BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176D10
Chromosome4 (Build37)
Map Location 75,074,313 - 75,222,707
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040258, LOC100039814, LOC636847, 3110001D03Rik, LOC623529, LOC100039833
Downstream geneLOC100039884, LOC667845, Ptprd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176D10.bB6Ng01-176D10.g
ACCGA003810GA003811
length1,217886
definitionB6Ng01-176D10.b B6Ng01-176D10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,074,313 - 75,075,520)(75,221,824 - 75,222,707)
sequence
gaattctcgaataaaacctacagtggagaaaaggaagctaggcttgaaac
acaggagaagcagctctgcttccaataaccaggaagccacgggttttaat
caagctttgaaattcaagctcaagtgtatctatgtttaaaagcaatggtg
tctagcattttctaactattcttttgaattgaatacacagtgatttgatt
tcacctattaccctgtgtgctttgggccggtaagagttggtcgtatgctt
gaaagaaacaaagaaaccttgcagttcctttgctgatagttgaactgtac
ctggaaatgagtgttcatgctttatccaagactcatactgtaaatacgat
ccagtaataaccaagtacttttagttagctaagaatgattgtggttaaaa
ctaaactattcacataaaataggctgtttttaatcacaggaggaatggtg
tctaaaacaaaattcaatttgtcaacatagaaagtggggacttatgtaaa
gtttctgaatagagtaaatttggttcagtttgtacaaggttatgggctgc
agatagccagccatcttggtggaagacttactggatgatgtcctttataa
gtcatctcactggaggattctctgcatactatgtaacagtgccttggcca
gtctcacagttctactgacccagatatattaattgatagcaccatgcaag
tgagtacccaaattaagtttactaaattttttattttgttttgttttttt
ataatctgttgtatggagcctttttcccccctcacttatctgcttcccaa
gtccctactcaaaccaactaggtacaaatcctgtttggtgatgaactaaa
attaacagagacttttgcatgcccaaatcaaagcattttaatttttcatc
cagtagcaattctccccttttctttcaagctaattctgatttttttcctg
ggtttgatatatcctagcttaatctggataatgagaaaaaacaaaaatgt
ttgagagtgaaaaagaataaaacatactgacaggcttaggagctctttta
tgtagtatctttttctatacttctactggagaatgggaatgttaaggcta
gagctcagcaggcatctggacattatatgcttaatttcagctttgaactg
gagtctccaataaatttctacaggtctgccagtgagctccacttgagaaa
gtaaactgcataattac

gaattccacattgattcctttaagtgctgtgtccaaagcatgtggtatac
tcagcaacagggtctaaacttcaagttctgaaaggcaatgacaatagttt
gacaatgacaataactcttatagttattcaaacaactaagtaactaagaa
aggatctatgcaaaaatgttacacacacaagaaaacacattactggctac
acagtcttcagagtcctgtgcaaaatgtgaaagcttttgttcataaatca
ttccatatttcaaaatgggttacatcaagctgggctcttctggctactgt
ttatgtatccaaatctgtttatgaatgaaagtaatgggatcatggtatga
aacactgggaagctttaaaggaagtggcattattgtggcttttgtagaat
gattaagagttttgatatgcagtaagtgtacagcagaaactgaaggaaag
gtcatccagagactctcccacctggggattcatcccatatacagttacca
aacacagacactattgtggatgccaagaagttcatgctgaaaggagtctg
atatagctgtctcctgaaaggccctgccagaaccttataaacacagaggt
ggatgcttgcagctaatcattgggctgagcgaggggtccccaatagagta
gttagagaaaggacagaagaagttgaaggggtttgtaaccccataggaag
aacaacaatatcaaccaactagaccccccagaactcccagggactaagcc
atcaaccaaggagtacacatggctctagctgcatacatagcaccaataga
aaggagagggccttggtcctatgaaggcttggtagataccccagtgtagg
ggaatctagggcaggaggtgggaggtggggtgggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_75074313_75075520
seq2: B6Ng01-176D10.b_45_1261

seq1  GAATTCTCGAATAAAACCTACAGTGGAGAAAAGGAAGCTAGGCTTGAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGAATAAAACCTACAGTGGAGAAAAGGAAGCTAGGCTTGAAAC  50

seq1  ACAGGAGAAGCAGCTCTGCTTCCAATAACCAGGAAGCCACGGGTTTTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGAGAAGCAGCTCTGCTTCCAATAACCAGGAAGCCACGGGTTTTAAT  100

seq1  CAAGCTTTGAAATTCAAGCTCAAGTGTATCTATGTTTAAAAGCAATGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTTTGAAATTCAAGCTCAAGTGTATCTATGTTTAAAAGCAATGGTG  150

seq1  TCTAGCATTTTCTAACTATTCTTTTGAATTGAATACACAGTGATTTGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCATTTTCTAACTATTCTTTTGAATTGAATACACAGTGATTTGATT  200

seq1  TCACCTATTACCCTGTGTGCTTTGGGCCGGTAAGAGTTGGTCGTATGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTATTACCCTGTGTGCTTTGGGCCGGTAAGAGTTGGTCGTATGCTT  250

seq1  GAAAGAAACAAAGAAACCTTGCAGTTCCTTTGCTGATAGTTGAACTGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAACAAAGAAACCTTGCAGTTCCTTTGCTGATAGTTGAACTGTAC  300

seq1  CTGGAAATGAGTGTTCATGCTTTATCCAAGACTCATACTGTAAATACGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAATGAGTGTTCATGCTTTATCCAAGACTCATACTGTAAATACGAT  350

seq1  CCAGTAATAACCAAGTACTTTTAGTTAGCTAAGAATGATTGTGGTTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAATAACCAAGTACTTTTAGTTAGCTAAGAATGATTGTGGTTAAAA  400

seq1  CTAAACTATTCACATAAAATAGGCTGTTTTTAATCACAGGAGGAATGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACTATTCACATAAAATAGGCTGTTTTTAATCACAGGAGGAATGGTG  450

seq1  TCTAAAACAAAATTCAATTTGTCAACATAGAAAGTGGGGACTTATGTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAACAAAATTCAATTTGTCAACATAGAAAGTGGGGACTTATGTAAA  500

seq1  GTTTCTGAATAGAGTAAATTTGGTTCAGTTTGTACAAGGTTATGGGCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGAATAGAGTAAATTTGGTTCAGTTTGTACAAGGTTATGGGCTGC  550

seq1  AGATAGCCAGCCATCTTGGTGGAAGACTTACTGGATGATGTCCTTTATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCCAGCCATCTTGGTGGAAGACTTACTGGATGATGTCCTTTATAA  600

seq1  GTCATCTCACTGGAGGATTCTCTGCATACTATGTAACAGTGCCTTGGCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTCACTGGAGGATTCTCTGCATACTATGTAACAGTGCCTTGGCCA  650

seq1  GTCTCACAGTTCTACTGACCCAGATATATTAATTGATAGCACCATGCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCACAGTTCTACTGACCCAGATATATTAATTGATAGCACCATGCAAG  700

seq1  TGAGTACCCAAATTAAGTTTACTAAATTTTTTATTTTGTTTTGTTTTTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACCCAAATTAAGTTTACTAAATTTTTTATTTTGTTTTGTTTTTTT  750

seq1  ATAATCTGTTGTATGGAGCCTTTTTCCCCCCTCACTTATCTGCTTCCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTGTTGTATGGAGCCTTTTTCCCCCCTCACTTATCTGCTTCCCAA  800

seq1  GTCCCTACTCAAACCAACTAGGTACAAATCCTGTTTGGTGATGAACTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTACTCAAACCAACTAGGTACAAATCCTGTTTGGTGATGAACTAAA  850

seq1  ATTAACAGAGACTTTTGCATGCCCAAATCAAAGCATTTTAATTTTTCATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACAGAGACTTTTGCATGCCCAAATCAAAGCATTTTAATTTTTCATC  900

seq1  CAGTAGCAATTCTCCCCTTTTCTTTCAAGCTAATTCTGATTTTTTTCCT-  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGTAGCAATTCTCCCCTTTTCTTTCAAGCTAATTCTGATTTTTTTCCTG  950

seq1  GGTTTGATATATCCTAGCTTAATCTGGATAATGAGAAAAAACAAAAATGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGATATATCCTAGCTTAATCTGGATAATGAGAAAAAACAAAAATGT  1000

seq1  TTGAGAGTGAAAAAAGAATAAAACATACTGACAGGCTTAAGGAGCTC-TT  1048
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  TTGAGAGTG-AAAAAGAATAAAACATACTGACAGGCTT-AGGAGCTCTTT  1048

seq1  TATGTAGTATCTTTTCTAATACTTCCTACT-GAGAATGGGAATGTAAAGG  1097
      |||||||||||||||   |||||| ||||| |||||||||||||| ||||
seq2  TATGTAGTATCTTTTTCTATACTT-CTACTGGAGAATGGGAATGTTAAGG  1097

seq1  CTAGAGCTCCAGCAGCCATCTTGGACAT--AATGC-TAATTTCAGGTTTG  1144
      |||||||| |||||| |||| |||||||   |||| ||||||||| ||||
seq2  CTAGAGCT-CAGCAGGCATC-TGGACATTATATGCTTAATTTCAGCTTTG  1145

seq1  -ACT-GAGTCTCCAATAA--TTCTACA-GTCTG-CAGT-AGCTCCAAACT  1187
       ||| |||||||||||||  ||||||| ||||| |||| |||||| |  |
seq2  AACTGGAGTCTCCAATAAATTTCTACAGGTCTGCCAGTGAGCTCC-ACTT  1194

seq1  GAGAAAG-GAACTGCA-AATTAC  1208
      |||||||  ||||||| ||||||
seq2  GAGAAAGTAAACTGCATAATTAC  1217


seq1: chr4_75221824_75222707
seq2: B6Ng01-176D10.g_63_948 (reverse)

seq1  CACCCACCC--ACTCCCACCTCCCTGCCCTAGATTCCCCTACACTGGGGT  48
      |||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCACCCCACCTCCCACCT-CCTGCCCTAGATTCCCCTACACTGGGGT  49

seq1  ATCTACCAAGCCTTCATAGGACCAAGGCCCTCTCC-TTCTATTGGTGCTA  97
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATCTACCAAGCCTTCATAGGACCAAGGCCCTCTCCTTTCTATTGGTGCTA  99

seq1  TGTATGCAGCTAGAGCCATGTGTACTCCTTGGTTGATGGCTTAGTCCCTG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGCAGCTAGAGCCATGTGTACTCCTTGGTTGATGGCTTAGTCCCTG  149

seq1  GGAGTTCTGGGGGGTCTAGTTGGTTGATATTGTTGTTCTTCCTATGGGGT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTCTGGGGGGTCTAGTTGGTTGATATTGTTGTTCTTCCTATGGGGT  199

seq1  TACAAACCCCTTCAACTTCTTCTGTCCTTTCTCTAACTACTCTATTGGGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACCCCTTCAACTTCTTCTGTCCTTTCTCTAACTACTCTATTGGGG  249

seq1  ACCCCTCGCTCAGCCCAATGATTAGCTGCAAGCATCCACCTCTGTGTTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCGCTCAGCCCAATGATTAGCTGCAAGCATCCACCTCTGTGTTTA  299

seq1  TAAGGTTCTGGCAGGGCCTTTCAGGAGACAGCTATATCAGACTCCTTTCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTCTGGCAGGGCCTTTCAGGAGACAGCTATATCAGACTCCTTTCA  349

seq1  GCATGAACTTCTTGGCATCCACAATAGTGTCTGTGTTTGGTAACTGTATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAACTTCTTGGCATCCACAATAGTGTCTGTGTTTGGTAACTGTATA  399

seq1  TGGGATGAATCCCCAGGTGGGAGAGTCTCTGGATGACCTTTCCTTCAGTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGAATCCCCAGGTGGGAGAGTCTCTGGATGACCTTTCCTTCAGTT  449

seq1  TCTGCTGTACACTTACTGCATATCAAAACTCTTAATCATTCTACAAAAGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGTACACTTACTGCATATCAAAACTCTTAATCATTCTACAAAAGC  499

seq1  CACAATAATGCCACTTCCTTTAAAGCTTCCCAGTGTTTCATACCATGATC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATAATGCCACTTCCTTTAAAGCTTCCCAGTGTTTCATACCATGATC  549

seq1  CCATTACTTTCATTCATAAACAGATTTGGATACATAAACAGTAGCCAGAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTACTTTCATTCATAAACAGATTTGGATACATAAACAGTAGCCAGAA  599

seq1  GAGCCCAGCTTGATGTAACCCATTTTGAAATATGGAATGATTTATGAACA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAGCTTGATGTAACCCATTTTGAAATATGGAATGATTTATGAACA  649

seq1  AAAGCTTTCACATTTTGCACAGGACTCTGAAGACTGTGTAGCCAGTAATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTTCACATTTTGCACAGGACTCTGAAGACTGTGTAGCCAGTAATG  699

seq1  TGTTTTCTTGTGTGTGTAACATTTTTGCATAGATCCTTTCTTAGTTACTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCTTGTGTGTGTAACATTTTTGCATAGATCCTTTCTTAGTTACTT  749

seq1  AGTTGTTTGAATAACTATAAGAGTTATTGTCATTGTCAAACTATTGTCAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTTGAATAACTATAAGAGTTATTGTCATTGTCAAACTATTGTCAT  799

seq1  TGCCTTTCAGAACTTGAAGTTTAGACCCTGTTGCTGAGTATACCACATGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTCAGAACTTGAAGTTTAGACCCTGTTGCTGAGTATACCACATGC  849

seq1  TTTGGACACAGCACTTAAAGGAATCAATGTGGAATTC  884
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGACACAGCACTTAAAGGAATCAATGTGGAATTC  886


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |