BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184A02
Chromosome4 (Build37)
Map Location 80,625,157 - 80,756,689
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTyrp1, D4Bwg0951e
Downstream geneMpdz, LOC100040131, LOC100040144, EG668895, LOC100040164, EG545641
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184A02.bB6Ng01-184A02.g
ACCGA009489GA009490
length1,1551,070
definitionB6Ng01-184A02.b B6Ng01-184A02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,755,513 - 80,756,689)(80,625,157 - 80,626,211)
sequence
gaattcttcttcatgctaatgaggcatctaggtagccctagccttcagcc
aatggccttcgattcctggatattctcattcctttcccccaagatgtata
gaatccctggttaccctgagtaaagtgtgtgctccaacatccaccccaaa
taaagcaatatgaacaagcaagggtcatctcagagagctacttcattaaa
gatcaccacaggaagccctttgtcgaaaagagccaggcctatgactccca
aaagtagctttgctcttctcccacctctcctggtactggtcactctcttc
caatcagactggatccctgcttgtctccggctctgcctcctccttcctga
ctggtgtgcacatgccctaaggagaagtatagatctaaatctctgttcct
gactccctctctaggcagtacaccagggatgtactgcctaagggaaacac
gggttgtctactttctcttctggtctctgctctgccttcttcccatcagc
ggaatctgggcagagaggcagaacacagtataacaaatgggggcgggatg
gggggggcacatttaacttagttctcaatttaaccattaagtcctattag
tttgagtgacggcatgctttctttagagttaactcatgaaactaatttta
gttaaaaggctgtttccctctacctacaatttctaacgggaagattcctt
gagtagtcaatgtgcactttttaaatattatgtttgtgcgttgctatcaa
actaaaagtgctatgtatagaactataaaaacagtgggtggcataaaacc
tgaatgtcttaacatgctataagctcatcagtgtctatacattttttaca
gtggctatacatttgtcattgtatatttacttttttgattaactgaaaat
tcagtcaaaaatctactctttcaaatgaatttgtaaaataggaggaaata
tttaaaaagacaacagagatatactgagaatgtcttttttttaaaatatt
tttattacatatttctcaattacattccaatgctatccaaagtccccatt
accttcctccacttctacccacccatcccatttttagcctggcattccct
gactagggcatatacagttggggtccatgggcccttcctttccagtgatg
ccgac

gaattcaatagatggaagtactaaagaaaaccctgctggaaggattgaag
gagaagctccaggtgcctcagtcattgacaggagcaaatgacagttgaca
gttaagagaggcagagtcccttttctgcagggtggtagccagtggtaggt
ggcctatgctatggtgaatgactcacaggcactgaggggaataaaaagcc
atgacgttgagagggagatgggagataagttattgttgattaggtagctc
taggtggtccattttaggtggtcagcttctgtcaaggcttagagaacact
aaaagagagagcaaaaagaaattaagagccagggtatgtggatgtgtgct
gtgaaatgctgtcttctggacaatgacatgatcatatcactcccaaaccc
agaaaagctgtagtcatttgcttaaggcttgcacaagaccaagtcactca
gtgttccaattcatgtgactccacccttagctgctggcagttaatggtta
ctgggactcatttttcttcaggagtgagtatagtcatttataagttaccc
atgctcccataaaaaactcctccaccttcatgctaataacaagaagaaaa
ggacatgaaaggaagagtagaaatttaggaggacaagttgatgtctggaa
ggagaaggaaatgggtacgataggggaaagaggtggatatgatcaaaatc
tattatacatgtataaaaatttgtcaaaaatagatatattttaaatacac
aatagtatattcctgcttctaaaaaagcaatataatatgtaaatggatac
taagttgttattcttgctcttcctctctgagaattcagcctctttgctat
aacacagaaaagatagcagcagacaggcccagaaagtgaagccatgcttt
aattgggcaacacaagcacaaacaagataatggactctttcttatggaac
tcacacagaccccctcagttcagggactgtgaactcacttaactttggct
tggtatttatgaacccactttgacatttgggttgctttggacaaaggctt
caccttgcacatatctatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_80755513_80756689
seq2: B6Ng01-184A02.b_44_1198 (reverse)

seq1  GTCGGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACACCCAAACTGTATATG  50
      ||||| |||||||||||||  ||| ||  |||  |||| |||||||||||
seq2  GTCGG-CATCACTGGAAAGGAAGGGCCCATGG--ACCCCAACTGTATATG  47

seq1  CCCTAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAAAATGGGAATGGGTGGGTAG  100
      ||||||| || ||||||||||||     ||||||||| ||||||||||| 
seq2  CCCTAGT-CA-GGGAATGCCAGG---CTAAAAATGGG-ATGGGTGGGTA-  90

seq1  GGAAGTGGGAGGGGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATG  150
       ||||||   | ||| ||||  |||||||||  |||||||||||| ||||
seq2  -GAAGTG---GAGGAAGGTAATGGGGACTTT--GGATAGCATTGG-AATG  133

seq1  TAATTGAGGAAAATATGTAATAAAAATATTTTTAAAAAAAAGACATTCTC  200
      ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGAG--AAATATGTAATAAAAATA-TTTTAAAAAAAAGACATTCTC  180

seq1  AGTATATTCTCTGTTGTCTTTTTAAAATATTTCCTCCTATTTTACAAATT  250
      |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
seq2  AGTATA-TCTCTGTTGTCTTTTT-AAATATTTCCTCCTATTTTACAAA-T  227

seq1  TCATTTGAAAGAGTAGATTTTTGACTGAATTTTCAGTTAATCAAAAAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTGAAAGAGTAGATTTTTGACTGAATTTTCAGTTAATCAAAAAAGT  277

seq1  AAATATACAATGACAAATGTATAGCCACTGT-AAAAATGTATAGACACTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATATACAATGACAAATGTATAGCCACTGTAAAAAATGTATAGACACTG  327

seq1  ATGAGCTTATAGCATGTTAAGACATTCAGGTTTTATGCCACCCACTGTTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTTATAGCATGTTAAGACATTCAGGTTTTATGCCACCCACTGTTT  377

seq1  TTATAGTTCTATACATAGCACTTTTAGTTTGATAGCAACGCACAAACATA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGTTCTATACATAGCACTTTTAGTTTGATAGCAACGCACAAACATA  427

seq1  ATATTTAAAAAGTGCACATTGACTACTCAAGGAATCTTCCCGTTAGAAAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAAAAGTGCACATTGACTACTCAAGGAATCTTCCCGTTAGAAAT  477

seq1  TGTAGGTAGAGGGAAACAGCCTTTTAACTAAAATTAGTTTCATGAGTTAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGTAGAGGGAAACAGCCTTTTAACTAAAATTAGTTTCATGAGTTAA  527

seq1  CTCTAAAGAAAGCATGCCGTCACTCAAACTAATAGGACTTAATGGTTAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAAGAAAGCATGCCGTCACTCAAACTAATAGGACTTAATGGTTAAA  577

seq1  TTGAGAACTAAGTTAAATGTGCCCCCCCCATCCCGCCCCCATTTGTTATA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAACTAAGTTAAATGTGCCCCCCCCATCCCGCCCCCATTTGTTATA  627

seq1  CTGTGTTCTGCCTCTCTGCCCAGATTCCGCTGATGGGAAGAAGGCAGAGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTCTGCCTCTCTGCCCAGATTCCGCTGATGGGAAGAAGGCAGAGC  677

seq1  AGAGACCAGAAGAGAAAGTAGACAACCCGTGTTTCCCTTAGGCAGTACAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCAGAAGAGAAAGTAGACAACCCGTGTTTCCCTTAGGCAGTACAT  727

seq1  CCCTGGTGTACTGCCTAGAGAGGGAGTCAGGAACAGAGATTTAGATCTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTGTACTGCCTAGAGAGGGAGTCAGGAACAGAGATTTAGATCTAT  777

seq1  ACTTCTCCTTAGGGCATGTGCACACCAGTCAGGAAGGAGGAGGCAGAGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTCCTTAGGGCATGTGCACACCAGTCAGGAAGGAGGAGGCAGAGCC  827

seq1  GGAGACAAGCAGGGATCCAGTCTGATTGGAAGAGAGTGACCAGTACCAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAAGCAGGGATCCAGTCTGATTGGAAGAGAGTGACCAGTACCAGG  877

seq1  AGAGGTGGGAGAAGAGCAAAGCTACTTTTGGGAGTCATAGGCCTGGCTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTGGGAGAAGAGCAAAGCTACTTTTGGGAGTCATAGGCCTGGCTCT  927

seq1  TTTCGACAAAGGGCTTCCTGTGGTGATCTTTAATGAAGTAGCTCTCTGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGACAAAGGGCTTCCTGTGGTGATCTTTAATGAAGTAGCTCTCTGAG  977

seq1  ATGACCCTTGCTTGTTCATATTGCTTTATTTGGGGTGGATGTTGGAGCAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCTTGCTTGTTCATATTGCTTTATTTGGGGTGGATGTTGGAGCAC  1027

seq1  ACACTTTACTCAGGGTAACCAGGGATTCTATACATCTTGGGGGAAAGGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTACTCAGGGTAACCAGGGATTCTATACATCTTGGGGGAAAGGAA  1077

seq1  TGAGAATATCCAGGAATCGAAGGCCATTGGCTGAAGGCTAGGGCTACCTA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATATCCAGGAATCGAAGGCCATTGGCTGAAGGCTAGGGCTACCTA  1127

seq1  GATGCCTCATTAGCATGAAGAAGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCTCATTAGCATGAAGAAGAATTC  1155


seq1: chr4_80625157_80626211
seq2: B6Ng01-184A02.g_61_1130

seq1  GAATTCAATAGATGGAAGTACTAAAGAAAACCCTGCTGGAAGGATTGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAGATGGAAGTACTAAAGAAAACCCTGCTGGAAGGATTGAAG  50

seq1  GAGAAGCTCCAGGTGCCTCAGTCATTGACAGGAGCAAATGACAGTTGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCTCCAGGTGCCTCAGTCATTGACAGGAGCAAATGACAGTTGACA  100

seq1  GTTAAGAGAGGCAGAGTCCCTTTTCTGCAGGGTGGTAGCCAGTGGTAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAGAGGCAGAGTCCCTTTTCTGCAGGGTGGTAGCCAGTGGTAGGT  150

seq1  GGCCTATGCTATGGTGAATGACTCACAGGCACTGAGGGGAATAAAAAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTATGCTATGGTGAATGACTCACAGGCACTGAGGGGAATAAAAAGCC  200

seq1  ATGACGTTGAGAGGGAGATGGGAGATAAGTTATTGTTGATTAGGTAGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACGTTGAGAGGGAGATGGGAGATAAGTTATTGTTGATTAGGTAGCTC  250

seq1  TAGGTGGTCCATTTTAGGTGGTCAGCTTCTGTCAAGGCTTAGAGAACACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTGGTCCATTTTAGGTGGTCAGCTTCTGTCAAGGCTTAGAGAACACT  300

seq1  AAAAGAGAGAGCAAAAAGAAATTAAGAGCCAGGGTATGTGGATGTGTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAGAGCAAAAAGAAATTAAGAGCCAGGGTATGTGGATGTGTGCT  350

seq1  GTGAAATGCTGTCTTCTGGACAATGACATGATCATATCACTCCCAAACCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATGCTGTCTTCTGGACAATGACATGATCATATCACTCCCAAACCC  400

seq1  AGAAAAGCTGTAGTCATTTGCTTAAGGCTTGCACAAGACCAAGTCACTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGCTGTAGTCATTTGCTTAAGGCTTGCACAAGACCAAGTCACTCA  450

seq1  GTGTTCCAATTCATGTGACTCCACCCTTAGCTGCTGGCAGTTAATGGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCCAATTCATGTGACTCCACCCTTAGCTGCTGGCAGTTAATGGTTA  500

seq1  CTGGGACTCATTTTTCTTCAGGAGTGAGTATAGTCATTTATAAGTTACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACTCATTTTTCTTCAGGAGTGAGTATAGTCATTTATAAGTTACCC  550

seq1  ATGCTCCCATAAAAAACTCCTCCACCTTCATGCTAATAACAAGAAGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCCCATAAAAAACTCCTCCACCTTCATGCTAATAACAAGAAGAAAA  600

seq1  GGACATGAAAGGAAGAGTAGAAATTTAGGAGGACAAGTTGATGTCTGGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATGAAAGGAAGAGTAGAAATTTAGGAGGACAAGTTGATGTCTGGAA  650

seq1  GGAGAAGGAAATGGGTACGATAGGGGAAAGAGGTGGATATGATCAAAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAAGGAAATGGGTACGATAGGGGAAAGAGGTGGATATGATCAAAATC  700

seq1  TATTATACATGTATAAAAATTTGTCAAAAATAGATATATTTTAAATACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATACATGTATAAAAATTTGTCAAAAATAGATATATTTTAAATACAC  750

seq1  AATAGTATATTCCTGCTTCTAAAAAAGCAATATAATATGTAAATGGATAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTATATTCCTGCTTCTAAAAAAGCAATATAATATGTAAATGGATAC  800

seq1  TAAG-TGTTATTCTTGCTCTTCCTCTCTGAGAATTCAGCCTCTTTGCTAT  849
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGTTATTCTTGCTCTTCCTCTCTGAGAATTCAGCCTCTTTGCTAT  850

seq1  AACACAGAAAAGATAGCAGCAGACAGGCCCAGAAAGTG-AGCCATGCTTT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AACACAGAAAAGATAGCAGCAGACAGGCCCAGAAAGTGAAGCCATGCTTT  900

seq1  AATTGGGCAACACAAGCACAAACAAGATAAATGGACTC-TTCTTATGGAA  947
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
seq2  AATTGGGCAACACAAGCACAAACAAGAT-AATGGACTCTTTCTTATGGAA  949

seq1  CTCACACAGA-CCCCTCAG-TCA-GGACTGTTGAACTCACTT-ACTTT-G  992
      |||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||| |
seq2  CTCACACAGACCCCCTCAGTTCAGGGACTG-TGAACTCACTTAACTTTGG  998

seq1  CT--GTA-TTATG-ACCCAC-TTGACATTT-GGTTGCTTT-GAC-AAGGC  1034
      ||  ||| ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| ||| |||||
seq2  CTTGGTATTTATGAACCCACTTTGACATTTGGGTTGCTTTGGACAAAGGC  1048

seq1  -TCACCTTGCACATATCTATGG  1055
       |||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTTGCACATATCTATGG  1070


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |