BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-176J04
Chromosome4 (Build37)
Map Location 85,835,000 - 85,955,511
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAdamtsl1
Upstream geneSh3gl2, A930009N24, LOC668052
Downstream gene4930500O09Rik, Rraga, 6230416J20Rik, LOC100040388, Adfp, EG624685, Dennd4c, Rps6, Asah3l, Slc24a2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-176J04.bB6Ng01-176J04.g
ACCGA004075GA004076
length1,2111,165
definitionB6Ng01-176J04.b B6Ng01-176J04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(85,835,000 - 85,836,234)(85,954,338 - 85,955,511)
sequence
gaattcactgatagcatgctgtgatacagtgttctggccttgtaataagc
acaacatatctacagcaggaactctaaggatcatgatagaactgagattc
acaataggcactgtttcttaggggtcagagtaaaagcctactctgttcaa
taagaatagccttaccattccattaaaattctttataagtatagcttatt
tctttgggaaaactgacattagcaaccttgacttctcaagttgatctaaa
acaaagttgctgtcttatgcatgctttcgaggcatgtggacaaaggtttg
gagttattctactgatgcaattttgagataaactctgtatttgaccaaat
ttctttggatttacttaatagagattcaataagcatggatagaaatggca
atagagaaatgaatgatctgtagttgaaatcatctaagtctgtcaactgg
ggatgagtttgaaagttgttgaagaacaatacatataactttgtccaaga
agcttgaaacggataaaaagtaatatctagggaggtgaccaagcacagaa
ttgacagcaagagcaggaaacctcttctccaaggatatgagaccggacag
caggactcttagcttaccattgcatctccttacctctttttggtcctctc
tagccttgacacataaaccagcatacttgtctaatttcagataattactg
acttttaaatgagagttttattgcatgaaaaaattttgttgaattatgac
ccatatctggaattttgaactctttcgatcaaaatgtcaacaaaattatc
cagagctacgtatgcaagtgagggccagccctgacagcagaatggctgct
ctgtggtagcttattgaacaggcacattctaccagagcagaagaccagct
gctatccttttcttctcaacaagggctcctgtgtttgaacaaaaactatg
tgctgtatgcccagcagtagaaggagtctgagcagtgatgtcaaagtata
ccatgatgtcacacaattcacaaagaattgcagttaatgcatgtgaagtg
ctgcaaatcacacctttccctctggtacttcacagtctgaagagacagaa
gcagcagaggtcaagtcttggatattttgttcacattctcagacacctat
ttgagctgaaagaacagaacgcgttcagagtgtcctggcactctcgctag
agaatgaattc

gaattccttaagggggactagaagaaacacaaaagatcaaaggatgtggc
aggcattagagtgtaaaaccattctggaaggccaaaacttaaccaaaagc
ttatatgataaacaacatcaggaaaatcagggcttgctgtaaaactgtaa
ttgctgtagctcaggaaacaggagatagagccatgcttctcttggaagcc
tacccacttggcatgaggttttggctccataaaaataattgtagccaaga
ttaccaaacacctgaggtggcaaagcactgacttatatatgagagctgtg
tggccaacatgagtgcttttaccgtgccaactgcctcaccatcttaacca
tttctcaaaagaaaataaacaaaccaaagttatcagcattacgaattgta
tttgctaagctttgtttgatactcttaataaattattttatgtttatgtg
tgtgtgaacatatgtctatataccacgtacatatgcaagcctgtagaggc
cagcagagaggtcccattccctgggaataaaattatagacaattgttatg
ggccacgtaagtgttggggacagaatctatgtcttctgcaagagtgtaag
cacttctaatcactgaagcatctctccagcccctacaattgacatttttt
aaaggttctgagtagctcttgagattgtcatacttgtagcacacctactt
accatctcatgctattaactcaatatgcttctttcatggagtgggataaa
ggcagaatagcaccaacacttgtgacaactgtgcaaagtatcagtgtctt
ctctccatctttatactcttctatgacaacggccactgtcccaaacaccc
acatacctgttcacctctatacagtgtgatttcactagaacatctaagct
ccgggttgccattgtctttcaaactgtcttgtaggttttttatagattaa
aaatgagatagaattatttttatttacccacaagagaaatgaaaccttgt
catccattagccagtgcttgagcctacaggatactagattcggaaaaata
tttagccacagatgtagtattgcatattccattatacattgcagaggcaa
taagggatctcatgaagagagtatagtgagcctatttacaaagggtaagg
agtgtggagaaagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_85835000_85836234
seq2: B6Ng01-176J04.b_42_1252

seq1  GAATTCACTGATAGCATGCTGTGATACAGTGTTCTGGCCTTGTAATAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGATAGCATGCTGTGATACAGTGTTCTGGCCTTGTAATAAGC  50

seq1  ACAACATATCTACAGCAGGAACTCTAAGGATCATGATAGAACTGAGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATATCTACAGCAGGAACTCTAAGGATCATGATAGAACTGAGATTC  100

seq1  ACAATAGGCACTGTTTCTTAGGGGTCAGAGTAAAAGCCTACTCTGTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGGCACTGTTTCTTAGGGGTCAGAGTAAAAGCCTACTCTGTTCAA  150

seq1  TAAGAATAGCCTTACCATTCCATTAAAATTCTTTATAAGTATAGCTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAATAGCCTTACCATTCCATTAAAATTCTTTATAAGTATAGCTTATT  200

seq1  TCTTTGGGAAAACTGACATTAGCAACCTTGACTTCTCAAGTTGATCTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGGAAAACTGACATTAGCAACCTTGACTTCTCAAGTTGATCTAAA  250

seq1  ACAAAGTTGCTGTCTTATGCATGCTTTCGAGGCATGTGGACAAAGGTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTGCTGTCTTATGCATGCTTTCGAGGCATGTGGACAAAGGTTTG  300

seq1  GAGTTATTCTACTGATGCAATTTTGAGATAAACTCTGTATTTGACCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATTCTACTGATGCAATTTTGAGATAAACTCTGTATTTGACCAAAT  350

seq1  TTCTTTGGATTTACTTAATAGAGATTCAATAAGCATGGATAGAAATGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGATTTACTTAATAGAGATTCAATAAGCATGGATAGAAATGGCA  400

seq1  ATAGAGAAATGAATGATCTGTAGTTGAAATCATCTAAGTCTGTCAACTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAAATGAATGATCTGTAGTTGAAATCATCTAAGTCTGTCAACTGG  450

seq1  GGATGAGTTTGAAAGTTGTTGAAGAACAATACATATAACTTTGTCCAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGTTTGAAAGTTGTTGAAGAACAATACATATAACTTTGTCCAAGA  500

seq1  AGCTTGAAACGGATAAAAAGTAATATCTAGGGAGGTGACCAAGCACAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAAACGGATAAAAAGTAATATCTAGGGAGGTGACCAAGCACAGAA  550

seq1  TTGACAGCAAGAGCAGGAAACCTCTTCTCCAAGGATATGAGACCGGACAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGCAAGAGCAGGAAACCTCTTCTCCAAGGATATGAGACCGGACAG  600

seq1  CAGGACTCTTAGCTTACCATTGCATCTCCTTACCTCTTTTTGGTCCTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGACTCTTAGCTTACCATTGCATCTCCTTACCTCTTTTTGGTCCTCTC  650

seq1  TAGCCTTGACACATAAACCAGCATACTTGTCTAATTTCAGATAATTACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTGACACATAAACCAGCATACTTGTCTAATTTCAGATAATTACTG  700

seq1  ACTTTTAAATGAGAGTTTTATTGCATGAAAAAATTTTGTTGAATTATGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTAAATGAGAGTTTTATTGCATGAAAAAATTTTGTTGAATTATGAC  750

seq1  CCATATCTGGAATTTTGAACTCTTTCGATCAAAATGTCAACAAAATTATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCTGGAATTTTGAACTCTTTCGATCAAAATGTCAACAAAATTATC  800

seq1  CAGAGCTACGTATGCAAGTGAGGGCCAGCCCTGACAGCAGAATGGCTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTACGTATGCAAGTGAGGGCCAGCCCTGACAGCAGAATGGCTGCT  850

seq1  CTGTGGTAGCTTATTGAACAGGCACATTCTACCAGAGCAGAAGACCAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTAGCTTATTGAACAGGCACATTCTACCAGAGCAGAAGACCAGCT  900

seq1  GCTATCC-TTTCTTCTCAACAAAGGGCTCCTGTGTTTGAACAAAAACTAT  949
      ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCCTTTTCTTCTCAAC-AAGGGCTCCTGTGTTTGAACAAAAACTAT  949

seq1  GTGCTGTATGCCCAGCAGTAGAAGGGAGTCTGAGCAGTGATGTCAAAGTA  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTATGCCCAGCAGTAGAA-GGAGTCTGAGCAGTGATGTCAAAGTA  998

seq1  TACCATGATGTCACCACAATTCACAAAGAATTGCAGTTAATGCCATGTGA  1049
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACCATGATGTCA-CACAATTCACAAAGAATTGCAGTTAATG-CATGTGA  1046

seq1  AGTGCTGCCAAATCCAACACTTTCCCTCTTGGGTACTTCACAGTCTG-AG  1098
      ||||||| ||||||  || ||||||||||  |||||||||||||||| ||
seq2  AGTGCTG-CAAATCACAC-CTTTCCCTCT--GGTACTTCACAGTCTGAAG  1092

seq1  AGACAGAAGCAAGGCCAGAGGTCAGGTCTTTGTATAATTTTGTTTCACAT  1148
      |||||||||||    ||||||||| ||| ||| || |||||| |||||||
seq2  AGACAGAAGCA---GCAGAGGTCAAGTC-TTGGAT-ATTTTG-TTCACAT  1136

seq1  TCTCCAGACACCCTAATTTTGGAAGCAGAGAAGAGACAAGACAGCCTGTT  1198
      ||| |||||| ||||  ||||  ||| || |||| || |||  ||  |||
seq2  TCT-CAGACA-CCTA--TTTG--AGCTGA-AAGA-AC-AGAACGC--GTT  1175

seq1  AAAGAAAGGTG-CCTGGCCATCT-GC-AGAGAATGAATTC  1235
        |||   ||| ||||||  ||| || |||||||||||||
seq2  -CAGA---GTGTCCTGGCACTCTCGCTAGAGAATGAATTC  1211


seq1: chr4_85954338_85955511
seq2: B6Ng01-176J04.g_64_1228 (reverse)

seq1  CTCTTTCCTCCACACTTTCCTTA-CCTTTGGTAATA-GCTCACTATACTC  48
      |||||| ||||||||  |||||| ||||||  |||| |||||||||||||
seq2  CTCTTT-CTCCACAC--TCCTTACCCTTTGTAAATAGGCTCACTATACTC  47

seq1  TCTTTTCATGAGATCCCTTTATTTGGCTTCTGCATTGTATATGGGAATAT  98
      ||  ||||||||||||| |||||  || |||||| ||||||  |||||||
seq2  TC--TTCATGAGATCCC-TTATT--GCCTCTGCAATGTATAATGGAATAT  92

seq1  GCAATACTTACCTTCCTGTGCTTAAATTATTTTTCCGAATCTAGTATCCT  148
      ||||||| ||| |  |||||  |||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATAC-TACAT--CTGTGGCTAAA-TATTTTTCCGAATCTAGTATCCT  138

seq1  GTAGGCTCAAGCACTGGCTAATGGATGACAAGGTTTCATTTCTCTTGTGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCTCAAGCACTGGCTAATGGATGACAAGGTTTCATTTCTCTTGTGG  188

seq1  GTAAATAAAAATAATTCTATCTCATTTTTAATCTAT-AAAAACCTACAAG  247
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTAAATAAAAATAATTCTATCTCATTTTTAATCTATAAAAAACCTACAAG  238

seq1  ACAGTTTGAAAGACAATGGCAACCCGGAGCTTAGATGTTCTAGTGAAATC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTGAAAGACAATGGCAACCCGGAGCTTAGATGTTCTAGTGAAATC  288

seq1  ACACTGTATAGAGGTGAACAGGTATGTGGGTGTTTGGGACAGTGGCCGTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTATAGAGGTGAACAGGTATGTGGGTGTTTGGGACAGTGGCCGTT  338

seq1  GTCATAGAAGAGTATAAAGATGGAGAGAAGACACTGATACTTTGCACAGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGAAGAGTATAAAGATGGAGAGAAGACACTGATACTTTGCACAGT  388

seq1  TGTCACAAGTGTTGGTGCTATTCTGCCTTTATCCCACTCCATGAAAGAAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAAGTGTTGGTGCTATTCTGCCTTTATCCCACTCCATGAAAGAAG  438

seq1  CATATTGAGTTAATAGCATGAGATGGTAAGTAGGTGTGCTACAAGTATGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGAGTTAATAGCATGAGATGGTAAGTAGGTGTGCTACAAGTATGA  488

seq1  CAATCTCAAGAGCTACTCAGAACCTTTAAAAAATGTCAATTGTAGGGGCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCAAGAGCTACTCAGAACCTTTAAAAAATGTCAATTGTAGGGGCT  538

seq1  GGAGAGATGCTTCAGTGATTAGAAGTGCTTACACTCTTGCAGAAGACATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGATGCTTCAGTGATTAGAAGTGCTTACACTCTTGCAGAAGACATA  588

seq1  GATTCTGTCCCCAACACTTACGTGGCCCATAACAATTGTCTATAATTTTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGTCCCCAACACTTACGTGGCCCATAACAATTGTCTATAATTTTA  638

seq1  TTCCCAGGGAATGGGACCTCTCTGCTGGCCTCTACAGGCTTGCATATGTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGGGAATGGGACCTCTCTGCTGGCCTCTACAGGCTTGCATATGTA  688

seq1  CGTGGTATATAGACATATGTTCACACACACATAAACATAAAATAATTTAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGTATATAGACATATGTTCACACACACATAAACATAAAATAATTTAT  738

seq1  TAAGAGTATCAAACAAAGCTTAGCAAATACAATTCGTAATGCTGATAACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGTATCAAACAAAGCTTAGCAAATACAATTCGTAATGCTGATAACT  788

seq1  TTGGTTTGTTTATTTTCTTTTGAGAAATGGTTAAGATGGTGAGGCAGTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTTGTTTATTTTCTTTTGAGAAATGGTTAAGATGGTGAGGCAGTTG  838

seq1  GCACGGTAAAAGCACTCATGTTGGCCACACAGCTCTCATATATAAGTCAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGGTAAAAGCACTCATGTTGGCCACACAGCTCTCATATATAAGTCAG  888

seq1  TGCTTTGCCACCTCAGGTGTTTGGTAATCTTGGCTACAATTATTTTTATG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGCCACCTCAGGTGTTTGGTAATCTTGGCTACAATTATTTTTATG  938

seq1  GAGCCAAAACCTCATGCCAAGTGGGTAGGCTTCCAAGAGAAGCATGGCTC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAAAACCTCATGCCAAGTGGGTAGGCTTCCAAGAGAAGCATGGCTC  988

seq1  TATCTCCTGTTTCCTGAGCTACAGCAATTACAGTTTTACAGCAAGCCCTG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCTGTTTCCTGAGCTACAGCAATTACAGTTTTACAGCAAGCCCTG  1038

seq1  ATTTTCCTGATGTTGTTTATCATATAAGCTTTTGGTTAAGTTTTGGCCTT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCTGATGTTGTTTATCATATAAGCTTTTGGTTAAGTTTTGGCCTT  1088

seq1  CCAGAATGGTTTTACACTCTAATGCCTGCCACATCCTTTGATCTTTTGTG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAATGGTTTTACACTCTAATGCCTGCCACATCCTTTGATCTTTTGTG  1138

seq1  TTTCTTCTAGTCCCCCTTAAGGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTAGTCCCCCTTAAGGAATTC  1165


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |