BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177L13
Chromosome4 (Build37)
Map Location 76,364,616 - 76,524,001
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667858, LOC667862
Upstream geneLOC100039884, LOC667845, Ptprd
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177L13.bB6Ng01-177L13.g
ACCGA004912GA004913
length1,1251,050
definitionB6Ng01-177L13.b B6Ng01-177L13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,364,616 - 76,365,744)(76,522,946 - 76,524,001)
sequence
gaattctgaaatagttcatttgttatgtcaactagaaacattatatgaca
tctaaaaatcacgttaagatttattgaagcagtataaaatagattttaat
ggtagtctggtatgacatgaaaacagtattctcattaaaagcacaagaat
tattggtatcacattgtaaaagaatttacactatgttcaagtctaagtgt
gttactgtactaattgagatgtttgccacattaaagatattaagaaacac
tgagaaacctagattaacattgccaaatttgaggggtgattagatttgcc
tcacttagtatcagtgaaagtcacagactcacccacagcttagaaacaaa
aatatgttaccagtctaaccactttaaagatgttcctaccactttgcttt
tcatacaaatttagttattgatcacatgtaattaaggaattctgagagca
ggagaaagtttcatcctcaataaagagcataacaattggttatcctataa
taaatggtcaactctgaaacatatacaaataatatacagactgggaatgt
tgtacttacttatatacatagtagtatatatgtatatacatttatatgta
gataacagtaattcatgaaagtccataaatttgaaagcacacagggagtg
tatgggaaattttagaggaagaaaaggaaagggaggaatgatgtaattgc
attatgacctcaaaacacacacaaaatataattttcaaagaatccaagtg
tgtgtgtggctatgtaatattccaatgttggccacagtgagtctatatat
ttttatataatgcactatggatatactaaatttatctatattgttaaata
gagatagtgttcttaggaaccactgtctatagaaagagattttattatat
tggaagataacctttgtagaggtaatttcatattattaaggatgatttat
aatttttctttgtcataagatatttattgtacagaatgtcagttgagtat
gcttatcactttaagaatacattacatttagatacgttgtataattcaaa
aatatcccaacaactacactgcttctattgaaaatgtcctgactcgataa
caaatatgcatttgatgaatctaaa

gaattcactatgactagaggagttaatgaaggacagctctactggtagca
ttaggtgacattagagaaaatgggagtggcagaatgtcttcttattgttc
ttaaatatcctctcttgtattagaatacatcaagaatactctcaacaaat
agatactagtgctaaccaaacacttgaacacctaacctacaaaacaataa
tccaaacaaacattttaaaaatatattatgtgatatcacattttttgggt
aagcaatagataatagattattaagtccataatgatttctgtgtgttgag
cttactatacatgaccatcattatgctttgattcagggattttcaagtgt
aatcattaactgactttacaatcttaacatgaaatacaatacttacacat
tgttgaacatgatggtaaaacaaaaatgattagtataagcttggaaaata
tctagtagtttaagaagttgattataaatctcaatccttaaactcatgca
gaaactgtaagggtgtgtggggggtattctacaatgatgctattgtatct
gatacaaaaatgaagtcaaagaaaactaagaagccacacttgctcaagcc
taaaagctacactagagaaaacaaataaacaaacaaaaaacagaaaacaa
catccacaaaggcagaaatgcttgtaatctttgtgtccaaaaaagtgttc
atatttgaaaactataataacaagaaaatcaagatactgcctaatgaagc
aatgtaaaaaacccctaacaaaccttttccttcaagagaacacataataa
tcaacaggcatagaatagcttcgaaaccacaattaatcatcagggctaaa
aatttctgaggatgattaagaatttacaggtttaagaatcattattttat
gttcacacttgacctcaagagttgcaagatttattctgaatataccaagg
cctttagaaaaagaagtggaaactagtactcagtctataataattacatg
gcaccttaatgaaatattattttaggatcacttccgaatcacacaatttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_76364616_76365744
seq2: B6Ng01-177L13.b_44_1168

seq1  GAATTCTGAAATAGTTCATTTGTTATGTCAACTAGAAACATTATATGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAATAGTTCATTTGTTATGTCAACTAGAAACATTATATGACA  50

seq1  TCTAAAAATCACGTTAAGATTTATTGAAGCAGTATAAAATAGATTTTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAATCACGTTAAGATTTATTGAAGCAGTATAAAATAGATTTTAAT  100

seq1  GGTAGTCTGGTATGACATGAAAACAGTATTCTCATTAAAAGCACAAGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTCTGGTATGACATGAAAACAGTATTCTCATTAAAAGCACAAGAAT  150

seq1  TATTGGTATCACATTGTAAAAGAATTTACACTATGTTCAAGTCTAAGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTATCACATTGTAAAAGAATTTACACTATGTTCAAGTCTAAGTGT  200

seq1  GTTACTGTACTAATTGAGATGTTTGCCACATTAAAGATATTAAGAAACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTGTACTAATTGAGATGTTTGCCACATTAAAGATATTAAGAAACAC  250

seq1  TGAGAAACCTAGATTAACATTGCCAAATTTGAGGGGTGATTAGATTTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAACCTAGATTAACATTGCCAAATTTGAGGGGTGATTAGATTTGCC  300

seq1  TCACTTAGTATCAGTGAAAGTCACAGACTCACCCACAGCTTAGAAACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTAGTATCAGTGAAAGTCACAGACTCACCCACAGCTTAGAAACAAA  350

seq1  AATATGTTACCAGTCTAACCACTTTAAAGATGTTCCTACCACTTTGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTTACCAGTCTAACCACTTTAAAGATGTTCCTACCACTTTGCTTT  400

seq1  TCATACAAATTTAGTTATTGATCACATGTAATTAAGGAATTCTGAGAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACAAATTTAGTTATTGATCACATGTAATTAAGGAATTCTGAGAGCA  450

seq1  GGAGAAAGTTTCATCCTCAATAAAGAGCATAACAATTGGTTATCCTATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAAGTTTCATCCTCAATAAAGAGCATAACAATTGGTTATCCTATAA  500

seq1  TAAATGGTCAACTCTGAAACATATACAAATAATATACAGACTGGGAATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGTCAACTCTGAAACATATACAAATAATATACAGACTGGGAATGT  550

seq1  TGTACTTACTTATATACATAGTAGTATATATGTATATACATTTATATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTTACTTATATACATAGTAGTATATATGTATATACATTTATATGTA  600

seq1  GATAACAGTAATTCATGAAAGTCCATAAATTTGAAAGCACACAGGGAGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACAGTAATTCATGAAAGTCCATAAATTTGAAAGCACACAGGGAGTG  650

seq1  TATGGGAAATTTTAGAGGAAGAAAAGGAAAGGGAGGAATGATGTAATTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGAAATTTTAGAGGAAGAAAAGGAAAGGGAGGAATGATGTAATTGC  700

seq1  ATTATGACCTCAAAACACACACAAAATATAATTTTCAAAGAATCCAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGACCTCAAAACACACACAAAATATAATTTTCAAAGAATCCAAGTG  750

seq1  TGTGTGTGGCTATGTAATATTCCAATGTTGGCCACAGTGAGTCTATATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGCTATGTAATATTCCAATGTTGGCCACAGTGAGTCTATATAT  800

seq1  TTTTATATAATGCACTATGGATATACTAAATTTATCTATATTGTTAAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATATAATGCACTATGGATATACTAAATTTATCTATATTGTTAAATA  850

seq1  GAGATAGTGTTCTTAGGAACCACTGTCTATAGAAAGAGATTTTATTATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGTGTTCTTAGGAACCACTGTCTATAGAAAGAGATTTTATTATAT  900

seq1  TGGAAGATAACCTTTGTAGAGGTAATTTCATATTATTAA-GATGA-TTAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  TGGAAGATAACCTTTGTAGAGGTAATTTCATATTATTAAGGATGATTTAT  950

seq1  AATTTTTCTTTGTCATAAGATATTTATTGTACAG-ATGTCAGTTGAGTAT  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATTTTTCTTTGTCATAAGATATTTATTGTACAGAATGTCAGTTGAGTAT  1000

seq1  GCTTATCAC-TTAAG-ATACATTACATTTAGATACCTTTGTATAAT--CA  1043
      ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||||   |
seq2  GCTTATCACTTTAAGAATACATTACATTTAGATA-CGTTGTATAATTCAA  1049

seq1  AAATATTCCCACAACTACCACTGTCTTCTATATGAAAATGTTCCTGACTC  1093
      |||||| || ||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||||||||
seq2  AAATATCCCAACAACTA-CACTG-CTTCTAT-TGAAAATG-TCCTGACTC  1095

seq1  GATAACAAATATGGTAATTTTTGGAGTGAATCTAAA  1129
      |||||||||||||   ||||   || ||||||||||
seq2  GATAACAAATATG--CATTT---GA-TGAATCTAAA  1125


seq1: chr4_76522946_76524001
seq2: B6Ng01-177L13.g_68_1117 (reverse)

seq1  AAAATTGTTGTGATTTCTGGAAGTGATCCTAAAATAATA-CTCATTAAGT  49
      ||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||  |||||||| 
seq2  AAAATTG-TGTGATT--CGGAAGTGATCCTAAAATAATATTTCATTAAG-  46

seq1  GTGCCTATGATGTATTTA-TAGGGACCGTGAGTACTAGGTTTTCAC-TCT  97
      |||||    ||||| ||| ||  |||  ||||||||| |||| ||| |||
seq2  GTGCC----ATGTAATTATTATAGAC--TGAGTACTA-GTTTCCACTTCT  89

seq1  TTTTCTAAA-GCCCTGGTATA-TCAG-ATAAATCTTGC-ACTCTTGA-GT  142
      ||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||| ||
seq2  TTTTCTAAAGGCCTTGGTATATTCAGAATAAATCTTGCAACTCTTGAGGT  139

seq1  C-AGTGTGGACATAAAATAATGATTCTTAAA-CTGTTAATTCTTAATCAT  190
      | |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| 
seq2  CAAGTGTGAACATAAAATAATGATTCTTAAACCTGTAAATTCTTAATCA-  188

seq1  TCTTCAGAAATTTTTAGCCCTGATGATTAATTGT-GTTTCGAAGCTTATT  239
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  TCCTCAGAAATTTTTAGCCCTGATGATTAATTGTGGTTTCGAAGC-TATT  237

seq1  CTATGCCTGTTGATTATTTATGTGTTCTCTTTTGAAGGAAAAAGGTTTGT  289
      |||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||
seq2  CTATGCCTGTTGATTA-TTATGTGTTCTC--TTGAAGG-AAAAGGTTTGT  283

seq1  TAGGGGTTTTTTACATTGCTTCATTAGGCAGTATCTTGATTTTCTTGTTA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGTTTTTTACATTGCTTCATTAGGCAGTATCTTGATTTTCTTGTTA  333

seq1  TTATAGTTTTCAAATATGAACACTTTTTTGGACACAAAGATTACAAGCAT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTTTTCAAATATGAACACTTTTTTGGACACAAAGATTACAAGCAT  383

seq1  TTCTGCCTTTGTGGATGTTGTTTTCTGTTTTTTGTTTGTTTATTTGTTTT  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTTTGTGGATGTTGTTTTCTGTTTTTTGTTTGTTTATTTGTTTT  433

seq1  CTCTAGTGTAGCTTTTAGGCTTGAGCAAGTGTGGCTTCTTAGTTTTCTTT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGTGTAGCTTTTAGGCTTGAGCAAGTGTGGCTTCTTAGTTTTCTTT  483

seq1  GACTTCATTTTTGTATCAGATACAATAGCATCATTGTAGAATACCCCCCA  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCATTTTTGTATCAGATACAATAGCATCATTGTAGAATACCCCCCA  533

seq1  CACACCCTTACAGTTTCTGCATGAGTTTAAGGATTGAGATTTATAATCAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCTTACAGTTTCTGCATGAGTTTAAGGATTGAGATTTATAATCAA  583

seq1  CTTCTTAAACTACTAGATATTTTCCAAGCTTATACTAATCATTTTTGTTT  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTAAACTACTAGATATTTTCCAAGCTTATACTAATCATTTTTGTTT  633

seq1  TACCATCATGTTCAACAATGTGTAAGTATTGTATTTCATGTTAAGATTGT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCATCATGTTCAACAATGTGTAAGTATTGTATTTCATGTTAAGATTGT  683

seq1  AAAGTCAGTTAATGATTACACTTGAAAATCCCTGAATCAAAGCATAATGA  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGTTAATGATTACACTTGAAAATCCCTGAATCAAAGCATAATGA  733

seq1  TGGTCATGTATAGTAAGCTCAACACACAGAAATCATTATGGACTTAATAA  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATGTATAGTAAGCTCAACACACAGAAATCATTATGGACTTAATAA  783

seq1  TCTATTATCTATTGCTTACCCAAAAAATGTGATATCACATAATATATTTT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTATCTATTGCTTACCCAAAAAATGTGATATCACATAATATATTTT  833

seq1  TAAAATGTTTGTTTGGATTATTGTTTTGTAGGTTAGGTGTTCAAGTGTTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGTTTGTTTGGATTATTGTTTTGTAGGTTAGGTGTTCAAGTGTTT  883

seq1  GGTTAGCACTAGTATCTATTTGTTGAGAGTATTCTTGATGTATTCTAATA  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGCACTAGTATCTATTTGTTGAGAGTATTCTTGATGTATTCTAATA  933

seq1  CAAGAGAGGATATTTAAGAACAATAAGAAGACATTCTGCCACTCCCATTT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAGGATATTTAAGAACAATAAGAAGACATTCTGCCACTCCCATTT  983

seq1  TCTCTAATGTCACCTAATGCTACCAGTAGAGCTGTCCTTCATTAACTCCT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAATGTCACCTAATGCTACCAGTAGAGCTGTCCTTCATTAACTCCT  1033

seq1  CTAGTCATAGTGAATTC  1056
      |||||||||||||||||
seq2  CTAGTCATAGTGAATTC  1050


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |