BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-184I11
Chromosome4 (Build37)
Map Location 68,269,629 - 68,416,689
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC433715, Tcp1-ps1
Downstream geneDbc1, LOC622491
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-184I11.bB6Ng01-184I11.g
ACCGA009881GA009882
length1,2011,124
definitionB6Ng01-184I11.b B6Ng01-184I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,415,494 - 68,416,689)(68,269,629 - 68,270,752)
sequence
gaattctcacaaattaaccactttccgtggccccacattatataaagggg
catagtgtttctgtttgttaggggagcattgatatgcaccacatagcatg
ctgcttaactccatagcaatagaggaagttgaatctttttcagcttagtt
ttaaaacatattttgactctctttccacaaatagtaatagtatcgtaatc
tctcattgtctaaaaatgtggctcttaactatgcaagacaacattcactg
cctcagtaaatccaagtcagatatacacaatgtgacctgaggaattgacc
aaactctgaaatttttgtgcaccaaccacttctttgtcacagaatcacta
agctcctccatcagccagagtcaaggagattgttaaatgcactcacacca
gaatcatacagtttcaacaggagtacagaaagagcagactgtctggaaag
agcactctttggctcagaccccagacatacttcttgcttcttctccagca
gctcaggaagactactccaggaagggctactccatctattatgaaacatc
attactttgtctgtagctcttttcttagaaagaataataccagggaattg
aaattgagaggttgtatgtagtgtcatgggtaaactgatgtcaggagatg
aatagtttcatcttgtccctaaaggtatgaaataaaaaaaggagcctttg
atgagttggacacttttccctatttcaataatatatatggatccagatcc
aaggcatcagaacacacacctcagactcctcctatatgatcagatatagc
cagtgatatcttcagaatgcaggatacagaaaccttaactttgataaaca
gggcctttgtgagaatgtcagcatcaatcaactccctgctattacactgt
ttccacttataatttgtatctcatgatttccaaagtcactgacttaccac
tgttggtcataaaataaacaccccctctttctcttacaataacattaaaa
cttgggtagattgaatgaagacactgtattatgattcagttttgagatta
tttacaacagtgtcatttaacaatatgaacattcctgaaagcgtatataa
ataccactgttatttccattgaatggcttgccacaccatgacctaatggt
cagaaaaattaatttctggaatcgttaaggtaaatgctagggaaaattcc
a

gaattctctagacacagattgctttactaaaaagcctaccagatatttaa
ataaaaattactgtcaatgctgcataactgtattaagaaaacagaaaaaa
gaacacattgacttgtttttgaaagctagtattcatacaaaaatcagaca
aggacagtactaaaaataaaaacaaatagaattgaagatcaacatccctt
atgaaaacagatatgatttatatctttaacatattattagaaaattaaag
tcagccataaacaagactaatttttatgccatgattaagtagagtttact
ctagatattacaggtgatttgatacttgatagtcaatccttgtgactaat
gaataatatattatgtagtcattgtaataggtttggtatattcattgttc
atgagctccttggataatgttaggctatcgatgttgaataatactagatg
actcatggtaggaatcataagtacccctagggtgaggactagttaacaga
taggtcaaatatatgttaacaaggttaagtcctgatccagcctgatgccc
aaggaagagacagaaatttaagagttagtcatctaaatcatgcatggagg
atgaaaccagaataaaaattcctgtctgtgtgagcatcttgaactttcct
actttgaacaaagccagcaacattccacagggagaagatcctgaaacatt
tacatttggaatgcttctgtcatttcactccacttctttggcttaggaat
tttttttcaatccataacatgtttaatttacactaacttgttaaatgatt
acttaaatttaattgaggaaaggtttcatttttgtcactcagtttgcctc
gggactcagtatatggtatatgttgtccttgaacacggagcacatatcct
gcttcagcatcccgagcactgaaattaacaatcctgtatcagcatttccc
agctgctcctccacccctgctgctgtatatttttcaaagaaccccacccc
ggttaaagtatgaaaagatcacgcacatcagaaagcagagctcacaggca
gaaatgtactgctcaacgcattgttctgaccccttacaattctatagaat
gaagaaaggatatgaaaagaactc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_68415494_68416689
seq2: B6Ng01-184I11.b_43_1243 (reverse)

seq1  TGGAATTTTCCTTAACATTTTACCTTATGGTTCCCAGAAATTAA-TTTTC  49
      ||||||||||| || || |||||||||  | | ||||||||||| |||||
seq2  TGGAATTTTCCCTAGCA-TTTACCTTAACGATTCCAGAAATTAATTTTTC  49

seq1  TGA-CATTA-GTCATG--GTGGCAAGCCATTCATTGG-AATAACAGTGGT  94
      ||| ||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  TGACCATTAGGTCATGGTGTGGCAAGCCATTCAATGGAAATAACAGTGGT  99

seq1  ATTTATATTACGCTTTCAAGAATGTTCATA-TGTTAAATGACACTGTTGT  143
      ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATTTATA-TACGCTTTCAGGAATGTTCATATTGTTAAATGACACTGTTGT  148

seq1  AAAT-ATCTCAAAACCTGAATCATAATACAGTGTCTTCATTCAATCTACC  192
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATCTCAAAA-CTGAATCATAATACAGTGTCTTCATTCAATCTACC  197

seq1  CAAGTTTTAATGTTATTGTAAGAGAAAGAGGGGGTGTTTATTTTATGACC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTTAATGTTATTGTAAGAGAAAGAGGGGGTGTTTATTTTATGACC  247

seq1  AACAGTGGTAAGTCAGTGACTTTGGAAATCATGAGATACAAATTATAAGT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTGGTAAGTCAGTGACTTTGGAAATCATGAGATACAAATTATAAGT  297

seq1  GGAAACAGTGTAATAGCAGGGAGTTGATTGATGCTGACATTCTCACAAAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACAGTGTAATAGCAGGGAGTTGATTGATGCTGACATTCTCACAAAG  347

seq1  GCCCTGTTTATCAAAGTTAAGGTTTCTGTATCCTGCATTCTGAAGATATC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTTTATCAAAGTTAAGGTTTCTGTATCCTGCATTCTGAAGATATC  397

seq1  ACTGGCTATATCTGATCATATAGGAGGAGTCTGAGGTGTGTGTTCTGATG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTATATCTGATCATATAGGAGGAGTCTGAGGTGTGTGTTCTGATG  447

seq1  CCTTGGATCTGGATCCATATATATTATTGAAATAGGGAAAAGTGTCCAAC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGATCTGGATCCATATATATTATTGAAATAGGGAAAAGTGTCCAAC  497

seq1  TCATCAAAGGCTCCTTTTTTTATTTCATACCTTTAGGGACAAGATGAAAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAAGGCTCCTTTTTTTATTTCATACCTTTAGGGACAAGATGAAAC  547

seq1  TATTCATCTCCTGACATCAGTTTACCCATGACACTACATACAACCTCTCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATCTCCTGACATCAGTTTACCCATGACACTACATACAACCTCTCA  597

seq1  ATTTCAATTCCCTGGTATTATTCTTTCTAAGAAAAGAGCTACAGACAAAG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAATTCCCTGGTATTATTCTTTCTAAGAAAAGAGCTACAGACAAAG  647

seq1  TAATGATGTTTCATAATAGATGGAGTAGCCCTTCCTGGAGTAGTCTTCCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATGTTTCATAATAGATGGAGTAGCCCTTCCTGGAGTAGTCTTCCT  697

seq1  GAGCTGCTGGAGAAGAAGCAAGAAGTATGTCTGGGGTCTGAGCCAAAGAG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCTGGAGAAGAAGCAAGAAGTATGTCTGGGGTCTGAGCCAAAGAG  747

seq1  TGCTCTTTCCAGACAGTCTGCTCTTTCTGTACTCCTGTTGAAACTGTATG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTTCCAGACAGTCTGCTCTTTCTGTACTCCTGTTGAAACTGTATG  797

seq1  ATTCTGGTGTGAGTGCATTTAACAATCTCCTTGACTCTGGCTGATGGAGG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGGTGTGAGTGCATTTAACAATCTCCTTGACTCTGGCTGATGGAGG  847

seq1  AGCTTAGTGATTCTGTGACAAAGAAGTGGTTGGTGCACAAAAATTTCAGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAGTGATTCTGTGACAAAGAAGTGGTTGGTGCACAAAAATTTCAGA  897

seq1  GTTTGGTCAATTCCTCAGGTCACATTGTGTATATCTGACTTGGATTTACT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTCAATTCCTCAGGTCACATTGTGTATATCTGACTTGGATTTACT  947

seq1  GAGGCAGTGAATGTTGTCTTGCATAGTTAAGAGCCACATTTTTAGACAAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAGTGAATGTTGTCTTGCATAGTTAAGAGCCACATTTTTAGACAAT  997

seq1  GAGAGATTACGATACTATTACTATTTGTGGAAAGAGAGTCAAAATATGTT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATTACGATACTATTACTATTTGTGGAAAGAGAGTCAAAATATGTT  1047

seq1  TTAAAACTAAGCTGAAAAAGATTCAACTTCCTCTATTGCTATGGAGTTAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTAAGCTGAAAAAGATTCAACTTCCTCTATTGCTATGGAGTTAA  1097

seq1  GCAGCATGCTATGTGGTGCATATCAATGCTCCCCTAACAAACAGAAACAC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCATGCTATGTGGTGCATATCAATGCTCCCCTAACAAACAGAAACAC  1147

seq1  TATGCCCCTTTATATAATGTGGGGCCACGGAAAGTGGTTAATTTGTGAGA  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCCCTTTATATAATGTGGGGCCACGGAAAGTGGTTAATTTGTGAGA  1197

seq1  ATTC  1196
      ||||
seq2  ATTC  1201


seq1: chr4_68269629_68270752
seq2: B6Ng01-184I11.g_66_1189

seq1  GAATTCTCTAGACACAGATTGCTTTACTAAAAAGCCTACCAGATATTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGACACAGATTGCTTTACTAAAAAGCCTACCAGATATTTAA  50

seq1  ATAAAAATTACTGTCAATGCTGCATAACTGTATTAAGAAAACAGAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAATTACTGTCAATGCTGCATAACTGTATTAAGAAAACAGAAAAAA  100

seq1  GAACACATTGACTTGTTTTTGAAAGCTAGTATTCATACAAAAATCAGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACATTGACTTGTTTTTGAAAGCTAGTATTCATACAAAAATCAGACA  150

seq1  AGGACAGTACTAAAAATAAAAACAAATAGAATTGAAGATCAACATCCCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAGTACTAAAAATAAAAACAAATAGAATTGAAGATCAACATCCCTT  200

seq1  ATGAAAACAGATATGATTTATATCTTTAACATATTATTAGAAAATTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAACAGATATGATTTATATCTTTAACATATTATTAGAAAATTAAAG  250

seq1  TCAGCCATAAACAAGACTAATTTTTATGCCATGATTAAGTAGAGTTTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCATAAACAAGACTAATTTTTATGCCATGATTAAGTAGAGTTTACT  300

seq1  CTAGATATTACAGGTGATTTGATACTTGATAGTCAATCCTTGTGACTAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATATTACAGGTGATTTGATACTTGATAGTCAATCCTTGTGACTAAT  350

seq1  GAATAATATATTATGTAGTCATTGTAATAGGTTTGGTATATTCATTGTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATATATTATGTAGTCATTGTAATAGGTTTGGTATATTCATTGTTC  400

seq1  ATGAGCTCCTTGGATAATGTTAGGCTATCGATGTTGAATAATACTAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCTCCTTGGATAATGTTAGGCTATCGATGTTGAATAATACTAGATG  450

seq1  ACTCATGGTAGGAATCATAAGTACCCCTAGGGTGAGGACTAGTTAACAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGGTAGGAATCATAAGTACCCCTAGGGTGAGGACTAGTTAACAGA  500

seq1  TAGGTCAAATATATGTTAACAAGGTTAAGTCCTGATCCAGCCTGATGCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTCAAATATATGTTAACAAGGTTAAGTCCTGATCCAGCCTGATGCCC  550

seq1  AAGGAAGAGACAGAAATTTAAGAGTTAGTCATCTAAATCATGCATGGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAGACAGAAATTTAAGAGTTAGTCATCTAAATCATGCATGGAGG  600

seq1  ATGAAACCAGAATAAAAATTCCTGTCTGTGTGAGCATCTTGAACTTTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAACCAGAATAAAAATTCCTGTCTGTGTGAGCATCTTGAACTTTCCT  650

seq1  ACTTTGAACAAAGCCAGCAACATTCCACAGGGAGAAGATCCTG-AACATT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACTTTGAACAAAGCCAGCAACATTCCACAGGGAGAAGATCCTGAAACATT  700

seq1  TACATTTGGAATGCTTCTGTCATTTCACTCCACTTCTTTGGCTTAGGAAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTGGAATGCTTCTGTCATTTCACTCCACTTCTTTGGCTTAGGAAT  750

seq1  TTTTTTTCAATCCATAACATGTTTAATTTACACTAACTTGTTAAATGATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCAATCCATAACATGTTTAATTTACACTAACTTGTTAAATGATT  800

seq1  ACTTAAA-TTAATTGAGGAAAGGTTTCA-TTTTGTCACTCAGTTTGCCTC  847
      ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAATTTAATTGAGGAAAGGTTTCATTTTTGTCACTCAGTTTGCCTC  850

seq1  GGGACTCAGTATATGGTATATGTTGTCCTTGAACACGGAGCACATATCCT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTCAGTATATGGTATATGTTGTCCTTGAACACGGAGCACATATCCT  900

seq1  GCTTCAGCATCCCGAGCACTGAAATTAACAATCCTGTATCAGCA-TTCCC  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCTTCAGCATCCCGAGCACTGAAATTAACAATCCTGTATCAGCATTTCCC  950

seq1  AGCTGCTCCTCCACCCCTGCTGCTGTAATATTTTTCAAAGAACCCCACCC  996
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTCCTCCACCCCTGCTGCTGT-ATATTTTTCAAAGAACCCCACCC  999

seq1  CGGTTAAAGTATGAAAAGAATCACGCACATCAAGAAAGCAGAAGCTCACA  1046
      |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  CGGTTAAAGTATGAAAAG-ATCACGCACATC-AGAAAGCAG-AGCTCACA  1046

seq1  AGCAGAAATGTACTGGCTCAACCGCATGTTTCTGACCCCTTTACA--TCT  1094
       ||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||| |||||  |||
seq2  GGCAGAAATGTACT-GCTCAA-CGCATTGTTCTGACCCC-TTACAATTCT  1093

seq1  ATAGAATGGAAGAA--GATATGAAAAGAACTC  1124
      ||||||| ||||||  ||||||||||||||||
seq2  ATAGAAT-GAAGAAAGGATATGAAAAGAACTC  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |