BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-173D03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 113,717,644 - 113,834,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040625
Upstream geneLOC230622, LOC100040607, LOC242627
Downstream geneA630098G03Rik, LOC666048, Foxd2, LOC100040736, Foxe3, Cmpk, Stil, Tal1, Pdzk1ip1, Cyp4x1, Cyp4a21-ps
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173D03.bB6Ng01-173D03.g
ACCGA001609GA001610
length6521,107
definitionB6Ng01-173D03.b B6Ng01-173D03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,834,100 - 113,834,751)(113,717,644 - 113,718,744)
sequence
gaattctaccagaaatattatacaaggaactgatcatgaaaatgctatat
gcaaagttattctttgttttgtttttcataaaatgttaggttatctctgg
ggtaggaagattataagtttggctatgagtatttcctgaagtacatttat
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ctaaaatacctcctctttttcatcctcataaattttagcgttatttaaaa
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aaactattaggttattcactttgagctttcaattctggaaaccacataat
aaaattctatttaactgaagtttcttgggaattaggattcttagctatgc
atgcagaaactttattgagttcatgtacatagctgaaaatattactttag
gtcttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_113834100_113834751
seq2: B6Ng01-173D03.b_45_696 (reverse)

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      ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACATATCATATCTTATACTATATAATATATCACATATATATTATTA  50

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCATATTATATTATATATCATATCTAATCATATATAACATATATCA  100

seq1  AATATAATTTGTCATATGTTATGTATCAGATATCATATTACCTATATGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATTTGTCATATGTTATGTATCAGATATCATATTACCTATATGTT  150

seq1  ATATGGTATATTTACAAAAATATTTATATATTATATATTTTATGTATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATATATTGTATTATATATAAAATATAAACATGATGTTTTTATTTACAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTGTATTATATATAAAATATAAACATGATGTTTTTATTTACAAAA  250

seq1  TGTACATATTAAATTTTCATAATTATGAATTATTAATTAATTAGGAATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATATTAAATTTTCATAATTATGAATTATTAATTAATTAGGAATTA  300

seq1  TATTAATTACCACAGTATGGTATAGCATCTTTTATATAGATTTACATTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTTGGCTACTCCAACTAATCTAATGGTAAATTAAAGCACTGGGAAGATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TATTAGGTTAGACACAAATAATGCATTGTTTTATAATAGGAAATTTGTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGGTTAGACACAAATAATGCATTGTTTTATAATAGGAAATTTGTTG  450

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GGATAAATGTACTTCAGGAAATACTCATAGCCAAACTTATAATCTTCCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAATGTACTTCAGGAAATACTCATAGCCAAACTTATAATCTTCCTA  550

seq1  CCCCAGAGATAACCTAACATTTTATGAAAAACAAAACAAAGAATAACTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAGATAACCTAACATTTTATGAAAAACAAAACAAAGAATAACTTT  600

seq1  GCATATAGCATTTTCATGATCAGTTCCTTGTATAATATTTCTGGTAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATAGCATTTTCATGATCAGTTCCTTGTATAATATTTCTGGTAGAAT  650

seq1  TC  652
      ||
seq2  TC  652


seq1: chr4_113717644_113718744
seq2: B6Ng01-173D03.g_67_1173

seq1  GAATTCCAAGCTCACAGTGGGCTTCAAGGATTTTCTAGGACCTTGGAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAATACTGAAAGAGGGCATACACCAGACTAACACGGGGACAGGGT  150

seq1  TTGAGTATATGGGCTATGGGAATGCCAAGGTTCAAGGAGACATAGTTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTATATGGGCTATGGGAATGCCAAGGTTCAAGGAGACATAGTTTCC  200

seq1  TTGAATCTCTTTGCCTCATGAGTGCTTCCAGGCCTCAGCCTGTCAAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATATCGATGGAGTGGAAATAGCATATTGGTCACCCCTGAACCAGCATAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TCCATATACTCTAAGTGTGTCATAGAGACACCTAACAGTTGATGTCAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATATACTCTAAGTGTGTCATAGAGACACCTAACAGTTGATGTCAGGC  350

seq1  TCACCTTTTAATCTACTCACAAAGAATGCAGTGCAAGTAGTCACCATCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATTATCTCTACCAAAATATAAAAATAAAAATAAATCTGAAACTATCACGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTCTACCAAAATATAAAAATAAAAATAAATCTGAAACTATCACGA  450

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTGCCATAAACTGCTTAGAAGAACATATCAAATCCTACCCACAAG  500

seq1  GACTAGATAACATACATATTGAACTCATTATATTTCCTTTAATTTTCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAGATAACATACATATTGAACTCATTATATTTCCTTTAATTTTCCCT  550

seq1  TATTTTTAAATCCAGTGCTAGCTCAATTTTTTTAATCTTTAAAATAGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTAAATCCAGTGCTAGCTCAATTTTTTTAATCTTTAAAATAGATT  600

seq1  CTATTGAAGTAGGAAGCCCCAAAAACCTCTCTTGATTTTCTACATATTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGAAGTAGGAAGCCCCAAAAACCTCTCTTGATTTTCTACATATTTG  650

seq1  AAATAGAAAAATTAGAGTTCTTCACTCCATCCCTTAAGCCTCTACCAGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAAAATTAGAGTTCTTCACTCCATCCCTTAAGCCTCTACCAGAA  700

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAGCCATCACCATATAATTGTTTTTCTTCTGCCATATCCCCTGGAA  750

seq1  TTTAATACACCAAATTACTCATGGATCAGAATGATGGGTTTCACAAAAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CTAAAATACCTCCTCTTTTTCATCCTCATAAATTTTAGCGTTATTTAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATACCTCCTCTTTTTCATCCTCATAAATTTTAGCGTTATTTAAAA  850

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      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATCCATGATTATTTTCATGTTTGCAGGTCACTTTTGCTCATCTTGT  950

seq1  AAACTATTAGG-TATTCACTTTGAGCTTTCAATTCTGGAAACCACATAAT  997
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AAAATCTAATTTAACTGAAGTTTC-TGGGAATTAGGA-TCTAAGCTATGC  1045
      |||||   |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||
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seq1  ATGCAGAAACTTTATTGAGTTCATGTACATAGCTTGATATA-TACTTTAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| ||||||||
seq2  ATGCAGAAACTTTATTGAGTTCATGTACATAGCTGAAAATATTACTTTAG  1100

seq1  TTCTTGT  1101
       ||||||
seq2  GTCTTGT  1107


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