BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-181O21
Chromosome4 (Build37)
Map Location 15,025,479 - 15,126,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEfcbp1
Upstream geneLOC625831, LOC433687, LOC100040030, LOC433688, Slc26a7, 1700034K16Rik, Otud6b, LOC100040047, Tmem55a, OTTMUSG00000004551
Downstream geneTmem64, LOC100040095, LOC633695, Calb1, Decr1, Nbn, Osgin2, Ripk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-181O21.bB6Ng01-181O21.g
ACCGA007960GA007961
length1,1191,134
definitionB6Ng01-181O21.b B6Ng01-181O21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,025,479 - 15,026,614)(15,125,382 - 15,126,509)
sequence
gaattctttagtctttccttaaacaactgatcttgacagagtaaagcagg
tgacctcccagagatcagtgaactctaccatcacttttggcagtctgcaa
atattccttaaaagttagttgctcataaataacttccagacagtataatt
tttaaaaaatgttgtttcatcataagaattctttgtaagaaagttatacc
tagtcatgctaaatgatattccataattaaaattaaacactgtaaaaatt
atgggttaaagtcatacatgcatggagatatcaagaggtgagggtttctt
cccatactttgctgtcatggagagcagaagccaagagctaggatggaaca
agagtcagttttgtgaattatatgaaaaaaaatttcccactcttgagtgg
atatcagcatcctttaaatatggagaaatgtttattcacttatatataac
atggcatgtggtaccttctgcatgtattgaataactaaacaaataagtag
ggataaatgattaatttcatggaatctgcaaactcaaccagaataattgc
tatcaaatttgacattctggattgtcacaataaaaaggaaaaaagtctca
gcaaaaaataaaaaataaaaaaataaattaaaaaaaataaaagaaattct
tcattgtggtctcaagtaagtctttatgcttttcaaccccatggcaatta
ggatgagaagatcaagaaattaggtgtgcagctcatcaaaccctatggtc
ccatagaggtagatttctaatcatgctggattgctttatgcttaacctaa
agttgattaaaaatagaatccctgaaaaatcataaaaatgaaattaaacc
cttaaagccattagtgaacgagacaagaacaataatgttcacccgaggct
ggtgcccagcttccaacctattagattctgtgataagtgctgaaagcttt
tgttacgtagtctagcgttttcttaccgagacacctttaaggcagatgag
agtgcatattctatgtagtagcactgcttccaagcatagaaactatttta
catataatgagacatatattgtgaaaaaataaattattcattgtacatat
tctgtgtctgtaatgtaca
gaattcattggcagtgcctgttgtgaaatggggcagtgaaggagaatcta
gcaatgagatgacatttgaggttaatctagaacaggtacaatcacactag
gaaactttgtggtctctctaatgagtggtaagcaagaaaagaaaatgata
atgttttcaaattctacctttccaacttctatacataaatccaacccaag
gagattagccatacttacaaaaacacaggctataatttatcttgatctca
acactctagagaaatatcataggagcattgttaatctaattttcacaaga
cagaactactgactacatatttttctatagatttctgtatcattttggat
attcccacttataattaatcatggcccaaactcccctactaaactcacac
attactagagaccttgtagactgggagaagtccagctagggtgcctgtct
gccaaaatcccccattatctcactatttgagcatcctaccaccatatccc
ctgtttctgtgccttcttagtttcctggtccaaaccttcaacctacacta
ctagagaccaagcaaaccagaagtccaggtaggctgctgcaggtctagct
cccccactctcttaagatcccagcatctccccaacaccagtcttgttctc
cctagttgcctttccccagactccaactggggtggagactcctcactcta
ccagaggccacacagaccagaagtacagagaaggaaacagaaaccaagga
acaaaacactctacaaagacaaatttagaaatggtacctagatctttaat
tactccaaacccagatgcctagaggcagcacaagaacatgagaaacaaca
gctaaagcataatgataataccaaaacctagctatcctactgcaccaagc
cctgatacagagatctaaaggaaactatgtaaataggccaacagtagcac
cagaggcatcaagaattctaacaaaagtttataagtggtggtgttttggt
ggggaaattgcagctggtctccagttagagctgagagctggaccccggtg
gtcataatcacctacatgaacacagtagcaattcttgtcatgatcctggg
aactctgcccttgacttaagggtaccacctccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_15025479_15026614
seq2: B6Ng01-181O21.b_43_1161

seq1  GAATTCTTTAGTCTTTCCTTAAACAACTGATCTTGACAGAGTAAAGCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGTCTTTCCTTAAACAACTGATCTTGACAGAGTAAAGCAGG  50

seq1  TGACCTCCCAGAGATCAGTGAACTCTACCATCACTTTTGGCAGTCTGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCCCAGAGATCAGTGAACTCTACCATCACTTTTGGCAGTCTGCAA  100

seq1  ATATTCCTTAAAAGTTAGTTGCTCATAAATAACTTCCAGACAGTATAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTTAAAAGTTAGTTGCTCATAAATAACTTCCAGACAGTATAATT  150

seq1  TTTAAAAAATGTTGTTTCATCATAAGAATTCTTTGTAAGAAAGTTATACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAATGTTGTTTCATCATAAGAATTCTTTGTAAGAAAGTTATACC  200

seq1  TAGTCATGCTAAATGATATTCCATAATTAAAATTAAACACTGTAAAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGCTAAATGATATTCCATAATTAAAATTAAACACTGTAAAAATT  250

seq1  ATGGGTTAAAGTCATACATGCATGGAGATATCAAGAGGTGAGGGTTTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTTAAAGTCATACATGCATGGAGATATCAAGAGGTGAGGGTTTCTT  300

seq1  CCCATACTTTGCTGTCATGGAGAGCAGAAGCCAAGAGCTAGGATGGAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATACTTTGCTGTCATGGAGAGCAGAAGCCAAGAGCTAGGATGGAACA  350

seq1  AGAGTCAGTTTTGTGAATTATATGAAAAAAAATTTCCCACTCTTGAGTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAGTTTTGTGAATTATATGAAAAAAAATTTCCCACTCTTGAGTGG  400

seq1  ATATCAGCATCCTTTAAATATGGAGAAATGTTTATTCACTTATATATAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGCATCCTTTAAATATGGAGAAATGTTTATTCACTTATATATAAC  450

seq1  ATGGCATGTGGTACCTTCTGCATGTATTGAATAACTAAACAAATAAGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCATGTGGTACCTTCTGCATGTATTGAATAACTAAACAAATAAGTAG  500

seq1  GGATAAATGATTAATTTCATGGAATCTGCAAACTCAACCAGAATAATTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAATGATTAATTTCATGGAATCTGCAAACTCAACCAGAATAATTGC  550

seq1  TATCAAATTTGACATTCTGGATTGTCACAATAAAAAGGAAAAAAGTCTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAATTTGACATTCTGGATTGTCACAATAAAAAGGAAAAAAGTCTCA  600

seq1  GCAAAAAATAAAAAATAAAAAAATAAATTAAAAAAAATAAAAGAAATTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAAATAAAAAATAAAAAAATAAATTAAAAAAAATAAAAGAAATTCT  650

seq1  TCATTGTGGTCTCAAGTAAGTCTTTATGCTTTTCAACCCCATGGCAATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTGGTCTCAAGTAAGTCTTTATGCTTTTCAACCCCATGGCAATTA  700

seq1  GGATGAGAAGATCAAGAAAATTAGGTGTGCAGCTCATCAAACCCTATGGT  750
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAGAAGATCAAG-AAATTAGGTGTGCAGCTCATCAAACCCTATGGT  749

seq1  CCCATAGAGGTAGATTTCTAATCATGCTGGATTGCTTTATGCTTAACCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATAGAGGTAGATTTCTAATCATGCTGGATTGCTTTATGCTTAACCTA  799

seq1  AAGTTGATTAAAAATAGAATCCCTGAAAAATCATAAAAATGAAATTAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGATTAAAAATAGAATCCCTGAAAAATCATAAAAATGAAATTAAAC  849

seq1  CCTTAAAGCCATTAGTGAACGAGACAAGAACAATAATGTTCACCCGAGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAGCCATTAGTGAACGAGACAAGAACAATAATGTTCACCCGAGGC  899

seq1  TGGTGCCCAGCTTCCAACCTATTAGATTCTGTGATAAGTGCTGAAAGCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCCAGCTTCCAACCTATTAGATTCTGTGATAAGTGCTGAAAGCTT  949

seq1  TTGTTACGTAGTCTAGCGTTTTCTTACCGAGACACCTTTTAAGGCCAGAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TTGTTACGTAGTCTAGCGTTTTCTTACCGAGACACC-TTTAAGG-CAGAT  997

seq1  GAGAGTGCAATATTCTATGTAGTAAGCACTGCTTCCCAAGCAATAGAAAC  1050
      |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||
seq2  GAGAGTGC-ATATTCTATGTAGT-AGCACTGCTT-CCAAGC-ATAGAAAC  1043

seq1  TATTTTTACATATAAATGAAGAACCATTAATATTGTGAAAAAATAAATTA  1100
      || |||||||||| |||| |||  |||  |||||||||||||||||||||
seq2  TA-TTTTACATAT-AATG-AGA--CAT--ATATTGTGAAAAAATAAATTA  1086

seq1  TTCATTTGTACATA-TCTGTGTCTGTTAAAATGTACA  1136
      |||| ||||||||| |||||||||||   ||||||||
seq2  TTCA-TTGTACATATTCTGTGTCTGT---AATGTACA  1119

seq1: chr4_15125382_15126509
seq2: B6Ng01-181O21.g_63_1196 (reverse)

seq1  TGGGAGGTGGTACC--TTAGGCAGGGGCCAGAGTT-CCAGGATCATGAC-  46
      ||||||||||||||  | || || ||| ||||||| ||||||||||||| 
seq2  TGGGAGGTGGTACCCTTAAGTCAAGGG-CAGAGTTCCCAGGATCATGACA  49

seq1  AGAATGCTTACTGTG-TCATGTAGGTGAATTATGACCACCGGGGTTCAGC  95
      |||||   ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  AGAATTGCTACTGTGTTCATGTAGGTG-ATTATGACCACCGGGGTCCAGC  98

seq1  TCTCAGCTCT-ACTGGAGACCAGCCTGCAATTTCCC--ACAAAACACCAC  142
      |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||
seq2  TCTCAGCTCTAACTGGAGACCAG-CTGCAATTTCCCCACCAAAACACCAC  147

seq1  CACTTATAAACTTTTGTTAGAATTCTTGATGCCTCTGGTGCTACTGTT-G  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACTTATAAACTTTTGTTAGAATTCTTGATGCCTCTGGTGCTACTGTTGG  197

seq1  CCTATTTACATAGTTTCCTTTAGATCTCTGTATCAGGGCTTGGTGCAGTA  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTACATAGTTTCCTTTAGATCTCTGTATCAGGGCTTGGTGCAGTA  247

seq1  GGATAGCTAGGTTTTGGTATTATCATTATGCTTTAGCTGTTGTTTCTCAT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGCTAGGTTTTGGTATTATCATTATGCTTTAGCTGTTGTTTCTCAT  297

seq1  GTTCTTGTGCTGCCTCTAGGCATCTGGGTTTGGAGTAATTAAAGATCTAG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTGTGCTGCCTCTAGGCATCTGGGTTTGGAGTAATTAAAGATCTAG  347

seq1  GTACCATTTCTAAATTTGTCTTTGTAGAGTGTTTTGTTCCTTGGTTTCTG  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATTTCTAAATTTGTCTTTGTAGAGTGTTTTGTTCCTTGGTTTCTG  397

seq1  TTTCCTTCTCTGTACTTCTGGTCTGTGTGGCCTCTGGTAGAGTGAGGAGT  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTCTCTGTACTTCTGGTCTGTGTGGCCTCTGGTAGAGTGAGGAGT  447

seq1  CTCCACCCCAGTTGGAGTCTGGGGAAAGGCAACTAGGGAGAACAAGACTG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACCCCAGTTGGAGTCTGGGGAAAGGCAACTAGGGAGAACAAGACTG  497

seq1  GTGTTGGGGAGATGCTGGGATCTTAAGAGAGTGGGGGAGCTAGACCTGCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGGGAGATGCTGGGATCTTAAGAGAGTGGGGGAGCTAGACCTGCA  547

seq1  GCAGCCTACCTGGACTTCTGGTTTGCTTGGTCTCTAGTAGTGTAGGTTGA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCTACCTGGACTTCTGGTTTGCTTGGTCTCTAGTAGTGTAGGTTGA  597

seq1  AGGTTTGGACCAGGAAACTAAGAAGGCACAGAAACAGGGGATATGGTGGT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGGACCAGGAAACTAAGAAGGCACAGAAACAGGGGATATGGTGGT  647

seq1  AGGATGCTCAAATAGTGAGATAATGGGGGATTTTGGCAGACAGGCACCCT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCTCAAATAGTGAGATAATGGGGGATTTTGGCAGACAGGCACCCT  697

seq1  AGCTGGACTTCTCCCAGTCTACAAGGTCTCTAGTAATGTGTGAGTTTAGT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGACTTCTCCCAGTCTACAAGGTCTCTAGTAATGTGTGAGTTTAGT  747

seq1  AGGGGAGTTTGGGCCATGATTAATTATAAGTGGGAATATCCAAAATGATA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGTTTGGGCCATGATTAATTATAAGTGGGAATATCCAAAATGATA  797

seq1  CAGAAATCTATAGAAAAATATGTAGTCAGTAGTTCTGTCTTGTGAAAATT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCTATAGAAAAATATGTAGTCAGTAGTTCTGTCTTGTGAAAATT  847

seq1  AGATTAACAATGCTCCTATGATATTTCTCTAGAGTGTTGAGATCAAGATA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAACAATGCTCCTATGATATTTCTCTAGAGTGTTGAGATCAAGATA  897

seq1  AATTATAGCCTGTGTTTTTGTAAGTATGGCTAATCTCCTTGGGTTGGATT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATAGCCTGTGTTTTTGTAAGTATGGCTAATCTCCTTGGGTTGGATT  947

seq1  TATGTATAGAAGTTGGAAAGGTAGAATTTGAAAACATTATCATTTTCTTT  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATAGAAGTTGGAAAGGTAGAATTTGAAAACATTATCATTTTCTTT  997

seq1  TCTTGCTTACCACTCATTAGAGAGACCACAAAGTTTCCTAGTGTGATTGT  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTTACCACTCATTAGAGAGACCACAAAGTTTCCTAGTGTGATTGT  1047

seq1  ACCTGTTCTAGATTAACCTCAAATGTCATCTCATTGCTAGATTCTCCTTC  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTTCTAGATTAACCTCAAATGTCATCTCATTGCTAGATTCTCCTTC  1097

seq1  ACTGCCCCATTTCACAACAGGCACTGCCAATGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCCCATTTCACAACAGGCACTGCCAATGAATTC  1134