BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185H03
Chromosome4 (Build37)
Map Location 153,699,746 - 153,886,282
singlet/doubletdoublet
Overlap genePrdm16
Upstream geneAjap1, BC039966, A430005L14Rik, Dffb, BC046331, Lrrc47, 1190007F08Rik, Ccdc27, Trp73, Wdr8, 1200015A19Rik, Megf6, Arhgef16
Downstream geneLOC100043342, LOC100042178, Actrt2, B230396O12Rik, Mmel1, 2810405K02Rik, Tnfrsf14, Hes5, Pank4, LOC100043358, Plch2, Pex10, Rer1, Morn1, Ski, 2610002J02Rik, Prkcz, Gabrd, 2010015L04Rik, Tmem52
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185H03.bB6Ng01-185H03.g
ACCGA010553GA010554
length1,196927
definitionB6Ng01-185H03.b B6Ng01-185H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,885,099 - 153,886,282)(153,699,746 - 153,700,664)
sequence
gaattcatatattaattaattttccagatgagatttgcctaatccatctt
ttaaagaaagtaaggattaagagagactctgagggctggggaggcctggc
tgagatgaaaggcttgtgcgtgaggtttggggcccaaccctcctgaggtg
cagcaggcaggcaggctgctttcctggccaggcctggcctcctgtaattg
cctgttgcacaagcctgtttgctactggggctgaactccatcactggaga
ataaggatcaggttcccatcccccaccaaggagctcagctgccgtccggc
cttcatatcaccccccacatcttgtctaatctgtgagcattccaccatct
tcgcccacccactagtggaatctggcatggtccttcctgaagatgccctt
gcaggtaatttaagccaagagactacaaatggattcaaggctagcaggcc
ctcttccccattaccactgccacacaggtcctgcccattatttttgtctc
atttccatagctacacaaccaatgcatggtgacttcggagtgacagcacc
ctaatgtggattgctgactgatccacccaggcctgcctcccgcccctgta
aatctgattgacagtcctatccaggaaagacctcagcaaacagcagactt
agatcctatctctgggtgtcgagagagctccagtatagcagcagctccct
ggcttctgggatcagctctgacaccatagagacagacaacacagagcccc
atctggggacagaggcgcctccagagagtccttgaaatctggggtggctt
ggctgtgtgctgaggcagaaacttggacagcatagtagatctgttttttc
tgcctaaagtcagggaaatttcttctggtgatgctcagcctgtcccacca
ccttgcgtctccctaccaagtgcagtccccaacattccaccccaagtccg
gtcctcttctggtcctggtgacatcataaaatgaagggaaaggagacagg
gcaaggcttccctgaaaccttgtgagttctgtgcagactggtttaacacc
agcaggataggagattgagagttggaaagacctcaaaaattgtatcagtg
atggattcaggaacatgaactgattctcagtctgggtcttgagcatccaa
tgactctcatggcagacatacctgtcctgttcacacaattatttgt
gaattcagtcctgacagatccaaggacaggaagagccctgggtgccacac
tcactgggtagctggggtggtaaagctagccctgctggctggtcttgggc
ggggctagaggaatcctgctgtttggaagcagattttatgctttcttttc
ttgcctgctcactctctggtatgtgctgcccagcagggaccctagcggat
tggtgtcagcttcaagaaggagggcagcttctctggtggaggcaggaacg
ctgccttagaggcagctatgcttagcatgctgactgacatggctcacagc
agcagcaggaagggacagtcccagggtcagagaagcaaaaggctgagaga
tcaagatacatcacagctgggagttctgagggaagatctggtgtctccca
cagtccttggcccttcacctgtatctatctcctcgtgtgtgtgtgtgagt
gtgtgtgtgtgcgtgcgcgcgtgtgcatgttgcatgtggaagtatcacca
ccaaaatccagtaggactctgctgtaactctgacacctctagggggaccc
tgccccaggtcaccatctgagggatggggttagatttcacatgtggtcct
tgaggaaacagttcagcacacagacaatcctttgggttggcctggcaggc
actgggttctcactgatcactaaagggggggacttcaacagagaaagacc
cagagaatgtgggtaccggccctagctgagtctgctgtccttcccactag
actgccaagtcgtggcaacctcacacacacttgctcttacaactgtggtg
acaactgttgggggaacccccctttggttcctcagctctcaggacaaagc
tgggttggacctttggagacatcactttcaacaaatgggctgtgccttga
gagggggatggcccctctctcggtcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr4_153885099_153886282
seq2: B6Ng01-185H03.b_40_1235 (reverse)

seq1  ACAAATA--TGTGTGTACAGGACA-GTATGTCTG-CATGAAGAAGTCATG  46
      |||||||  |||||| |||||||| ||||||||| |||||   |||||| 
seq2  ACAAATAATTGTGTGAACAGGACAGGTATGTCTGCCATGA--GAGTCAT-  47

seq1  TGGATGCTC-AGACCCAGACTTGGGAAGGATCAGTTCATG-TCTGGAATT  94
      ||||||||| |||||||||||     || ||||||||||| ||  |||| 
seq2  TGGATGCTCAAGACCCAGACT----GAGAATCAGTTCATGTTCCTGAATC  93

seq1  CATTCACTGATACAATTTTTGGGGTCTTTCCAACTCTC-ATCT-CTATCC  142
      || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  CA-TCACTGATACAATTTTTGAGGTCTTTCCAACTCTCAATCTCCTATCC  142

seq1  TGCTGGTTGGTAAACCAGTCTGCACAG-ACTCAC-AGGGTTCA-GGAAGC  189
      |||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||
seq2  TGCTGG-TGTTAAACCAGTCTGCACAGAACTCACAAGGTTTCAGGGAAGC  191

seq1  C-TGCCCTGTCTCCTT--CCCTCA-TTTATGATGTCACCAGGACCAG-AG  234
      | ||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTTGCCCTGTCTCCTTTCCCTTCATTTTATGATGTCACCAGGACCAGAAG  241

seq1  AGGACC-GACTTGGGGTGGAATGTTGGGGACTGCACTTGGTAGGGAGACG  283
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCGGACTTGGGGTGGAATGTTGGGGACTGCACTTGGTAGGGAGACG  291

seq1  C-AGGTGGTGGGACAGGCTGAGCATCACCAGAAGAAATTTCCCTGACTTT  332
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGGTGGGACAGGCTGAGCATCACCAGAAGAAATTTCCCTGACTTT  341

seq1  AGGCAG-AAAAACAGATCTACTATGCTGTCC-AGTTTCTGCCTCAGCACA  380
      |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGAAAAAACAGATCTACTATGCTGTCCAAGTTTCTGCCTCAGCACA  391

seq1  CAGCCAAGCCACCCCAGATTTCAAGGACTCTCTGGAGGCGCCTCTGTCCC  430
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAGCCACCCCAGATTTCAAGGACTCTCTGGAGGCGCCTCTGTCCC  441

seq1  CAGAT-GGGCTCTGTGTTGTCTGTCTCTATGGTGTCAGAGCTGATCCCAG  479
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGGGCTCTGTGTTGTCTGTCTCTATGGTGTCAGAGCTGATCCCAG  491

seq1  AAGCCAGGGAGCTGCTGCTATACTGGAGCTCTCTCGACACCCAGAGATAG  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGGGAGCTGCTGCTATACTGGAGCTCTCTCGACACCCAGAGATAG  541

seq1  GATCTAAGTCTGCTGTTTGCTGAGGTCTTTCCTGGATAGGACTGTCAATC  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAAGTCTGCTGTTTGCTGAGGTCTTTCCTGGATAGGACTGTCAATC  591

seq1  AGATTTACAGGGGCGGGAGGCAGGCCTGGGTGGATCAGTCAGCAATCCAC  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTACAGGGGCGGGAGGCAGGCCTGGGTGGATCAGTCAGCAATCCAC  641

seq1  ATTAGGGTGCTGTCACTCCGAAGTCACCATGCATTGGTTGTGTAGCTATG  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGGTGCTGTCACTCCGAAGTCACCATGCATTGGTTGTGTAGCTATG  691

seq1  GAAATGAGACAAAAATAATGGGCAGGACCTGTGTGGCAGTGGTAATGGGG  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGAGACAAAAATAATGGGCAGGACCTGTGTGGCAGTGGTAATGGGG  741

seq1  AAGAGGGCCTGCTAGCCTTGAATCCATTTGTAGTCTCTTGGCTTAAATTA  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGGCCTGCTAGCCTTGAATCCATTTGTAGTCTCTTGGCTTAAATTA  791

seq1  CCTGCAAGGGCATCTTCAGGAAGGACCATGCCAGATTCCACTAGTGGGTG  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAAGGGCATCTTCAGGAAGGACCATGCCAGATTCCACTAGTGGGTG  841

seq1  GGCGAAGATGGTGGAATGCTCACAGATTAGACAAGATGTGGGGGGTGATA  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAAGATGGTGGAATGCTCACAGATTAGACAAGATGTGGGGGGTGATA  891

seq1  TGAAGGCCGGACGGCAGCTGAGCTCCTTGGTGGGGGATGGGAACCTGATC  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCCGGACGGCAGCTGAGCTCCTTGGTGGGGGATGGGAACCTGATC  941

seq1  CTTATTCTCCAGTGATGGAGTTCAGCCCCAGTAGCAAACAGGCTTGTGCA  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTCTCCAGTGATGGAGTTCAGCCCCAGTAGCAAACAGGCTTGTGCA  991

seq1  ACAGGCAATTACAGGAGGCCAGGCCTGGCCAGGAAAGCAGCCTGCCTGCC  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCAATTACAGGAGGCCAGGCCTGGCCAGGAAAGCAGCCTGCCTGCC  1041

seq1  TGCTGCACCTCAGGAGGGTTGGGCCCCAAACCTCACGCACAAGCCTTTCA  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCACCTCAGGAGGGTTGGGCCCCAAACCTCACGCACAAGCCTTTCA  1091

seq1  TCTCAGCCAGGCCTCCCCAGCCCTCAGAGTCTCTCTTAATCCTTACTTTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCCAGGCCTCCCCAGCCCTCAGAGTCTCTCTTAATCCTTACTTTC  1141

seq1  TTTAAAAGATGGATTAGGCAAATCTCATCTGGAAAATTAATTAATATATG  1179
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGATGGATTAGGCAAATCTCATCTGGAAAATTAATTAATATATG  1191

seq1  AATTC  1184
      |||||
seq2  AATTC  1196

seq1: chr4_153699746_153700664
seq2: B6Ng01-185H03.g_66_992

seq1  GAATTCAGTCCTGACAGATCCAAGGACAGGAAGAGCCCTGGGTGCCACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCCTGACAGATCCAAGGACAGGAAGAGCCCTGGGTGCCACAC  50

seq1  TCACTGGGTAGCTGGGGTGGTAAAGCTAGCCCTGCTGGCTGGTCTTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGGGTAGCTGGGGTGGTAAAGCTAGCCCTGCTGGCTGGTCTTGGGC  100

seq1  GGGGCTAGAGGAATCCTGCTGTTTGGAAGCAGATTTTATGCTTTCTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTAGAGGAATCCTGCTGTTTGGAAGCAGATTTTATGCTTTCTTTTC  150

seq1  TTGCCTGCTCACTCTCTGGTATGTGCTGCCCAGCAGGGACCCTAGCGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGCTCACTCTCTGGTATGTGCTGCCCAGCAGGGACCCTAGCGGAT  200

seq1  TGGTGTCAGCTTCAAGAAGGAGGGCAGCTTCTCTGGTGGAGGCAGGAACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCAGCTTCAAGAAGGAGGGCAGCTTCTCTGGTGGAGGCAGGAACG  250

seq1  CTGCCTTAGAGGCAGCTATGCTTAGCATGCTGACTGACATGGCTCACAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTAGAGGCAGCTATGCTTAGCATGCTGACTGACATGGCTCACAGC  300

seq1  AGCAGCAGGAAGGGACAGTCCCAGGGTCAGAGAAGCAAAAGGCTGAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCAGGAAGGGACAGTCCCAGGGTCAGAGAAGCAAAAGGCTGAGAGA  350

seq1  TCAAGATACATCACAGCTGGGAGTTCTGAGGGAAGATCTGGTGTCTCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATACATCACAGCTGGGAGTTCTGAGGGAAGATCTGGTGTCTCCCA  400

seq1  CAGTCCTTGGCCCTTCACCTGTATCTATCTCCTCGTGTGTGTGTGTGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTTGGCCCTTCACCTGTATCTATCTCCTCGTGTGTGTGTGTGAGT  450

seq1  GTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGTGTGCATGTTGCATGTGGAAGTATCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGCGTGCGCGCGTGTGCATGTTGCATGTGGAAGTATCACCA  500

seq1  CCAAAATCCAGTAGGACTCTGCTGTAACTCTGACACCTCTAGGGGGACCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAATCCAGTAGGACTCTGCTGTAACTCTGACACCTCTAGGGGGACCC  550

seq1  TGCCCCAGGTCACCATCTGAGGGATGGGGTTAGATTTCACATGTGGTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCAGGTCACCATCTGAGGGATGGGGTTAGATTTCACATGTGGTCCT  600

seq1  TGAGGAAACAGTTCAGCACACAGACAATCCTTTGGGTTGGCCTGGCAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAACAGTTCAGCACACAGACAATCCTTTGGGTTGGCCTGGCAGGC  650

seq1  ACTGGGTTCTCACTGATCACTAAA-GGGGGGAC-TCAACAGAGAAAGACC  698
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTTCTCACTGATCACTAAAGGGGGGGACTTCAACAGAGAAAGACC  700

seq1  CAGAGAATGTGGGTACCGGCCCTAGCTGAGTCTGCTGTCCTTCCCACTAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAATGTGGGTACCGGCCCTAGCTGAGTCTGCTGTCCTTCCCACTAG  750

seq1  ACTGCCAAGTCGTGGCAACCTCACACACACTTGCTCTTACAACTGTGGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAAGTCGTGGCAACCTCACACACACTTGCTCTTACAACTGTGGTG  800

seq1  ACAACTG-TGGGGGAACCCCCCTTTGGTTCCTCAGCTCTCAGGACAAAGC  847
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGTTGGGGGAACCCCCCTTTGGTTCCTCAGCTCTCAGGACAAAGC  850

seq1  T-GGCTGGACC-TTGGAGACATCAC-TTCAACAAAATGGGCTG-GGCTTG  893
      | || |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||| | ||||
seq2  TGGGTTGGACCTTTGGAGACATCACTTTCAAC-AAATGGGCTGTGCCTTG  899

seq1  GGA-GGGGATGG-CCCTCTCTTGGTCCA  919
       || |||||||| |||||||| ||||||
seq2  AGAGGGGGATGGCCCCTCTCTCGGTCCA  927