BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183F16
Chromosome4 (Build37)
Map Location 153,310,939 - 153,509,927
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73
Upstream geneLOC100042089, Ajap1
Downstream geneWdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16, Prdm16, LOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183F16.bB6Ng01-183F16.g
ACCGA009000GA009001
length7971,143
definitionB6Ng01-183F16.b B6Ng01-183F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,509,136 - 153,509,927)(153,310,939 - 153,312,074)
sequence
cttgtatttaattttatgtatttacaacactcctccctgcataaggttct
acagtgtcagggtcaggcaggttctgcttgccccagctgtctgtttaaac
agaggctgctggggtgcttcacaagacatcaacatggctttcgggatagg
agaggcatcctgaagaagtagaaagagaaggggaggtgttatcctaggac
atctccactgaggctggagcgccggaccaaagaaacaaccctgtctgtga
aggaacaagagctctgaagacaggtctaggcaatggaggagacatgtgga
catcagagggccagtggatgtaacacttgatggcccttgcagatggagtc
aggttccccagagagtggcctatgagggaggaaagcagtcttcttccacc
tgcccagactctttgcttggtgcgtgactttgatggacattgcccagatt
gatgggagaaaaaaaaaattttttagaaccatgggtaggaccaaacacct
acaatggcaacactggagaggctggggtaaaggcatcaagaatccaagcc
cccacccccagggtcagctctgttgtgctgtccaagcagggtgcaagggc
ccactcttcccaaatgttgcagccagtgaggggcagggatagctctcctg
aacttatgacctttgtggacagctttccaactactggaagtgtggagagg
aggggcatcatctctacactccgtgtcatctcatgacaaacaagtggtag
agtcaagctattccattctcatgctcttaaggtctgttcacccacac
gaattcaaagagcactgttctcatctcaccccacggtcgatatggaaatt
gacgctcaaagggattaagtaatgcggtcaagctcagccggttgttgagc
tgcagagctgaacttaaatttttaagtcagatctgggtctggagcgagca
ctacattccatccaatcatgcgatgggccgccgaagggaaaaacaaaagc
aaaaacagagtgtattaaaccctcacatatcgcttttagattccttgttg
ggaacacttaaattttactgggagactttattatctcttctttgtacata
cacagaaaaggcaaacagaccaaaatgattgatctgctgtctctaaacgt
cctcactgccagagctgagctctcctgagccaccttctggctcagcacgg
atgtctgtggttttccacaaatcgtggtccctggggtgtggctccagggt
gacggaacaatgattaaacctgttgctgcacctggaacattttccaagcc
gctgctgctccttttgagcatgggtgtctgtccctctaaagaagtcagaa
aaggcttgttgaccatgaaggacccaagttcattcctggcctggtctttt
gttggtgtgtgggcaggagtttcaggtcttgaccatgtggcacctgctgc
ctgggcacatacaacacagagatagtgggatgagaaagggggactttggt
tggatggtgcagatcagcaggcaggatgcccatgttggcagagcaccggc
atgttcagtgcaccccatctgattcataagacagtggtgtgtagcacagt
tccctgcttcactgtaggggcatcagattggggaaaggcacaggtgccca
agctgtacagcaggaaggaggcagcccttcagactcaaactcgggctttg
ctactgccaaagcaacatctcattttacaatgactgagacaccaagcagg
agggaacactgaatcctttaaatggctgtcttctaagcctgggcttctgt
ccagaccttgggatgagcctgtaatggcctattcctggttaatcactgaa
actgtatctgaaatgaatttacagtctcaattgagcactcacttggtaat
cagattcttgaggcgtgaaaggacacagttctgacctggatct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_153509136_153509927
seq2: B6Ng01-183F16.b_44_840 (reverse)

seq1  GTGTGGGTGAGCAGACCCTCAGAGCATGAGTGTGGAATAGC-TGACTCTG  49
      |||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||||||| ||||||| 
seq2  GTGTGGGTGAACAGACCTTAAGAGCATGAGAATGGAATAGCTTGACTCTA  50

seq1  CCACTTGTCTGTCATGAGGTGGCACGG-GTGTAGAGATGATGCCCCTCCT  98
      |||||||| ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTGTTTGTCATGAGATGACACGGAGTGTAGAGATGATGCCCCTCCT  100

seq1  CTCCACACTTCCAGTAGTTGGAAAGCTGTCCAC-AAGGTCATAAGTTCAG  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CTCCACACTTCCAGTAGTTGGAAAGCTGTCCACAAAGGTCATAAGTTCAG  150

seq1  GAGAGCTATCCCTGCCCCTCACTGGCTGCAACATTTGGG-AGAGTGGGCC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGAGCTATCCCTGCCCCTCACTGGCTGCAACATTTGGGAAGAGTGGGCC  200

seq1  C-TGCACCCTGCTTGGACAGCACAACAGAGCTGACCCTGGGGGTGGGGGC  245
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCACCCTGCTTGGACAGCACAACAGAGCTGACCCTGGGGGTGGGGGC  250

seq1  TTGGATTCTTGATGCCTTTACCCCAGCCTCTCCAGTGTTGCCATTGTAGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTCTTGATGCCTTTACCCCAGCCTCTCCAGTGTTGCCATTGTAGG  300

seq1  TGTTTGGTCCTACCCATGGTTCTAAAAAATTTTTTTTTTCTCCCATCAAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGTCCTACCCATGGTTCTAAAAAATTTTTTTTTTCTCCCATCAAT  350

seq1  CTGGGCAATGTCCATCAAAGTCACGCACCAAGCAAAGAGTCTGGGCAGGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAATGTCCATCAAAGTCACGCACCAAGCAAAGAGTCTGGGCAGGT  400

seq1  GGAAGAAGACTGCTTTCCTCCCTCATAGGCCACTCTCTGGGGAACCTGAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAAGACTGCTTTCCTCCCTCATAGGCCACTCTCTGGGGAACCTGAC  450

seq1  TCCATCTGCAAGGGCCATCAAGTGTTACATCCACTGGCCCTCTGATGTCC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTGCAAGGGCCATCAAGTGTTACATCCACTGGCCCTCTGATGTCC  500

seq1  ACATGTCTCCTCCATTGCCTAGACCTGTCTTCAGAGCTCTTGTTCCTTCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCTCCTCCATTGCCTAGACCTGTCTTCAGAGCTCTTGTTCCTTCA  550

seq1  CAGACAGGGTTGTTTCTTTGGTCCGGCGCTCCAGCCTCAGTGGAGATGTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGGGTTGTTTCTTTGGTCCGGCGCTCCAGCCTCAGTGGAGATGTC  600

seq1  CTAGGATAACACCTCCCCTTCTCTTTCTACTTCTTCAGGATGCCTCTCCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGATAACACCTCCCCTTCTCTTTCTACTTCTTCAGGATGCCTCTCCT  650

seq1  ATCCCGAAAGCCATGTTGATGTCTTGTGAAGCACCCCAGCAGCCTCTGTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCGAAAGCCATGTTGATGTCTTGTGAAGCACCCCAGCAGCCTCTGTT  700

seq1  TAAACAGACAGCTGGGGCAAGCAGAACCTGCCTGACCCTGACACTGTAGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAGACAGCTGGGGCAAGCAGAACCTGCCTGACCCTGACACTGTAGA  750

seq1  ACCTTATGCAGGGAGGAGTGTTGTAAATACATAAAATTAAATACAAG  792
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTATGCAGGGAGGAGTGTTGTAAATACATAAAATTAAATACAAG  797

seq1: chr4_153310939_153312074
seq2: B6Ng01-183F16.g_70_1212

seq1  GAATTCAAAGAGCACTGTTCTCATCTCACCCCACGGTCGATATGGAAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAGCACTGTTCTCATCTCACCCCACGGTCGATATGGAAATT  50

seq1  GACGCTCAAAGGGATTAAGTAATGCGGTCAAGCTCAGCCGGTTGTTGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGCTCAAAGGGATTAAGTAATGCGGTCAAGCTCAGCCGGTTGTTGAGC  100

seq1  TGCAGAGCTGAACTTAAATTTTTAAGTCAGATCTGGGTCTGGAGCGAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGCTGAACTTAAATTTTTAAGTCAGATCTGGGTCTGGAGCGAGCA  150

seq1  CTACATTCCATCCAATCATGCGATGGGCCGCCGAAGGGAAAAACAAAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTCCATCCAATCATGCGATGGGCCGCCGAAGGGAAAAACAAAAGC  200

seq1  AAAAACAGAGTGTATTAAACCCTCACATATCGCTTTTAGATTCCTTGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGAGTGTATTAAACCCTCACATATCGCTTTTAGATTCCTTGTTG  250

seq1  GGAACACTTAAATTTTACTGGGAGACTTTATTATCTCTTCTTTGTACATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACTTAAATTTTACTGGGAGACTTTATTATCTCTTCTTTGTACATA  300

seq1  CACAGAAAAGGCAAACAGACCAAAATGATTGATCTGCTGTCTCTAAACGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAAAAGGCAAACAGACCAAAATGATTGATCTGCTGTCTCTAAACGT  350

seq1  CCTCACTGCCAGAGCTGAGCTCTCCTGAGCCACCTTCTGGCTCAGCACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACTGCCAGAGCTGAGCTCTCCTGAGCCACCTTCTGGCTCAGCACGG  400

seq1  ATGTCTGTGGTTTTCCACAAATCGTGGTCCCTGGGGTGTGGCTCCAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTGTGGTTTTCCACAAATCGTGGTCCCTGGGGTGTGGCTCCAGGGT  450

seq1  GACGGAACAATGATTAAACCTGTTGCTGCACCTGGAACATTTTCCAAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGAACAATGATTAAACCTGTTGCTGCACCTGGAACATTTTCCAAGCC  500

seq1  GCTGCTGCTCCTTTTGAGCATGGGTGTCTGTCCCTCTAAAGAAGTCAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTCCTTTTGAGCATGGGTGTCTGTCCCTCTAAAGAAGTCAGAA  550

seq1  AAGGCTTGTTGACCATGAAGGACCCAAGTTCATTCCTGGCCTGGTCTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTTGTTGACCATGAAGGACCCAAGTTCATTCCTGGCCTGGTCTTTT  600

seq1  GTTGGTGTGTGGGCAGGAGTTTCAGGTCTTGACCATGTGGCACCTGCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGTGTGGGCAGGAGTTTCAGGTCTTGACCATGTGGCACCTGCTGC  650

seq1  CTGGGCACATACAACACAGAGATAGTGGGATGAGAAAGGGGGACTTTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCACATACAACACAGAGATAGTGGGATGAGAAAGGGGGACTTTGGT  700

seq1  TGGATGGTGCAGATCAGCAGGCAGGATGCCCATGTTGGCAGAGCACCGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGTGCAGATCAGCAGGCAGGATGCCCATGTTGGCAGAGCACCGGC  750

seq1  ATGTTCAGTGCACCCCATCTGATTCATAAGACAGTGGTGTGTAGCACAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCAGTGCACCCCATCTGATTCATAAGACAGTGGTGTGTAGCACAGT  800

seq1  TCCCTGCTTCACTGTAGGGGCATCAGATTGGGG-AAGGCACAGGTGCCCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTTCACTGTAGGGGCATCAGATTGGGGAAAGGCACAGGTGCCCA  850

seq1  AGCTGTACAGCAGGAAGGAGGCAGCCC-TCAGACTCAAACTCGGGC-TTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  AGCTGTACAGCAGGAAGGAGGCAGCCCTTCAGACTCAAACTCGGGCTTTG  900

seq1  CTACTGCCAAAGCCAACATCTCA-TTTACAATGACTGAGACACCAAGGCA  946
      |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTACTGCCAAAG-CAACATCTCATTTTACAATGACTGAGACACCAA-GCA  948

seq1  GGAGGGAACACTG-ATCCTTTAAAATGCTGTC-TCTAAGCCT-GGCTTCT  993
      ||||||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||| |||||||
seq2  GGAGGGAACACTGAATCCTTTAAATGGCTGTCTTCTAAGCCTGGGCTTCT  998

seq1  GTCCAGACCTT-GGATGAGCCTGTAATGG-CTATTCCTGGTT-ATCACTG  1040
      ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  GTCCAGACCTTGGGATGAGCCTGTAATGGCCTATTCCTGGTTAATCACTG  1048

seq1  AGACTGTATCTGGAATGAA-TTACAGTCCAGAATTGGAGGACTCACCT-G  1088
      | |||||||||| |||||| ||||||| |  |||| ||| |||||| | |
seq2  AAACTGTATCTGAAATGAATTTACAGT-CTCAATT-GAGCACTCACTTGG  1096

seq1  TAATCCAGA-TCTTGAGGC-TGAAAGGACACAGGTTCCTGACCTGGATCT  1136
      |||| |||| ||||||||| |||||||||||||  | |||||||||||||
seq2  TAAT-CAGATTCTTGAGGCGTGAAAGGACACAG--TTCTGACCTGGATCT  1143