggatgattctatagggacaggggtgg
tcaaaggccggcccagtcagcgtgcttgcctagctagtccctgagaaagc
agaatatttagctcttcatagggcctcagaaatgctcactaaagaaacag
acaaatgtcaggagcaggaggagtcgatccttggagacatgtgacctggc
agtgtccctctccgctgcgaggtcctctgatacatataagagatgaaatc
tgagtgtcacggcaggtcagaaatgaaaggcaaccattctgggctgagaa
gactggggtccaaatatcccacccaaggcacacacacctcagtctttggc
caacgtgttctaccccaatcttcaacctaattcctctttcaacctgttaa
cactttacccatggaatctaataggctaacaag
gaattccaagtactggtgagaaaacaaagctgagcccttggctacaggtg
aggatacagttagcgcaaacatgtggagaaatgctaactggtgaacagtg
cataacaactgctaaaacggaacatgtgtattctagaagtcagtaatgct
acgccttagtgttaaccagcagagactcacaagtgctcaggtatcttcag
agctgcagaaggacgctccaaagctgctcatccacaggcttaagcttcag
gtaacaaagatgaagttggggtgaggggaagtacagtatattatagaaat
ggcgtggtcagagtaatctccaaagcaggatggaagaattggatactata
ggggtccaggaagtaaagccatctggtgaaggcagttatgatattaatag
tggaaaaggtattcttctaaagagcaggtaataatcataatccagggttt
accacaccacacacttctgtgtgtgtacatatggacatgcaacactacat
atacatacataaacctattttatatacaattttctaaaatttaaactacc
caagtgtttttaaagagtagaaaactgagattcgcgtagtttaagaaacc
aatcaaaattcacagtgaattcacagctgctatttaaagccacatcttgg
tacctccaaagctattctcaaggaaaattaagttcacttgcttcccactt
cccaggagtcctatggacactggtaaatggactggaaacaacactgagac
taaaataacaaatacaacaaaactcttcattgtgtacacatgtctgtgtg
tttgcagtcacatgtgtatgttcttatggaggtcagagcaaatgtctttg
tcaatcaccctacacctacttacctacctttcttcctcaaatgtccccca
acaaagaaccgataaagtaaatgtgatacattcacacaatgggaatatta
ttcacttttaaaaataatggcatcatgaaaatttcaggcgacaggattgg
aactaaagaagaatatgctggatggaggacacgactcattaagagaaagt
aggggatggttttctctcaagtagatatttgttttaaaatacgggatacc
ca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_104878996_104880133
seq2: B6Ng01-170I01.b_44_1176 (reverse)

seq1  CTTGTTAGCCTATAAGATTCCATAGGGTAAAAGTGTAAACAGGTTGGAAG  50
      ||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||
seq2  CTTGTTAGCCTATTAGATTCCAT-GGGT-AAAGTGTTAACAGGTTGAAAG  48

seq1  AGGGAAATGAGTTGAGGATGGGGGTAGAGAACGTTGGGCAAAGACTGA-G  99
      | |||| |  ||||| ||| ||||||||  ||||||| |||||||||| |
seq2  A-GGAATTAGGTTGAAGATTGGGGTAGAACACGTTGGCCAAAGACTGAGG  97

seq1  TGTGTGTGCC-TGGGTGGGATATTTGGGCCCCAGTCTCTTCAGCACAGAA  148
      |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||
seq2  TGTGTGTGCCTTGGGTGGGATATTTGGACCCCAGTCTTCTCAGCCCAGAA  147

seq1  TGGTTGCC-TTCATTTCTGACCTGCCGTGACACTCAGATTTCATCTCTTA  197
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGCCTTTCATTTCTGACCTGCCGTGACACTCAGATTTCATCTCTTA  197

seq1  TATGTTATCAGAGGGACCTCGGCAAGGATTAGGGGACACTGCCAGGTCAC  247
      |||| ||||||| ||||||||    |||    ||||||||||||||||||
seq2  TATG-TATCAGA-GGACCTCGCAGCGGA--GAGGGACACTGCCAGGTCAC  243

seq1  ATGTCTTCAAGGATCGACTCCTCCTGCTCCCTGACATTTGTCTGTTTCTT  297
      |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCCAAGGATCGACTCCTCCTGCT-CCTGACATTTGTCTGTTTCTT  292

seq1  TAGTGAGCATTTCTGAGGCCCTATGAAGAGCTAAATATTCTGCTTTCTCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGCATTTCTGAGGCCCTATGAAGAGCTAAATATTCTGCTTTCTCA  342

seq1  GGGACTAGCTAGGCAAGCACGCTGACTGGGCCGGCCTTTGACCACCCCTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTAGCTAGGCAAGCACGCTGACTGGGCCGGCCTTTGACCACCCCTG  392

seq1  TCCCTATAGAATCATCCACAAAGTGATCTGGAAAAGGTGTGGCACTTATA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTATAGAATCATCCACAAAGTGATCTGGAAAAGGTGTGGCACTTATA  442

seq1  AACACAGTCAACTAGGGCTCTTGTGTCAGCGTGCCTTGCTCCCTCTCCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGTCAACTAGGGCTCTTGTGTCAGCGTGCCTTGCTCCCTCTCCTG  492

seq1  CCCCTGCTTGTCGCTGGGCCCAGCTGCTATGTTTATCCTACACACCATCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGCTTGTCGCTGGGCCCAGCTGCTATGTTTATCCTACACACCATCC  542

seq1  TTCCCCACACTTTGGGGCCTTTGAGGACCCAGATTAGACTCCTGCTTTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCACACTTTGGGGCCTTTGAGGACCCAGATTAGACTCCTGCTTTGA  592

seq1  TGCCTTTCCCCACTGTAAAGTTATTCCTTTACAAAGGACCTCTGCAAAGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCCCCACTGTAAAGTTATTCCTTTACAAAGGACCTCTGCAAAGG  642

seq1  AGTGCCCTGAATGTGCCAATCTATTGCTTCCCTTGTGGTTGTGAACGCGT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCTGAATGTGCCAATCTATTGCTTCCCTTGTGGTTGTGAACGCGT  692

seq1  CTGCTCACCGAAAGGGCGGGCAAGTGTGGTCCATAATCCTTCATGGGAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCACCGAAAGGGCGGGCAAGTGTGGTCCATAATCCTTCATGGGAGG  742

seq1  AAGTGTGAAAGGGACTTTTGTGGTGAGTGATGAGCCGACCATCCCTGCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGAAAGGGACTTTTGTGGTGAGTGATGAGCCGACCATCCCTGCTC  792

seq1  CTGGCCTGGAGTTGCAACCAGGAAGTGGCCACAGCTGTGCTGTGGAGTTA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTGGAGTTGCAACCAGGAAGTGGCCACAGCTGTGCTGTGGAGTTA  842

seq1  AGAAAGGGGGAGGGGGCACTGCACGGTTGTGTTTTACCCAAGCAATTCGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGGGGGAGGGGGCACTGCACGGTTGTGTTTTACCCAAGCAATTCGG  892

seq1  CCGAGTCAGGGAGACACTATCCACATGTGTACACTATCCACATGTGTTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGAGTCAGGGAGACACTATCCACATGTGTACACTATCCACATGTGTTTC  942

seq1  ACCAAAGGCAATTTGATCTAATGACAAAAAGATGCTGTCCACAGTAACCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGGCAATTTGATCTAATGACAAAAAGATGCTGTCCACAGTAACCT  992

seq1  TACAGAGTGACAGCTGGCCCCTGCTTGCTGAAAAGCCAGGCAGTTTGAGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGTGACAGCTGGCCCCTGCTTGCTGAAAAGCCAGGCAGTTTGAGC  1042

seq1  AGCAGGAAGACATTGTGGGAAGAGCATGTGACCCAGCCTTCTCCTTTGGC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGAAGACATTGTGGGAAGAGCATGTGACCCAGCCTTCTCCTTTGGC  1092

seq1  TCTCAAACCCAAGGAGAAAACCCAGCTTGATTGAGGAATTC  1138
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAACCCAAGGAGAAAACCCAGCTTGATTGAGGAATTC  1133

seq1: chr4_104757410_104758513
seq2: B6Ng01-170I01.g_65_1166

seq1  GAATTCCAAGTACTGGTGAGAAAACAAAGCTGAGCCCTTGGCTACAGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAGTACTGGTGAGAAAACAAAGCTGAGCCCTTGGCTACAGGTG  50

seq1  AGGATACAGTTAGCGCAAACATGTGGAGAAATGCTAACTGGTGAACAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACAGTTAGCGCAAACATGTGGAGAAATGCTAACTGGTGAACAGTG  100

seq1  CATAACAACTGCTAAAACGGAACATGTGTATTCTAGAAGTCAGTAATGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAACAACTGCTAAAACGGAACATGTGTATTCTAGAAGTCAGTAATGCT  150

seq1  ACGCCTTAGTGTTAACCAGCAGAGACTCACAAGTGCTCAGGTATCTTCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCCTTAGTGTTAACCAGCAGAGACTCACAAGTGCTCAGGTATCTTCAG  200

seq1  AGCTGCAGAAGGACGCTCCAAAGCTGCTCATCCACAGGCTTAAGCTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGAAGGACGCTCCAAAGCTGCTCATCCACAGGCTTAAGCTTCAG  250

seq1  GTAACAAAGATGAAGTTGGGGTGAGGGGAAGTACAGTATATTATAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAAAGATGAAGTTGGGGTGAGGGGAAGTACAGTATATTATAGAAAT  300

seq1  GGCGTGGTCAGAGTAATCTCCAAAGCAGGATGGAAGAATTGGATACTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGGTCAGAGTAATCTCCAAAGCAGGATGGAAGAATTGGATACTATA  350

seq1  GGGGTCCAGGAAGTAAAGCCATCTGGTGAAGGCAGTTATGATATTAATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCCAGGAAGTAAAGCCATCTGGTGAAGGCAGTTATGATATTAATAG  400

seq1  TGGAAAAGGTATTCTTCTAAAGAGCAGGTAATAATCATAATCCAGGGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAAGGTATTCTTCTAAAGAGCAGGTAATAATCATAATCCAGGGTTT  450

seq1  ACCACACCACACACTTCTGTGTGTGTACATATGGACATGCAACACTACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACCACACACTTCTGTGTGTGTACATATGGACATGCAACACTACAT  500

seq1  ATACATACATAAACCTATTTTATATACAATTTTCTAAAATTTAAACTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATACATAAACCTATTTTATATACAATTTTCTAAAATTTAAACTACC  550

seq1  CAAGTGTTTTTAAAGAGTAGAAAACTGAGATTCGCGTAGTTTAAGAAACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTTTTTAAAGAGTAGAAAACTGAGATTCGCGTAGTTTAAGAAACC  600

seq1  AATCAAAATTCACAGTGAATTCACAGCTGCTATTTAAAGCCACATCTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAATTCACAGTGAATTCACAGCTGCTATTTAAAGCCACATCTTGG  650

seq1  TACCTCCAAAGCTATTCTCAAGGAAAATTAAGTTCACTTGCTTCCCACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCAAAGCTATTCTCAAGGAAAATTAAGTTCACTTGCTTCCCACTT  700

seq1  CCCAGGAGTCCTATGGACACTGGTAAATGGACTGGAAACAACACTGAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAGTCCTATGGACACTGGTAAATGGACTGGAAACAACACTGAGAC  750

seq1  TAAAATAACAAATACAACAAAACTCTTCATTGTGTACACATGTCTGTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAACAAATACAACAAAACTCTTCATTGTGTACACATGTCTGTGTG  800

seq1  TTTGCAGTCACATGTGTATGTTCTTATGGAGGTCAGAGCAAATGTCTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TTTGCAGTCACATGTGTATGTTCTTATGGAGGTCAGAGCAAATGTCTTTG  850

seq1  TCAATCACCCTACACCTACTTACCTACCTTTCTTCCTCCAAATGTCCCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
seq2  TCAATCACCCTACACCTACTTACCTACCTTTCTTCCT-CAAATGTCCCCC  899

seq1  AACCAAAGAACCGATAAAGTAAATGTGATACATTCACACAAT-GGAATAT  949
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AA-CAAAGAACCGATAAAGTAAATGTGATACATTCACACAATGGGAATAT  948

seq1  TATTCACCTATTAAAAATAATGGCATCATGAAAATTTCAGGCAAATGGAT  999
      |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||
seq2  TATTCA-CTTTTAAAAATAATGGCATCATGAAAATTTCAGGCGACAGGAT  997

seq1  T-GAACTAGAGAAGATCATGCT-GAGTGAGGACCAGACTCATTTAAAGAC  1047
      | |||||| ||||||  ||||| ||  ||||||  |||||||| | ||| 
seq2  TGGAACTAAAGAAGAATATGCTGGATGGAGGACACGACTCATTAAGAGA-  1046

seq1  AAGTATGGTAT-GTATTCACTTATAAGTAGATATTTGTTATAAAATACAG  1096
      ||||| || || || ||| ||   ||||||||||||||| |||||||| |
seq2  AAGTAGGGGATGGTTTTCTCT--CAAGTAGATATTTGTTTTAAAATACGG  1094

seq1  GATACCCA  1104
      ||||||||
seq2  GATACCCA  1102