BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-183P03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 69,681,580 - 69,807,096
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC671064
Upstream geneLOC622491, LOC433716, LOC100039888, LOC242497
Downstream geneCdk5rap2, Megf9, LOC100039565
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-183P03.bB6Ng01-183P03.g
ACCGA009445GA009446
length1,0871,164
definitionB6Ng01-183P03.b B6Ng01-183P03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,806,025 - 69,807,096)(69,681,580 - 69,682,743)
sequence
gaattctacatcttcatctgaaggctgctagcagaatactgacttcgagg
aagctagcatgaagtcttaaaatccagacccacagtgactcacctactcc
aacaaggccacatcactctaacagagccataccttctaatagtgccactc
ctggctcaaccatatacaaaccataatagctggtgatagctaatggatga
aaactcaggtctttgtggcacccagcattgtgggtgcccccttgagttta
aatttcctcactgtaattataactgttataaatctgaggagaaaaatatc
ctggcaattgggagccaaggaataccacaaagtcacaccacacaacaaac
ctcacatgatagatttattaggaaaagtcatgaaagtgtggctccctcta
ctgaagatagaagcagcaaagaactaagcaggagcaggttttatataagg
ttttgtggtaggtggaaccttccagggtggcctgggattgatggaattct
gcagtctgatcttgggctttttttttttttttccacccattctgtggtgg
agagcttgaggggctagacctctccagtagagtattctggggcctggggc
ctggggcctggggcctgggcctgggcatgaatgtaccttgtggggctgtg
gcaggccattagagtaactgaaggtgcaatcttgtggttggaggtcctca
ggggtagggcatggccatttgtatgcctcaaggggcttataattattggg
tttaggaattgctcagaaaccacacaaataaacatgcatcttagtcagtc
aaggatagtttattgagtgttttccccaagattggtcaccagggactaga
ttttggaactgaaccatgaccctgagttaagctcctacagaattttaaaa
ggcccaatccacaaacatctgtgccaagttattttctccaaataggatta
gggataggagattccttaggaacttgtctttgttgtatatctatcctgct
cccattggttgaggtatttcacagtagcagaacttgtctaatattcatgt
ctaactgtctaccaggaatggaatttatctaagattc

gaattcagagacttaagagcaaggattaggggtgagtgctgacatcagct
tgtaagtctccaaggtcaagtcaaggaggatgttaggcaagtacacttta
aatgttctgttgttgtaacttcacattgtcttctggtgaaggagacatca
caggagaaatccagggtaaatcatagaccactctccgaccagagtaaaag
caatcttccttcctcaaatcctagtggccctcagacactccttcagtacc
aaagtagtggccaaggaatgaaccaccagagactttcatcaaataagaaa
aacacttttgaaatgtacagtcacaccacgagaacacaagcatccaatgc
catatgactcaggagaccaccatcttcgccaaccccactacagtcttact
aggagcatctgtgcatatttcccctctcatccttcctcctgctctttggg
aaagctaaagctcatctgtctgcagtaagcagaagccccgactaactgga
ttcgctgctggaacaaaagatagatgtgacgttaacagttcattgagctg
tgagatgaacaagacgggtgttgaaaaggaaacctgagccgagagtacat
ttccagtgttaataaagcttcccttttgttgtgtgtttccaaacactgac
tccaggatgggagccatcagtttcctcctagaattagataggtctgcaga
tttaaggcatccaagagcatcactctgccctaatcatggacagtataagg
tgctgtgtcaggagcctgccctccctcatctttagctctggctgtaataa
ttttgctggcttagcaaagcatatgcttcttgtttacccagagaatgtgc
atgtggatagcagcccaccaagggaactagcaaatggcaataattggaaa
tggtgcagctgcttatagccatgcttaccaaggcaatgccaccaacagag
acagatagaagcaacctgtgtgtccaacagctgattattagacaattaga
tgatgaaacaaaagcacacgtgacactctaccacatttcttcaaggtatg
atgcaaaacttatgtttctttgacataaaaccagggctttgtgttatggc
aaggtatcaaaacaaagacctatacagtatggcacaggcatgattacacc
tgtgtactggctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_69806025_69807096
seq2: B6Ng01-183P03.b_58_1128 (reverse)

seq1  GAATCTTAGATAAATCCCA-TCCTGGTAGACAAGTTAGGACATGAATATT  49
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  GAATCTTAGATAAATTCCATTCCTGGTAGAC-AGTTA-GACATGAATATT  48

seq1  AGACAAG-TCTGCTACTGTTGAATACCTCAACCAATGGGAGCAGGATAGA  98
      ||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGTTCTGCTACTGTGAAATACCTCAACCAATGGGAGCAGGATAGA  98

seq1  TATACAACAAAGACAAGTTCCTAAGGAAATCTCCTATCCCTAAATCCTAT  148
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
seq2  TATACAACAAAGACAAGTTCCTAAGG-AATCTCCTATCCCT-AATCCTAT  146

seq1  TTGGAG-AAATAACTTGGCACAGATGTTTGTGGATTTGGCC-TTTAAAAT  196
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  TTGGAGAAAATAACTTGGCACAGATGTTTGTGGATTGGGCCTTTTAAAAT  196

seq1  TCTGTAGGAGCTTAACTCAGGGTCATGGTTCAGTTCCAAAATCTAGTCCC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGGAGCTTAACTCAGGGTCATGGTTCAGTTCCAAAATCTAGTCCC  246

seq1  TGGTTGACCAATCTTGGGGAAAACACTCAATAAACTATCCTTGACTGACT  296
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGG-TGACCAATCTTGGGGAAAACACTCAATAAACTATCCTTGACTGACT  295

seq1  AAGATGCATGTTTATTTGTGTGGTTTCTGAGCAATTCCTAAACCCAATAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGCATGTTTATTTGTGTGGTTTCTGAGCAATTCCTAAACCCAATAA  345

seq1  TTATAAGCCCCTTGAGGCATACAAATGGCCATGCCCTACCCCTGAGGACC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGCCCCTTGAGGCATACAAATGGCCATGCCCTACCCCTGAGGACC  395

seq1  TCCAACCACAAGATTGCACCTTCAGTTACTCTAATGGCCTGCCACAGCCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACCACAAGATTGCACCTTCAGTTACTCTAATGGCCTGCCACAGCCC  445

seq1  CACAAGGTACATTCATGCCCAGGCCCAGGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGTACATTCATGCCCAGGCCCAGGCCCCAGGCCCCAGGCCCCAGG  495

seq1  CCCCAGAATACTCTACTGGAGAGGTCTAGCCCCTCAAGCTCTCCACCACA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGAATACTCTACTGGAGAGGTCTAGCCCCTCAAGCTCTCCACCACA  545

seq1  GAATGGGTGGAAAAAAAAAAAAAAAGCCCAAGATCAGACTGCAGAATTCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGTGGAAAAAAAAAAAAAAAGCCCAAGATCAGACTGCAGAATTCC  595

seq1  ATCAATCCCAGGCCACCCTGGAAGGTTCCACCTACCACAAAACCTTATAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCCCAGGCCACCCTGGAAGGTTCCACCTACCACAAAACCTTATAT  645

seq1  AAAACCTGCTCCTGCTTAGTTCTTTGCTGCTTCTATCTTCAGTAGAGGGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTGCTCCTGCTTAGTTCTTTGCTGCTTCTATCTTCAGTAGAGGGA  695

seq1  GCCACACTTTCATGACTTTTCCTAATAAATCTATCATGTGAGGTTTGTTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACACTTTCATGACTTTTCCTAATAAATCTATCATGTGAGGTTTGTTG  745

seq1  TGTGGTGTGACTTTGTGGTATTCCTTGGCTCCCAATTGCCAGGATATTTT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTGTGACTTTGTGGTATTCCTTGGCTCCCAATTGCCAGGATATTTT  795

seq1  TCTCCTCAGATTTATAACAGTTATAATTACAGTGAGGAAATTTAAACTCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTCAGATTTATAACAGTTATAATTACAGTGAGGAAATTTAAACTCA  845

seq1  AGGGGGCACCCACAATGCTGGGTGCCACAAAGACCTGAGTTTTCATCCAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGCACCCACAATGCTGGGTGCCACAAAGACCTGAGTTTTCATCCAT  895

seq1  TAGCTATCACCAGCTATTATGGTTTGTATATGGTTGAGCCAGGAGTGGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTATCACCAGCTATTATGGTTTGTATATGGTTGAGCCAGGAGTGGCA  945

seq1  CTATTAGAAGGTATGGCTCTGTTAGAGTGATGTGGCCTTGTTGGAGTAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGAAGGTATGGCTCTGTTAGAGTGATGTGGCCTTGTTGGAGTAGG  995

seq1  TGAGTCACTGTGGGTCTGGATTTTAAGACTTCATGCTAGCTTCCTCGAAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCACTGTGGGTCTGGATTTTAAGACTTCATGCTAGCTTCCTCGAAG  1045

seq1  TCAGTATTCTGCTAGCAGCCTTCAGA  1072
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTATTCTGCTAGCAGCCTTCAGA  1071


seq1: chr4_69681580_69682743
seq2: B6Ng01-183P03.g_66_1229

seq1  GAATTCAGAGACTTAAGAGCAAGGATTAGGGGTGAGTGCTGACATCAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGACTTAAGAGCAAGGATTAGGGGTGAGTGCTGACATCAGCT  50

seq1  TGTAAGTCTCCAAGGTCAAGTCAAGGAGGATGTTAGGCAAGTACACTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTCTCCAAGGTCAAGTCAAGGAGGATGTTAGGCAAGTACACTTTA  100

seq1  AATGTTCTGTTGTTGTAACTTCACATTGTCTTCTGGTGAAGGAGACATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCTGTTGTTGTAACTTCACATTGTCTTCTGGTGAAGGAGACATCA  150

seq1  CAGGAGAAATCCAGGGTAAATCATAGACCACTCTCCGACCAGAGTAAAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAAATCCAGGGTAAATCATAGACCACTCTCCGACCAGAGTAAAAG  200

seq1  CAATCTTCCTTCCTCAAATCCTAGTGGCCCTCAGACACTCCTTCAGTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTTCCTTCCTCAAATCCTAGTGGCCCTCAGACACTCCTTCAGTACC  250

seq1  AAAGTAGTGGCCAAGGAATGAACCACCAGAGACTTTCATCAAATAAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGTGGCCAAGGAATGAACCACCAGAGACTTTCATCAAATAAGAAA  300

seq1  AACACTTTTGAAATGTACAGTCACACCACGAGAACACAAGCATCCAATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTTTGAAATGTACAGTCACACCACGAGAACACAAGCATCCAATGC  350

seq1  CATATGACTCAGGAGACCACCATCTTCGCCAACCCCACTACAGTCTTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGACTCAGGAGACCACCATCTTCGCCAACCCCACTACAGTCTTACT  400

seq1  AGGAGCATCTGTGCATATTTCCCCTCTCATCCTTCCTCCTGCTCTTTGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCATCTGTGCATATTTCCCCTCTCATCCTTCCTCCTGCTCTTTGGG  450

seq1  AAAGCTAAAGCTCATCTGTCTGCAGTAAGCAGAAGCCCCGACTAACTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAAAGCTCATCTGTCTGCAGTAAGCAGAAGCCCCGACTAACTGGA  500

seq1  TTCGCTGCTGGAACAAAAGATAGATGTGACGTTAACAGTTCATTGAGCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGCTGCTGGAACAAAAGATAGATGTGACGTTAACAGTTCATTGAGCTG  550

seq1  TGAGATGAACAAGACGGGTGTTGAAAAGGAAACCTGAGCCGAGAGTACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGAACAAGACGGGTGTTGAAAAGGAAACCTGAGCCGAGAGTACAT  600

seq1  TTCCAGTGTTAATAAAGCTTCCCTTTTGTTGTGTGTTTCCAAACACTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGTGTTAATAAAGCTTCCCTTTTGTTGTGTGTTTCCAAACACTGAC  650

seq1  TCCAGGATGGGAGCCATCAGTTTCCTCCTAGAATTAGATAGGTCTGCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGATGGGAGCCATCAGTTTCCTCCTAGAATTAGATAGGTCTGCAGA  700

seq1  TTTAAGGCATCCAAGAGCATCACTCTGCCCTAATCATGGACAGTATAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGGCATCCAAGAGCATCACTCTGCCCTAATCATGGACAGTATAAGG  750

seq1  TGCTGTGTCAGGAGCCTGCCCTCCCTCATCTTTAGCTCTGGCTGTAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGTCAGGAGCCTGCCCTCCCTCATCTTTAGCTCTGGCTGTAATAA  800

seq1  TTTTGCTGGCTTAGCAAAGCATATGCTTCTTGTTTACCCAGAGAATGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTGGCTTAGCAAAGCATATGCTTCTTGTTTACCCAGAGAATGTGC  850

seq1  ATGTGGATAGCAGCCCACCAAGGGAACTAGCAAATGGCAATAATTGG-AA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATGTGGATAGCAGCCCACCAAGGGAACTAGCAAATGGCAATAATTGGAAA  900

seq1  TGGTGCAGCTGCTTATAGCCATGCTTACCAAGGCAATGCCACCAACAGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCAGCTGCTTATAGCCATGCTTACCAAGGCAATGCCACCAACAGAG  950

seq1  ACAAGATAGAAGCAACCTGTGTGTCCAACAGCTGATTATTAGACAATTAG  999
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AC-AGATAGAAGCAACCTGTGTGTCCAACAGCTGATTATTAGACAATTAG  999

seq1  ATGATGAAACAAAAAGCACACGGTGACACTCTA-CACATTTCTTCAAAGG  1048
      |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATGATGAAAC-AAAAGCACAC-GTGACACTCTACCACATTTCTTC-AAGG  1046

seq1  TATGATGCAAAAC-TATGTTTC-TTGACATAAAACCAGGGCTGTGGTTTA  1096
      ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||
seq2  TATGATGCAAAACTTATGTTTCTTTGACATAAAACCAGGGCTTTGTGTTA  1096

seq1  ATGCAAAGTATCAAAAACAAAGACCTATAACAGTAT-GCACA-GCATGAT  1144
        |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||
seq2  TGGCAAGGTATC-AAAACAAAGACCTAT-ACAGTATGGCACAGGCATGAT  1144

seq1  TACAACTGTGTACTGCCTAT  1164
      |||| |||||||||| ||||
seq2  TACACCTGTGTACTGGCTAT  1164


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |