BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175F17
Chromosome4 (Build37)
Map Location 79,537,476 - 79,697,998
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040026, LOC100040036, LOC667922
Downstream geneTyrp1, D4Bwg0951e
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175F17.bB6Ng01-175F17.g
ACCGA003183GA003184
length1,1091,069
definitionB6Ng01-175F17.b B6Ng01-175F17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,537,476 - 79,538,560)(79,696,942 - 79,697,998)
sequence
gaattcatttctttgtctatggataaggagagttgtcaagcattcatcag
agaagcttctttatgcagtagacaatattttatagagatactcatatctc
agtaaaatacaaagactacgtttctgtggagtacttacccataattggca
tatctatatagcatacttcccaataaagctaaagaaacatcattaaagag
ggactaaagagtatggaagagccagattatgtacaagacattgacagaaa
cagtattctctgaatatacagtactatcaactcatgtgtttacatctgtg
gcagcctgtcaagccctccacaagatcaacataacttcccttccagcata
tatggaataggtacacctgagtcacaataagtagaggaggaactactgaa
gttgatagctagtaaggaaagacagtcagataactttatgattttagacc
ctggtatattgtctatgatgtgtactggagagtaaccctaaagccatgta
gccatgagcagtattaattagaaaaattactatgtgaaatgaggaagaag
atatggaagagaagaatttagacagatttagaagcagaaagtgagaggta
gtaaattaaaaaacacacacacacaatatttttatttaagaaattatcaa
acaacatgtaaaactagtatattaaagaagagaccactactgaacatcac
aaccaaccaaatgtggggttgtggaacctagtcccagtaggtacatttac
aaaacacttccatacccatggctcagggaacattgaaatatggagcagta
taattttaagaacctgaggagcagaaagtagttggtgtaagattgtgtct
cctagaaatgttaaatgcttttgctcataaagtctcatcaacatgaccac
ccacatgtgaaataaaaatgggataatgccaataaatgccaaatttcatg
gcctccatcgtacagaaaaaactataggcaactgtgatagcagagaagaa
gagaggtagcatccagagagaaaagtacaccaaaagtttgttccagcaca
gttcaaccctgtaacatacaatagtagcattgcataactgcacagtaata
ttttggaaa

gaattcattgtgcacaaattttgtattaattattttagtcttatcatagt
tttataccttagattttgttggggtataaatttctgtaacacataattag
tttatttaactattatttgactctacaaaaattagtttccatcacttcca
aaacataacattgtttgtagaatgaaatatatttgttgaataagcttgat
tccgattataaaacatatgtgtttcattttaaaatgaagagcctagcggt
tgctgctgtccaccccagcttcatgggaatgtgagatatgaacaaggaca
catggggcaaaatagtgaaacttttaaaaatacagttgtctgtgtatttg
atcttgtcctggaataagtgaaaatatatttatgtttacaatatactttt
tgtttatatatatgaccatactttaaataagattttttattattgtgaaa
ataattttataattttagcactatatttattaagttactgttttagcaat
atatatttcatattgacatattaaaatttaaaaagtgactaaacatatat
gaaaggatacattcaaatggattatagatattttctattttattattgcc
cacctataccttatatttagaattttgttaagtactgttgactagtgttg
gtcgatagtggtaccattgtttactgtgatgaaaccaaatcagtcatgat
gagctgttctttggaaggctctctaataaatgaacacctatgtttatcaa
gaatattgcatagcttaaccctgaattggttatgaagaaatcgtcataaa
caaacttatatgaaaataacaatatgtaacatttatactttccagcttaa
ctttagggaagcattattctatgggaagctacacaatttaagaaaatcta
ataaggagaatcattcctactttagtttctaattatgtatgatttgatac
cacatattgtttatttttttattgacctcatgcaatagttagtatcttaa
ctatgcatataatagcattcttttcagaaatagaaagaagaatgccttaa
tcatcttgttcaaaactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_79537476_79538560
seq2: B6Ng01-175F17.b_72_1155

seq1  AGGAGAGTTGTCAAGCATTCATCAGAGAAGCTTCTTTATGCAGTAGACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGTTGTCAAGCATTCATCAGAGAAGCTTCTTTATGCAGTAGACAA  50

seq1  TATTTTATAGAGATACTCATATCTCAGTAAAATACAAAGACTACGTTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATAGAGATACTCATATCTCAGTAAAATACAAAGACTACGTTTCT  100

seq1  GTGGAGTACTTACCCATAATTGGCATATCTATATAGCATACTTCCCAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTACTTACCCATAATTGGCATATCTATATAGCATACTTCCCAATA  150

seq1  AAGCTAAAGAAACATCATTAAAGAGGGACTAAAGAGTATGGAAGAGCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAAGAAACATCATTAAAGAGGGACTAAAGAGTATGGAAGAGCCAG  200

seq1  ATTATGTACAAGACATTGACAGAAACAGTATTCTCTGAATATACAGTACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTACAAGACATTGACAGAAACAGTATTCTCTGAATATACAGTACT  250

seq1  ATCAACTCATGTGTTTACATCTGTGGCAGCCTGTCAAGCCCTCCACAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTCATGTGTTTACATCTGTGGCAGCCTGTCAAGCCCTCCACAAGA  300

seq1  TCAACATAACTTCCCTTCCAGCATATATGGAATAGGTACACCTGAGTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACATAACTTCCCTTCCAGCATATATGGAATAGGTACACCTGAGTCAC  350

seq1  AATAAGTAGAGGAGGAACTACTGAAGTTGATAGCTAGTAAGGAAAGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTAGAGGAGGAACTACTGAAGTTGATAGCTAGTAAGGAAAGACAG  400

seq1  TCAGATAACTTTATGATTTTAGACCCTGGTATATTGTCTATGATGTGTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAACTTTATGATTTTAGACCCTGGTATATTGTCTATGATGTGTAC  450

seq1  TGGAGAGTAACCCTAAAGCCATGTAGCCATGAGCAGTATTAATTAGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGAGTAACCCTAAAGCCATGTAGCCATGAGCAGTATTAATTAGAAAA  500

seq1  ATTACTATGTGAAATGAGGAAGAAGATATGGAAGAGAAGAATTTAGACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTATGTGAAATGAGGAAGAAGATATGGAAGAGAAGAATTTAGACAG  550

seq1  ATTTAGAAGCAGAAAGTGAGAGGTAGTAAATTAAAAAACACACACACACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAAGCAGAAAGTGAGAGGTAGTAAATTAAAAAACACACACACACA  600

seq1  ATATTTTTATTTAAGAAATTATCAAACAACATGTAAAACTAGTATATTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTATTTAAGAAATTATCAAACAACATGTAAAACTAGTATATTAA  650

seq1  AGAAGAGACCACTACTGAACATCACAACCAACCAAATGTGGGGTTGTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAGACCACTACTGAACATCACAACCAACCAAATGTGGGGTTGTGGA  700

seq1  ACCTAGTCCCAGTAGGTACATTTACAAAACACTTCCATACCCATGGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGTCCCAGTAGGTACATTTACAAAACACTTCCATACCCATGGCTCA  750

seq1  GGGAACATTGAAATATGGAGCAGTATAATTTTAAGAACCTGAGGAGCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACATTGAAATATGGAGCAGTATAATTTTAAGAACCTGAGGAGCAGA  800

seq1  AAGTAGTTGGTGTAAGATTGTGTCTCCTAGAAATGTTAAATGC-TTTGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGTAGTTGGTGTAAGATTGTGTCTCCTAGAAATGTTAAATGCTTTTGCT  850

seq1  CATAAAGTCTCATCAACATGACCACCCACATGTGAAATAAAAAT-GGATA  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATAAAGTCTCATCAACATGACCACCCACATGTGAAATAAAAATGGGATA  900

seq1  ATGCCAATAAATGCCAAATTTCATGGCCTCCATCGTACAGAAAAAACTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAATAAATGCCAAATTTCATGGCCTCCATCGTACAGAAAAAACTAT  950

seq1  AGGCAACTGTGATAAGCAGAGAAG-AGAGAGGTAGCATCCAGAGAGAAAA  997
      ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACTGTGAT-AGCAGAGAAGAAGAGAGGTAGCATCCAGAGAGAAAA  999

seq1  GTACACCAAAAGTTTG-TCCAGCAACAG-TCAACCCTGTAACATACAAAT  1045
      |||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||
seq2  GTACACCAAAAGTTTGTTCCAGC-ACAGTTCAACCCTGTAACATAC-AAT  1047

seq1  AGGTAGCATTGCATAAACTGCACAGGTAATATTTTGGAAA  1085
      | |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  A-GTAGCATTGCAT-AACTGCACA-GTAATATTTTGGAAA  1084


seq1: chr4_79696942_79697998
seq2: B6Ng01-175F17.g_66_1134 (reverse)

seq1  TCAGTTTTGA--CAGATGAT--AGGCATTCTTCTTACTATTTCTG-AAAG  45
      ||||||||||   |||||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TCAGTTTTGAACAAGATGATTAAGGCATTCTTCTTTCTATTTCTGAAAAG  50

seq1  ATTGCTATTATATGCATAGTTAAGATACTAACTA-TGCATGAAGTC---A  91
      | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||   |
seq2  AATGCTATTATATGCATAGTTAAGATACTAACTATTGCATGAGGTCAATA  100

seq1  TAAAAATAAACAATATGTGGTATC-AATCATACATAATTAGAAACTAAAG  140
       ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATAAACAATATGTGGTATCAAATCATACATAATTAGAAACTAAAG  150

seq1  TAGGAATGATTCTCCTTATTAGATTTTCTTAAATTGTGTAGCTTCCCATA  190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATGATTCTCCTTATTAGATTTTCTTAAATTGTGTAGCTTCCCATA  200

seq1  GAATAATGCTTCCCTAAAGTTAAGCTGGAAAGTAT-AATGTTACATATTG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAATAATGCTTCCCTAAAGTTAAGCTGGAAAGTATAAATGTTACATATTG  250

seq1  TTATTTTCATATAAGTTTGTTTATGACGATTTCTTCATAACCAATTCA-G  288
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTATTTTCATATAAGTTTGTTTATGACGATTTCTTCATAACCAATTCAGG  300

seq1  GTTAAGCTATGCAATATTCTTGATAAACATAGGTGTTCATTTATTAGAGA  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGCTATGCAATATTCTTGATAAACATAGGTGTTCATTTATTAGAGA  350

seq1  GCCTTCCAAAGAACAGCTCATCATGACTGATTTGGTTTCATCACAGTAAA  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCAAAGAACAGCTCATCATGACTGATTTGGTTTCATCACAGTAAA  400

seq1  CAATGGTACCACTATCGACCAACACTAGTCAACAGTACTTAACAAAATTC  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTACCACTATCGACCAACACTAGTCAACAGTACTTAACAAAATTC  450

seq1  TAAATATAAGGTATAGGTGGGCAATAATAAAATAGAAAATATCTATAATC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATAAGGTATAGGTGGGCAATAATAAAATAGAAAATATCTATAATC  500

seq1  CATTTGAATGTATCCTTTCATATATGTTTAGTCACTTTTTAAATTTTAAT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAATGTATCCTTTCATATATGTTTAGTCACTTTTTAAATTTTAAT  550

seq1  ATGTCAATATGAAATATATATTGCTAAAACAGTAACTTAATAAATATAGT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAATATGAAATATATATTGCTAAAACAGTAACTTAATAAATATAGT  600

seq1  GCTAAAATTATAAAATTATTTTCACAATAATAAAAAATCTTATTTAAAGT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAATTATAAAATTATTTTCACAATAATAAAAAATCTTATTTAAAGT  650

seq1  ATGGTCATATATATAAACAAAAAGTATATTGTAAACATAAATATATTTTC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCATATATATAAACAAAAAGTATATTGTAAACATAAATATATTTTC  700

seq1  ACTTATTCCAGGACAAGATCAAATACACAGACAACTGTATTTTTAAAAGT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTCCAGGACAAGATCAAATACACAGACAACTGTATTTTTAAAAGT  750

seq1  TTCACTATTTTGCCCCATGTGTCCTTGTTCATATCTCACATTCCCATGAA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTATTTTGCCCCATGTGTCCTTGTTCATATCTCACATTCCCATGAA  800

seq1  GCTGGGGTGGACAGCAGCAACCGCTAGGCTCTTCATTTTAAAATGAAACA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTGGACAGCAGCAACCGCTAGGCTCTTCATTTTAAAATGAAACA  850

seq1  CATATGTTTTATAATCGGAATCAAGCTTATTCAACAAATATATTTCATTC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTTTTATAATCGGAATCAAGCTTATTCAACAAATATATTTCATTC  900

seq1  TACAAACAATGTTATGTTTTGGAAGTGATGGAAACTAATTTTTGTAGAGT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACAATGTTATGTTTTGGAAGTGATGGAAACTAATTTTTGTAGAGT  950

seq1  CAAATAATAGTTAAATAAACTAATTATGTGTTACAGAAATTTATACCCCA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAATAGTTAAATAAACTAATTATGTGTTACAGAAATTTATACCCCA  1000

seq1  ACAAAATCTAAGGTATAAAACTATGATAAGACTAAAATAATTAATACAAA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATCTAAGGTATAAAACTATGATAAGACTAAAATAATTAATACAAA  1050

seq1  ATTTGTGCACAATGAATTC  1057
      |||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGCACAATGAATTC  1069


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |